目 录 RT 2 Profiler PCR Array 3 RT 2 Profiler PCR Array 系 统 5 RT 2 Profiler PCR Array 的 性 能 8 适 用 于 FFPE 样 品 的 RT 2 PreAMP 系 统 9 PCR 阵 列 的 数 据 分 析 指 南 1

RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 关 注 您 的 通 路 全 面 的 PCR 阵 列 技 术 参 考 Sample & Assay Technologies

目 录 RT 2 Profiler PCR Array 3 RT 2 Profiler PCR Array 系 统 5 RT 2 Profiler PCR Array 的 性 能 8 适 用 于 FFPE 样 品 的 RT 2 PreAMP 系 统 9 PCR 阵 列 的 数 据 分 析 指 南 10 QIAGEN RNeasy Kit 11 用 于 样 品 破 碎 的 QIAGEN 产 品 12 用 于 RNA 稳 定 的 QIAGEN 产 品 13 RT 2 Profiler PCR Array 快 速 索 引 14 Compatible instruments QIAGEN Rotor-Gene Q, Rotor-Gene 6000 R Applied Biosystems (ABI) ABI 5700, 7000, 7300 ABI 7500 Standard, ViiA 7 (96-well block) ABI 7500 FAST, ViiA 7 FAST (96-well Block) ABI 7900HT Standard (96-well Block), 7700 ABI 7900HT FAST (96-well Block) ABI 7900HT, ViiA 7 (384-well Block) ABI StepOnePlus Bio-Rad icycler, iq 5, MyiQ, MyiQ2, Chromo4 CFX96, Opticon 2 CFX384 Stratagene Mx3000P, Mx3005P Mx4000 Roche LightCycler 480 (96-well Block) LightCycler 480 (384-well Block) Eppendorf Mastercycler ep realplex 2/2S, 4/4S A TaKaRa TP-800 A Fluidigm BioMark H RT 2 Profiler PCR Array accessory Plate A A C A C E C A D E A D F G Cat. no. RT 2 First Strand Kit 12 samples 330401 Master Mix for RT 2 Profiler PCR Arrays RT 2 SYBR Green ROXTM qpcr Mastermix RT 2 SYBR Green Fluor qpcr Mastermix RT 2 SYBR Green qpcr Mastermix 2 arrays (96-well) 12 arrays (96-well) 24 arrays (96-well) 4 arrays (384-well) 2 arrays (96-well) 12 arrays (96-well) 24 arrays (96-well) 4 arrays (384-well) 2 arrays (96-well) 12 arrays (96-well) 24 arrays (96-well) 4 arrays (384-well) Cat. no. 330520 330522 330523 330521 330510 330512 330513 330511 330500 330502 330503 330501 Popular RT2 Profiler PCR Arrays for research Angiogenesis Apoptosis Autophagy Breast Cancer and Estrogen Receptor Signaling Cancer PathwayFinder Cell Cycle Chemokines and Receptors Diabetes DNA Damage Signaling Pathway Drug Metabolism EGF/PDGF Signaling Pathway Embryonic Stem Cells Endothelial Cell Biology Epigenetic Chromatin Modification Enzymes Epithelial to Mesenchymal Transition Extracellular Matrix and Adhesion Molecules GPCR Signaling Pathway Growth Factors Heat Shock Proteins Hedgehog Signaling Pathway Hematopoietic Stem Cells & Hematopoesis Hepatoxicity Hypoxia Signaling Pathway Inflammatory Cytokines and Receptors Innate and Adaptive Immune Response Interferon α,β Response JAK/STAT Signaling Pathway MAP Kinase Signaling Pathway Mitochondrial Energy Metabolism Nephrotoxicity NFkB Signaling Pathway Oxidative Stress and Antioxidant Defense p53 Signaling Pathway Wnt Signaling Pathway Cat. no.* SAP # / PCR Array # 330231 / PAXX-024Y 330231 / PAXX-012Y 330231 / PAXX-084Y 330231 / PAXX-005Y 330231 / PAXX-033Y 330231 / PAXX-020Y 330231 / PAXX-022Y 330231 / PAXX-023Y 330231 / PAXX-029Y 330231 / PAXX-002Y 330231 / PAXX-040Y 330231 / PAXX-081Y 330231 / PAXX-015Y 330231 / PAXX-085Y 330231 / PAXX-090Y 330231 / PAXX-013Y 330231 / PAXX-071Y 330231 / PAXX-041Y 330231 / PAXX-076Y 330231 / PAXX-078Y 330231 / PAXX-054Y 330231 / PAXX-093Y 330231 / PAXX-032Y 330231 / PAXX-011Y 330231 / PAXX-052Y 330231 / PAXX-016Y 330231 / PAXX-039Y 330231 / PAXX-061Y 330231 / PAXX-008Y 330231 / PAXX-094Y 330231 / PAXX-025Y 330231 / PAXX-065Y 330231 / PAXX-027Y 330231 / PAXX-043Y * XX = species; Y = plate format. 2 www.qiagen.com RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012

