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1 植物遗传资源学报 2012,13(6) : Journal of Plant Genetic Resources 利用 SSR 标记构建江西稻种资源核心种质库的研究 黎毛毛,黄永兰,余丽琴,王记林,芦 明,熊玉珍,束爱萍,范志洁,万建林 ( 江西省农业科学院水稻研究所,南昌 ) 摘要:以 3187 份江西地方稻种资源为材料,依据籼粳 早中晚 粘糯 糙米色和谷粒形状等 5 个质量性状进行分组,组内按 8 个稻作区再分为不同的亚组 利用 SSR 标记对各亚组和组内种质资源进行遗传多样性和聚类分析,建立了包括 296 份种质 的江西地方稻种资源核心种质库,占资源总数的 9. 28% 关键词:江西;稻种资源;SSR 标记;核心种质库 Development of a Core Collection for Jiangxi Traditional Rice Germplasm by SSR markers LI Mao-mao, HUANG Yong-lan,YU Li-qin, WANG Ji-lin, LU Ming, XIONG Yu-zhen, SHU Ai-ping, FAN Zhi-jie,WAN Jian-lin ( Rice Research institute, Jiangxi Academy of Agricultural Sciences,Nanchang,330200) Abstract: A total of 3187 traditional rice germplasm were studied to develop a core collection for Jiangxi tradi- tional rice germplasm. The germplasm were classified to different team using five qualitative characters Indica / Ja- ponica, early / middle / late season rice, waxy / non-waxy, the color of brown rice and grain shape. Each team was classfied to sub-team by eight rice plant region. Genetic diversity and clusing analysis of the team and sub-team was reseached by SSR masrkers. A core collection bank including 296 germplasm were constructed, which accounted for 9. 28% of total germplasm. Key words:jiangxi; Rice germplasm; SSR Markers; Core collection 人类对植物遗传资源的研究经过了认识 考查 份 [3] 如何保存和利用如此众多的遗传资源成为 收集 利用和创造等漫长的历史过程,主要包括 3 个 近年遗传资源研究的重要课题 Frankel [4] 于 1984 化等问题进行了研究;第 2 阶段是二战后世界工业 种质资源的一部分,以最小的资源数量和遗传重复 阶段:第 1 阶段对植物遗传资源的地理分类 系统进 年提出核心种质的概念,即用一定的方法选择整个 迅猛发展,生态系统遭到严重破坏,为防止植物遗传 最大程度的代表整个遗传资源的多样性 因此,可 资源大量流失,各国都加强了对遗传资源的收集并 优先对核心种质进行生活力检测 繁殖 交换和分 保存了大量的遗传材料,使保存的遗传资源增加到 送,以加速种质资源的交流,提高利用率;利用核心 450 万份,其中禾谷类 253 万份,水稻 万份 [1] ; 第 3 阶段是目前开展的对遗传资源进行保存 评价 创新和有效利用的研究 [2] 至 2000 年,我国已编目 国内稻种资源 份,其中古老地方品种 