Microsoft Word - DHPLC操作方式.doc

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慎郝
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WAVEMAKER Software Version 4.1.44 Manual 一. Installation Requirements: Windows NT Version 4.0,WAVEMAKER Software Version 4.1.44 WAVEMaker Version 4.1.44 為一張光碟片, 先安裝 D-7000 HSM administration, 再安裝 D-7000 HSM, 之後使用 Setup.

1 WAVEMAKER Software Version Manual 一. Installation Requirements: Windows NT Version 4.0,WAVEMAKER Software Version WAVEMaker Version 為一張光碟片, 先安裝 D-7000 HSM administration, 再安裝 D-7000 HSM, 之後使用 Setup.exe 進行 WAVEMAKER 安裝程序, 輸入 User Name 及 Serial Number 之後將重新開機首次啟動時請放入原版光碟片二. Getting Started 先點選 Transgenomic WAVE 檔案夾中 D 7000 HSM, 開啟後如下圖 : 1

2 在左側 Main Tool Bar 中, 點選後, 進入下方畫面按下 initialize 進行連線, 完成後按 OK 即可關閉 D-7000 HSM 視窗, 避免系統認為有雙重控制軟體開啟 WAVEMaker Software 進入 WAVEMaker 後畫面如下 : 2

3 三. Perform the Universal Linear Gradient/Column Calibration Application 由於此項軟體的預測準確性與儀器的穩定度及 DNASep Cartridge 的品質有很大的關係, 因此於下列情形下需即時進行校正 : 1. After installing a new cartridge 2. If samples are consistently eluting early or late 建議每次程式啟動後皆輸入校正值 A. 校正值取得 : 1. 使用確認過之 DNA molecular weight markers Transgenomic Sizing Standard (puc18 HaeIII digest fragment) 2. 在主螢幕之下選擇 Sample page 的 Application Type page 3. 選擇 Universal linear 選項, 軟體會自動設定所需條件 4. 在上方 Navigator bar 內填入所要抽取之樣品位置 (Vial Number) 及抽取量 (Volume), 樣品名稱 (Sample Name), 其它欄位程式會自行給定, 不需修改 5. 進入 Sample Table page, 在 Application Folder for Data 欄中選擇 Data 要儲存的位置 6. 選擇 Run Sample, 結果將顯示在 Results page 點選 Toggle chat 可顯示數據 3

4 B. 校正值輸入 : 1. 取得校正值後, 從螢幕上方的 Menu 選項, 選 Instrument/ Calibrate 4

2. 點選 Full Calibration,pUC18 選項 3. 輸入與 Fragment size 相對應的 corresponding retention time 4. 按 Apply 鍵, 此時其校正值將儲存並用於實驗 Gradient 設定本程式能記憶數值, 但再次進入本視窗時, 無論是否取得新的校正值, 請務必輸入一組數值, 否則數值將回復成出廠的預設值, 影響結果 C.

5 2. 點選 Full Calibration,pUC18 選項 3. 輸入與 Fragment size 相對應的 corresponding retention time 4. 按 Apply 鍵, 此時其校正值將儲存並用於實驗 Gradient 設定本程式能記憶數值, 但再次進入本視窗時, 無論是否取得新的校正值, 請務必輸入一組數值, 否則數值將回復成出廠的預設值, 影響結果 C. Single/ Dual Point Calibration 利用 1~2 個已知長度 DNA 片段進行儀器的 Single Point 校正, 步驟如下 : 1. 進入 WAVEMaker 後選擇 Sample page 的 Application Type page 2. 選擇 Universal liner 選項, 軟體會自動設定所需條件 3. 在上方 Navigator bar 內填入所要抽取之樣品位置 (Vial Number) 及抽取量 (Volume), 樣品名稱 (Sample Name), 此時其它欄位程式會自行給定, 不需修改 4. 進入 Sample Table page, 在 Application Folder For Data 欄中確認 Data 所要儲存的位置, 選擇 Run Sample, 結果將顯示在 Results page 5. 完成分析後, 從螢幕上方的 Menu 選項, 選 Instrument/ Calibrate 6. 進入後選擇 Point Calibration 項目, 點選 Single Point 7. 輸入 DNA 片段長度, 起始時 BufferB 的比例,Sample 注入的時間, 並鍵入 Peak 出現的實際時間後, 按 Apply 8. 選擇 OK 儲存數值, 或選擇 Restore Defaults 恢復成原始設定值若有兩個 DNA 片段, 且長度相差超過 50%, 可進行儀器的 Dual Point 校正步驟如下 : 1. 重覆上述 step 1~2 2. 放進第二個 standard 後, 在 Sample Page 上方 Navigator bar 內填入第二個 standard 5

6 的位置 (Vial Number) 及抽取量 (Volume), 樣品名稱 (Sample Name), 此時其它欄位程式會自行給定, 不需修改 3. 重覆上述 step 4~5 4. 進入後選擇 Point Calibration 項目, 點選 Dual Point 5. 重覆上述 step 7~8 四. Mutation Detection A. 設定溫度檢測 : 1. 進入 WAVEMaker 後選擇 Sample page 的 Application Type page 2. 選擇 Mutation Detection 選項, 此時上方 Navigator bar 將顯示預設之 method setting 6

7 3. 點選 Sequence Page, 鍵入已知之 DNA 序列或載入儲存的資料, 按 Apply 4. 點選 Gradient Page 可顯示設定條件下的 gradient, 可利用 Gradient Parameters 欄中各項設定進行調整 7