RT 2 Profiler PCR Array RT 2 Profiler PCR Array 是 什 么? RT 2 Profiler PCR Array 是 一 种 高 度 可 靠 且 灵 敏 的 基 因 表 达 谱 分 析 技 术, 它 利 用 实 时 定 量 PCR 分 析 信 号 转 导 生 物 过 程 或 疾 病 研 究 通 路 中 聚 焦 的 一 组 基 因 目 录 上 的 每 个 RT 2 Profiler PCR Array 都 包 含 一 列 通 路 聚 焦 的 基 因 以 及 5 个 看 家 ( 参 考 ) 基 因 此 外, 每 个 阵 列 还 包 含 一 组 专 利 的 对 照, 以 监 控 基 因 组 DNA 污 染 (GDC) 以 及 第 一 链 合 成 (RTC) 和 实 时 定 量 PCR 的 效 率 (PPC) 为 什 么 要 使 用 RT 2 Profiler PCR Array? 简 约 :RT 2 Profiler PCR Array 的 简 约 让 常 规 的 表 达 谱 分 析 可 在 任 何 科 研 实 验 室 的 实 时 定 量 PCR 仪 上 实 现 性 能 :RT 2 Profiler PCR Array 具 有 灵 敏 度 重 复 性 特 异 性 和 可 靠 性, 可 准 确 地 以 96 和 384 孔 板 100 孔 盘 管 和 96x96 芯 片 形 式 同 时 分 析 多 个 基 因 关 联 :RT 2 Profiler PCR Array 着 重 分 析 对 您 的 研 究 很 重 要 的 通 路 或 疾 病 状 态 相 关 的 基 因 图 1. RT 2 Profiler PCR Array 中 的 每 孔 测 定 了 与 通 路 或 疾 病 状 态 相 关 的 基 因 的 表 达 A typical 96-well format is shown. This is also available in a 384-well plate, 100-well disc, and 96x96 chip format. RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012 Sample & Assay Technologies 3

图 2. 可 比 的 生 物 学 结 果 * Gene expression analysis was compared between RT 2 Profiler PCR Arrays (SYBR Greenbased) and the TaqMan platform. Regression analysis of fold differences, with data normalized against POLR2A, demonstrate that both platforms yield similar biological results. 图 3. RT 2 SYBR Green vs. TaqMan 试 剂 的 灵 敏 度 * PCR amplicons detected using the same primer pair with or without TaqMan probes in either SYBR Green or TaqMan chemistry. SYBR green chemistry yields earlier C T s for each dilution, demonstrating better sensitivity than TaqMan chemistry. 图 4. Stress and Toxicity PathwayFinder RT 2 Profiler PCR Array 揭 开 了 不 同 的 基 因 表 达 谱, 它 们 与 3 种 PPARγ 拮 抗 剂 引 起 的 肝 毒 性 相 关 RNA from HepG2 cells treated with three different glitazone PPARγ agonists for type 2 diabetes mellitus was characterized, and the results were compared to that of a vehicle (DMSO) control. The drug withdrawn due to idiosyncratic liver toxicity (Rezulin), induces very different changes in the expression of stress-related genes than two safer drugs still on the market (Avandia and Actos). 图 5. Common Cytokine RT 2 Profiler PCR Array 鉴 定 出 PBMC 刺 激 后 23 个 上 调 的 基 因 和 6 个 下 调 的 基 因 Triplicate total RNA samples from human peripheral blood mononuclear cells (either untreated or stimulated with 50 ng/ml PMA and 1 mg/ml ionomycin for 6 hours) were characterized with the human Common Cytokine RT 2 Profiler PCR Array. Twentythree cytokine genes are up-regulated (> 5-fold, p < 0.0005) including interleukins, colony stimulating factors, and TNF ligands after 6 hours of stimulation. Six interleukin and TNF ligand genes are down-regulated under the same conditions. 图 6. 利 用 Angiogenesis RT 2 Profiler PCR Array 发 现 的 无 序 和 有 序 克 隆 之 间 的 相 对 倍 数 变 化 RNA isolated from unorganized T4-2 cells treated with a control antibody (IgG) or reverted to an organized colony by blocking EGFR signaling (mab225) was reverse transcribed and relative gene expression data was obtained using the human Angiogenesis RT 2 Profiler PCR Array. The expression profile of 84 genes relevant to angiogenesis as well as 5 housekeeping genes were assayed. Fold change calculations were done using SABiosciences data analysis software which automatically calculates the fold change in gene expression between the treated and control groups. * Arikawa, E., et al. (2008) Cross-platform comparison of SYBR Green real-time PCR with TaqMan PCR, microarrays and other gene expression measurement technologies evaluated in the MicroArray Quality Control (MAQC) study. BMC Genomics 9, 378. Chen, A., et al. (2009) Endothelial cell migration and vascular endothelial growth factor expression are the result of loss of breast tissue polarity. Cancer Research 69, 6721. 4 www.qiagen.com RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012

RT 2 Profiler PCR Array 系 统 RT 2 Profiler PCR Array 系 统 如 何 工 作 RT 2 Profiler PCR Array 是 一 个 完 整 的 系 统, 适 用 于 通 路 聚 焦 的 基 因 表 达 分 析 从 样 品 制 备 到 数 据 分 析,RT 2 Profiler PCR Array 系 统 包 含 了 四 个 组 分, 可 保 证 高 质 量 重 复 可 靠 的 基 因 表 达 数 据 作 为 RT 2 Profiler PCR Array 系 统 性 能 中 不 可 缺 少 的 一 部 分, 一 组 专 利 的 对 照 元 素 可 增 强 数 据 的 可 靠 性, 且 随 着 时 间 的 推 移, 可 充 当 性 能 的 保 证 这 些 元 素 让 研 究 人 员 能 够 确 定 样 品 是 否 被 基 因 组 DNA(gDNA) 所 污 染, 逆 转 录 反 应 的 质 量 和 实 时 定 量 PCR 的 效 率, 从 而 快 速 评 估 数 据 的 质 量 RT 2 Profiler PCR Array 系 统 中 的 每 个 组 分 都 融 入 了 一 个 联 锁 系 统 (interlocked system), 有 助 于 这 些 质 量 对 照 元 素, 以 便 全 面 监 控 过 程 中 的 每 一 步 RT 2 Profiler PCR Array 每 个 通 路 聚 焦 的 RT 2 Profiler PCR Array 都 包 含 89 个 实 验 室 验 证 过 的 RT 2 qpcr Primer Assay( 包 括 5 个 看 家 基 因 ) 和 1 个 专 利 的 对 照 板 RT 2 SYBR Green qpcr Mastermixes 随 引 物 设 计 算 法 而 演 化 的 缓 冲 液 独 特 配 方 带 来 了 高 的 扩 增 效 率 目 前 有 参 考 染 料 可 供 选 择 (ROX 荧 光 素 或 不 含 ) RT 2 First Strand Kit RT 2 Profiler PCR Array 所 检 测 的 外 部 RNA 对 照 检 验 了 起 始 RNA 的 质 量 它 还 特 有 一 款 专 利 的 基 因 组 DNA 去 除 缓 冲 液, 这 对 去 除 残 留 gdna 确 保 mrna 的 特 异 检 测 很 关 键 免 费 的 数 据 分 析 软 件 RT 2 Profiler PCR Array 在 大 的 检 测 范 围 内 评 估 一 组 通 路 聚 焦 的 基 因 表 达 的 能 力 产 生 了 大 量 的 数 据 有 了 我 们 免 费 的 RT 2 Profiler PCR Array 数 据 分 析 工 具, 原 始 C T 值 到 倍 数 变 化 的 结 果 都 能 在 几 分 钟 内 以 各 种 形 式 ( 散 点 图 火 山 图 聚 类 图 ) 表 现 RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012 Sample & Assay Technologies 5

