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弩翟
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1 建立各种应用的安捷伦 GC/MSD Deconvolution 报告资料库技术概论作者 Xiaofei Ping Agilent Technologies (Shanghai) Co Ltd 412 Yinglun Road, Shanghai, P.R. China Chin-Kai Meng and Michael Szelewski Agilent Technologies, Inc Centerville Road Wilmington, DE USA 摘要本技术报告报导了为各种应用建立 Deconvolution 报告软件库的步骤起点是所有化学标准样品的数据文件, 或用户自行建立的安捷伦质谱库 (*.L) 按照本技术报告中的步骤, 只需要 2 3 小时就能数据库的建立前言采用保留时间锁定 (RTL) 和 Deconvolution 图谱, 安捷伦公司开发出了能够在一次气相色谱 / 质谱 (GC/MS) 分析中监测 567 种杀虫剂和待测内分泌干扰物的方法和谱库然而, 商业质谱库中并没有包括所有能够进行 Deconvolution 的化合物, 特别是特殊研究中的某些特殊化合物在这种情况下, 分析人员就需要建立自己的 Deconvolution 谱库, 以便利用 Deconvolution 报告软件完成其实验室的特殊分析必要条件 GC/MSD 化学工作站 (G1701DA) 修正版 D ( 即 D SP1) 或更高版本 Microsoft Excel NIST02 质谱库国家标准与技术研究院 (NIST) 的自动质谱 Deconvolution 和鉴定系统 (AMDIS) 用 GC/MS( 气相色谱 / 质量选择检测器 ) 采集的 GC/MSD 数据文件 MSD 化学工作站定量方法包括 : 化合物名称 CAS 号分子量 (MW) 和分子式 ( 如果不能用定量方法, 参见附录 A, 添加定量数据库以建立需要的方法 ) Deconvolution 图谱有助于鉴定化合物, 即使它们被掩盖在共洗脱的基质化合物中 Deconvolution 过程是全自动的, 获得总离子色谱图只需要 1 2 分钟这一过程不仅能迅速得到可靠而重复的结果, 还能减少假阳性和假阴性的发生

2 本文报道了建立 DRS 文件和谱库的所需步骤 ( 注 : 本文中所用的 oxymix 只是一个您应用的代名词操作系统可能对图形显示有影响 ) 以下是本方法的流程 : 用 Microsoft Excel 建立一个 *.tab 文件 ( 例如,oxy_original.tab), 见参考文献 4 文件位置 ( 文件类型 :*.d, *.tab, *.L, *.SCD, *.MSP, *.MSL, *.CSL 和 *.CAL) 数据文件 (*.d) 在 C:\MSDChem\1\DATA *.TAB, *.SCD 和 *.L 在 C:\Database *.MSP 在 C:\NIST02\MSSEARCH *.MSL, *.CSL 和 *.CAL 在 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 建质谱谱库 ( 例如,oxymix.L) 将 oxymix.l 转成 oxymix.msp( 简化质谱图 ) 由 oxymix.msp 建立 oxymix.msl( 质谱谱库 ) 由 oxymix.msl 建立 oxymix.csl( 校正质谱谱库 ) 建立用于保留时间锁定 (RTL) 的 oxymix.cal( 保留时间校正文件 ) 用 MSD-DRS 配置程序将 oxymix.msl 和 oxymix.csl 加入 oxyquant.m 中更多信息请参考技术报告建立和编辑 RTL Screener/Quant 数据库和谱库 2

3 数据库和谱库建立程序建立 *.TAB 文件 1. 调用一个数据文件 ( 例如,oxymix_2.d, 见下图 ), 其中包含谱库标准化合物的色谱峰 ( 图谱 ), 核对定量方法 ( 例如,oxyquant.m), 确定已经输入了必要条件所列出的所有信息确定数据文件中没有重叠峰, 否则将对图谱造成干扰如果不能得到目标化合物的干净图谱 ( 例如, 代谢物 ), 参阅 DRS 用户信息章节在现有 AMDIS_32 谱库中添加化合物, 加入谱库之前先对图谱进行 Deconvolution * 也可以用手动程序建立谱库, 更多信息请参考技术报告保留时间锁定 : 建立定制的保留时间锁定筛选谱库 [5] 3