种质的代表性,发展新的种质评价和保存方法,筛选 需要的性状,提高育种效率 [4-5] 李自超等 [6] 对国 家作种质库编目入库的 份中国地方稻种资源 研究认为,以丁颖分类体系分组 按平方根或对数比 收稿日期: 修回日期: 基金项目:江西省自然科学基因项目 (2009GZN0054 ) ; 转基因生物新品种培育重大专项( 2009ZX B) ; 江西省科技支撑计划项目 (20111BBF60046) 作者简介:黎毛毛, 博士, 研究员, 主要从事水稻遗传育种研究 lmm056@ yahoo. com. cn 通信作者:万建林,博士,研究员,主要从事水稻遗传育种研究 ncwanjl@ 163. com

2 6 期 黎 毛 毛 等 : 利 用 SSR 标 记 构 建 江 西 稻 种 资 源 核 心 种 质 库 的 研 究 953 例 在 组 内 随 机 取 样 的 策 略 为 中 国 地 方 稻 种 核 心 种 质 初 级 样 品 的 可 行 策 略 ; 在 初 级 核 心 种 质 取 样 量 上, 以 计 算 机 提 取 6%, 加 上 人 工 定 向 取 样 增 加 优 异 种 质 和 极 值 材 料 约 2%, 使 初 级 核 心 种 质 总 数 达 4000 [7] 份 魏 兴 华 等 对 1367 份 浙 江 粳 稻 地 方 品 种 的 研 究 认 为, 变 种 类 型 下 聚 类 分 组 取 样 优 于 直 接 随 机 取 [8] 样 孙 强 等 研 究 认 为, 总 体 取 样 量 15% 按 代 码 分 组 组 内 简 单 比 例 取 样 及 组 内 聚 类 取 样 的 取 样 方 案 是 构 建 吉 林 省 稻 种 资 源 核 心 种 质 的 最 佳 方 案, 并 按 照 最 佳 方 案 构 建 了 包 括 477 份 稻 种 资 源 的 核 心 种 质 库 通 过 构 建 核 心 种 质 库 研 究 遗 传 资 源 在 大 麦 [9] 芝 麻 [10] 高 粱 [11] 小 麦 [12] 珍 珠 粟 [13] [14-15] 水 稻 等 农 作 物 中 被 广 泛 的 采 用 江 西 是 中 国 稻 种 资 源 比 较 丰 富 的 省 份 之 一, 七 五 八 五 期 间, 全 国 入 国 家 作 物 种 质 库 的 地 方 水 稻 品 种 总 计 份, 其 中 江 西 省 2881 份, 占 %, 仅 次 于 云 南 广 西 [16-17] 本 研 究 利 用 3187 份 江 西 地 方 稻 种 资 源 为 试 验 材 料, 利 用 SSR 分 子 标 记 技 术, 开 展 江 西 地 方 稻 种 资 源 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 研 究, 建 立 江 西 地 方 稻 种 资 源 核 心 种 质 库, 为 提 高 江 西 省 稻 种 资 源 的 利 用 率 发 掘 优 异 基 因 资 源 提 供 理 论 依 据 和 核 心 材 料 1 材 料 与 方 法 1. 1 试 验 材 料 江 西 省 农 业 科 学 院 水 稻 研 究 所 保 存 的 江 西 地 方 稻 种 资 源 3187 份 1. 2 研 究 方 法 资 源 分 组 试 验 基 础 数 据 来 自 中 国 稻 种 资 源 目 录 [16-17] 和 江 西 省 农 作 物 品 种 资 源 目 录 [18], 经 2009 年 和 2010 年 2 年 在 江 西 省 农 业 科 学 院 水 稻 研 究 所 试 验 站 种 植, 调 查 核 实 身 份 ; 并 对 相 [19] 关 质 量 性 状 根 据 韩 龙 植 制 定 的 水 稻 种 质 资 源 描 述 规 范 和 数 据 标 准 进 行 整 理 和 规 范 将 稻 种 资 源 按 籼 粳 ( 籼 稻 和 粳 稻, 共 2 组 ) 早 中 晚 ( 早 稻 中 稻 和 晚 稻, 共 3 组 ) 粘 糯 ( 粘 米 和 糯 米, 共 2 组 ) 糙 米 色 ( 白 米 和 红 米, 共 2 组 ) 谷 粒 形 状 ( 短 圆 阔 卵 椭 圆 和 细 长, 共 4 组 ) 等 5 个 质 量 性 