10 李铁柱等杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释塑胶二重性的杜仲胶更是二十一世纪的一个热 [8] 第 10 期进行测序展开了对数据库中 Unigene 的全面分析和注释具体流程如图 1 所示点随着后基因组时代的到来, 转录组学蛋白质组学代谢组学等各种组学技术相继

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楠贝
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1 第卷第 10 期 01 年 10 月 Journal of Central South University of Forestry & Technology Vol. No. 10 Oct. 01 杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释李铁柱 1a 杜红岩刘慧敏 1b,1c 乌云塔娜 1b,1c 王淋 1b,1c 叶生晶 1b,1c 中南林业科技大学 1a. 生命科学与技术学院 1b. 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室 1c. 林学院湖南长沙 ;. 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州摘要对杜仲幼果和成熟果实进行测序后共获得了个 reads 片段, 包含了个核苷酸序列信息对 reads 进行拼接共获得了个 Contig 片段序列信息达到了 nt 在 Contig 数据的基础上进一步采用 over-lap 的方法进行拼接共获得了个 Scaffold 片段序列信息达到了 nt 在 Scaffold 数据的基础上进一步拼接数据共获得了个 Unigene 片段序列信息达到了 nt Unigene 和 COG 数据库进行比对表明杜仲幼果和成熟果实转录组中的 Unigene 根据功能大致可分为 5 类 Unigene 根据 GO 功能大致可分为生物过程细胞组分和分子功能大类 44 分支利用 KEGG 数据库作为参考依据代谢通路可以将转录组中的数据分成 119 类包括生化代谢通路植物真菌互作 DNA 剪切植物激素生物合成苯丙氨酸生物合成萜类化合物与类固醇类化合物合成脂类代谢 RNA 降解等关键词杜仲幼果成熟果实转录组基因功能中图分类号 S 文献标志码 A 文章编号 167-9X(01) Transcriptome data assembly and gene function annotation of Eucommia mature fruits and young fruits LI Tie-zhu1a, DU Hong-yan, LIU Hui-min1b,1c, WUYUN Ta-na1b,1c, WANG Lin1b,1c,YE Sheng-jing1b,1c (1a. School of Life Science & Technology; 1b.Key Lab of Non-wood Forest Product of Forestry Ministry; 1c.School of Forestry, Central South University of Forestry and Technology, Changsha , Hunan, China;.Non - timber Forestry Research and Development Center, CAF, Zhengzhou 45000, Henan, China) Abstract: A target sample sequencing, a total of 5,080,588 reads fragment contains 4,777,5,90 nucleotides in sequence information, spliced reads, a total of 91,90 Contig fragment, the sequence information of 19,461,46 nt; On the basis of Contig data further overthe lap spliced received a total of 190,518 Scaffold fragment, the sequence information of 67,868,67 nt;on the basis of Scaffold data further stitching, data were obtained the 64,474 Unigene fragment, the sequence information of 9,10,70 nt Unigene and the COG database to compare, Unigene in the transcriptome of Eucommia fruits and young fruits can be broadly divided into 5 classes according to the function;the Unigene GO functions can be broadly divided into biological processes, cellular components and molecular function categories of 44 branches; In this study, the KEGG database as a reference, data in the transcriptome can be divided into 119 classes,according to the metabolic pathway, including the biochemical pathway in plants-fungus interactionfor DNA is cut, the plant hormone biosynthesis, phenylalanine biosynthesis, terpenoid and steroid compounds synthesis, lipid metabolism, RNA degradation, and so on. Key words: Eucommia ulmoides; young fruits; mature fruits; transcriptome; gene ontology 杜仲 Eucommia ulmoides 为杜仲科杜仲属落叶仲自古以皮入药有补肝肾强筋骨安胎之功乔木植株各部具丝状胶质杜仲科仅 1 属 1 种效 [5] 杜仲药用始载于神农本草经被列为是中国特有的名贵药材树种也是世界上适应范上品今年来随着对杜仲各方面研究的不断深入 [1] 围最广的重要胶源植物广泛分布于我国亚热带到暖温带的广大地区被誉为中国神树 [-4] 杜使其在医疗工业保健等多个领域有了重大突破引起了世界各国的广泛关注 [6-7] 尤其是具有收稿日期基金项目林业公益性行业科研专项杜仲育种群体建立与综合利用技术研究 ( ) 作者简介李铁柱男河南南阳人博士研究生主要从事生态学研究

