猪流感病毒荧光定量PCR检测试剂盒
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- 靖 程
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1 猪 流 感 (Swine Influenza) 是 甲 型 (A 型 ) 流 感 病 毒 引 起 的 猪 或 人 的 一 种 急 性 人 畜 共 患 呼 吸 道 传 染 性 疾 病 这 种 病 在 猪 中 经 常 发 生, 很 少 导 致 猪 的 死 亡 ( 猪 的 病 死 率 为 1-4%) 人 类 很 少 感 染 猪 流 感 病 毒, 但 也 发 现 一 些 人 类 感 染 猪 流 感 的 病 例, 大 多 数 是 与 病 猪 有 过 直 接 接 触 的 人 2009 年 3 月, 墨 西 哥 和 美 国 等 先 后 发 生 人 感 染 猪 流 感 病 毒, 为 A 型 流 感 病 毒, H1N1 亚 型 猪 流 感 病 毒 毒 株, 该 毒 株 包 含 有 猪 流 感 禽 流 感 和 人 流 感 三 种 流 感 病 毒 的 基 因 片 断, 是 一 种 新 型 猪 流 感 病 毒, 可 以 人 传 染 人 人 感 染 猪 流 感 后 的 临 床 早 期 症 状 与 流 感 类 似, 有 发 烧 咳 嗽 疲 劳 食 欲 不 振 等, 还 可 以 出 现 腹 泻 或 呕 吐 等 症 状 病 情 可 迅 速 进 展, 突 然 高 热 肺 炎, 重 者 可 以 出 现 呼 吸 衰 竭 多 器 官 损 伤, 导 致 死 亡 一 病 原 学 猪 流 感 病 毒 属 于 正 粘 病 毒 科 (0rthomyxoviridae), 甲 型 流 感 病 毒 属 (Influenza virus A) 典 型 病 毒 颗 粒 呈 球 状, 直 径 为 80 nm~120 nm, 有 囊 膜 囊 膜 上 有 许 多 放 射 状 排 列 的 突 起 糖 蛋 白, 分 别 是 血 凝 素 HA 神 经 氨 酸 酶 NA 和 M2 蛋 白 病 毒 颗 粒 内 为 核 衣 壳, 呈 螺 旋 状 对 称, 直 径 为 10nm 猪 流 感 病 毒 为 单 股 负 链 RNA 病 毒, 基 因 组 约 为 13.6 kb, 由 大 小 不 等 的 8 个 独 立 片 段 组 成 尽 管 不 同 亚 型 之 间 可 以 组 成 很 多 种 流 感 病 毒 血 清 型, 但 是 可 造 成 人 感 染 猪 流 感 病 毒 的 血 清 型 主 要 有 H1N1 H1N2 和 H3N2 猪 流 感 病 毒 为 有 囊 膜 病 毒, 故 对 乙 醚 氯 仿 丙 酮 等 有 机 溶 剂 均 敏 感,200 ml/ L 乙 醚 4 过 夜, 病 毒 感 染 力 被 破 坏 ; 对 氧 化 剂 卤 素 化 合 物 重 金 属 乙 醇 和 甲 醛 也 均 敏 感,10 g/ L 高 锰 酸 钾 1 ml/ L 升 汞 处 理 3min,750 ml/ L 乙 醇 5min,1 ml/ L 碘 酊 5min,1 ml/ L 盐 酸 3min 和 1mL/ L 甲 醛 30min, 均 可 灭 活 猪 流 感 病 毒 猪 流 感 病 毒 对 热 敏 感,56 条 件 下,30min 可 灭 活 ; 对 紫 外 线 敏 感, 但 用 紫 外 线 灭 活 猪 流 感 病 毒 能 引 起 病 毒 的 多 重 复 活 二 流 行 病 学 在 1976 年 美 国 发 生 所 谓 的 新 泽 西 事 件 中, 大 约 500 人 感 染 了 猪 流 感 H1N1 亚 型 病 毒, 该 病 毒 与 当 时 从 猪 体 内 分 离 的 病 毒 相 同, 首 次 证 实 了 在 自 然 条 件 下, 猪 流 感 病 毒 可 从 猪 传 播 给 人 1999 年 10 月, 香 港 1 名 10 月 龄 女 婴 感 染 了 猪 流 感 病 毒 H3N2, 现 已 完 全 康 复 这 些 年 来, 世 界 各 地 都 有 人 感 染 猪 流 感 病 毒 不 同 病 毒 株 的 报 道, 但 并 没 有 大 规 模 流 行 近 日 墨 西 哥 及 美 国 等 部 分 地 区 暴 发 了 人 感 染 猪 流 感 疫 情 世 界 卫 生 组 织 指 出, 墨 西 哥 和 美 国 感 染 的 病 例 属 于 H1N1 亚 型 猪 流 感 病 毒 的 一 个 相 同 毒 株 ( 一 ) 传 染 源 主 要 为 病 猪 和 携 带 病 毒 的 猪, 感 染 猪 流 感 病 毒 的 人 也 被 证 实 可 以 传 播 病 毒 感 染 这 种 病 毒 的 动 物 均 可 传 播 ( 二 ) 传 播 途 径 主 要 为 呼 吸 道 传 播, 也 可 通 过 接 触 感 染 的 猪 或 其 粪 便 周 围 污 染 的 环 境 或 气 溶 胶 等 途 径 传 播 某 些 毒 株 如 H1N1 可 在 人 与 人 之 间 传 播, 其 传 染 途 径 与 流 感 类 似, 通 常 是 通 过 感 染 者
2 咳 嗽 或 打 喷 嚏 等 ( 三 ) 易 感 人 群 普 遍 易 感 患 者 多 数 年 龄 在 25 岁 至 45 岁 之 间, 目 前 报 道 以 青 壮 年 为 主, 应 注 意 老 人 和 儿 童 ( 四 ) 高 危 人 群 从 事 养 猪 业 者 在 发 病 前 1 周 内 去 过 养 猪 销 售 及 宰 杀 等 场 所 者 以 及 接 触 猪 流 感 病 毒 感 染 材 料 的 实 验 室 工 作 人 员 为 高 危 人 群 人 感 染 猪 流 感 常 发 生 在 冬 春 季 节, 猪 感 染 猪 流 感 一 般 发 生 在 夏 秋 季 节 三 临 床 表 现 潜 伏 期 一 般 1 至 7 天 左 右, 较 流 感 禽 流 感 潜 伏 期 长 ( 一 ) 临 床 症 状 人 感 染 猪 流 感 后 的 早 期 症 状 与 普 通 人 流 感 相 似, 包 括 发 热 咳 嗽 喉 痛 身 体 疼 痛 头 痛 发 冷 和 疲 劳 等, 有 些 还 会 出 现 腹 泻 或 呕 吐 肌 肉 痛 或 疲 倦 眼 睛 发 红 等 部 分 患 者 病 情 可 迅 速 进 展, 来 势 凶 猛 突 然 高 热 体 温 超 过 39, 甚 至 继 发 严 重 肺 炎 急 性 呼 吸 窘 迫 综 合 征 肺 出 血 胸 腔 积 液 全 血 细 胞 减 少 肾 功 能 衰 竭 败 血 症 休 克 及 Reye 综 合 征 呼 吸 衰 竭 及 多 器 官 损 伤, 导 致 死 亡 ( 二 ) 体 征 肺 部 体 征 常 不 明 显, 部 分 患 者 可 闻 及 湿 罗 音 或 有 肺 部 实 变 体 征 等 ( 三 ) 预 后 人 感 染 猪 流 感 的 预 后 与 感 染 的 病 毒 亚 型 有 关, 大 多 预 后 良 好 ; 而 感 染 H1N1 者 预 后 较 差, 病 死 率 约 为 6% ( 四 ) 实 验 室 检 查 1. 