状 进 行 分 组 组 内 按 赣 州 吉 安 抚 州 南 昌 九 江 上 饶 宜 春 和 江 西 ( 地 方 稻 种 资 源 中 未 知 具 体 来 源 的 种 质 ) 等 8 个 稻 作 区 划 分 为 不 同 的 亚 组 SSR 引 物 的 筛 选 及 PCR 扩 增 根 据 前 人 研 究 结 果, 筛 选 24 对 在 籼 稻 和 粳 稻 中 均 表 现 出 多 态 性 的 SSR 引 物, 每 条 染 色 体 各 2 对 [20-23], 用 于 江 西 地 方 稻 种 资 源 的 DNA 分 析 (24 对 SSR 引 物 信 息 见 [24] 表 1) 按 Edwards 等 并 稍 有 改 进 的 CTAB 法 提 取 DNA, 并 进 行 DNA 纯 化 PCR 体 系 ( 总 反 应 体 积 为 20μl ) 含 10 PCR buffer ( 含 Mg 2 + ) 2. 0μl, 2. 5mmol / L dntp 1. 5μl,5U / μl Taq 0. 5μl,2μmol / L SSR 引 物 2. 0μl, 20ng / μl DNA 2. 0μl, dd H 2 O 12. 0μl PCR 扩 增 程 序 为 94 变 性 30s,58 复 性 30s,72 延 伸 1min, 共 进 行 36 个 循 环, 然 后 在 72 延 伸 10min, 待 温 度 降 至 10 后, 取 出 放 入 4 冰 箱 内 备 用 采 用 6% 的 聚 丙 烯 酰 胺 凝 胶 电 泳 及 银 染 法 检 测 扩 增 结 果 表 1 12 对 SSR 标 记 的 引 物 信 息 Table 1 标 记 Marker The information of 12 SSR markers 染 色 体 Chromosome 正 向 序 列 Forward primer 反 向 序 列 Reverse primer RM259 1 tggagtttgagaggaggg cttgttgcatggtgccatgt RM23 1 cattggagtggaggctgg gtcaggcttctgccattctc RM211 2 ccgatctcatcaaccaactg cttcacgaggatctcaaagg RM250 2 ggttcaaaccaagctgatca gatgaaggccttccacgcag RM251 3 gaatggcaatggcgctag atgcggttcaagattcgatc RM231 3 ccagattatttcctgaggtc cacttgcatagttctgcattg RM335 4 gtacacacccacatcgagaag gctctatgcgagtatccatgg RM252 4 ttcgctgacgtgataggttg atgacttgatcccgagaacg RM405 5 tcacacactgacagtctgac aatgtggcacgtgaggtaag RM169 5 tggctggctccgtgggtagctg tcccgttgccgttcatccctcc RM190 6 ctttgtctatctcaagacac ttgcagatgttcttcctgatg RM253 6 tccttcaagagtgcaaaacc gcattgtcatgtcgaagcc RM336 7 cttacagagaaacggcatcg gctggtttgtttcaggttcg RM125 7 atcagcagccatggcagcgacc aggggatcatgtgccgaaggcc RM152 8 gaaaccaccacacctcaccg ccgtagaccttcttgaagtag RM331 8 gaaccagaggacaaaaatgc catcatacatttgcagccag RM242 9 ggccaacgtgtgtatgtctc tatatgccaagacggatggg RM219 9 cgtcggatgatgtaaagcct catatcggcattcgcctg RM gcatggccgatggtaaag tgtataaaaccacacggcca RM