2 10 李铁柱等杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释塑胶二重性的杜仲胶更是二十一世纪的一个热 [8] 第 10 期进行测序展开了对数据库中 Unigene 的全面分析和注释具体流程如图 1 所示点随着后基因组时代的到来, 转录组学蛋白质组学代谢组学等各种组学技术相继出现, 其中转录组学是率先发展起来以及应用最广泛的技术 [9] 由于林木生长周期长所以从分子上改善林木的性状就显得尤为必要转录组也称为转录物组广义上指在相同环境或生理条件下的一个细胞组织或生物体中出现的所有 RNA 的总和包括信使 RNA mrna 核糖体 RNA 图 1 数字化转录组数据库的分析 Fig. 1 Data analysis of digital transcriptome rrna 转运 RNA trna 及非编码 RNA 狭义上则指细胞所能转录出的所有 mrna 全基因组水平的转录分析可以使研究者更加精确地评结果与分析估细胞表型加深对细胞代谢的理解 [10] 目前已对杜仲幼果和成熟果实进行测序后共获得有不少学者做过有关植物转录组的研究例如了 5,080,588 个 reads 片段包含了 4,777,5,90 使用 cdna-aflp(cdna-amplified 个核苷酸序列信息其中片段长度大于 0 个碱基 Fragment lengh polymorphism) 技术获得辣椒在的为 94.08% 中间未知序列的片段为 0 UV-B 胁迫下的表达谱得到辣椒响应 UV-B 胁迫 GC% 值为 47.9% 由此可以看出此次转录组测序早期差异表达的转录图谱 008 年 M. R. Broadley 结果较好可为后续的数据组装提供很好的原始 008 年徐波等 [1] [11] 通过量化 14 种十字花科植物的幼叶的条基因的转录为中性植物转录演变的假说找到了证据 FAN Shu-ying 等人 [1] 利用 cdna-aflp 技术构建了中国白菜的首张转录图谱 007 年 [14] Anke Becker 数据.1 杜仲幼果和成熟果实转录组数据的组装对 5,080,588 个 reads 片段采用 over-lap 的方等人通过开发的生物信息学工具法进行拼接共获得了 91,90 个 Contig 片段支持了 EST 测序在以硅片和芯片为基础的转录组序列信息达到了 19,461,46 nt 其中长度在 75 分析在菌根共生上的应用 100 nt 范围内的 Contig 片段有 5,916 条比材料与方法分别于杜仲幼果时期 (010 年 5 月 8 日 ) 和 Illumina 测序的预期结果杜仲幼果与成熟果实 RNA 提取幼果和成熟果实 RNA 的提取参照林业科技开发 007 年第 1 卷第 5 期陈建的几种提取杜仲方法的比较杜仲幼果与成熟果实转录组测序转录组测序工作委托深圳华大公司完成 1.4 例为 11.66% 见表 1 图和图由此可见 Contig 数据主要以 nt 的为主完全符合桐研究中心采集华仲 6 号杜仲果实为材料 1. 占有 1.98% 而 00 nt 的共有 101,419 条比植物材料成熟果时期 ( 同年 10 月 8 日 ) 在国家林业局泡 1. 例达到了 74.6% nt 的有 14,567 条杜仲幼果与成熟果实转录组数据组装及基因表1 杜仲果实转录组的Contig数据组装质量统计 Table 1 Data assembly for contig in digital transcriptome nt % nt % nt % nt % nt % 500 nt % 在 Contig 数据的基础上进一步采用 over-lap 功能注释技术路线的方法进行拼接共获得了个 Scaffold 片本研究对杜仲果实胶合成调控时期的转录组段序列信息达到了 nt 其中长度在范围内的 Scaffold 片段有条

第卷 11 图杜仲成熟果实转录组的 Conting 数据长度分布图 Fig. Conting data length distribution for digital transcriptome 图 4 杜仲果实转录组的 Scaffold 数据长度分布图 Fig.

Conting data length distribution for digital transcriptome of Eucommia ulmoides young fruits 比例达到了 8.% 的有 0 71 条比例为 10.88% 的有 6,667 条占.