8 5. 在 Autosampler 上, 依 Vial Position 1 ~ 96, 放上 Sample 6. 進入 Sample Table page, 於 Application Folder 欄中確認 Data 要儲存的位置 7. 在 Table 上填入 sample 位置 (Vial Number) 抽取量(Volume) 注入次數(Injections) 樣品名稱 (Sample Name) Oven 溫度及 Time shift 8. 以螢幕上方 File 中的 Save Project As 儲存 Project 9. 按下 Sample Table page 的 Run Sample, 結果將顯示在 Results page B. 梯度溫度檢測 Temperature Titration: 1. 重覆 Mutation Detection 的步驟 1~6. 2. 在 Table 上填入 sample 位置 (Vial Number), 抽取量 (Volume), 樣品名稱 (Sample Name) 3. 依下列方式修改 Sample Table Page, 以進行 Temperature Titration a. 設定 Temperature Increment per Injection 例如設為 1 b. 修改 Sample Table 上該 Sample 的 Oven 溫度例如 : Temperature Titration 為 55± 2, 則 Table 上 Oven Temp 需鍵入 53 c. Injections 次數鍵入 5, 則會執行 53, 54, 55, 56, 57 五次 d. 以螢幕上方 File 中的 Save Project As 儲存 Project e. 按下 Sample Table page 的 Run Sample, 結果將顯示在 Results page 8

9 五. Double Stranded DNA Sizing Analysis A. Single fragment 1. 選擇 Sample page 的 Application Type page 2. 點選 Double-Stranded single Fragment 3. 在上方 Navigator bar 的 Base Pair 空格中填入 DNA Fragment 長度 4. 選擇 Gradient Page 顯示設定條件下的 gradient, 可利用 Gradient Parameters 欄中各項設定進行調整確認後按下 Apply 鍵 5. 進入 Sample Table page, 於 Application Folder 欄中確認 Data 要儲存的位置 6. 在 Table 內輸入 sample 位置 (Vial Number), 抽取量 (Volume), 注入次數 (Injections), 樣品名稱 (Sample Name) Oven 溫度預設為 50, 可變更 7. 由螢幕上方 Menu 的 Project/ Project options 選項內設定各次檢驗之間的時間間隔 8. 以螢幕上方 File 中的 Save Project As 儲存 Project 9. 按下 Sample Table page 的 Run Sample, 結果將顯示在 Results page B. Multiple Fragments 1. 選擇 Sample page 的 Application Type page 2. 點選 Double-Stranded multiple Fragments 3. 選擇 Gradient page, 在 Gradient Parameters 輸入 fragment 的數目, 長度範圍及各項調整確認後按下 Apply 鍵 4. 重覆 Single Fragment 步驟 5~9 六. Perform Quantitative RT-PCR 1. 在螢幕上方 Menu 的 Project/ Project options 選項, 點選 Analysis tab 2. 調整視窗顯示時段及 Detector channel, Area ratio 的上下限 3. 選擇 Sample page 的 Application Type page 4. 選擇 Quantitative RT-PCR, 此時上方 Navigator bar 將顯示預設之 method setting 5. 輸入 Sample PCR 產物長度,Standard PCR 產物長度,Standard 的 copy number 及設定 Q-RT-PCR Group, 按下 Apply 6. 進入 Sample Table page, 於 Application Folder 欄中確認 Data 要儲存的位置 7. 在 Table 內輸入 sample 位置 (Vial Number), 抽取量 (Volume), 注入次數 (Injections), 樣品名稱 (Sample Name) Oven 溫度預設為 50 至少準備五個不同 Standard copy number 之 sample 以取得標準曲線 8. 以螢幕上方 File 中的 Save Project As 儲存 Project 9. 按下 Sample Table page 的 Run Sample, 結果將顯示在 Results page 10. 將相關 Sample 設定為相同的 Group 後, 可利用 Project 的 Q-RT-PCR 選項, 依 Competitive 或 Non-competitive 方式計算出迴歸曲線加以分析 9

10 七. Result Report/ Analysis Result data 可於實驗中同步獲得, 或以 File/Open Project 載入過去的資料 Data 顯示於 Result Page 的 Result Table A. Viewing Results 顯示單次資料 : 點選該 Sample Row, 點選 +1,+2 鍵選擇顯示於何視窗顯示多筆資料 : 連續點選所需 Sample Row, 或按住 Ctrl 點選要共同顯示的 Sample Row, 點選 +1,+2 或 Send to subset 顯示於指定視窗, 點選 Show all 使各資料重疊顯示利用左鍵拖拉圖形視窗, 右鍵可進行座標軸設定及顯示設定另外於 Result Table 視窗按下右鍵可進行 data 顯示的設定利用視窗上方 Toggle chart and the peak summary 鍵切換圖形及數據資料利用 Review 鍵可快速篩選各 Sample Row B. Print Result 以 File/ Print Reports 選項進行列印視窗中可選擇列印各類型 Report C. Export Graphics 可於各視窗以右鍵選擇 Copy data 或 Copy Metafile 將資料暫存於剪貼簿中, 再到其他應用程式中貼上亦可以 Export 選項, 選擇適當檔案類型直接輸出檔案 10

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WinMDI 28 WinMDI WinMDI 2 Region Gate Marker Quadrant Excel FACScan IBM-PC MO WinMDI WinMDI IBM-PC Dr. Joseph Trotter the Scripps Research Institute WinMDI HP PC WinMDI WinMDI PC MS WORD, PowerPoint, Excel, LOTUS