按在系统中的作用分类安装和登录命令 :login shutdown halt reboot install mount umount chsh exit last 文件处理命令 :file mkdir grep dd find mv ls diff cat ln 系统管理相关命令 :df top

Size: px

Start display at page:

Download "按在系统中的作用分类安装和登录命令 :login shutdown halt reboot install mount umount chsh exit last 文件处理命令 :file mkdir grep dd find mv ls diff cat ln 系统管理相关命令 :df top"

票慕
5 years ago
Views:

1 Linux 系统基本操作 rmlin

2 按在系统中的作用分类安装和登录命令 :login shutdown halt reboot install mount umount chsh exit last 文件处理命令 :file mkdir grep dd find mv ls diff cat ln 系统管理相关命令 :df top free quota at lp adduser groupadd kill crontab 网络操作命令 :ifconfig ip ping netstat telnet ftp route rlogin rcp finger mail nslookup 系统安全相关命令 :passwd su umask chgrp chmod chown chattr sudo ps who 其它命令 :tar unzip gunzip unarj mtools man unendcode uudecode 命令基本格式 cmd [options] [arguments],options 称为选项,arguments 称为参数

3 1.ls -a 列出当前目录下的所有文件, 包括以. 头的隐含文件 ( 如 ~/.bashrc) ls l 列出当前目录下文件的详细信息 2. pwd 查看当前所在目录的绝对路经 3. cd 目录之间的移动 4. mkdir 目录名创建一个目录 5. rm 文件名删除一个文件 6. cat 文件名查看文件内容 ( 全屏查看 ) 7.more 文件名查看文件内容 ( 可左右移动 ) 8. less 文件名查看文件内容 ( 可上下左右移动 )

4 9.mv 路径文件名把文件移动到路径下 mv 文件名文件名改名 10. grep 字符文件名, 根据字符匹配来查看文件部分内容 11. find 路径 -name 字符串查找路径所在范围内满足字符串匹配的文件和目录 12.ln 源文件链接名创建源文件的硬链接,ln -s 源文件链接名创建源文件的软链接 13.touch 文件名, 建立文件 14.df 显示文件系统的总容量, 使用量, 剩余量 15.du -b /home 查看目前 /HOME 目录的容量 (k) 及子目录的容量 (k)

5 16. fdisk -l 查看系统分区信息 17. mount -t 文件系统类型设备路经访问路经 18.chmod *** 文件名改文件的写读执行权限 19.diff 文件名文件名, 比较文件 20.top 动态 ps aux 静态 pstree 进程树查看系统进程 21. 程序名 & 后台运行程序,fg 把后台运行进程调回前台,bg 把前台运行进程调后台 22. halt init 0 shutdown h now 关闭系统

6 23. reboot init 6 重启系统 24. init [ ] 改变系统运行级,7 种 25. at at 5pm + 3 days /bin/ls 指定三天后下午 5:00 执行 /bin/ls 26. crontab 周期性任务命令 27.date 显示日期的命令 28.cal 显示日历的命令 29.bc 不错的简单计算器 30.man 命令查询命令帮助 31.which 查看可执行档案的位置 32.whereis 查看档案的位置 33.locate 配合数据库查看档案位置

7 34.gzip bzip2 compress 压缩, 解压命令 35.vi 文件名用 VI 编辑文件 36.alias 命令别名设置指令 unalias 释放别名 37.tar 打包解包指令 38.head 显示文件的头几行 tail 显示文件的后几行 39. 管道 > 重定向 40.od 以二进制形式读取档案的内容 41.su 登入超级管理员 sudo 以管理者身份执行命令 42.tar 包安装指令./configure prefix=/usr/local 编译前的配置 make 编译 make install 安装编译好的源码包

8 43.rpm 参数 rpm 的安装查询删除升级等 44.ifconfig 网络配置命令 ping ping 目标主机 netstat 显示监听端口及进程 45.clear 清屏 46.useradd 加用户 47.passwd 修改密码 48.chgrp chown 修改文件的用户组所有者 49.dd 用来备份的指令 dd if= input-file of= output-file 50.sh 脚本文件执行脚本文件