5 Scaffold data length distribution for digital transcriptome of Eucommia ulmoides young fruits 了 9 10 70 nt 片段大小从 159 nt 859 nt 其中长度在范围内的

5% 1 500 000 nt 的有表杜仲果实转录组的Scaffold数据组装质量统计 Table Data assembly for scaffold in digital transcriptome 157 565 8.% 0 71 10.88% 6 667.

3 第卷 11 图杜仲成熟果实转录组的 Conting 数据长度分布图 Fig. Conting data length distribution for digital transcriptome 图 4 杜仲果实转录组的 Scaffold 数据长度分布图 Fig. 4 Scaffold data length distribution for digital transcriptome 图杜仲幼果转录组的 Conting 数据长度分布图 Fig. Conting data length distribution for digital transcriptome of Eucommia ulmoides young fruits 比例达到了 8.% 的有 0 71 条比例为 10.88% 的有 6,667 条占.50% nt 的有,015 条占 1.58% 000 nt 的有 550 条占 1.4% 见表图 4 图 5 图 5 杜仲幼果转录组的 Scaffold 数据长度分布图 Fig. 5 Scaffold data length distribution for digital transcriptome of Eucommia ulmoides young fruits 了 nt 片段大小从 159 nt 859 nt 其中长度在范围内的 Unigene 片段有条比例达到了 65.67% nt 的有条比例为 18.48% nt 的有条占 7.5% nt 的有表杜仲果实转录组的Scaffold数据组装质量统计 Table Data assembly for scaffold in digital transcriptome % % % nt % 000 nt % 合计在 Scaffold 数据的基础上进一步拼接数据共获得了 64,474 个 Unigene 片段序列信息达到 67 条占 4.06% 000 nt 的有 767 条占 4.7% 见表图 6 图 7 表杜仲果实转录组的Unigene数据组装质量统计 Table Data assembly for unigene in digital transcriptome % % % nt % 000 nt %

1 李铁柱等杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释第 10 期且不同的 Unigene 与 reads 的对应关系各不相同分别用测序深度 depth(reads 碱基数 /unigene 序列长度 ) 和覆盖度 coverage(unigene 中有 reads 覆盖的碱基数 /unigene 序列长度 ) 表示 depth 的范围在 0. 70.

杜仲幼果和成熟果实转录组 Unigene 的 cds 的图 6 杜仲果实转录组的 Unigene 数据长度分布图 Fig.

4 1 李铁柱等杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释第 10 期且不同的 Unigene 与 reads 的对应关系各不相同分别用测序深度 depth(reads 碱基数 /unigene 序列长度 ) 和覆盖度 coverage(unigene 中有 reads 覆盖的碱基数 /unigene 序列长度 ) 表示 depth 的范围在之间 coverage 的范围在 1.57% 99.97% 之间所有的条没有出现未知序列只有 5 45 条有未知序列 GC% 为 15.1% 74.51% Unigene 对应的 reads 即样品中能唯一比对到指定 Unigene 序列的 reads 数 (Unique-mapped-Reads) 从 1 4 条范围不等. 杜仲幼果和成熟果实转录组 Unigene 的 cds 的图 6 杜仲果实转录组的 Unigene 数据长度分布图 Fig.6 Unigene data length distribution for digital transcriptome blast 分析对杜仲转录组所有的 Unigene 的 cds 进行 blast 分析共获得了 6 99 个 CDS 片段序列信息达到了 6 99 nt 其中长度在 nt 范围内的 CDS 片段有,584 条比例达到了 61.15% 的有 8014 条比例为 1.70% 的有,560 条占 9.64% nt 的有 1,470 条占.98% 000 nt 的有 1 01 条占.5% 见表 4 图 8 表 4 杜仲果实转录组的cds数据组装质量统计 Table 4 Data assembly for cds in digital transcriptome 图 7 杜仲幼果转录组的 Scaffold 数据长度分布图 Fig.7 Unigene data length distribution for digital transcriptome of Eucommia ulmoides young fruits 对 Unigene 进行覆盖度的分析发现 798 条 Unigene 能够与测序的原始数据 reads 相对应, % % % nt % 000 nt 101.5% 9 图 8 杜仲果实转录组的 cds 数据长度分布图 Fig. 8 CDS data length distribution for digital transcriptome