图 7. na 基 因 组 DNA 污 染 的 去 除 RNA from HEK 293T cells, mouse spinal tissue, mouse brain tissue, or rat brain tissue was characterized on RT 2 Profiler PCR Arrays before (light blue bars) and after (dark blue bars) treatment with gdna Elimination Buffer from the RT 2 First Strand Kit. nb 监 控 逆 转 录 中 的 抑 制 Human universal RNA was added with magnesium salt to simulate RNA degradation or added with TRIzol reagent to simulate contamination that inhibits enzyme activity. RT² First Strand Kit was used for cdna synthesis. 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array: 平 板 形 式 什 么 是 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array? 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array 采 用 一 种 高 通 量 的 方 法 对 您 感 兴 趣 的 基 因 进 行 表 达 谱 分 析 您 可 以 选 择 人 小 鼠 大 鼠 恒 河 猴 果 蝇 或 狗 基 因 组 中 的 任 何 基 因 ( 最 多 384 个 不 同 基 因 ) 无 论 您 的 兴 趣 是 生 物 标 志 物 发 现 芯 片 后 续 研 究 药 物 开 发 疾 病 鉴 定, 还 是 信 号 转 导 通 路, 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array 都 能 实 现 您 感 兴 趣 基 因 的 聚 焦 表 达 分 析 为 什 么 要 定 制 RT 2 Profiler PCR Array? 性 能 : 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array 中 的 每 个 分 析 都 是 利 用 一 套 严 格 的 参 数 设 计 的, 并 经 过 实 验 室 验 证, 以 确 保 您 样 品 中 宽 动 态 范 围 内 的 基 因 都 能 重 复 识 别 和 定 量 灵 活 性 : 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array 有 多 种 易 于 使 用 的 形 式 可 供 选 择, 便 于 快 速 上 样 和 数 据 分 析 周 转 时 间 : 提 交 您 的 定 制 基 因 列 表, 大 约 2 周 内 就 能 收 到 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array 6 www.qiagen.com RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012

图 8. MECP2 小 鼠 模 型 中 下 丘 脑 的 基 因 表 达 变 化 Validation of expression changes for 66 genes by qpcr analysis. Gene expression levels from microarray analyses were validated in four MECP2-Tg males and four Mecp2-null males. Data is plotted as relative up-regulation (light blue) or down-regulation (dark blue) over wild-type (P < 0.05, t test). Each column represents a single gene, and represents data from four samples for each genotype.* 96 孔 板 或 100 孔 盘 管 的 定 制 RT 2 Profiler PCR Array Format Number of arrays (minimum) 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array: Rotor-Gene Q 形 式 8 genes, 12 samples/plate 12 genes, 8 samples/plate 16 genes, 6 samples/plate 24 genes, 4 samples/plate 32 genes, 3 samples/plate 48 genes, 2 samples/plate 96 genes, 1 sample/plate All formats 12 24 Per additional 12 arrays 384 孔 定 制 的 RT 2 Profiler PCR Array Format 8 genes, 48 samples/plate 12 genes, 32 samples/plate 16 genes, 24 samples/plate 24 genes, 16 samples/plate 32 genes, 12 samples/plate 48 genes, 8 samples/plate 64 genes, 6 samples/plate 96 genes, 4 samples/plate 128 genes, 3 sample/plate 192 genes, 2 samples/plate 384 genes, 1 sample/plate All formats Number of arrays (minimum) 6 6 24 Per additional 6 arrays Modified RT 2 Profiler PCR Arrays Add up to 4 genes to a cataloged RT 2 Profiler PCR Array (96-well, 100-well disc) Add up to 4 genes to a cataloged RT 2 Profiler PCR Array (384-well) Number of arrays (minimum) 24 4 RT 2 Profiler PCR Array accessories Pack size Catalog # RT 2 PreAMP cdna Synthesis Kit RT 2 PreAMP Pathway Primer Mixes (pathway focused) 12 samples 330451 12 samples 330241 * Chahrour, M., et al. (2008) MeCP2, A key contributor to neurological disease, activates and represses transcription. Science 320, 1224. Also available in 96x96 Fluidigm BioMark format. RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012 Sample & Assay Technologies 7