cttaaatgggccacatgcg caaagcttccggccaaaag RM cccatgcgtttaactattct cgttccatcgatccgtatgg RM atatgagttgctgtcgtgcg caacttgcatcctcccctcc RM17 12 tgccctgttattttcttctctc ggtgatcctttcccatttca RM tagtgccgatcgatgtaacg catatggttttgacaaagcg 以 0 1 统 计 SSR 扩 增 带 型, 并 建 立 相 应 的 数 据 库 在 相 同 迁 移 率 位 置 上, 有 带 记 为 1, 无 带 记 为 0 数 据 经 转 化 后 用 Popgene 32 程 序 进 行 Nei 遗 传 距 离

3 954 植 物 遗 传 资 源 学 报 13 卷 和 遗 传 相 似 性 分 析 ; 根 据 遗 传 相 似 性 矩 阵 用 NTSYSpc V2. 0 进 行 UPGMA 聚 类 分 析 取 样 策 略 与 方 法 江 西 地 方 稻 种 资 源 核 心 种 质 构 建 采 用 优 先 保 存 - 双 重 聚 类 取 样 策 略 ; 组 内 及 亚 组 内 取 样 方 法 采 用 聚 类 和 随 机 2 种 方 法 相 结 合, 避 免 采 用 受 环 境 等 因 素 影 响 较 大 的 数 量 性 状 进 行 直 接 随 机 取 样 而 产 生 的 误 差 组 内 取 样 原 则 为 稻 种 资 源 数 多 的 在 核 心 种 质 库 中 所 占 的 比 例 可 小 一 些, 稻 种 资 源 数 较 少 的 所 占 比 例 可 相 对 大 一 些 ; 遗 传 多 样 性 小 的 在 核 心 种 质 库 中 所 占 的 比 例 可 小 一 些, 遗 传 多 样 性 大 的 所 占 的 比 例 可 大 一 些 取 样 步 骤 如 下 步 骤 1: 对 需 要 优 先 保 存 的 种 质 资 源 直 接 入 选 核 心 种 质, 包 括 早 期 大 面 积 推 广 种 植 的 品 种 重 要 亲 本 或 特 色 资 源, 以 及 按 照 质 量 性 状 分 组 时 组 内 只 有 1 份 材 料 的 种 质 步 骤 2: 利 用 SSR 标 记 对 各 试 验 材 料 进 行 DNA 分 析 根 据 DNA 分 析 结 果, 对 各 亚 组 内 种 质 进 行 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 根 据 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 结 果, 确 定 各 亚 组 遗 传 相 似 性 阈 值, 将 各 亚 组 种 质 按 遗 传 相 似 性 阈 值 划 分 为 不 同 的 取 样 小 组 根 据 各 取 样 小 组 的 种 质 数 和 所 设 计 初 级 核 心 种 质 的 规 模 ( 初 级 核 心 种 质 的 规 模 为 核 心 种 质 的 3 倍 ), 在 各 取 样 小 组 内 随 机 抽 取 一 定 数 量 的 种 质 ( 约 占 各 取 样 小 组 种 质 数 的 30% ) 步 骤 3: 将 各 亚 组 抽 取 的 种 质 按 组 进 行 归 类, 对 各 组 内 的 种 质 进 行 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 ; 根 据 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 结 果, 确 定 各 组 遗 传 相 似 性 阈 值, 将 各 组 按 遗 传 相 似 性 阈 值 分 为 不 同 的 取 样 小 组 根 据 各 取 样 小 组 的 种 质 数 和 所 设 计 核 心 种 质 的 规 模 ( 约 占 稻 种 资 源 总 数 的 10% ), 在 各 取 样 小 组 内 随 机 抽 取 一 定 数 量 的 种 质 ( 约 占 各 取 样 小 组 种 质 数 的 30% ) 为 避 免 主 要 生 态 类 型 的 遗 漏, 对 各 入 选 材 料 进 行 核 对, 确 保 各 组 内 的 每 个 亚 组 至 少 有 一 份 种 质 入 选 2 结 果 与 分 析 2. 