5 第卷 1 在蛋白质数据库中对杜仲转录组所有的 Unigene 进行 blast 分析后共获得了 6 66 个 protein 片段序列信息达到了 6.96 nt 其中长度在范围内的 protein 片段有 858 条比例达到了 91.% 的有 48 条比例为 6.60% 的有 71 条占 0.7% nt 的有 4 条占 0.1% 000 nt 的有 16 条占 0.04% 见表 5 图 9 表5 杜仲果实转录组的Protein数据组装质量统计 Table 5 Data assembly for protein in digital transcriptome nt 000 nt, % 6.60% 0.7% 0.1% 0.04% 图 9 杜仲果实转录组的 Protein 数据长度分布图 Fig.9 Protein data length distribution for digital transcriptome 在 ESTscan 数据库中对杜仲转录组的 cds 进行分析共获得了 465 个 EST.scan 片段序列信息达到了 48 nt 其中长度在范围内的 EST.scan 片段有 10 条比例达到了 96.7% 的有 11 条比例为.6% nt 的有 11 条占 0.8% nt 的有条占 0.06% 见表 6 图 10 表 6 杜仲果实转录组的EST.scan数据组装质量统计 Table 6 Data assembly for EST.scan in digital transcriptome nt 图 10 杜仲果实转录组的 EST.scan 数据长度分布图 Fig.10 EST.scan data length distribution for digital transcriptome 96.7%.6% 0.8% 0.06%

6 14. 李铁柱等杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释 Unigene 的 COG 功能分类将 Unigene 和 COG 数据库进行比对发现共有 65,56 条 Unigene 可以与数据库中的基因具有相似性且较多的单条 Unigene 能够与多种基因相对应建立了条对应关系杜仲果实转录组中的 Unigene 根据功能大致可分为 5 类 ( 图 11 中第 10 期用 A~Z 表示 ) 并对每一类的基因数量进行了统计从表中和图中可以看出 Unigene 的 COG 功能种类比较全面涉及了大多数的生命活动整体功能类的基因数量最多有,574 条核结构相关基因类的数量最少只有 8 条其他种类基因的表达丰度不尽相同具体种类和数量见表 7 图 11 杜仲果实转录组的 Unigene COG 功能分类 Fig. 11 COG function classification unigene in digital transcriptome 表 7 杜仲果实转录组的Unigene COG功能分类 Table 7 COG function classification of Eucommia ulmoides fruits unigene in digital transcriptome.4 Unigene 的 GO 功能分类分析编号功能类别基因数量 A RNA processing and modification 160 B Chromatin structure and dynamics 05 C Energy production and conversion 890 D Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning 77 E Amino acid transport and metabolism 1086 F Nucleotide transport and metabolism 05 G Carbohydrate transport and metabolism 186 H Coenzyme transport and metabolism 465 I Lipid transport and metabolism 64 J Translation, ribosomal structure and biogenesis 16 K Transcription 194 L Replication, recombination and repair 1889 M Cell wall/membrane/envelope biogenesis 800 N Cell motility 1 O Posttranslational modification, protein turnover, chaperones 164 P Inorganicion transport and metabolism 816 Q Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism 69 R General function prediction only 56 S Function unknown 1099 T Signal transduction mechanisms 1494 U Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport 501 V Defense mechanisms w Extracellular structures 5 Y Nuclear structure Z Cytoskeleton 8 以与数据库中的基因具有相似性且较多的单条根据分析发现共有 1 9 条 Unigene 可 Unigene 能够与多种基因相对应建立了 1 9 条对应关系从而得到尽可能多的注释和分类杜仲果实胶合同调控时期的转录组中的 Unigene 根据 GO 功能大致可分为生物过程细胞组分和分子功能大类 44 分支见图 1 并对每一类的基因数量进行了统计见表 8 从表中和图中可以看出在生物工程这一大类中代谢过程涉及的基因最多有条在细胞组分这一大类中组成细胞和细胞部分涉及的基因最多有 8 09 条其次是组成细胞器的基因也较多达到了 4 67 条在分子功能这一大类中具有结合功能涉及的基因最多有条其次是具有催化活性功能的基因也较多达到了 554 条其他种类基因的表达丰度不尽相同具体种类和数量见表 8.4 Unigene 的 KEGG 代谢途径分类利用 KEGG 数据库作为参考依据代谢通路

