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1 第 九 章 酵 母 菌 基 因 工 程
2 酵 母 菌 表 达 系 统 的 优 势 基 因 表 达 调 控 机 理 比 较 清 楚, 遗 传 操 作 相 对 简 单 具 有 真 核 生 物 蛋 白 质 翻 译 后 加 工 修 饰 系 统 安 全 型 基 因 工 程 受 体 系 统 大 规 模 发 酵 工 艺 简 单, 成 本 低 廉 可 将 外 源 基 因 表 达 产 物 分 泌 到 培 养 基 中 有 助 于 阐 明 高 等 真 核 生 物 基 因 表 达 调 控 机 理
3 酵 母 菌 载 体 的 类 型 整 合 型 ( 非 自 主 复 制 型 ) 自 主 复 制 型 附 加 体 型 ( yeast episomal plasmid, YEp): 复 制 起 点 来 自 于 酿 酒 酵 母 的 天 然 质 粒 -2μ 质 粒 染 色 体 复 制 型 ( Yeast Replicating plasmid, YRp): 复 制 起 点 来 自 染 色 体 上 的 自 主 复 制 序 列 ARS (Autonomous replicating sequence)
4 Amp r Tc r URA3 Ori 2μ Amp r YIp Tc r Ori Amp r Ori YEp Tc r 2μ URA3 Amp r ARS YRp Tc r URA3 CEN Amp r pyac Ori TRP1 Ori Amp r Tc r YCp URA3 TEL HIS4 TEL TEL YLp TEL Amp r URA3 Tc r TEL
5 酵 母 菌 载 体 的 遗 传 标 记 基 因 大 多 数 是 以 酵 母 菌 氨 基 酸 或 核 苷 酸 合 成 途 径 中 的 酶 基 因 作 为 选 择 标 记, 如 ARG4, LEU2,TRP1,HIS3,URA3 使 用 这 些 遗 传 标 记 时, 受 体 菌 应 是 相 应 标 记 基 因 的 突 变 型, 且 是 稳 定 的 突 变 体 ( 缺 失 突 变 或 多 点 突 变 ), 利 用 遗 传 互 补 进 行 转 化 体 的 筛 选
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7 常 用 的 酵 母 宿 主 系 统 酿 酒 酵 母 表 达 系 统 食 品 级 安 全 性 表 达 效 率 较 低 毕 赤 酵 母 (Pichia pastoris) 表 达 系 统 能 在 以 甲 醇 为 唯 一 碳 源 和 能 源 的 培 养 基 中 生 长 表 达 效 率 高
8 一 酿 酒 酵 母 菌 的 克 隆 载 体 1. YIp (Yeast Integration plasmid ) 该 类 载 体 是 在 大 肠 杆 菌 质 粒 载 体 中 插 入 酵 母 的 标 记 基 因 构 成 没 有 酵 母 菌 的 复 制 子 顺 序, 只 有 依 靠 携 带 的 酵 母 基 因 与 酵 母 染 色 体 上 的 同 源 DNA 整 合 到 染 色 体 上 去 转 化 体 十 分 稳 定, 但 也 可 能 发 生 第 二 次 同 源 重 组
9 ori Amp r YIp5 Tet r 染 色 体 DNA URA3 Ura3
10 2. YEp 酿 酒 酵 母 中 的 2μ 质 粒 几 乎 所 有 酿 酒 酵 母 菌 株 中 都 存 在 一 个 6318bp 的 野 生 型 2μ 环 状 质 粒, 它 在 细 胞 内 的 拷 贝 数 约 50~100 YIp 中 可 插 入 整 个 或 部 分 2μ 质 粒 DNA 片 段 构 成 YEp 大 多 数 酿 酒 酵 母 菌 株 中 都 含 有 天 然 2μ 质 粒,YEp 复 制 所 需 的 酶 可 由 2μ 质 粒 提 供
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12 3. YRp 酿 酒 酵 母 基 因 组 中 每 隔 30~40kb 便 有 一 个 自 主 复 制 序 列 (ARS) 含 有 ARS 序 列 遗 传 标 记 基 因 及 克 隆 位 点 的 质 粒 组 成 YRp Ori URA3 PstI Amp ARS YRp12 6.9kb Tc TRP1 BamHI EcoRI
13 YIp YRp
14 YRp 转 化 酵 母 的 效 率 大 幅 度 提 高, 但 转 化 子 不 稳 定, 经 几 代 培 养 后, 质 粒 丢 失 率 高 达 50%~70%, 主 要 原 因 是 YRp 质 粒 不 能 在 母 细 胞 和 子 细 胞 中 均 匀 分 配 从 酵 母 转 化 体 中 可 分 离 到 与 转 化 前 相 同 的 质 粒 DNA Yrp 也 可 整 合 到 酵 母 染 色 体 中 去, 与 YIp 整 合 过 程 相 同
15 4. YCp 载 体 着 丝 粒 区 域 是 染 色 体 均 匀 分 配 的 重 要 顺 式 作 用 元 件 将 着 丝 粒 片 段 插 入 到 YRp 质 粒 中, 能 明 显 改 善 质 粒 在 母 细 胞 和 子 细 胞 中 的 均 匀 分 配, 提 高 质 粒 在 宿 主 细 胞 增 殖 过 程 中 的 稳 定 性 Ycp 以 低 拷 贝 存 在
16 YRp YCp
17 5. YAc