1 江 西 地 方 稻 种 资 源 分 析 江 西 省 农 业 科 学 院 水 稻 研 究 所 保 存 了 江 西 省 地 方 稻 种 资 源 3187 份, 其 中 籼 稻 2792 份 粳 稻 395 份, 分 别 占 资 源 总 数 的 % 和 % ; 粘 稻 2726 份 糯 稻 461 份, 分 别 占 资 源 总 数 的 % 和 % ; 白 米 2348 份 红 米 839 份, 分 别 占 资 源 总 数 的 % 和 % 收 集 到 的 江 西 地 方 稻 种 资 源 均 为 水 稻, 未 收 集 到 陆 稻 和 黑 米 种 质 ( 表 2) 表 2 江 西 省 地 方 稻 种 资 源 类 型 分 析 Table 2 Type analysis of Jiangxi local rice resource 类 型 Type 份 数 Number 白 米 White rice 红 米 Red rice 粘 米 Waxy 糯 米 Non-waxy 粘 米 Waxy 糯 米 Non-waxy 早 籼 Early-Indica 早 粳 Early-Japonica 中 籼 Middle-Indica 中 粳 Middle-Japonica 晚 籼 Late-Indica 晚 粳 Late-Japonica 合 计 Total 核 心 种 质 取 样 策 略 采 用 籼 粳 早 中 晚 粘 糯 糙 米 色 和 谷 粒 形 状 等 5 个 质 量 性 状, 将 3187 份 江 西 地 方 稻 种 资 源 分 为 49 个 组 有 14 个 组 的 种 质 数 仅 有 1 份, 组 内 种 质 数 大 于 100 份 的 有 7 个, 其 中 早 籼 - 粘 - 白 米 - 椭 圆 组 的 种 质 数 最 多, 为 1075 份 根 据 赣 州 吉 安 抚 州 南 昌 九 江 上 饶 宜 春 和 江 西 等 8 个 稻 种 区, 将 各 组 划 分 为 1 ~ 8 个 不 等 的 亚 组,49 个 组 共 划 分 为 185 个 亚 组 ( 表 3) 根 据 前 人 研 究 结 果, 初 步 确 定 核 心 种 质 的 规 模 为 资 源 总 数 的 10% 左 右 对 需 要 优 先 保 存 的 用 于 加 工 年 糕 的 江 西 特 色 优 质 加 工 水 稻 品 种 弋 阳 大 禾 谷 江 西 特 色 红 米 种 质 奉 新 柳 条 红 江 西 特 色 优 质 稻 品 种 万 年 贡 谷 高 抗 稻 瘟 病 优 异 种 质 油 粘 子 优 质 早 籼 种 质 南 特 号 20 世 纪 50 年 代 南 方 稻 区 大 面 积 推 广 种 植 的 优 良 品 种 莲 塘 早 等 6 份 种 质 和 组 内 种 质 数 只 有 1 份 的 材 料 (14 份 ) 首 先 入 选, 约 占 整 个 核 心 种 质 的 6. 75%

4 6 期 黎 毛 毛 等 : 利 用 SSR 标 记 构 建 江 西 稻 种 资 源 核 心 种 质 库 的 研 究 955 表 3 江 西 稻 种 资 源 及 核 心 种 质 比 较 分 析 Table 3 Comparision of Jiangxi local rice resource and core collection 类 型 Type 粘 糯 Waxy / Non-waxy 糙 米 色 Brown rice color 谷 粒 形 状 Grain shape 种 质 数 No. of Germplasm 亚 组 数 No. of sub-team 入 选 核 心 种 质 数 No. of core collection 早 籼 EI 糯 白 短 圆 早 籼 EI 糯 白 阔 卵 早 籼 EI 糯 白 椭 圆 早 籼 EI 糯 白 细 长 早 籼 EI 糯 红 椭 圆 早 籼 EI 糯 红 细 长 早 籼 EI 粘 白 阔 卵 早 籼 EI 粘 白 椭 圆 早 籼 EI 粘 白 细 长 