7 第卷 15 图 1 杜仲果实转录组的 Unigene GO 功能分类 Fig. 1 Gene ontology of Eucommia ulmoides oliv fruits unigene in digital transcriptome 表 8 杜仲果实转录组的Unigene GO功能分类 Table 8 Gene ontology of Camellia oleifera fruits unigene in digital transcriptome 本体功能类别基因功能基因数量本体功能类别 anatomical structure formation 110 biological adhesion biological regulation 106 cellular component biogenesis 5 cellular component organization 基因功能 viral reproduction 基因数量 7 cell 857 cell part 857 envelope extracellular region 198 cellular process 66 extracellular region part 15 death 5051 macromolecular complex 960 developmental process 97 membrane-enclosed lumen 60 establishment of localization 1008 organelle 6007 growth 185 organelle part 140 immune system process 105 virion localization 67 virion part locomotion 199 antioxidant activity 8 metabolic process binding 7044 multi-organism process 577 catalytic activity 6598 multicellular organismal process electron carrier activity 1 pigmentation 7 enzyme regulator activity 106 reproduction 944 molecular transducer activity 465 reproductive process 505 structural molecule activity 0 response to stimulus 491 transcription regulator activity translation regulator activity 97 8 transporter activity 770 response to stimulus rhythmic process 可以将转录组中的数据分成 119 类包括生化代涉及基因 108 条占总体的 0.48% 芸苔素涉及谢通路植物真菌互作 DNA 剪切植物激素基因 5 条占总体的 0.11% 涉及基因 6 条占生物合成苯丙氨酸生物合成萜类化合物与类整体的 0.11%; 维生素 B5 涉及基因 4 条占整体固醇类化合物合成脂类代谢 RNA 降解等具的 0.19% 维生素 B 涉及基因 7 条占整体的体列于表 9 其中涉及黄酮素的基因达到了 % 不饱和脂肪酸的生物合成涉及的基因有条占整体的 1.14% 其次是苯丙素类涉及的基 117 条占整体的 0.5% 亚麻酸生化代谢涉及因有 49 条占整体的.18% 类胡萝卜素类的基因有 156 条占整体的 0.%

