Elicitation of possible enzyme reaction equations involving orphan metabolites found in metabolomic study. 0 Masaaki KOTERA E-zyme 2008 GREP 20
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1 Elicitation of possible enzyme reaction equations involving orphan metabolites found in metabolomic study. 0 Masaaki KOTERA E-zyme 2008 GREP 2008 Genome, Transcriptome Proteome Metabolome Fluxome 2 Phenome GC HPLC CE 2. MS NMR TLC Penicillin, antibiotics from Penicillium notatum Tetrahydrocannabinol, present in Cannabis sativa, protecting the plant from harmful UV- radiation. Cocaine, present in Erythroxylon coca the Coca plant Tetrodoxin, a potent neurotoxin present in certain kinds of fish 5
2 Orphan metabolites 8 KEGG orphan metabolites 206 sesquiterpene lactones 124 isoquinoline alkaloids 122 indole alkaloids 107 diterpenoids 106 sesquiterpenoids 92 flavones and flavonols 89 quinones etc. (3108 compounds in total) (2008 ) 9 EC (EC number) IUM1961 ID (ioinformatics) 12 13
3 2004 E-zyme 2008 GREP E-zyme 2008 GREP
4 Orphan metabolites Masaaki Kotera, Andrew G. McDonald, Sinead oyce, Keith F. Tipton. Eliciting Possible Reaction Equations and Metabolic Pathways Involving Orphan Metabolites. J. Chem. Inf. Model. 2008, 20 48(12): EC x.x.x.x 21 GREP Generator of Reaction Equations & Pathways (Kotera et al., 2008) A D-glucose Pair 1 Pair 1 + Pair 2 A + C = C A + C + ATP = + AMP + PPi 14, etanidin Pair 2 EC EC (Ligase) 22 14,000 x 14,000 / 2 = 98,000, Unreported pairs Proposed pairs Reactant pair Reactant pair 24 Reactant pairs = Reported pairs 25
5 Number of pairs / total pairs (Pairs with less than 3 overlapped atoms are omitted.) Tanimoto Reported / Unreported pairs Number of pairs / total pairs Reported pair (Pairs with less than 3 overlapped atoms are omitted.) Reported / Unreported 26 Reported / Unreported 27 Number of pairs / total pairs (Pairs with less than 3 overlapped atoms are omitted.) Reported / Unreported pairs Reported / Unreported ROC 2, 5, 6 Reported / Unreported ,.3 4. EC x.x.x.x 30 A Pair 1 D-glucose C Pair 2 etanidin 31
6 EC H2 NADH:NAD CH2 S-Adenosyl-L-methionine:S-Adenosyl-L-homocysteine NH3:O H2O+O2:NH3+H2O2 etc EC etc reported pairs 95% 5% reported pairs EC reported pairs 2. unreported pairs % EC99EC unreported pairs EC99% XY reported pair EC1 = EC2 = EC99 = DQ reported pair EC1 = EC2 = EC99 = 0.875
7 EC99 ROC etanidin EC99 ROC EC99=5% EC99=1% (3,3-DMA)galangin + Polyisopentenyldiphosphate = Geranyl diphosphate + 3,5,7-Trihydroxyflavone Example EC Isopentenyl diphosphate + 3,5,7-Trihydroxyflavone = 8-(3,3-DMA)galangin + Diphosphate / orphan metabolites EC 42 43
8 2004 E-zyme 2008 GREP 2008 GREP A D-glucose C Pair 1 Pair 1 + Pair 2 A + C = A + C + ATP = + AMP + PPi 44 etanidin Pair 2 EC EC (Ligase) 45 ATOM () OND () - VICI () RING () SKEL () KEGG 16, Atom = 216 ID Atom_C ond_cc Atom_O ond_co Vici_OC Vici_CCC Vici_CCCO Vici_CCCC Ring_CCCCCC Vici_CC 7724 : 183. Ring_CCNCO Skel_C2C2C2C Ring_CCCCCCCCCCCCCCCCCCCO Atom_* Atom_Na 78 : 215. Atom_Cu Atom_Cd 2 16, ,732 x 16,732 / 2 = 139,996, ID+ID ,996,644 49
9 Sketchsort 139,996,644 : (Tabei et al., 2010) 50 GREP A D-glucose C etanidin Pair 1 Pair 2 Pair 1 + Pair 2 A + C = A + C + ATP = + AMP + PPi EC EC (Ligase)
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