18 vect or Transfomation frequency YIp 10 2 transformants per μg DNA YEp transformants per μg DNA YRp 10 4 transformants per μg DNA YCp 10 4 transformants per μg DNA Copy no./c ell Properties of the different yeast vectors 1 Much less than 1% per generation Loss in nonselective medium % per generation 1-20 Much greater than 1% per generation but can get chromosomal integration 1-2 Less than 1% per generation disadvantage 1. Low transformation frequency 2. Can only be recovered from yeast by cutting chromosomal DNA with restriction endonuclease which does not cleave original vector containing cloned gene Novel recombinants generated in vivo by recombination with endogenous 2μm plasmid Instability of transformants Low copy number makes recovery from yeast more difficult than that with YEp or YRp vectors advantage 1. Of all vectors, this kind give most stable maintenance of cloned genes. 2. An integrated YIp plasmid behaves as an ordinary genetic marker, e.g. a diploid heterozygous for an integrated plasmid segregates the plasmid in a Mendelian fashion 3. Most useful for surrogate genetics of yeast, e.g. can be used to introduce deletions, inversions and transpositions 1. Readily recovered from yeast 2. High copy number 3. High transformation frequency 4. very useful for complementation studies 1. Readily recovered from yeast 2. High copy number. Note that the copy number is usually less than that of YEp vectors but this may be useful if cloning gene whose product is deleterious to the cell if produced in excess 3. High transformation frequency 4. Very useful for complementation studies 5. Can integrate into the chromosome 1. Low copy number is useful if product of cloned gene is deleterious to cell 2. High transformation frequency 3. Very useful for complementation studies 4. At meiosis generally shows Mendelian segregation YAC 1-2 Depends on length: the longer the YAC the more stable it is Difficult to map by standard techniques 1. High-capacity cloning system permitting DNA molecules greater than 40 kb to be cloned 2. Can amplify large DNA molecules in a simple genetic background
19 6. 酿 酒 酵 母 表 达 质 粒 启 动 子 : 组 成 型 ( 葡 萄 糖 诱 导 ) :PGK, GPD, ADH1 诱 导 型 :GAL 基 因 启 动 子
20 The GAL System GAL genes: all genes involved in the pathway from Galactose to G-6-P GAL genes are expressed at a high level when galactose is used as the sole carbon source The promoter from the GAL1 gene is most commonly used for expressing target protein. Following addition of galactose, GAL1 mrna is rapidly induced over 1000-fold and can reach 1% of total mrna
21 Each of the GAL genes contains within its promoter at least one, and often multiple, binding sites for the transcriptional activator Gal4p Gal4p is induced by galactose Gal promoter
22 不 适 合 工 业 化 生 产!