8 16 Table 9 No. 第 10 期李铁柱等杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释表 9 杜仲果实转录组的Unigene KEGG代谢途径分类 KEGG classification unigene in digital transcriptome Pathway DEGs with pathway annotation Pathway ID (18714) No. Pathway DEGs with pathway annotation Pathway ID (18714) 1 Metabolic pathways 854 ko Photosynthesis 96 ko00195 Biosynthesis of secondary metabolites 056 ko Protein export 96 ko0060 Plant-pathogen interaction 1499 ko Alanine, aspartate and glutamate metabolism 96 ko Spliceosome 978 ko Proteasome 9 ko Starch and sucrose metabolism 55 ko Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis 91 ko Phenylpropanoid biosynthesis 49 ko Selenoamino acid metabolism 89 ko Protein processing in endoplasmic reticulum 47 ko Butanoate metabolism 89 ko Purine metabolism 48 ko Porphyrin and chlorophyll metabolism 86 ko Ribosome 416 ko0010 Mismatch repair 8 ko Pyrimidine metabolism 404 ko Ether lipid metabolism 8 ko Oxidative phosphorylation 9 ko Natural killer cell mediated cytotoxicity 8 ko Endocytosis 11 ko Valine, leucine and isoleucine biosynthesis 8 ko Ubiquitin mediated proteolysis 0 ko Glyoxylate and dicarboxylate metabolism 81 ko Cysteine and methionine metabolism ko Terpenoid backbone biosynthesis 80 ko RNA degradation 6 ko N-Glycan biosynthesis 77 ko Flavonoid biosynthesis 57 ko beta-alanine metabolism 77 ko Glycolysis / Gluconeogenesis 46 ko SNARE interactions in vesicular transport 75 ko Cyanoamino acid metabolism 9 ko Benzoxazinoid biosynthesis 7 ko RNA polymerase 4 ko Fatty acid biosynthesis 7 ko Stilbenoid, diarylheptanoid and gingerol biosynthesis 8 ko Other glycan degradation ko Peroxisome ko Glucosinolate biosynthesis ko00966 Limonene and pinene degradation 17 ko Flavone and flavonol biosynthesis ko00944 Circadian rhythm - plant 14 ko Sphingolipid metabolism ko Amino sugar and nucleotide sugar metabolism 0 ko Steroid biosynthesis 68 ko Pyruvate metabolism 0 ko Regulation of autophagy 68 ko Phenylalanine metabolism 191 ko Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis 6 ko Tryptophan metabolism 189 ko Histidine metabolism 61 ko Zeatin biosynthesis 185 ko Diterpenoid biosynthesis 59 ko Glycerophospholipid metabolism 170 ko Sulfur metabolism 51 ko Phagosome 166 ko Tropane, piperidine and pyridine alkaloid biosynthesis 46 ko ABC transporters 165 ko One carbon pool by folate 46 ko00670 Nucleotide excision repair 159 ko040 9 Isoquinoline alkaloid biosynthesis 45 ko00950 Fatty acid metabolism 157 ko Pantothenate and CoA biosynthesis 4 ko alpha-linolenic acid metabolism 156 ko Arachidonic acid metabolism 40 ko Citrate cycle (TCA cycle) 15 ko Glycosaminoglycan degradation 7 ko Glutathione metabolism 150 ko Non-homologous end-joining ko Pentose and glucuronate interconversions 146 ko Anthocyanin biosynthesis 9 ko Carbon fixation in photosynthetic organisms 14 ko Photosynthesis - antenna proteins 9 ko Base excision repair 14 ko Glycosphingolipid biosynthesis - ganglio series 7 ko Aminoacyl-tRNA biosynthesis 19 ko Riboflavin metabolism 7 ko Valine, leucine and isoleucine degradation 10 ko Glycosylphosphatidylinositol(GPI)-anchor biosynthesis 6 ko Fructose and mannose metabolism 10 ko Folate biosynthesis 6 ko Nitrogen metabolism 18 ko Indole alkaloid biosynthesis 6 ko DNA replication 17 ko Brassinosteroid biosynthesis 5 ko Ascorbate and aldarate metabolism 16 ko Nicotinate and nicotinamide metabolism 5 ko Galactose metabolism 16 ko Lysine biosynthesis ko Phosphatidylinositol signaling system 14 ko Polyketide sugar unit biosynthesis ko Glycine, serine and threonine metabolism 1 ko Thiamine metabolism 0 ko Arginine and proline metabolism 1 ko Vitamin B6 metabolism 17 ko Lysine degradation 119 ko Glycosphingolipid biosynthesis - globo series 15 ko Inositol phosphate metabolism 119 ko Taurine and hypotaurine metabolism 14 ko Biosynthesis of unsaturated fatty acids 117 ko Biotin metabolism 1 ko Glycerolipid metabolism 117 ko Synthesis and degradation of ketone bodies 1 ko Tyrosine metabolism 116 ko Lipoic acid metabolism 10 ko Basal transcription factors 114 ko C5-Branched dibasic acid metabolism 10 ko Pentose phosphate pathway 11 ko Fatty acid elongation in mitochondria 7 ko Propanoate metabolism 11 ko Monoterpenoid biosynthesis 6 ko Linoleic acid metabolism 108 ko Caffeine metabolism 6 ko00 59 Carotenoid biosynthesis 108 ko Betalain biosynthesis 4 ko Homologous recombination 105 ko0440