9 最常用的 16 条命令 1 ls 命令有用的查看文件与目录的命令,list 之意, 参数非常多, 例如 : -l : 列出长数据串, 包含文件的属性与权限数据等 -a : 列出全部的文件, 连同隐藏文件 ( 开头为. 的文件 ) 一起列出来 ( 常用 ) -d : 仅列出目录本身, 而不是列出目录的文件数据 -h : 将文件容量以较易读的方式 (GB,kB 等 ) 列出来 -R : 连同子目录的内容一起列出 ( 递归列出 ), 等于该目录下的所有文件都会显示出来可组合, 如 :ls -lr # 以长数据串的形式列出当前目录下的所有文件

10 2 cd 命令切换当前目录, 进出目录, 它的参数是要切换到的目录的路径, 可以是绝对路径或相对路径 cd /root/file # 切换到目录 /root/file cd./dir # 切换到当前目录下的 dir 目录中 cd../dir # 切换到上层目录中的 dir 目录中的, 它的使用方法和在 dos 下没什么区别 cd ~ # 跳到自己的 home 目录 cd../.. # 跳到目前目录的上上两层

11 3 cp 命令该命令用于复制文件,copy 之意, 可把多个文件复制到一个目录下 -a : 将文件的特性一起复制 -p : 连同文件的属性一起复制, 而非使用默认方式 -i : 若目标文件已经存在时, 在覆盖时会先询问操作的进行 -r : 递归持续复制, 用于目录的复制行为 -u : 目标文件与源文件有差异时才会复制 cp -a f1 f2 # 连同文件的所有特性把文件 f1 复制成文件 f2 cp f1 f2 f3 dir # 把文件 f1 f2 f3 复制到目录 dir 中

12 这个命令相当于 dos 下面的 copy 命令, 具体用法是 : cp -r 源文件 (source) 目的文件 (target) 参数 r 是指连同元文件中的子目录一同拷贝熟悉 dos 的读者用起这个命令来会觉得更方便, 毕竟比在 dos 下面要少敲两下键盘

13 4 grep 命令常用于分析一行的信息, 若当中有我们所需要的信息, 就将该行显示出来, 该命令通常与管道命令一起使用, 用于对一些命令的输出进行筛选加工等等 grep [-acinv] [--color=auto] ' 查找字符串 ' filename -a : 将 binary 文件以 text 文件的方式查找数据 -c : 计算找到查找字符串的次数, 展示搜索到多少行 -n: 展示行号 -i : 忽略大小写的区别, 即把大小写视为相同 -v : 反向选择, 即显示出没有查找字符串内容的那一行 # 例如 : # 取出文件 /etc/man.config 中包含 MANPATH 的行, 并把找到的关键字加上颜色 grep --color=auto 'MANPATH' /etc/man.config # 把 ls -l 的输出中包含字母 file( 不区分大小写 ) 的内容输出 ls -l grep -i file grep 也正则 grep ^led /root/software

14 5 cat 命令该命令用于查看文本文件的内容, 后接要查看的文件名, 通常可用管道与 more 和 less 一起使用, 从而可以一页页地查看数据 cat file less 等价于 less file # 查看 file 文件中的内容

15 cat 命令显示或连结一般的 ascii 文本文件 cat 是 concatenate 的简写, 类似于 dos 下面的 type 命令它的用法如下 : cat file 显示 file 这个文件 cat fa fb 依顺序显示 fa,fb 的内容 cat fa fb fc>fd 结合, 重定向如果左边没有文件的名称, 而右边有文件名, 例如 : cat >f1 结果是会 " 空出一行空白行 ", 等待你输入文字, 输入完毕后再按 [Ctrl]+[c] 或 [Ctrl]+[d], 就会结束编辑, 并产生 f1 这个文件, 而 f1 的内容就是你刚刚输入的内容 cat f1>>f2 这将变成将 f1 的文件内容 " 附加 " 到 f2 的文件后面, 而 f2 的内容依然存在, 这种重定向符 >> 比 > 常用