外 周 血 象 : 白 细 胞 总 数 一 般 不 高 或 降 低 重 症 患 者 多 有 白 细 胞 总 数 及 淋 巴 细 胞 减 少, 并 有 血 小 板 降 低 ; 2. 血 清 学 诊 断 : 可 使 用 间 接 ELISA 抗 原 捕 捉 ELISA 荧 光 免 疫 法 等 ; 3. 反 转 录 - 聚 合 酶 链 式 反 应 (RT-PCR): 由 于 PCR 技 术 具 有 简 便 快 速 灵 敏 特 异 性 强 等 特 点, 已 用 于 猪 流 感 病 毒 基 因 的 检 测 和 分 子 流 行 病 学 调 查 等 ; 4. 病 毒 分 离 : 从 患 者 呼 吸 道 标 本 中 ( 咽 拭 子 口 腔 含 漱 液 鼻 咽 或 气 管 吸 出 物 痰 或 肺 组 织 ) 分 离 猪 流 感 病 毒 常 用 的 方 法 有 鸡 胚 接 种 法 和 细 胞 培 养 法 现 有 的 诊 断 方 法 中, 病 毒 分 离 法 是 较 敏 感 的, 但 需 要 2-3 周 时 间 ( 五 ) 胸 部 影 像 学 合 并 肺 炎 时 肺 内 可 见 片 状 影 像 严 重 病 例 片 状 影 像 范 围 广 泛 四 诊 断 1
3 人 感 染 猪 流 感 的 诊 断 主 要 结 合 流 行 病 学 史 临 床 表 现 和 病 原 学 检 查 等, 临 床 上 早 发 现 早 诊 断 是 治 疗 的 关 键 ( 一 ) 人 感 染 猪 流 感 的 诊 断 标 准 1. 医 学 观 察 病 例 : 曾 到 过 猪 流 感 疫 区, 或 与 病 猪 及 猪 流 感 患 者 有 密 切 接 触 史,1 周 内 出 现 流 感 临 床 表 现 者 列 为 医 学 观 察 病 例 者, 对 其 进 行 7 天 医 学 观 察 ( 根 据 病 情 可 以 居 家 或 医 院 隔 离 ) 2. 疑 似 病 例 : 曾 到 过 疫 区, 或 与 病 猪 及 猪 流 感 患 者 有 密 切 接 触 史 ( 也 可 流 行 病 学 史 不 详 ),1 周 内 出 现 流 感 临 床 表 现, 呼 吸 道 分 泌 物 咽 试 子 痰 液 血 清 H 亚 型 病 毒 抗 体 阳 性 或 核 酸 检 测 阳 性 3. 临 床 诊 断 病 例 : 被 诊 断 为 疑 似 病 例, 且 与 其 有 共 同 暴 露 史 的 人 被 诊 断 为 确 诊 病 例 者 4. 确 诊 病 例 : 从 呼 吸 道 标 本 或 血 清 中 分 离 到 特 定 病 毒 ;RT-PCR 对 上 述 标 本 检 测, 有 猪 流 感 病 毒 RNA 存 在, 经 过 测 序 证 实, 或 两 次 血 清 抗 体 滴 度 4 倍 升 高, 可 确 诊 为 人 感 染 猪 流 感 人 感 染 猪 流 感 诊 疗 流 程 见 附 件 ( 二 ) 人 感 染 猪 流 感 的 鉴 别 诊 断 人 感 染 猪 流 感 应 注 意 与 流 感 禽 流 感 上 感 肺 炎 SARS 传 染 性 单 核 细 胞 增 多 症 巨 细 胞 病 毒 感 染 军 团 菌 肺 炎 衣 原 体 支 原 体 肺 炎 等 鉴 别 五 治 疗 ( 一 ) 对 症 支 持 对 疑 似 和 确 诊 患 者 应 进 行 就 地 隔 离 治 疗, 强 调 早 期 治 疗 对 人 感 染 猪 流 感 目 前 主 要 是 综 合 对 症 支 持 治 疗 注 意 休 息 多 饮 水 注 意 营 养, 密 切 观 察 病 情 变 化 ; 发 病 初 48 小 时 是 最 佳 治 疗 期, 对 高 热 临 床 症 状 明 显 者, 应 拍 胸 片, 查 血 气 ( 二 ) 药 物 治 疗 1. 抗 病 毒 治 疗 : 应 及 早 应 用 抗 病 毒 药 物, 可 试 用 奥 司 他 韦 (oseltamivir 达 菲 ) 达 菲 是 一 种 神 经 氨 酸 酶 抑 制 剂, 对 猪 流 感 病 毒 可 能 有 抑 制 作 用, 剂 量 75mg Bid, 疗 程 5 天, 儿 童 慎 用 从 美 国 最 近 的 猪 流 感 病 毒 感 染 者 中 分 离 出 的 病 毒 对 奥 司 他 韦 和 扎 那 米 韦 (zanamivir) 是 敏 感 的, 对 金 刚 烷 胺 和 金 刚 乙 胺 耐 药 2. 抗 生 素 : 如 出 现 细 菌 感 染 可 使 用 抗 生 素 ( 三 ) 中 医 辨 证 治 疗 1. 毒 袭 肺 卫 症 状 : 发 热 恶 寒 咽 痛 头 痛 肌 肉 酸 痛 咳 嗽 2
4 治 法 : 清 热 解 毒, 宣 肺 透 邪 参 考 方 药 : 炙 麻 黄 杏 仁 生 石 膏 柴 胡 黄 芩 牛 蒡 子 羌 活 生 甘 草 常 用 中 成 药 : 莲 花 清 瘟 胶 囊 银 黄 类 制 剂 双 黄 连 口 服 制 剂 2. 毒 犯 肺 胃 症 状 : 发 热 或 恶 寒, 恶 心 呕 吐 腹 痛 腹 泻 头 身 肌 肉 酸 痛 治 法 : 清 热 解 毒, 化 湿 和 中 参 考 方 药 : 葛 根 黄 芩 黄 连 苍 术 藿 香 姜 半 夏 苏 叶 厚 朴 常 用 中 成 药 : 葛 根 芩 连 微 丸 藿 香 正 气 制 剂 等 3. 毒 壅 气 营 症 状 : 高 热 咳 嗽 胸 闷 憋 气 喘 促 气 短 烦 躁 不 安 甚 者 神 昏 谵 语 治 法 : 清 气 凉 营 参 考 方 药 : 炙 麻 黄 杏 仁 瓜 蒌 生 大 黄 生 石 膏 赤 芍 水 牛 角 必 要 时 可 选 用 安 宫 牛 黄 丸 以 及 痰 热 清 血 必 净 清 开 灵 醒 脑 静 注 射 液 等 六 预 防 ( 一 ) 控 制 传 染 源 开 展 人 间 和 猪 类 流 感 疫 情 监 测 一 旦 发 现 猪 类 或 其 它 动 物 感 染 猪 流 感 病 毒, 应 按 照 动 物 检 疫 法 有 关 规 定, 对 疫 源 地 进 行 彻 底 消 毒, 对 病 人 及 疑 似 病 人 进 行 隔 离 ( 二 ) 切 断 传 播 途 经 对 发 现 有 病 猪 的 养 殖 场 曾 销 售 病 猪 肉 的 摊 档 患 者 所 在 单 位 家 庭 等 进 行 消 毒, 对 病 死 猪 等 废 弃 物 应 立 即 就 地 销 毁 或 深 埋 ; 收 治 病 人 的 门 诊 和 病 房 按 禽 流 感 SARS 标 准 做 