9 第卷 17 结论与讨论测序组装效果比较好对杜仲幼果和成熟果实进行测序后共获得了参考文献个 reads 片段, 包含了个核苷酸序列信息对 reads 进行拼接共获得了个 Contig 片段序列信息达到了 nt 在 Contig 数据的基础上进一步采用 over-lap 的方法进行拼接共获得了个 Scaffold 片段序列信息达到了 nt 在 Scaffold 数据的基础上进一步拼接数据共获得了个 Unigene 片段序列信息达到了 nt 对杜仲转录组所有的 Unigene 的 cds 进行 blast 分析共获得了 6 99 个 CDS 片段序列信息达到了 6 99 nt 在蛋白质数据库中对杜仲转录组所有的 Unigene 进行 blast 分析后共获得了 6 66 个 protein 片段序列信息达到了 6.96 nt 在 ESTscan 数据库中对杜仲转录组的 cds 进行分析共获得了 465 个 EST.scan 片段序列信息达到了 48 nt 将 Unigene 和 COG 数据库进行比对发现共有条 Unigene 可以与数据库中的基因具有相似性共有 1 9 条 Unigene 可以与 GO 数据库中的基因具有相似性 011 年熊丽东 [14] 利用 SOlexa 测序技术对红花进行转录组测序得到红花总 Unigenes 为 15 7 条进行 Unigenes 功能注释后结果为 match 到 nr 库的 Unigenes 为条 match 到 SwissProt 库的 Unigenes 为条 match 到 KEGG 库的 Unigenes 为条 match 到 COG 库的 Unigenes 为条 011 年 Annelies Haegeman 等人 [15] 利用 454 测序技术分析了根腐线虫的转录组得到了条 reads 数据总长度为 bp 平均长度为 5 bp 通过修剪得到高质量的 reads 片段 0 70 条总长度 bp 平均长度 1 bp 通过组装得到条 contigs 片段总长度为 bp 平均长度 458bp 011 年 Yun-Fei Qin 等 [16] 对日本三角涡虫的正常或再生组织进行深度测序在此基础上进行数字化基因表达的转录组分析得到了条 reads 数据总长度为 nt 平均长度为 90nt 通过拼接得到了条 contigs 数据平均长度为 16 nt, 对 contigs 进行拼接得到条 scaffolds 条数据平均长度 40 nt 进一步拼接得到 7 18 条 uingene 数据平均长度 468 nt 将本次测序结果与以上三人的测序结果作比较发现本次测序所得到的数据量大说明本次 [1] 纪奎江. 我国橡胶资源与废橡胶循环利用 [J]. 技术交流, 010, 4: 1-4. [] 杜红岩. 我国的杜仲胶资源及其开发潜力与产业发展思路 [J]. 经济林研究, 010, 8(): 1-6. [] 杜红岩, 赵戈, 卢绪奎. 论我国杜仲产业化与培育技术的发展 [J]. 林业科学研究, 000, 1(5): [4] 严瑞芳. 杜仲胶研究新进展 [J]. 化学通报, 1991, (1):1-6. [5] 江苏新医学院编. 中药大祠典 [M]. 上海 : 上海科学技术出版社,1986. [6] 朱峰, 岳红, 祖恩峰, 等. 新型功能材料杜仲胶的研究与应用 [J]. 安徽大学学报 : 自然科学版, 005, 9(): [7] 严瑞芳. 杜仲胶研究进展及发展前景 [J]. 化学进展, 1995, 7(1): [8] 周莉英, 刘晓利. 杜仲胶的研究现状 [J]. 陕西中医学院学报, 004, 7(4): [9] Lockhart D J, Winzeler E A. Genomics, gene express and DNA arrays. Nature, 000, 405(6788): [10] 史硕博, 陈涛, 赵学明. 转录组平台技术及其在代谢工程中的应用 [J]. 生物工程学报, 010, 6(9): [11] 徐波. 辣椒应答 UV-B 的转录组差异分析及相关功能基因的分离 [D]. 福建 : 福建农林大学, 008. [1] M R Broadley, P J White, J P Hammond, et al. Evidence of neutral transcriptome evolution in plants[j]. New Phytologist, 008, (180): [1] FAN Shu-ying, LE Jian-gang, CHENG Guang-jie, et al. Chinese Cabbage-pak-choi Transcriptome Map Construction with cdnaaflp Techniques[J].Science Direct,008,7(10) [14] Helge Kuster, Anke Becker, Christian Firnhaber, et al. Development of bioinformatic tools to support EST-sequencing, In silico-and micro array-based transcriptome profiling in Mycorrhizal symbioses[j]. Science Direct,007(68):19-. [15] 熊丽东. 红花转录组测序分析及其油体蛋白基因全长的获得 [D]. 吉林 : 吉林农业大学, 011. [16] AnneliesHaegeman, SoumiJoseph, Godelieve Gheysen. Analysis of the transcriptome of the root lesion nematode Pratylenchus coffeae Generated by 454 sequencing technology[j]. Molecular & Biochemical Parasitology, 011 (178) [17] Yun-Fei Qin, Hui-Min Fang, Qing-Nan Tian, et al. Transcriptome profiling and digital gene expression by deep-sequencing in normal/regenerative tissues of planarian Dugesia japonica[j]. Genomics,011 (97) [ 本文编校吴彬]

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