RT 2 Profiler PCR Array performance RT 2 Profiler PCR Array 为 开 展 通 路 聚 焦 基 因 表 达 分 析 的 数 千 名 科 学 家 所 信 赖 并 使 用 一 些 因 素, 包 括 RT 2 qpcr Primer Assay 的 设 计 算 法 专 利 的 对 照 板 以 及 严 格 的 生 产 和 质 量 控 制 程 序, 都 确 保 了 RT 2 Profiler PCR Array 的 出 色 性 能 和 可 靠 性 每 个 RT 2 Profiler PCR Array 和 每 个 RT 2 qpcr Primer Assay 都 经 过 实 验 室 验 证, 以 保 证 它 们 的 性 能, 此 处 显 示 的 结 果 证 明 了 一 些 性 能 参 数 图 9. RT 2 Profiler PCR Array 在 每 个 反 应 中 扩 增 单 个 基 因 特 异 产 物 Universal total RNA was characterized for four chemokine and chemokine receptors using RT 2 qpcr Primer Assays, followed by a dissociation (melt) curve analysis. RT 2 Profiler PCR Arrays specifically detect individual genes despite the expression of related gene family members in the same RNA sample. 明 确 的 特 异 性 完 整 的 RT 2 Profiler PCR Array 系 统 及 高 质 量 的 起 始 RNA, 都 确 保 产 生 单 一 条 带, 而 没 有 引 物 二 聚 体 或 其 他 副 产 物 专 利 的 引 物 设 计 算 法 融 合 了 10 多 条 热 力 学 和 序 列 比 对 标 准, 而 我 们 的 实 验 室 验 证 更 是 带 来 了 自 信, 说 明 每 个 实 时 定 量 qpcr 分 析 都 能 准 确 描 绘 质 询 基 因 的 表 达 超 过 20,000 个 基 因 特 异 的 RT 2 qpcr Primer Assay 已 设 计 好, 并 发 送 给 满 意 的 客 户 高 灵 敏 度 和 宽 动 态 范 围 图 10. RT 2 Profiler PCR Array 可 检 测 低 至 1 ng RNA Different amounts of universal total RNA were characterized using the Human Inflammatory Cytokines and Receptors RT 2 Profiler PCR Array (PAHS-011) with or without PreAMP. The percentage of detectable genes was calculated for each RNA amount, with 1 ng RNA analysis enabled with the new pathway-focused PreAMP technology. 利 用 通 路 聚 焦 的 RT 2 Profiler PCR Array 开 展 基 因 表 达 分 析 的 一 个 关 键 优 势 在 于, 过 表 达 的 基 因 也 能 像 表 达 不 足 的 基 因 一 样 可 靠 地 测 定 利 用 25 ng 5 μg RNA, 完 整 的 RT 2 Profiler PCR Array 产 生 了 85% 以 上 的 阳 性 检 出, 而 利 用 1 ng PreAMP RNA 和 RT 2 PreAmp System, 阳 性 检 出 更 高 于 90% 在 比 较 一 组 通 路 聚 焦 的 基 因 在 多 个 样 品 中 的 不 同 表 达 水 平 时, 实 时 定 量 PCR 所 提 供 的 8 个 对 数 动 态 范 围 是 前 所 未 有 的 图 11. RT 2 Profiler PCR Array 可 检 测 宽 动 态 范 围 内 的 RNA Ten-fold serial dilutions of human CHRNA5 were characterized with the respective RT 2 qpcr Primer Assay. 8 www.qiagen.com RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012

适 用 于 FFPE 样 品 的 RT 2 PreAMP 系 统 FFPE 样 品 的 基 因 表 达 分 析 一 个 创 新 的 方 案 实 现 了 准 确 的 福 尔 马 林 固 定 石 蜡 包 埋 (FFPE) 样 品 的 qrt-pcr 分 析 RT 2 PreAmp 技 术 利 用 多 重 串 联 PCR 来 预 扩 增 基 因 特 异 的 cdna, 而 偏 向 性 极 低 此 试 剂 盒 能 够 对 来 自 FFPE 样 品 片 段 化 总 RNA 的 第 一 链 cdna 进 行 预 扩 增, 从 而 实 现 RT 2 Profiler PCR Array 的 基 因 表 达 分 析 简 化 的 RNA 提 取 和 高 保 真 的 扩 增 过 程 相 结 合, 最 大 限 度 地 提 高 了 RNA 回 收 率 RT 2 Profiler PCR Array 促 进 了 FFPE 样 品 中 与 生 物 学 通 路 或 疾 病 状 态 相 关 基 因 的 轻 松 且 可 靠 表 达 分 析 适 用 于 FFPE 样 品 的 RT 2 PreAMP 系 统 的 优 势 快 速 且 高 效 : 利 用 RNeasy FFPE Mini Kit 从 FFPE 样 品 中 获 得 高 质 量 且 高 产 量 的 总 RNA 卓 越 的 灵 敏 度 :RT 2 PreAMP 操 作 显 著 增 强 了 FFPE 样 品 的 qrt-pcr 检 测 灵 敏 度 轻 松 的 流 程 : 简 单 的 操 作 和 可 靠 的 性 能 RT 2 PreAmp 的 性 能 FFPE 样 品 的 阳 性 检 出 率 提 高 过 去 被 归 为 无 的 基 因 检 测 提 高 无 偏 向 性 的 基 因 预 扩 增 生 物 学 变 化 的 忠 实 保 留 图 12. FFPE 预 扩 增 和 未 扩 增 样 品 之 间 的 基 因 表 达 倍 数 变 化 结 果 高 度 可 比 RNA extracted from FFPE spleen and intestine samples were extracted and converted to cdna with and without preamplification. All 4 cdnas were analyzed on the Human Cancer PathwayFinder RT 2 Profiler PCR Array. The ΔΔC T comparison and genes with raw C T values lower than 33 in both unpreamplified spleen and intestine samples are presented. 图 13. 从 FFPE 样 品 中 提 取 出 的 基 因, 过 去 被 归 为 无, 如 今 利 用 RT 2 PreAMP 预 扩 增 之 后 可 以 检 测 RNA was extracted from FFPE spleen sample (human) kit and reverse transcribed to cdna using RT 2 preamplification (dark blue bars) and without PreAMP (light blue bars). Results of the Human Cancer PathwayFinder RT 2 Profiler PCR Array showed 55% of unpreamplified genes were virtually undetectable with no genes in the 10-20 C T range. Preamplified genes with C T values > 30, shift into the reliably quantitative range (C T = 10-30). 订 购 信 息 产 品 货 号 RT 2 PreAMP cdna Synthesis Kit 330451 RT 2 PreAMP Pathway Primer Mixes for all RT 2 Profiler PCR Arrays 330241 RT 2 PreAMP Primer Mixes for custom RT 2 Profiler PCR Arrays 330141 RT 2 Profiler PCR Arrays Varies RT 2 SYBR Green qpcr Mastermixes Varies RNeasy FFPE Kit (50) 73504 RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012 Sample & Assay Technologies 9