好 隔 离 消 毒 ; 标 本 按 照 不 明 原 因 肺 炎 病 例 要 求 进 行 运 送 和 处 理 ( 三 ) 保 护 健 康 人 群 养 成 良 好 的 个 人 卫 生 习 惯, 充 足 睡 眠 勤 于 锻 炼 减 少 压 力 足 够 营 养 ; 避 免 接 触 流 感 样 症 状 ( 发 热, 咳 嗽, 流 涕 等 ) 或 肺 炎 等 呼 吸 道 病 人 ; 注 意 个 人 卫 生, 经 常 使 用 肥 皂 和 清 水 洗 手, 尤 其 在 咳 嗽 或 打 喷 嚏 后 ; 避 免 接 触 生 猪 或 前 往 有 猪 的 场 所 ; 避 免 前 往 人 群 拥 挤 场 所 ; 咳 嗽 或 打 喷 嚏 时 用 纸 巾 遮 住 口 鼻, 然 后 将 纸 巾 丢 进 垃 圾 桶 ; 如 在 境 外 出 现 流 感 样 症 状 ( 发 热, 咳 嗽, 流 涕 等 ), 应 立 即 就 医 ( 就 医 时 应 戴 口 罩 ), 并 向 当 地 公 共 卫 生 机 构 和 检 验 检 疫 部 门 说 明 ( 四 ) 加 强 院 感 控 制 措 施 对 于 疑 似 病 人 或 确 诊 病 人 进 行 隔 离 并 佩 戴 外 科 口 罩 ; 医 务 人 员 要 做 好 个 人 防 护, 加 强 手 卫 生, 使 用 快 速 手 消 毒 剂 进 行 手 消 毒 ; 发 热 门 诊 和 感 染 性 疾 病 科 等 重 点 部 门 的 医 务 人 员 应 佩 戴 外 科 口 罩, 必 要 时 佩 戴 护 目 镜 或 防 护 口 罩 ; 对 发 热 门 诊 和 感 染 性 疾 病 科 等 重 点 部 门 应 当 加 强 室 内 通 风 3
5 猪 流 感 疫 苗 : 目 前 只 有 用 于 猪 的 猪 流 感 疫 苗, 还 没 有 专 门 用 于 人 类 的 就 目 前 情 况 看, 普 通 的 流 感 疫 苗 对 预 防 人 类 猪 流 感 没 有 明 显 效 果 附 件 : 人 感 染 猪 流 感 诊 疗 流 程.doc 猪 流 感 病 毒 基 因 序 列 : 4
6 科 技 文 献 目 录 最 新 猪 H1N1 流 感 病 毒 序 列 年 3 至 4 月 美 国 南 加 州 两 儿 童 感 染 A 型 (H1N1) 猪 流 感 病 毒 美 国 出 现 对 奥 司 他 韦 有 耐 药 性 的 A 型 (H1N1) 流 感 病 毒 感 染 中 国 从 猪 体 中 检 测 的 人 源 H1N1 和 H3N2 流 感 病 毒 分 离 和 基 因 序 列 分 析 美 国 威 斯 康 星 州 出 现 人 感 染 三 源 重 配 株 A 型 (H1N1) 猪 流 感 病 毒 病 例 对 奥 司 他 韦 有 耐 药 性 的 A 型 (H1N1) 流 感 病 毒 院 内 感 染 的 发 病 率 和 死 亡 率 欧 洲 禽 和 猪 A 型 H1N1 流 感 病 毒 不 同 的 演 化 轨 迹 年 11 月 西 班 牙 Aragon 地 区 出 现 人 感 染 猪 流 感 A 型 (H1N1) 病 毒 病 例
7 最 新 猪 H1N1 流 感 病 毒 序 列 Newest swine influenza A (H1N1) sequences Swine Flu 2009 Outbreak The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and other health officials are actively tracking the recent emergence of human cases of swine influenza A (H1N1) virus infection. The following swine influenza A (H1N1) sequences were submitted to NCBI and are available in GenBank: April 29, 2009, 1 submitted by University of Regensburg, Germany; 3 by CDC: PB2 PB1 PA HA NP NA MP NS (A/Regensburg/Germany/01/2009(H1N1)) (A/California/06/2009(H1N1)) FJ FJ FJ (A/California/08/2009(H1N1)) FJ April 28, 2009, 34 submitted by CDC: PB2 PB1 PA HA NP NA MP NS
8 Swine Flu 2009 Outbreak (A/New York/19/2009(H1N1)) (A/New York/20/2009(H1N1)) (A/Kansas/03/2009(H1N1)) (A/Ohio/07/2009(H1N1)) (A/California/04/2009(H1N1)) (A/California/07/2009(H1N1)) (A/California/08/2009(H1N1)) (A/California/10/2009(H1N1)) (A/Texas/04/2009(H1N1)) (A/Texas/05/2009(H1N1)) April 27, 2009, 40 submitted by CDC: FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ
9 Swine Flu 2009 Outbreak (A/California/04/2009(H1N1)) (A/California/05/2009(H1N1)) (A/California/06/2009(H1N1)) (A/California/07/2009(H1N1)) (A/California/09/2009(H1N1)) (A/Texas/04/2009(H1N1)) (A/Texas/05/2009(H1N1)) PB2 PB1 PA HA NP NA MP NS FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ FJ 摘 自 8
