PubMed 数据库使用技能 李晓芸 武汉大学图书馆医学分馆
内容 一 MEDLINE 概述二 PubMed 检索系统三 MeSH 主题词表四 PubMed 入门及进阶功能五 如何获取全文
分类检索语言 R5 内科学 R51 传染病 R52 结核病 R53 寄生虫病 R54 心脏 血管 ( 循环系统 ) 疾病 R541 心脏疾病. 先天性心脏血管病. 风湿性心脏病. 高血压性心脏病. 冠状动脉 ( 粥样 ) 硬化性心脏病 ( 冠心病 )
主题检索语言 主题词主题词 (Subject Heading) 又称叙词, 代表性的主题词法是美国国立医学图书馆 NLM 的 医学主题词表 NLM 的一体化医学语言系统 Unified Medical Language System, UMLS 通过将大量的检索词 ( 包括规范词和自由词 ) 累积输入系统中, 进行检索词自动转换处理, 使用户能够不必考虑检索词的规范性或知识分类属性, 不受人工语言和自然语言的束缚与限制, 更自由地在电子病案 文献数据库 图像数据库 专家系统等各种信息资源库中检索和获取特定的信息
其他检索语言 例如 : 化学文摘 中的分子式检索语言 SciFinder (CA) SciFinder 由美国化学会 (American Chemical Society, ACS) 旗下的美国化学文摘社 (Chemical Abstracts Service, CAS) 出品, 是一个研发应用平台, 提供全球最大 最权威的化学及相关学科文献 物质和反应信息 SciFinder 涵盖了化学及相关领域如化学 生物 医药 工程 农学 物理等多学科 跨学科的科技信息 SciFinder 收录的文献类型包括期刊 专利 会议论文 学位论文 图书 技术报告 评论和网络资源等
一 MEDLINE 概述 美国国立医学图书馆 (NLM) 的大型生物医学文献数据库 1946 至今 ( 回朔文献来自更早期刊 ) 40 多个语种 5600 + 种期刊 2010 年以后出版的文献中,40% 出版于美国,93% 左右的为英文文献, 约 84% 有作者写的英文摘要 2000 年起, 扩大了生命科学领域的收录范围
MEDLINE 访问方式 NLM 的 PubMed 检索系统 世界多家出版机构获准转换 MEDLINE 数据库, 在他们的检索平台提供服务 如 Web of Science Ovid EBSCOhost 等
MEDLINE(Web of Science) 基本检索界面
MEDLINE(Web of Science) 高级检索界面
MEDLINE(OVID) 基本检索界面
MEDLINE(OVID) 多字段检索界面
二 PubMed 检索系统 收录范围 MEDLINE:PubMed 检索系统的核心, 文献经过 MeSH 主题词标引, 带有 [PubMedindexed for MEDLINE] PreMedline: 临时数据库, 收录准备进行标引的文献信息 [PubMed-in process] Publisher Supplied Citation: 出版商直接提供的文献数据 [PubMed-as supplied by publisher], 若记录被 PreMedline 收录, 则所带标记也发生改变, 加工标引之后则进入 MEDLINE 也有一些超出 MEDLINE 收录范围, 不会被 PreMedline 或 MEDLINE 收录
PubMed 检索机制与规则 词汇自动转换 (Automatic Term Mapping): 主题词自动转换表 刊名转换表 著者全名转换表 著者索引 调研者或合作者全名转换表 调研者或合作者索引 截词检索 : 如输入 compute*, 系统会找到 compute computes computed computer computers computerized 等 ( 使用截词检索功能时,PubMed 会关闭词汇转换功能 ) 强制检索 : 用双引号将检索词引起来, 系统将其作为不可拆分的短语形式在所有字段中执行检索,PubMed 关闭词汇转换功能 如 singel cell [All Fields] 布尔逻辑检索 : 如可直接输入检索式 allergen AND (asthma OR rhinitis)
PubMed 主界面 检索提问区 : 输入一个或多个检索词, 点击 Search 进行检索 使用帮助 (Using PubMed) PubMed 工具 (Tools): 单篇引文和批量引文匹配检索 临床咨询等功能 更多资源 (More Resourses): 主题词数据库 期刊数据库 临床试验数据库等功能
三 MeSH 主题词表 解剖 有机体 疾病 化学制品和药物 分析 诊断 治疗技术和设备 精神病学和心理学 现象和过程 学科和职业 人类学 教育 社会学和社会现象 人文科学 信息科学 指定群体 卫生保健 出版性质 地理名称
Mesh 主题词表 ( 树状结构 )
主题词 [MeSH Terms, MH] 举例 : HIV Infections/genetics* 副主题词 [MeSH Subheading, SH] 主要主题词 [MeSH Major Topic, MAJR] 入口词 (Entry Terms)