4 2. 用 Microsoft Excel 建立一个 *.tab 文件 *.tab 文件中各栏的注释见表 1 [4] 对于 F 栏, 在贮存前将 *.tab 文件中所有条目按 RT 由小到大排列如果谱库是从多个数据文件中创建的, 这一点特别重要见第 5 页前面的图表 1. *.tab 文件中各栏的注释栏目标题 A 未定 (A 栏用于 GC 的保留时间, 而不是 MSD) B 名称 ( 化合物名, 例如异丙醇 ) C CAS(CAS 号, 不带破折号, 例如,12345, 而不是 ) D 分子式 ( 例如,C6H14N2O, 没有逗号破折号引号等 ) E 分子量 ( 例如,32.04) F RT(GC/MSD, 以分钟为单位, 例如 3.33) G 未定 ( 未使用 ) H 公司 ID( 特殊的标识, 例如,cmpd01 后面将进一步解释 ) I 文件名 (*.d 采集的完整文件路径, 如 C:\MSDChem\1\data\oxymix_2.d) J 目标离子 K Q1( 辅助定量离子 1) L Q1 比值 ( 辅助定量离子 1 比值 ) M Q1 不确定度 ( 辅助定量离子 1 不确定度 ) N Q2( 辅助定量离子 2) O Q2 比值 ( 辅助定量离子 2 比值 ) P Q2 不确定度 ( 辅助定量离子 2 不确定度 ) Q Q3( 辅助定量离子 3) R Q3 比值 ( 辅助定量离子 3 比值 ) S Q3 不确定度 ( 辅助定量离子 3 不确定度 ) T 不确定度类型 :0 = rel,1 = abs( 不确定度类型 ) U Ref 谱库名称 ( 谱库名称 ) V Ref 谱库项目号 ( 在谱库中的项目号, 如 15) 在谱库建立的过程中, 前两行可以忽略, 但不能空着建立谱库所用的所有信息从第三行开始 4

$tab 格式保存在 C:\database 中点击 File Save as, 选择 Text (Tab delimited) (*.$

5 B C D E F 和 I 栏是必须的所有其它栏可以是空白每行用一个化合物分子式是区分大小写的, 只能用大写字母注 : 如果谱库由多个数据文件建立,*.tab 文件中所有条目将按 RT 由小到大排列只用一个表格模板分子式只能用大写字母 3. 将文件以 *.tab 格式保存在 C:\database 中点击 File Save as, 选择 Text (Tab delimited) (*.txt) 文件名必须用包括路径 C:\DATABASE 键入 oxy_original.tab 4. 点击 Yes, 保存格式 5

$C:\database\oxy_original.$ 进入 Enhanced Data Analysis

6 5. 关闭 Excel, 否则 MSD 化学工作站上将出现错误信息 ( 不能打开文件 C:\database\oxy_original.tab) 6. 点击 No 建立谱库和 SCD 1. 进入 Enhanced Data Analysis 在命令行中键入 rtl_import, 然后点击 Execute 2. 选择 Library and SCD, 并点击 OK 6

$3. 在 C:\database 选择 oxy_original.tab, 点击 Open 4. 键入谱库名称 ( 如 oxymix.$ $SAV), 并点击 OK 确定您的谱库名称与 tab- 文件名不同键入 oxymix.l 键入 C:\DATABASE\oxymix.$

7 3. 在 C:\database 选择 oxy_original.tab, 点击 Open 4. 键入谱库名称 ( 如 oxymix.l ) 和 SAV folder 名称,( 例如,C:\DATABASE\oxymix.SAV), 并点击 OK 确定您的谱库名称与 tab- 文件名不同键入 oxymix.l 键入 C:\DATABASE\oxymix.SAV Enhanced Data Analysis 将调出 I 栏中的每个 *.tab 文件然后进入 F 栏您指定的 RT, 用从 B D 和 E 栏中获得的图谱和信息建立谱库您应该能看见闪烁的色谱图如果您在 H 栏中填写了 *.tab file 文件, 谱库建立时您将得到一个 *.SAV 目录 7

sav 文件含谱库的图谱 *.sav 文件的名称取自 H 如果 H 栏是空白,*.sav 文件将没有可用的名称如果丢失了原始数据文件, 可以用 *.

8 下图显示了新的谱库,oxymix.L oxymix.scd oxy_original.tab 文件和 *.sav 目录 *.sav 是您从 *.tab 文件建立谱库时建立在数据库文件夹中的文件夹 *.sav 文件夹的 *.sav 文件包含您刚创建谱库的每个条目, 如下图所示每个 *.sav 文件含谱库的图谱 *.sav 文件的名称取自 H 如果 H 栏是空白,*.sav 文件将没有可用的名称如果丢失了原始数据文件, 可以用 *.sav 文件重新建立谱库在初次建立谱库时输入谱库名称的对话框里, 还有一个 more 按钮点击 more, 您将可以指定是使用原始数据还是 *.sav 文件 8