10 ShineGene Molecular Biotech,Inc. 上 海 闪 晶 分 子 生 物 科 技 有 限 公 司 年 3 至 4 月 美 国 南 加 州 两 儿 童 感 染 A 型 (H1N1) 猪 流 感 病 毒 MMWR Morb Mortal Wkly Rep Apr 24;58(15): Swine Influenza A (H1N1) infection in two children--southern California, March-April Centers for Disease Control and Prevention (CDC). On April 17, 2009, CDC determined that two cases of febrile respiratory illness occurring in children who resided in adjacent counties in southern California were caused by infection with a swine influenza A (H1N1) virus. The viruses from the two cases are closely related genetically, resistant to amantadine and rimantadine, and contain a unique combination of gene segments that previously has not been reported among swine or human influenza viruses in the United States or elsewhere. Neither child had contact with pigs; the source of the infection is unknown. Investigations to identify the source of infection and to determine whether additional persons have been ill from infection with similar swine influenza viruses are ongoing. This report briefly describes the two cases and the investigations currently under way. Although this is not a new subtype of influenza A in humans, concern exists that this new strain of swine influenza A (H1N1) is substantially different from human influenza A (H1N1) viruses, that a large proportion of the population might be susceptible to infection, and that the seasonal influenza vaccine H1N1 strain might not provide protection. The lack of known exposure to pigs in the two cases increases the possibility that human-to-human transmission of this new influenza virus has occurred. Clinicians should consider animal as well as seasonal influenza virus infections in their differential diagnosis of patients who have febrile respiratory illness and who 1) live in San Diego and Imperial counties or 2) traveled to these counties or were in contact with ill persons from these counties in the 7 days preceding their illness onset, or 3) had recent exposure to pigs. Clinicians who suspect swine influenza virus infections in a patient should obtain a respiratory specimen and contact their state or local health department to facilitate testing at a state public health laboratory. PMID: [PubMed - indexed for MEDLINE] 2. 美 国 出 现 对 奥 司 他 韦 有 耐 药 性 的 A 型 (H1N1) 流 感 病 毒 感 染 JAMA Mar 11;301(10): Epub 2009 Mar 2. Comment in: JAMA Mar 11;301(10): Add: Floor 2,Building A,328# Wuhe Road, Shanghai China Tel: Web: Fax: master@shinegene.org.cn
11 ShineGene Molecular Biotech,Inc. 上 海 闪 晶 分 子 生 物 科 技 有 限 公 司 Infections with oseltamivir-resistant influenza A(H1N1) virus in the United States. Dharan NJ, Gubareva LV, Meyer JJ, Okomo-Adhiambo M, McClinton RC, Marshall SA, St George K, Epperson S, Brammer L, Klimov AI, Bresee JS, Fry AM; Oseltamivir-Resistance Working Group.Collaborators (44) Ahmed F, Nalluswami K, Bascom SD, Berisha V, Boulton RB, Cohen J, Corkren E, Crockett M, Dao C, Deyde VM, Hall H, Patton M, Sheu TG, Wallis TR, Hales C, Sunenshine R, Erhart LM, Komatsu K, Sunenshine R, Goodin K, Hanson M, Koepsell J, Rietberg