16 6 mv 命令用于移动文件目录或更名,move 之意 -f :force 强制的意思, 如果目标文件已经存在, 不会询问而直接覆盖 -i : 若目标文件已经存在, 就会询问是否覆盖 -u : 若目标文件已经存在, 且比目标文件新, 才会更新注 : 该命令可以把一个文件或多个文件一次移动一个文件夹中, 但是最后一个目标文件一定要是目录 mv f1 f2 # 把文件 f1 重命名为 f2 mv f1 f2 f3 dir # 把文件 f1 f2 f3 移动到目录 dir 中当使用该命令来移动目录时, 他会连同该目录下面的子目录也一同移走

17 7 rm 命令用于删除文件或目录,remove 之意 -f : 就是 force 的意思, 忽略不存在的文件, 不会出现警告消息 -i : 互动模式, 在删除前会询问用户是否操作 -r : 递归删除, 最常用于目录删除, 它是一个非常危险的参数可连同这个目录下面的子目录都删除, 功能上和 rmdir 相似 rm -i f # 删除文件 f, 在删除之前会询问是否进行该操作 rm -fr dir # 强制删除目录 dir 中的所有文件 rm -i file 系统会询问我们 :"rm:remove 'file'?y", 敲回车后, 文件才会真的被删除之所以要这样做, 是因为 Linux 不象 dos 那样有 undelete 的命令, 或者是可以用 pctool 等工具将删除过的文件救回来,Linux 中删除过的文件是救不回来的, 所以使用这个参数在删除前让你再确定一遍, 是很有必要的

18 8 file 命令判断接在 file 命令后的文件的基本数据, 因为在 Linux 下文件的类型并不是以后缀为分的 file filename # 例如 : file./software

19 9 tar 命令该命令用于对文件进行打包, 默认情况并不会压缩, 如果指定了相应的参数, 它还会调用相应的压缩程序 ( 如 gzip 和 bzip 等 ) 进行压缩和解压 -c : 新建打包文件 -t : 查看打包文件的内容含有哪些文件名 -x : 解打包或解压缩的功能, 可搭配 -C( 大写 ) 指定解压的目录, 注 -c,-t,-x 不能同时出现在同一条命令 -j : 通过 bzip2 的支持进行压缩 / 解压缩 -z : 通过 gzip 的支持进行压缩 / 解压缩 -v : 在压缩 / 解压缩过程中, 将正在处理的文件名显示出来 -f filename :filename 为要处理的文件 -C dir : 指定压缩 / 解压缩的目录 dir 常用 : 压缩 :tar -jcv -f filename.tar.bz2 要被处理的文件或目录名称查询 :tar -jtv -f filename.tar.bz2 解压 :tar -jxv -f filename.tar.bz2 -C 欲解压缩的目录

20 10 kill 命令该命令用于向某个工作 (%jobnumber) 或者是某个 PID( 数字 ) 传送一个信号, 它通常与 ps 和 jobs 命令一起使用 kill -signal PID 最前面的数字为信号的代号, 使用时可以用代号代替相应的信号 1:SIGHUP, 启动被终止的进程 2:SIGINT, 相当于输入 ctrl+c, 中断一个程序的进行 9:SIGKILL, 强制中断一个进程的进行 15:SIGTERM, 以正常的结束进程方式来终止进程 17:SIGSTOP, 相当于输入 ctrl+z, 暂停一个进程的进行

21 11 killall 命令该命令用于向一个命令启动的进程发送一个信号 killall [-iie] [command name] -i : 交互式的意思, 若需要删除时, 会询问用户 -e : 表示后面接的 command name( 不能超过 15 个字符 ) 要一致 -I : 命令名称忽略大小写 # 例如 : killall -SIGHUP abc # 重新启动 abc

22 12 vim 命令该命令主要用于文本编辑, 它接一个或多个文件名作为参数, 如果文件存在就打开, 如果文件不存在就以该文件名创建一个文件 vim 是一个非常好用的文本编辑器, 它里面有很多非常好用的命令

23 13 chgrp 命令该命令用于改变文件所属用户组 chgrp [-R] dirname/filename -R : 进行递归的持续对所有文件和子目录更改 # 例如 : chgrp users -R./dir # 递归地把 dir 目录下中的所有文件和子目录下所有文件的用户组修改为 users 14 chown 命令该命令用于改变文件的所有者, 与 chgrp 命令的使用方法相同, 只是修改的文件属性不同