RT 2 Profiler PCR Array 的 数 据 分 析 基 于 网 页 的 免 费 RT 2 Profiler PCR Array 数 据 分 析 软 件 这 一 基 于 网 页 的 RT 2 Profiler PCR Array 系 统 的 综 合 软 件 包 自 动 根 据 您 上 传 的 原 始 阈 值 循 环 数 据, 开 展 所 有 基 于 ΔΔC T 的 倍 数 变 化 计 算 只 需 提 供 阵 列 的 货 号, 即 可 在 正 确 的 基 因 列 表 上 注 释 结 果 网 站 不 仅 带 来 了 表 格 形 式 的 结 果, 还 有 散 点 图 火 山 图 聚 类 图 和 多 组 图 通 过 定 义 您 自 己 的 倍 数 变 化 和 统 计 显 著 性 阈 值, 或 平 行 比 较 所 有 组, 即 可 开 展 任 何 实 验 重 复 组 之 间 的 成 对 比 较 网 站 还 协 助 正 确 解 释 基 因 组 DNA 逆 转 录 效 率 和 阳 性 PCR 对 照 孔 的 数 据 有 了 RT 2 Profiler PCR Array 和 RT 2 Profiler PCR Array 数 据 分 析 包, 您 的 通 路 聚 焦 基 因 表 达 分 析 变 得 快 速 且 无 忧 简 单 : 只 需 上 传 您 的 数 据 并 定 义 您 的 参 数 * 方 便 : 无 需 下 载 或 安 装 立 即 可 发 表 的 结 果 : 以 免 费 的 Excel 文 件 或 png 图 像 文 件 导 出 所 有 结 果 * 我 们 的 网 站 提 供 基 于 Excel 的 数 据 分 析 模 板 操 作 指 南 1. 以 简 单 的 Excel 文 件 格 式 上 传 您 的 数 据 2. 定 义 您 的 看 家 基 因 和 实 验 组 3. 选 择 一 个 自 动 生 成 的 数 据 分 析 结 果 立 即 用 预 加 载 的 样 品 数 据 集 开 展 测 试 运 行 :www.sabiosciences.com/pcrarraydataanalysis.php 参 加 我 们 下 一 场 在 线 讲 座 : PCR 阵 列 数 据 分 析 教 程 :www.sabiosciences.com/seminarlist.php 图 14. 火 山 图 显 示 了 基 因 表 达 变 化 的 统 计 显 著 性 The x-axis plots the log2 of the fold-differences, while the y-axis plots their p-values based on student s t-test of your replicate raw C T data. The blue and red symbols outside the gray area conveniently have the same meaning as the scatter plot. Symbols in the volcano plot above the dashed line readily identify fold-differences at least as statistically significant as a threshold that can be defined. 10 www.qiagen.com RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012

QIAGEN RNeasy Kit RNeasy Kit 是 什 么? RNeasy Kit 是 一 种 久 经 考 验 的 技 术, 可 快 速 方 便 地 纯 化 高 质 量 RNA 利 用 它 可 获 得 产 量 稳 定 的 完 整 RNA 及 高 的 Agilent RIN(RNA 完 整 性 指 数 ) 值, 在 下 游 应 用 ( 如 实 时 定 量 RT-PCR) 中 实 现 可 靠 的 结 果 目 前 既 有 适 合 细 胞 及 容 易 裂 解 组 织 的 试 剂 盒, 也 有 适 合 更 具 挑 战 性 样 品 的 试 剂 盒, 如 富 含 纤 维 或 脂 肪 组 织 细 针 穿 刺 和 冷 冻 切 片 为 什 么 要 使 用 RNeasy Kit? 在 纯 化 RNA 时, 必 须 使 用 一 种 方 法 来 维 持 RNA 的 完 整 性, 同 时 去 除 污 染 RNA 的 降 解 让 基 因 表 达 的 可 靠 分 析 变 得 不 可 能, 而 纯 化 后 RNA 中 污 染 物 的 存 在 也 抑 制 了 下 游 应 用 中 的 酶, 如 实 时 定 量 RT-PCR 和 芯 片 分 析 RNeasy Kit 将 一 种 专 门 的 裂 解 缓 冲 液 与 硅 胶 膜 技 术 相 结 合, 克 服 了 这 些 挑 战 RNeasy Kit 如 何 工 作? 首 先 在 裂 解 缓 冲 液 中 裂 解 生 物 学 样 品, 此 缓 冲 液 包 含 胍 盐, 可 使 RNA 酶 完 全 变 性, 防 止 RNA 的 降 解 随 后 RNA 与 RNeasy 离 心 柱 或 RNeasy 96 孔 板 各 孔 中 的 硅 胶 膜 特 异 结 合 其 他 细 胞 组 分 被 一 系 列 洗 涤 液 高 效 洗 掉, 而 纯 的 完 整 RNA 被 洗 脱 在 无 RNA 酶 的 水 中 图 15. 高 度 完 整 的 RNA RNA was purified from Jurkat cells using the RNeasy Mini Kit. The purified RNA was analyzed on the na QIAxcel system (ratio of 28S to 18S rrna: 1.55) and nb Agilent 2100 Bioanalyzer (ratio of 28S to 18S rrna: 1.7). A high RNA integrity number (RIN) of 9.6 was obtained, indicating highly intact RNA. 订 购 信 息 产 品 规 格 货 号 RNeasy Mini Kit (50)* For purification of RNA from cells & easy-to-lyse tissues 74104 RNase-Free DNase Set (50) For DNase digestion RNA purification 79254 RNeasy Fibrous Tissue Mini Kit (50)* For purification of RNA from fiber-rich tissues 74704 RNeasy Plus Universal Mini Kit (50)* For purification of RNA from all tissue types 73404 RNeasy 96 Kit (12) For purification of RNA from cells in 96-well format 74182 QIAzol Lysis Reagent (200 ml) For lysis of fatty and standard tissues before RNA isolation 79306 * Automatable on the QIAcube. Find out more at www.qiagen.com/goto/qiacube. RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012 Sample & Assay Technologies 11