K, Haupt T, Laplante JM, Mingle L, Linchangco P, Louie J, Moore A, McHugh L, Moore Z, Najera R, Park S, Rajan R, Person CJ, Yousey-Hindes K, Powell RJ, Reisdorf E, Shult PA, Van TT, Richards SM, Siston A, Stoute A, Van Houten C Jr. Epidemic Intelligence Service, Office of Workforce and Career Development Assigned to Influenza Division, Centers for Disease Control and Prevention, 1600 Clifton Rd, MS A-32, Atlanta, GA 30333, USA. nfd6@cdc.gov CONTEXT: During the influenza season, oseltamivir resistance among influenza A(H1N1) viruses increased significantly for the first time worldwide. Early surveillance data suggest that the prevalence of oseltamivir resistance among A(H1N1) viruses will most likely be higher during the season. OBJECTIVES: To describe patients infected with oseltamivir-resistant influenza A(H1N1) virus and to determine whether there were any differences between these patients and patients infected with oseltamivir-susceptible A(H1N1) virus in demographic or epidemiological characteristics, clinical symptoms, severity of illness, or clinical outcomes. DESIGN, SETTING, AND PATIENTS: Influenza A(H1N1) viruses that were identified and submitted to the Centers for Disease Control and Prevention by US public health laboratories between September 30, 2007, and May 17, 2008, and between September 28, 2008, and February 19, 2009, were tested as part of ongoing surveillance. Oseltamivir resistance was determined by neuraminidase inhibition assay and pyrosequencing analysis. Information was collected using a standardized case form from patients with oseltamivir-resistant A(H1N1) infections and a comparison group of patients with oseltamivir-susceptible A(H1N1) infections during MAIN OUTCOME MEASURES: Demographic and epidemiological information as well as clinical information, including symptoms, severity of illness, and clinical outcomes. RESULTS: During the season, influenza A(H1N1) accounted for an estimated 19% of circulating influenza viruses in the United States. Among 1155 influenza A(H1N1) viruses tested from 45 states, 142 (12.3%) from 24 states were resistant to oseltamivir. Data were available for 99 oseltamivir-resistant cases and 182 oseltamivir-susceptible cases from this period. Among resistant cases, median age was 19 years (range, 1 month to 62 years), 5 Add: Floor 2,Building A,328# Wuhe Road, Shanghai China Tel: Web: Fax: master@shinegene.org.cn
12 ShineGene Molecular Biotech,Inc. 