24 15 chmod 命令该命令用于改变文件的权限 chmod [-R] xyz 文件或目录 -R: 进行递归的持续更改, 即连同子目录下的所有文件都会更改

25 16 time 命令用于测算一个命令 ( 即程序 ) 的执行时间在命令的前面加入一个 time 即可 time./muscle 在程序或命令运行结束后, 在最后输出了三个时间, 它们分别是 : user: 用户 CPU 时间, 命令执行完成花费的用户 CPU 时间, 即命令在用户态中执行时间总和 ; system: 系统 CPU 时间, 命令执行完成花费的系统 CPU 时间, 即命令在核心态中执行时间总和 ; real: 实际时间, 从 command 命令行开始执行到运行终止的消逝时间

26 其他命令 less 文件名 # 逐页打印文件内容 head -n 文件名 # 显示文件前 n 行内容 tail -n 文件名 # 显示文件末尾 n 行内容 vi 文件名 # 编辑文件 (Vim 编辑器中还有很多指令 ) scp 地址 : 上传位置 # 远程文件上传命令例 :scp (-r) /home/miso/1.txt sugar@ :/share/nas3/sugar/ # 远程文件下载命令 scp 地址 : 文件位置本地下载位置例 :scp (-r) sugar@ :/share/nas3/sugar/1.txt /home/miso/ -r 指上传 ( 下载 ) 的为文件夹

27 mkdir,rmdir mkdir 命令用来建立新的目录,rmdir 用来删除以建立的目录, 这两个指令的功能不再多加介绍, 他们同 dos 下的 md,rd 功能和用法都是基本一样的 du,df 命令 du 命令可以显示目前的目录所占的磁盘空间,df 命令可以显示目前磁盘剩余的磁盘空间如果 du 命令不加任何参数, 那么返回的是整个磁盘的使用情况, 如果后面加了目录的话, 就是这个目录在磁盘上的使用情况 ( 这个功能可是 dos 没有的呦 ) 不过我一般不喜欢用 du, 因为它给出的信息是在是太多了, 我看不过来, 而 df 这个命令我是最常用的, 因为磁盘上还剩多少空间对我来说是很重要的

28 more,less 命令 : 两个显示一般文本文件的指令如果一个文本文件太长了超过一个屏幕的画面, 用 cat 来看实在是不理想, 就可以试试 more 和 less 两个指令 More 指令可以使超过一页的文件临时停留在屏幕, 等你按任何的一个键以后, 才继续显示而 less 除了有 more 的功能以外, 还可以用方向键往上或网下的滚动文件, 所以你随意浏览, 阅读文章时,less 是个非常好的选择 clear 命令清除屏幕, 不需要任何参数 pwd 命令显示用户当前的工作路径

29 ln 命令为某一个文件在另外一个位置建立一个同步的链接, 最常用的参数是 -s,ln -s 源文件目标文件当需在不同目录, 用相同文件时, 不需要在每个需要的目录下都放一个相同的文件, 只要在某固定目录, 放上该文件, 在其它的目录下用 ln 命令链接 (link) 它, 不必重复占用磁盘空间 -s 是代号 (symbolic) 的意思这里有两点要注意 : 第一,ln 命令会保持每一处链接文件的同步性, 也就是说, 不论你改动了哪一处, 其它的文件都会发生相同的变化 ; 第二,ln 的链接有软链接和硬链接两种, 软链接就是 ln -s ** **, 它只会在你选定的位置上生成一个文件的镜像, 不会占用磁盘空间, 硬链接 ln ** **, 没有参数 -s, 它会在你选定的位置上生成一个和源文件大小相同的文件, 无论是软链接还是硬链接, 文件都保持同步变化如果你用 ls 察看一个目录时, 的符号, 那就是一个用 ln 命令生成的文件, 用 ls -l 命令去察看, 就可以看到显示的 link 的路径了 man 命令察看指令用法的 help, 学习任何一种 UNIX 类的操作系统最重要的就是学会使用 man 这个辅助命令 manual( 手册 ) 的缩写字, 它的说明非常的详细 logout 命令退出系统,Linux 是多用户多进程的操作系统, 关闭系统是系统管理员的事情