用 于 样 品 破 碎 的 QIAGEN 产 品 什 么 是 样 品 破 碎? 生 物 学 样 品 的 高 效 破 碎 和 匀 浆 是 所 有 RNA 纯 化 过 程 的 绝 对 要 求 破 碎 释 放 出 样 品 中 的 RNA, 而 匀 浆 则 降 低 了 样 品 粘 稠 度, 利 于 后 续 的 RNA 纯 化 为 什 么 要 使 用 QIAGEN 的 样 品 破 碎 产 品? QIAGEN 为 破 碎 和 匀 浆 提 供 了 多 种 技 术 从 QIAshredder 离 心 柱 到 TissueRuptor 和 TissueLyser 系 统, 前 者 适 合 细 胞 裂 解 液 的 简 单 快 速 匀 浆, 而 后 者 适 合 更 坚 硬 组 织 的 机 械 破 碎 和 匀 浆, 具 有 多 种 通 量 TissueRuptor 和 TissueLyser 系 统 带 来 了 快 速 高 效 的 破 碎, 并 取 代 了 研 钵 及 研 杵 等 乏 味 耗 时 的 破 碎 方 法 图 16. 高 效 的 组 织 破 碎 Various rat tissues were disrupted using the TissueLyser LT or TissueLyser II. RNA was purified from 20 mg samples on the QIAcube using the RNeasy Fibrous Tissue Mini Kit (skin, heart, and lung) or RNeasy Lipid Tissue Mini Kit (brain). RNA was eluted in a volume of 50 μl, and concentration was determined using a spectrophotometer. QIAGEN 的 样 品 破 碎 产 品 如 何 工 作? QIAshredder 是 一 个 离 心 柱 形 式 的 生 物 大 分 子 破 碎 系 统 将 细 胞 裂 解 液 上 样 到 QIAshredder 离 心 柱 中, 随 后 短 暂 离 心, 即 可 匀 浆 裂 解 液 TissueRuptor 是 一 个 手 持 式 设 备, 它 利 用 TissueRuptor 一 次 性 探 头 同 时 进 行 破 碎 和 匀 浆, 探 头 中 包 含 了 一 块 刀 片, 可 非 常 高 速 地 旋 转 由 于 探 头 是 一 次 性 且 透 明 的, 故 交 叉 污 染 的 风 险 被 降 至 最 低, 且 样 品 破 碎 过 程 可 直 观 地 监 控 一 次 性 探 头 的 使 用 还 节 约 了 时 间, 因 为 在 破 碎 每 个 样 品 后 不 需 要 清 洗 探 头 TissueLyser 仪 器 是 珠 磨 机 (bead mill), 它 能 通 过 研 磨 珠 在 塑 料 管 中 的 高 速 震 动 来 同 时 破 碎 和 匀 浆 样 品 利 用 一 个 能 容 纳 多 支 管 的 转 接 器, 仪 器 可 同 时 破 碎 多 个 样 品 TissueLyser LT 最 多 可 处 理 12 个 样 品, 而 TissueLyser II 最 多 可 处 理 48 或 192 个 样 品 订 购 信 息 产 品 规 格 货 号 QIAshredder (50) For homogenization of cell lysates 79654 TissueRuptor For disruption of individual samples 9001271 TissueRuptor Disposable Probes (25) Disposable probes for use with the TissueRuptor 990890 TissueLyser LT For disruption of up to 12 samples 85600 TissueLyser LT Adapter, 12-tube For purification of RNA from cells in 96-well format 69980 TissueLyser II For disruption of up to 48 or 192 samples 85300 TissueLyser Adapter Set 2 x 24 Adaptor set for use with the TissueLyser II; holds 48 tubes 69982 12 www.qiagen.com RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012