上 海 闪 晶 分 子 生 物 科 技 有 限 公 司 patients (5%) were hospitalized, and 4 patients (4%) died. None reported oseltamivir exposure before influenza diagnostic sample collection. No significant differences were found between cases of oseltamivir-resistant and oseltamivir-susceptible influenza in demographic characteristics, underlying medical illness, or clinical symptoms. Preliminary data from the influenza season identified resistance to oseltamivir among 264 of 268 influenza A(H1N1) viruses (98.5%) tested. CONCLUSIONS: Oseltamivir-resistant A(H1N1) viruses circulated widely in the United States during the influenza season, appeared to be unrelated to oseltamivir use, and appeared to cause illness similar to oseltamivir-susceptible A(H1N1) viruses. Circulation of oseltamivir-resistant A(H1N1) viruses will continue, with a higher prevalence of resistance, during the season. 3. 中 国 从 猪 体 中 检 测 的 人 源 H1N1 和 H3N2 流 感 病 毒 分 离 和 基 因 序 列 分 析 Biochem Biophys Res Commun Apr 27;356(1):91-6. Epub 2007 Feb 27. Isolation and genetic analysis of human origin H1N1 and H3N2 influenza viruses from pigs in China. Yu H, Zhang GH, Hua RH, Zhang Q, Liu TQ, Liao M, Tong GZ. National Key Laboratory of Veterinary Biotechnology, Harbin Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Harbin , PR China. es of subtypes H1N1 and H3N2 have been reported widely in pigs, associated with clinical disease. These mainly include classical swine H1N1, avian-like H1N1, and human-like or avian-like H3N2 viruses. From 2005 to 2006, we carried out swine influenza virus surveillance in eight provinces of China. Here we report, for the first time, the isolation and genetic analysis of a human-like influenza H1N1 virus from a pig in a farm of Guangdong province of southern China, a host suspected to generate new pandemic strains through genetic reassortment. Each of the eight gene segments is of human origin. Phylogenetic analysis indicates that these genes form a human lineage, suggesting that this virus is the descendant of recent human H1N1 influenza viruses. In addition, four swine H3N2 viruses were also isolated. The three H3N2 viruses from Guangdong province are descendants of recent human viruses, while an H3N2 virus from Heilongjiang province derives from early human viruses. Isolation and genetic analysis of human H1N1 and H3N2 influenza viruses from pigs in China provides further evidence about the interspecies transmission of human influenza viruses to pigs and emphasizes the importance of reinforcing swine influenza virus surveillance. 4. 美 国 威 斯 康 星 州 出 现 人 感 染 三 源 重 配 株 A 型 (H1N1) 猪 流 感 病 毒 病 例 Add: Floor 2,Building A,328# Wuhe Road, Shanghai China Tel: Web: Fax: master@shinegene.org.cn
13 ShineGene Molecular Biotech,Inc. 上 海 闪 晶 分 子 生 物 科 技 有 限 公 司 Emerg Infect Dis Sep;14(9): Human case of swine influenza A (H1N1) triple reassortant virus infection, Wisconsin. Newman AP, Reisdorf E, Beinemann J, Uyeki TM, Balish A, Shu B, Lindstrom S, Achenbach J, Smith C, Davis JP. Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, USA. apn01@health.state.ny.us Zoonotic infections with swine influenza A viruses are reported sporadically. Triple reassortant swine influenza viruses have been isolated from pigs in the United States since We report a human case of upper respiratory illness associated with swine influenza A (H1N1) triple reassortant virus infection that occurred during 2005 following exposure to freshly killed pigs. 5. 