30 Linux 的基本应用与技巧取出一个字符串的前 20 个字符 cat abc.fa grep -v ">" cut -c 1-20 cat abc.fa grep -v ">" sed -r 's/(.{20}).*/\1/g 还可以用 awk

31 将 fastq 格式文件转化为 fasta 序列文件 awk '{if(nr%4==1 NR%4==2){print $0}}' test.fq sed less 有时候, 比如需要做一个 clustalw, 需要将多行的 fasta 格式文件, 转换成单行的 fasta 文件巧用 awk + printf 一行搞定 awk '/^>/ { print n $0;}!/^>/ {printf "%s", $0, n="\n"} END {print ""}' test.fa

32 统计文件的行数 `wc -l` 可以 awk 的解法是 :awk 'END {print NR}' file.txt 提取文件的某列时 cut -f 5 file.txt > out.txt awk 的解法是 :awk -F '\t' '{print $5}' file.txt > out.txt

33 将 GFF 里面第四列不是 chromosome 的行给取出来 awk '{if ($4!= "chromosome") print $0}' TAIR10.gff 删除文件里所有的空行 sed 's/^$/d' file 有时不想看到 header, 直接用文件本身的内容去进行下一步操作, 我们需要将 header 去掉 sed '1d' file.txt

34 有时可能会需要使用 awk 为每一行行头添加字符串 awk '{print "gene_id " $0}' file.txt 统计 fastq 文件里面的 reads 数目 grep -c abc.fastq 这种方法依然有一个问题, 开头的, 这样做就会导致有点点误差因此应该是用下面的方法 cat abc.fastq echo $((`wc -l`/4))

35 绝对路径 : 从根目录开始, 依次将各级子目录的名字组合起来, 形成的路径例如 :/root/lrm/software/muscle/ 相对路径 : 路径的写法不是由根目录 / 写起的例如, 从 /root/lrm/software/muscle/ 转到 /root/lrm/software/samtools/ 下时, 我们可以输入命令 "cd../samtools" 写脚本或者执行命令时, 不推荐使用相对路径, 因为容易发生错误!

36 递归地删除空目录 find. -depth -type d -empty -exec rmdir -v {} \; 由此引申, 可以递归地删除分析过程中产生的中间文件, 以节省存储空间监控文件的变化, 特别是当大文件比对, 然后你想看看 output 到底有没有变化时 watch ls -al your.sam

37 Sed 的原理 sed 是一种流编辑器, 它是文本处理中非常常用的工具, 能够完美的配合正则表达式使用, 功能不同凡响处理时, 把当前处理的行存储在临时缓冲区中, 称为模式空间 (pattern space), 接着用 sed 命令处理缓冲区中的内容, 处理完成后, 把缓冲区的内容送往屏幕接着处理下一行, 这样不断重复, 直到文件末尾文件内容并没有改变, 除非你使用重定向存储输出 Sed 主要用来自动编辑一个或多个文件 ; 简化对文件的反复操作 ; 编写转换程序等文本 + 模式空间 + 标准输出

Linux服务器构建与运维管理

Linux服务器构建与运维管理 1 Linux 服务器构建与运维管理第 2 章 :Linux 基本命令阮晓龙 13938213680 / rxl@hactcm.edu.cn http://linux.xg.hactcm.edu.cn http://www.51xueweb.cn 河南中医药大学管理科学与工程学科 2018.3 2 提纲目录与文件的操作 mkdir touch mv cp rm rmdir file tree

按在系统中的作用分类 安装和登录命令 :login shutdown halt reboot install mount umount chsh exit last 文件处理命令 :file mkdir grep dd find mv ls diff cat ln 系统管理相关命令 :df top

按在系统中的作用分类安装和登录命令 :login shutdown halt reboot install mount umount chsh exit last 文件处理命令 :file mkdir grep dd find mv ls diff cat ln 系统管理相关命令 :df top