用 于 RNA 稳 定 的 QIAGEN 产 品 什 么 是 RNA 稳 定? 生 物 样 品 一 旦 被 收 集, 其 RNA 就 变 得 极 其 不 稳 定 RNA 会 被 RNA 酶 降 解, 而 样 品 操 作 所 引 发 的 基 因 诱 导 或 下 调 也 会 发 生 为 保 留 mrna 水 平, 细 胞 内 RNA 的 立 即 稳 定 对 准 确 的 基 因 表 达 分 析 很 关 键 RNA 稳 定 通 常 是 在 液 氮 或 干 冰 中 快 速 冷 冻 样 品 然 而, 这 些 化 学 品 的 使 用 很 危 险, 并 且 在 样 品 破 碎 和 RNA 纯 化 之 前 须 小 心 避 免 样 品 解 冻 为 什 么 要 使 用 QIAGEN 的 RNA 稳 定 产 品? QIAGEN 提 供 了 广 泛 的 试 剂, 可 在 室 温 下 方 便 地 稳 定 细 胞 组 织 血 液 和 唾 液 中 的 RNA, 从 而 避 免 了 使 用 危 险 的 液 氮 或 干 冰 来 冷 冻 样 品 样 品 只 需 浸 没 在 试 剂 中, 即 可 保 留 基 因 表 达 谱, 随 后 可 在 室 温 下 方 便 地 处 理 和 运 输, 再 开 展 RNA 纯 化 稳 定 试 剂 也 可 作 为 QIAGEN RNA 纯 化 试 剂 盒 的 一 部 分, 带 来 了 更 多 的 便 利 订 购 信 息 图 17. 高 效 的 RNA 稳 定 Rat tissues were stored at 25 for 2 24 hours in Allprotect Reagent or PBS prior to real-time RT-PCR analysis. na Rat lung tissue was analyzed for c-fos expression. nb Rat intestine tissue was analyzed for Madh7 expression. Transcript levels relative to those in liquid nitrogen stabilized tissues were calculated. Changes in transcript levels were prevented by Allprotect Reagent. 产 品 规 格 货 号 Allprotect Tissue Reagent (100 ml) For stabilization of RNA, DNA, & protein in tissues 76405 AllPrep DNA/RNA Mini Kit (50) For simultaneous purification of DNA and RNA 80204 RNAlater RNA Stabilization Reagent (250 ml) For stabilization of RNA in tissues 76106 RNeasy Protect Mini Kit (50) For stabilization of RNA in tissues and RNA purification 74124 RNAprotect Cell Reagent (250 ml) For stabilization of RNA in cells 76526 RNAprotect Animal Blood Tubes (50 x 100 μl) RNeasy Protect Animal Blood Kit (50) mirneasy Protect Animal Blood Kit (50) For collection of 100 μl animal blood with RNA stabilization For purification of RNA from blood collected in RNAprotect Animal Blood Tubes For purification of RNA, including mirna, from blood collected in RNAprotect Animal Blood Tubes 76544 73224 217304 关 于 最 新 的 许 可 信 息 和 产 品 特 定 的 免 责 声 明, 请 阅 读 相 关 的 QIAGEN 试 剂 盒 手 册 或 操 作 指 南 QIAGEN 试 剂 盒 手 册 和 操 作 指 南 可 在 www.qiagen.com 上 下 载, 或 向 QIAGEN 技 术 服 务 或 当 地 的 经 销 商 索 取 RNAlater is a trademark of AMBION, Inc., Austin, Texas and is covered by various U.S. and foreign patents. Trademarks: QIAGEN, QIAcube, QIAxcel, QIAzol, AllPrep, RNAprotect, RNeasy, Rotor-Gene, TissueRuptor, (QIAGEN Group); SYBR (Molecular Probes, Inc.); Roche, LightCycler, TaqMan (Roche Group); Applied Biosystems, ROX, StepOnePlus, (Applera Corporation or its subsidiaries);, Eppendorf, Mastercycler (Eppendorf AG); Stratagene, Mx3005P, Mx3000P, Mx4000 (Stratagene); Bio-Rad, icycler, Chromo4, CFX96, DNA Engine Opticon, CFX384, iq, MyiQ (Bio-Rad Laboratories, Inc.); Fluidigm, BioMark (Fluidigm Corp.); Agilent (Agilent Technologies, Inc.); Excel (Microsoft Corporation); TRIzol (Molecular Research Center, Inc.); Actos (Takeda Pharmaceutical Company Limited); Avandia (GlaxoSmithKline); Rezulin (Parke-Davis Pharmaceuticals, Ltd.). Registered names, trademarks, etc. used in this document, even when not specifically marked as such, are not to be considered unprotected by law. 2012 QIAGEN, all rights reserved. RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012 Sample & Assay Technologies 13

RT 2 Profiler PCR Array 快 速 索 引 研 究 领 域 凋 亡 研 究 生 物 标 志 物 研 究 癌 症 研 究 细 胞 周 期 研 究 RT2 Profiler PCR Array 列 表 关 于 货 号, 详 见 第 2 页 或 访 问 : www.sabiosciences.com/arraylist.php 凋 亡 阿 尔 茨 海 默 病 血 管 生 成 凋 亡 自 噬 血 管 生 成 凋 亡 自 噬 癌 症 PathwayFinder 乳 腺 癌 与 雌 激 素 受 体 信 号 乳 腺 癌 与 雌 激 素 受 体 信 号 癌 症 PathwayFinder 细 胞 周 期 癌 症 PathwayFinder 癌 症 耐 药 性 和 代 谢 细 胞 周 期 DNA 损 伤 信 号 通 路 细 胞 表 面 标 志 物 癌 症 PathwayFinder DNA 损 伤 信 号 通 路 DNA 修 复 树 突 状 和 抗 原 呈 递 细 胞 细 胞 周 期 DNA 修 复 内 皮 细 胞 生 物 学 表 观 遗 传 染 色 质 修 饰 酶 DNA 损 伤 信 号 通 路 上 皮 间 质 转 化 (EMT) 热 击 蛋 白 表 观 遗 传 染 色 质 重 塑 因 子 EGF/PDGF 信 号 通 路 MAP 激 酶 信 号 通 路 NFκB 信 号 通 路 上 皮 间 质 转 化 (EMT) 上 皮 间 质 转 化 (EMT) mtor 信 号 氧 化 应 激 和 抗 氧 化 防 御 细 胞 外 基 质 和 粘 附 分 子 MAP 激 酶 信 号 通 路 神 经 发 生 和 神 经 干 细 胞 RT 2 Profiler PCR Array p53 信 号 通 路 葡 萄 糖 代 谢 p53 信 号 通 路 NFκB 信 号 通 路 PI3K-AKT 信 号 通 路 造 血 干 细 胞 和 造 血 作 用 PI3K-AKT 信 号 通 路 p53 信 号 通 路 压 力 和 毒 性 PathwayFinder 同 源 框 (HOX) 基 因 蛋 白 磷 酸 酶 PI3K-AKT 信 号 通 路 TNF 配 体 与 受 体 间 充 质 干 细 胞 TGFβ BMP 信 号 通 路 蛋 白 磷 酸 酶 肿 瘤 抑 制 基 因 干 细 胞 肿 瘤 转 移 信 号 转 导 PathwayFinder 泛 素 化 通 路 T 细 胞 和 B 细 胞 激 活 肿 瘤 抑 制 基 因 转 录 因 子 www.sabiosciences.com/pcrguide.php 未 折 叠 蛋 白 响 应 Th1-Th2-Th3 WNT 信 号 通 路 泛 素 化 通 路 RT 2 Profiler PCR Array 的 免 费 数 据 分 析 工 具, 详 见 第 10 页 http://sabiosciences.com/pcrarraydataanalysis.php 14 www.qiagen.com RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012