对 奥 司 他 韦 有 耐 药 性 的 A 型 (H1N1) 流 感 病 毒 院 内 感 染 的 发 病 率 和 死 亡 率 JAMA Mar 11;301(10): Epub 2009 Mar 2. Morbidity and mortality associated with nosocomial transmission of oseltamivir-resistant influenza A(H1N1) virus. Gooskens J, Jonges M, Claas EC, Meijer A, van den Broek PJ, Kroes AM. Department of Medical Microbiology, E4-65, Leiden University Medical Center, PO Box 9600, 2300 RC, Leiden, The Netherlands. j.gooskens@lumc.nl CONTEXT: The sudden emergence and rapid spread of oseltamivir-resistant influenza A(H1N1) viruses with neuraminidase (NA) gene H274Y amino acid substitution is the hallmark of global seasonal influenza since January Viruses carrying this mutation are widely presumed to exhibit attenuated pathogenicity, compromised transmission, and reduced lethality. OBJECTIVE: To investigate nosocomial viral transmission in a cluster of patients with influenza A(H1N1) virus infection. DESIGN, SETTING, AND PATIENTS: Descriptive outbreak investigation of 2 hematopoietic stem cell transplant recipients and an elderly patient who developed hospital-acquired influenza A virus infection following exposure to an index patient with community-acquired H274Y-mutated influenza A(H1N1) virus infection in a medical ward at a Dutch university hospital in February The investigation included a review of the medical records, influenza virus polymerase chain reaction and culture, phenotypic oseltamivir and zanamivir susceptibility determination, and hemagglutinin chain 1 (HA(1)) gene and NA gene sequence analysis. MAIN Add: Floor 2,Building A,328# Wuhe Road, Shanghai China Tel: Web: Fax: master@shinegene.org.cn
14 ShineGene Molecular Biotech,Inc. 上 海 闪 晶 分 子 生 物 科 技 有 限 公 司 OUTCOME MEASURE: Phylogenetic relationship of patient cluster influenza A(H1N1) viruses and other seasonal influenza A(H1N1) viruses. RESULTS: Viral HA(1) and NA gene sequence analysis from the 4 patients revealed indistinguishable nucleotide sequences and phylogenetic clustering of H274Y-mutated, oseltamivir-resistant influenza A(H1N1) virus, confirming nosocomial transmission. Influenza virus pneumonia (3 patients) and attributable mortality (2 patients) during active infection was observed in patients with lymphocytopenia at onset. CONCLUSION: Seasonal oseltamivir-resistant influenza A(H1N1) viruses with NA gene H274Y mutation are transmitted and retain significant pathogenicity and lethality in high-risk patients. 6. 