23 酿 酒 酵 母 整 合 型 载 体
24 酿 酒 酵 母 宿 主 系 统 已 成 功 地 用 于 多 种 重 组 异 源 蛋 白 的 生 产 Glucagen (Novo Nordisk) 甲 肝 乙 肝 疫 苗 (GlaxoSmithKline ) 水 蛭 素 (Aventis ) 但 也 暴 露 出 一 些 问 题 : 外 源 基 因 表 达 水 平 不 高 重 组 异 源 蛋 白 超 糖 基 化 培 养 基 复 杂, 成 本 高 昂
25 二 甲 醇 酵 母 表 达 系 统 Pichia pastoris 巴 斯 德 毕 赤 酵 母 能 在 价 格 低 廉 的 甲 醇 培 养 基 中 生 长 菌 株 可 进 行 高 密 度 发 酵 (>400 g/l wet cell weight) 催 化 甲 醇 代 谢 途 径 第 一 步 反 应 的 乙 醇 氧 化 酶 (Alcohol oxidase, AOX1) 可 积 累 到 总 蛋 白 的 30% (10 12 g/l 重 组 蛋 白 ) AOX1 启 动 子 是 已 知 功 能 最 强 可 诱 导 基 因 启 动 子 没 有 附 加 体 质 粒, 一 般 是 整 合 型 载 体
26 整 合 型 分 泌 表 达 载 体
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29 转 化 方 式 : 电 激 法 氯 化 锂 法 等 载 体 的 整 合 : 获 得 高 拷 贝 整 合 转 化 子 :
30 毕 赤 酵 母 系 统 的 缺 陷 高 密 度 发 酵 的 条 件 下, 发 酵 周 期 较 长 (4-7 天 ), 易 污 染, 且 过 长 时 间 的 发 酵 容 易 使 目 的 产 物 发 生 降 解 ; 利 用 甲 醇 作 为 诱 导 原 料, 不 仅 会 给 细 胞 带 来 毒 害, 而 且 也 会 给 生 产 带 来 安 全 隐 患 ; 采 用 怎 样 的 补 料 方 式, 才 能 既 能 满 足 菌 体 的 生 长, 又 能 为 产 物 表 达 提 供 足 够 的 动 力 ; 如 何 实 现 方 便 快 捷 的 低 成 本 的 检 测 甲 醇 浓 度 的 方 法 以 实 现 目 的 产 物 的 高 效 表 达 ; 不 是 万 能 的 蛋 白 表 达 系 统, 低 表 达 或 不 表 达 的 例 子 也 在 增 加
31 三 酵 母 双 杂 交 系 统 Two-hybrid system Detect protein protein interactions.
32 Principle of yeast two-hybrid assay Many eukaryotic trans-acting transcription factors are composed of physically separable, functionally independent domains. DNA-binding domain (BD) binds to a specific enhancer-like sequence ( upstream activation site, UAS). The activation domains (AD) directs the RNA polymerase II complex to transcribe the gene downstream of the UAS
33 The domain structure of Gal4p Amino acids 1 65 interacts directly with DNA at UAS G for galactose Amino acids is responsible for the dimerization of the protein Amino acids forms the major AD Amino acids is a weak activator Amino acids is a binding site for a transcriptional repressor
34 If the DNA-BD and AD are physically separated by recombinant DNA technology and expressed in the same host cell, they do not directly interact with each other and thus cannot activate the responsive genes. However, if the DNA-BD and AD can be brought into close physical proximity in the promoter region, the transcriptional activation function will be restored. The DNA-BD and the AD are both derived from the yeast transcriptional activator GAL4P (a.a and )
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36 See movie
37 酵 母 双 杂 交 体 系 的 宿 主 菌 株 及 质 粒 载 体 宿 主 菌 将 酿 酒 酵 母 基 因 组 中 编 码 转 录 激 活 因 子 GAL4 的 基 因 剔 除 掉, 建 立 缺 陷 型 的 酵 母 菌 株 如 SFY526 和 HF7c, 它 们 都 丧 失 了 表 达 内 源 GAL4P 转 录 激 活 因 子 的 能 力, 因 此 适 于 用 来 检 测 外 源 GAL4P 转 录 激 活 因 子 的 功 能
38 BD 质 粒 载 体 : 靶 基 因 按 正 确 的 相 位 与 GAL4- BD 融 合, 产 生 杂 种 蛋 白 I AD 质 粒 载 体 : 是 用 于 构 建 cdna 表 达 文 库 的 专 用 载 体 克 隆 的 cdna 片 段 按 正 确 的 方 向 和 相 位 插 入 载 体 的 多 克 隆 位 点, 表 达 产 生 与 GAL4- AD 的 融 合 蛋 白, 形 成 杂 种 蛋 白 II 杂 种 蛋 白 通 过 核 定 位 序 列 (nuclear localization sequences) 进 入 酵 母 的 细 胞 核
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40 : SV40 T-antigen nuclear localization sequence.
41 酵 母 双 杂 交 体 系 的 实 验 程 序 将 已 知 的 靶 蛋 白 (bait) 基 因 插 入 到 pgbt9 质 粒 载 体 的 MCS 将 cdna 片 段 (prey) 克 隆 在 pgad424 载 体 上, 构 成 cdna 表 达 文 库 从 大 肠 杆 菌 中 分 别 提 取 这 两 种 重 组 质 粒 DNA, 共 转 化 酿 酒 酵 母 菌 株 HF7c 将 转 化 菌 株 涂 布 在 不 含 Leu 和 Trp 的 基 本 培 养 基 上, 筛 选 具 有 两 种 质 粒 的 转 化 子 再 涂 布 在 不 含 Leu Trp 和 His (reporter gene) 的 基 本 培 养 基 上, 筛 选 能 表 达 相 互 作 用 的 杂 种 蛋 白 质 的 阳 性 克 隆
42 cdna AD library Other Interaction Screens The interaction of DBD and AD is mediated through another factor.
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人 工 抗 原 的 鉴 定
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