9 *.scd 文件可以用于自动建立校正表, 详细信息请参见附录 A 用以下步骤确定质谱谱库的建立是否成功 : 1. 在命令行键入 listlib, 然后点击 Execute 2. 选择刚建立的谱库名称 ( 即 oxymix.l), 然后点击 OK 9

10 3. 对有关图像的详细问题, 点击 No, 如下图所示如果一切顺利, 将能看见一个谱库项目的列表, 包括化合物名称分子量 CAS 等, 如下图所示如果只在顶端显示几行字, 说明谱库没有建好再认真重复第 1 到第 6 步 ( 从第 3 页开始 ), 特别是要在 I 栏输入正确的 *.tab 数据文件名和数据路径 10

11 从 *.L 建立 *.MSP 1. 进入 Windows Start Programs NIST Mass Spectral Database, 点击 Lib2NIST Converter 2. 选择按上述步骤建立的 *.L 谱库 ( 即, oxymix.l ), 选择 HP Lib[*.L],Text[*.SDF, *.MSP],NIST Lib[*.*], 然后点击 Open 11

$3. 选择 C:\NIST02\MSSEARCH 文件夹 NIST Library and Output, 选择 Text File [.$

12 3. 选择 C:\NIST02\MSSEARCH 文件夹 NIST Library and Output, 选择 Text File [.MSP] 输出格式, 点亮左边窗口的谱库, 然后点击 Convert 4. 在 C:\NIST\MSSEARCH 中将建立 oxymix.msp 文件, 点击 Exit 12

13 将 *.MSP 转成 *.MSL 1. 如下图所示, 进入 Windows Start Programs NIST Mass Spectral Database, 并点击 AMDIS_32 2. 点击 File 和 Open, 打开数据文件 ( 如, oxymix_2.d) 13

14 3. 点击 Library, 然后点击 Library Transfer 4. 将出现一个谱库转换的提示窗口, 点击 Files 随后显示 Files 窗口 14

$5. 在 Files 窗口中, 点击 Load Library, 从 C:\NIST02\MSSEARCH 中选择 OXYMIX.$ $C:\NIST02\AMDIS32\LIB, 将文件保存为目标谱库的格式 (*.MSL), 文件名键入 oxymix.$

15 5. 在 Files 窗口中, 点击 Load Library, 从 C:\NIST02\MSSEARCH 中选择 OXYMIX.MSP, 并点击 Open 回到 Files 窗口, 点击 Create New Library, 选择文件夹 C:\NIST02\AMDIS32\LIB, 将文件保存为目标谱库的格式 (*.MSL), 文件名键入 oxymix.msl, 点击 OK 路径 C:\NIST02\MSSEARCH 键入合适的文档名称选择 oxymix.msp 路径 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 6. 点击 Close. 15

16 7. 点亮左边的所有化合物, 点击 Transfer-> 将 *.MSL 文件保存到 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 中点亮所有化合物将 *.MSL 转成 *.CSL 1. 继续前面的步骤, 点击 Files 16

$2. 在 Files 窗口中, 点击 Load Library, 从 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 中选择 oxymix.$

17 2. 在 Files 窗口中, 点击 Load Library, 从 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 中选择 oxymix.msl, 并点击 Open 回到 Files 窗口, 点击 Create New Library, 选择文件夹 C:\NIST02\AMDIS32\LIB, 将文件保存为 RI Calib Library 的格式 (*.CSL), 文件名键入 oxymix.csl, 点击 OK 路径 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 键入合适的文件名 Select oxymix.msl 路径 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 3. 点击 Close 17

$CSL 文件保存到 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 中现在,DRS 需要的所有谱库和文件都已经保存在$

18 4. 点亮左边的所有化合物, 点击 Transfer-> 点亮所有化合物 5. 点击 Exit 将 *.CSL 文件保存到 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 中现在,DRS 需要的所有谱库和文件都已经保存在 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 18

19 使用交互式 AMDIS 1. 打开 AMDIS, 点击 Analyze 和 Settings, 如下所示 2. 点击 Libraries 标题, 点亮 Target Compound Library, 然后点击 Select New 19

20 在 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 中选择 oxymix.msl, 并点击 Open 路径 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 确定选择了合适的 *.MSL 20

$C:\NIST02\AMDIS32\LIB 中选择 oxymix.$

21 3. 点亮 RI Calibration Library, 点击 Select New 在 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 中选择 oxymix.csl, 并点击 Open 路径 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 21

22 确定选择了合适的 *.CSL 4. 点亮 RI Calibration Data, 点击 Select New 22

23 键入 oxymix.cal 文件名, 并点击 Open 路径 C:\NIST02\AMDIS32\LIB 键入合适的文档名确认选择了合适的 *.CAL 23