欧 洲 禽 和 猪 A 型 H1N1 流 感 病 毒 不 同 的 演 化 轨 迹 J Virol Mar 18. Different evolutionary trajectories of European avian-like and classical swine H1N1 influenza A viruses. Dunham EJ, Dugan VG, Kaser EK, Perkins SE, Brown IH, Holmes EC, Taubenberger JK. Laboratory of Infectious Diseases, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA; Center for Infectious Disease Dynamics, Department of Biology, The Pennsylvania State University, University Park, PA, USA; Virology Department, Veterinary Laboratories Agency - Weybridge, Addlestone, Surrey, UK; Fogarty International Center, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA. In 1979 a lineage of avian-like H1N1 influenza A virus emerged in European swine populations independently from the 'classical' swine H1N1 virus lineage that had circulated in pigs since the 'Spanish' influenza pandemic of To determine whether these two distinct lineages of swine-adapted A/H1N1 viruses have evolved in similar ways, as might be expected given their common host species and origin from avian-like A/H1N1 ancestors, we compared patterns of nucleotide and amino acid change in whole genome sequences of both groups. An analysis of nucleotide compositional bias across all 8 genomic segments for the two swine lineages showed a clear lineage-specific bias, although a segment-specific effect was also apparent. As such, there only appears to be a relatively weak host-specific selection pressure. Strikingly, despite each lineage evolving in the same species host for decades, amino acid analysis revealed little evidence for either parallel or convergent changes. These findings suggest that although adaptation due to evolutionary lineages can be distinguished, there are functional and structural constraints on all gene segments, and that the evolutionary trajectory of each lineage of swine A/H1N1 virus has a strong historical contingency. Thus, in the context of emergence of an influenza A virus strain via a host-switch event, it is difficult to predict what specific polygenic changes are needed for mammalian adaptation. Add: Floor 2,Building A,328# Wuhe Road, Shanghai China Tel: Web: Fax: master@shinegene.org.cn
15 ShineGene Molecular Biotech,Inc. 上 海 闪 晶 分 子 生 物 科 技 有 限 公 司 年 11 月 西 班 牙 Aragon 地 区 出 现 人 感 染 猪 流 感 A 型 (H1N1) 病 毒 病 例 Euro Surveill Feb 19;14(7). pii: Human case of swine influenza A (H1N1), Aragon, Spain, November Adiego Sancho B, Omenaca Teres M, Martinez Cuenca S, Rodrigo Val P, Sanchez Villanueva P, Casas I, Pozo F, Perez Brena P. Direccion General de Salud Publica (Directorate General of Public Health), Zaragoza, Spain. mbadiego@aragon.es A human case of swine influenza A (H1N1) in a 50-year-old woman from a village near Teruel (Aragon, in the north-east of Spain), with a population of about 200 inhabitants, has been reported in November Shanghai ShineGene Molecular Bio-tech Co.,Ltd. Add:Floor 2,Building A,328#, Wuhe Road,Shanghai,201109,China Tel: Fax: master@shinegene.org.cn WebSite: Add: Floor 2,Building A,328# Wuhe Road, Shanghai China Tel: Web: Fax: master@shinegene.org.cn
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