炎 症 研 究 ECM/ 粘 附 研 究 神 经 科 学 研 究 信 号 转 导 研 究 干 细 胞 研 究 毒 理 学 / 药 物 ADME 研 究 趋 化 因 子 与 受 体 血 管 生 长 因 子 与 血 管 生 成 抑 制 剂 阿 尔 茨 海 默 病 camp/ca2+ 信 号 PathwayFinder 脂 肪 生 成 癌 症 耐 药 性 和 代 谢 常 见 细 胞 因 子 动 脉 粥 样 硬 化 凋 亡 EGF/PDGF 信 号 通 路 树 突 状 和 抗 原 呈 递 细 胞 癌 症 PathwayFinder 炎 性 体 趋 化 因 子 与 受 体 自 噬 G 蛋 白 偶 联 受 体 胚 胎 干 细 胞 心 脏 毒 性 炎 性 细 胞 因 子 及 受 体 常 见 细 胞 因 子 药 物 转 运 体 GPCR 信 号 PathwayFinder Hedgehog 信 号 通 路 细 胞 周 期 炎 性 反 应 和 自 身 免 疫 胚 胎 干 细 胞 胚 胎 干 细 胞 热 击 蛋 白 造 血 干 细 胞 和 造 血 作 用 DNA 损 伤 信 号 通 路 干 扰 素 α β 响 应 内 皮 细 胞 生 物 学 GPCR 信 号 PathwayFinder Hedgehog 信 号 通 路 同 源 框 (HOX) 基 因 药 物 代 谢 干 扰 素 与 受 体 细 胞 外 基 质 和 粘 附 分 子 热 击 蛋 白 胰 岛 素 信 号 通 路 脂 蛋 白 信 号 与 胆 固 醇 代 谢 药 物 代 谢 : 第 I 阶 段 酶 JAK/STAT 信 号 通 路 糖 基 化 Hedgehog 信 号 通 路 JAK/STAT 信 号 通 路 间 充 质 干 细 胞 药 物 代 谢 : 第 II 阶 段 酶 NFκB 信 号 通 路 MAP 激 酶 信 号 通 路 亨 廷 顿 氏 症 MAP 激 酶 信 号 通 路 神 经 发 生 和 神 经 干 细 胞 药 物 转 运 体 T 细 胞 无 能 与 免 疫 耐 受 间 充 质 干 细 胞 缺 氧 信 号 通 路 mtor 信 号 神 经 营 养 因 子 与 受 体 GPCR 信 号 PathwayFinder T 细 胞 和 B 细 胞 激 活 NFκB 信 号 通 路 间 充 质 干 细 胞 NFκB 信 号 通 路 Notch 信 号 通 路 肝 脏 毒 理 学 TGFβ BMP 信 号 通 路 骨 生 成 神 经 发 生 和 神 经 干 细 胞 核 受 体 与 共 调 节 因 子 骨 生 成 脂 蛋 白 信 号 与 胆 固 醇 代 谢 自 身 免 疫 和 炎 症 中 的 Th17 TGFβ BMP 信 号 通 路 神 经 离 子 通 道 和 转 运 体 PI3K-AKT 信 号 通 路 干 细 胞 信 号 线 粒 体 Th1-Th2-Th3 TNF 配 体 与 受 体 神 经 递 质 受 体 和 调 节 剂 信 号 转 导 PathwayFinder T 细 胞 和 B 细 胞 激 活 分 子 毒 理 学 384HT TNF 配 体 与 受 体 肿 瘤 转 移 神 经 营 养 因 子 与 受 体 TGFβ BMP 信 号 通 路 终 末 分 化 标 志 物 肾 毒 性 Toll 样 受 体 信 号 通 路 VEGF 信 号 一 氧 化 氮 信 号 通 路 转 录 因 子 TGFβ BMP 信 号 通 路 氧 化 应 激 和 抗 氧 化 防 御 肿 瘤 坏 死 因 子 (TNF) 配 体 与 受 体 伤 口 愈 合 Notch 信 号 通 路 Wnt 信 号 通 路 Wnt 信 号 通 路 压 力 和 毒 性 PathwayFinder RT 2 Profiler PCR Array: 通 路 分 析 08/2012 Sample & Assay Technologies 15

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