支原体肺炎 (mycoplasma pneumonia, mycoplasmal pneumonia) 的糖皮质激素 ( glucocorticoid) 治疗 ( therapy) " glucocorticoid" [ Title / Abstract] AND ( " mycoplasma pneumonia" [ Title / Abstract ] OR " mycoplasmal pneumonia " [ Title / Abstract]) OR ( glucocorticoids/ therapeutic use[ Mesh] AND Pneumonia,Mycoplasma / drug therapy[mesh]) 非典型肺炎 (Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS) 的流行病学 ( epidemiology) 研究 ( " Severe Acute Respiratory Syndrome " [ Title / Abstract ] OR " SARS " [ Title / Abstract]) AND " epidemiology" [Title / Abstract]) OR "Severe Acute Respiratory Syndrome / epidemiology "[Mesh]
四 PubMed 入门及进阶功能 基本检索 自由词 ( 关键词 ) 检索 : 单词或短语, 根据需要可添加 * 或 著者检索 : 姓氏 + 名缩写, 如 smith j, zhang s (2002 年起, 如果论文提供了姓名全称, 可用全称检索 ) 刊名检索 : 刊名全称 刊名缩写或 ISSN 组配式检索 : 使用逻辑算符或括号, 如 allergen AND (asthma OR rhinitis) 字段标识检索 : 检索词 [ 字段标识 ], 如 hypertension[ti] AND 2014[DP]
检索式编辑区 高级检索 (Advanced) 检索式构建区检索式编辑区 检索式构建区 检索历史
检索结果
检索结果浏览 基本的 Summary 格式 : 文献题目 作者 出处 PMID 等信息 详细的 Abstract 格式 : 文献出处 题目 作者姓名及机构信息 摘要 关键词 PMID 全文链接 相关文献 (Similar articles) Effects of vitamin D in skeletal muscle: falls, strength, athletic performance and insulin sensitivity. Girgis CM, Clifton-Bligh RJ, Turner N, Lau SL, Gunton JE. Clin Endocrinol (Oxf). 2014 Feb;80(2):169-81. doi: 10.1111/cen.12368. Review. PMID: 24256495 Similar articles
检索结果 : 检索结果筛选 (Filter) ( 页面最左侧 ) 强大的文献筛选和管理功能, 并针对生物领域文献内容特点, 设计了极具特色的筛选条件, 如按人群的年龄段 按动物和人类, 按医学主题词等等 Article types 可以筛选出包括临床试验 综述 系统评价 Meta 分析 临床指南 政府出版物等等共 70 多种类型 Text availability 可以筛选出有摘要或有全文 有免费全文的文献
检索结果 显示格式和排序设置
检索结果 PubMed 检索系统将输入的检索式进行自动转换,Search details 显示 PubMed 实际执行的检索式 了解自动转换的检索词, 检索规则和语法, 可以根据需要对已有的检索式编辑修改 注意 : 强制检索 ( lung cancer ) 限制检索字段 (lung cancer[ti]) 加截词符 (lung cancer*) 不转换
PubMed 特色检索功能 Journals in NCBI Database( 期刊数据库 ) Single Citation Matcher( 单篇或批量引文匹配检索 ) Clinical Queries ( 临床咨询 )
五 如何获取全文 单篇文献详细信息界面, 页面右上方的全文链接 例如 :
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Nature
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实习样例 : The role of glycation in the pathogenesis of aging and its prevention through herbal products and physical exercise Breast Cancer Screening The mechanism of periodontal stem cell participating in the formation of periodontium like tissue on the titanium ( 建议以中文文献为起点, 首先了解国内研究情况, 学习文献的同时挑选适宜检索词, 设计检索策略 )
培训调查问卷
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