24 5. 点击 Identif 标题, 键入与您的分析相适应的最小匹配因子 ( 例如 40), 在分析类型中点亮 RI Calibration/Performance 这一设置用于建立 *.CAL 文件 6. 点击 Save 或者,Save as, 给 AMDIS 设置文件一个特殊的名称, 如 johnoxy.ini 或 mary-pcb.ini 所有正确设置的选择可参见 DRS 的用户信息章节 24

25 7. 点击 Yes 现在, 分析人员可以使用交互式 AMDIS 进行数据文件 Deconvolute 了要用刚建立的谱库进行 DRS, 还必须把谱库 ( 即 oxymix.msl 和 oxymix.csl) 和定量方法 ( 即 oxyquant.m) 相结合 1. 进入窗口 Start Programs MSD Deconvolute Reporting Software 和 Configuration Utility, 启动 Compound Identification Configuration 程序 25

26 2. 点击 Method Associate Settings, 以及 New Method Associate Settings 3. 键入 MSD 化学工作站定量方法名称 ( 即 oxyquant), 然后点击图标在方法名称后不要使用.m! 键入合适的方法名称 26

27 4. 选择 oxymix.msl 作为 AMDIS 的目标谱库, 并点击 Open 5. 核对 Use calibrated RT library, 并点击图标 27

28 6. 选择 oxymix.csl, 作为校正 RT 谱库, 并点击 Open 7. 核对 Open Report 和 Print Report,, 然后点击图标 28

29 8. 选择 onsite.ini 作为 AMDIS 初始设定文件, 或键入人名如 Johnoxy.ini, 点击 Open 选择这个文档或者键入一个个人文档名 9. 点击 Add, 完成配置 29

10. 点击 Exit,Exit and Save Note : AMDIS only recognizes and uses the onsite.ini settings file when it runs automatically. The DRS software copies the settings file specified here to onsite.

30 10. 点击 Exit,Exit and Save Note : AMDIS only recognizes and uses the onsite.ini settings file when it runs automatically. The DRS software copies the settings file specified here to onsite.ini before it deconvolutes the chromatogram 现在您就可以用新的 DRS 谱库为自己的应用建立报告了, 如参考文献 3 中所示参考文献 1. V. Giarocco, B. Quimby, and M. Klee, Retention Time Locking: Concepts and Applications, Agilent Technologies, publication E, 2. H. Prest, P. Wylie, K. Weiner, and D. Agnew, Efficient Screening for Pesticides and Endocrine Disrupters Using the 6890/5973 GC/MSD System, Agilent Technologies, publication E, 3. P. Wylie, M. Szelewski, and C.K. Meng, Comprehensive Pesticide Screening by GC/MSD Using Deconvolution Reporting Software, Agilent Technologies, publication EN, 4. Michael J. Szelewski, Kenneth R. Weiner, and Chin- Kai Meng, Building and Editing RTL/Screener /Quant Databases and Libraries, Agilent Technologies, publication EN, 5. Kenneth R. Weiner and Harry F. Prest, Retention Time Locking: Creating Custom Retention Time Locked Screener Libraries, Agilent Technologies, publication E, 30

31 A 用 *.SCD 文件自动建立定量数据库按照 1 到 4 步, 可以用 *.SCD 文件中的信息自动建立一个定量方法 1. 从相应的 *.M 目录 ( 如,oxyquant.M) 中找出 qdb.mth 2. 将 qdb.mth 重新命名为 qdb.mth.ori 31

32 3. 把 C:\database 目录下的 oxymix.scd 拷贝到相应的 *.M 目录中 4. 将 oxymix.scd 重新命名为 qdb.mth 方法中的结果校正表将定量离子设置为目标峰质谱中 m/z 丰度最高的离子三个辅助定量离子设置为目标峰质谱中三个丰度次高的离子离子比值标准也可自动设定从 MSD 数据分析程序中重新调出该方法, 再检查校正表确定第 2 页上每个化合物的 CAS 号都已输入 - 没有零, 没有破折号更多信息安捷伦对本资料中出现的错误, 以及由于提供或使用本资料所造成的相关损失不承担责任本资料中的信息说明和规格如有变动, 恕不另行通知安捷伦科技公司 2005 年中国印刷 2005 年 2 月 23 号 CHCN 要了解我们产品和服务的更多信息, 请访问我们的网站

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CHTW.indd 5975C GC/MSD 5975C GC/MSD Agilent 5975C GC/MSD GC/MS 5975C GC/ MSD HED-EM 5975C MSD 789A GC 5975C GC/ MSD 2 Time > 12.8 13. 13.2 Time > 12.8 13. 13.2 5975C GC/MSD Inert Ion Source 125 9 8 19 7 6 5 4 3