早 籼 EI 粘 红 椭 圆 早 籼 EI 粘 红 细 长 早 粳 EJ 糯 白 短 圆 早 粳 EJ 糯 白 阔 卵 早 粳 EJ 糯 白 椭 圆 早 粳 EJ 糯 白 细 长 早 粳 EJ 糯 红 椭 圆 早 粳 EJ 粘 白 阔 卵 早 粳 EJ 粘 白 椭 圆 早 粳 EJ 粘 白 细 长 早 粳 EJ 粘 红 椭 圆 中 籼 MI 糯 白 椭 圆 中 籼 MI 糯 白 细 长 中 籼 MI 糯 红 椭 圆 中 籼 MI 粘 白 阔 卵 中 籼 MI 粘 白 椭 圆 中 籼 MI 粘 白 细 长 中 籼 MI 粘 红 阔 卵 中 籼 MI 粘 红 椭 圆 中 籼 MI 粘 红 细 长 中 粳 MJ 糯 白 短 圆 中 粳 MJ 糯 白 阔 卵 中 粳 MJ 糯 白 椭 圆 中 粳 MJ 粘 白 椭 圆 晚 籼 LI 糯 白 短 圆 晚 籼 LI 糯 白 阔 卵 晚 籼 LI 糯 白 椭 圆 晚 籼 LI 糯 白 细 长 晚 籼 LI 糯 红 椭 圆 晚 籼 LI 粘 白 阔 卵 晚 籼 LI 粘 白 椭 圆 晚 籼 LI 粘 白 细 长 晚 籼 LI 粘 红 椭 圆 晚 籼 LI 粘 红 细 长 晚 粳 LJ 糯 白 阔 卵 晚 粳 LJ 糯 白 椭 圆 晚 粳 LJ 糯 白 细 长 晚 粳 LJ 粘 白 阔 卵 晚 粳 LJ 粘 白 椭 圆 晚 粳 LJ 粘 红 椭 圆 合 计 Total EI:Early-Indica;EJ:Early-Japonica;MI:Middle-Indica;MJ:Middle-Japonica;LI:Late-Indica;LJ:Late-Japonica

5 956 植 物 遗 传 资 源 学 报 13 卷 根 据 江 西 地 方 稻 种 资 源 DNA 分 析 和 分 组 结 果, 首 先 对 各 亚 组 进 行 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 ; 根 据 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 结 果 以 及 各 亚 组 遗 传 资 源 数, 确 定 各 亚 组 的 遗 传 相 似 性 阈 值 将 各 亚 组 种 质 按 遗 传 相 似 性 阈 值 分 成 不 同 的 取 样 小 组 在 各 取 样 小 组 内 随 机 抽 取 30% 左 右 的 种 质, 建 立 了 含 有 845 份 种 质 的 初 级 核 心 种 质 将 845 份 初 级 核 心 种 质 按 组 进 行 归 类, 根 据 其 DNA 分 析 结 果, 对 各 组 内 种 质 进 行 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 ; 根 据 遗 传 多 样 性 和 聚 类 分 析 结 果 以 及 各 组 内 遗 传 资 源 数, 确 定 各 组 的 遗 传 相 似 性 阈 值 将 各 组 内 种 质 按 遗 传 相 似 性 阈 值 划 分 为 不 同 的 取 样 小 组 在 各 取 样 小 组 内 随 机 抽 取 30% 左 右 的 种 质, 并 对 取 样 种 质 进 行 核 对, 确 保 每 组 内 的 每 个 亚 组 至 少 有 1 份 种 质 入 选 2. 3 核 心 种 质 构 建 结 果 通 过 对 江 西 地 方 稻 种 资 源 分 组 取 样 策 略 和 方 法 的 研 究, 确 定 了 优 先 保 留 - 双 重 聚 类 取 样 策 略, 最 终 建 立 了 一 套 包 含 296 份 种 质 的 江 西 地 方 稻 种 资 源 核 心 种 质 库, 占 稻 种 资 源 总 数 的 9. 29% 表 3 列 出 了 建 立 的 江 西 地 方 稻 种 资 源 核 心 种 质 库 相 关 信 息, 其 中 早 籼 稻 111 份, 占 早 籼 稻 种 资 源 总 数 的 7. 43% ; 早 粳 稻 18 份, 占 早 粳 稻 种 资 源 总 数 的 % ; 中 籼 稻 42 份, 占 中 籼 稻 种 资 源 总 数 的 % ; 中 粳 稻 7 份, 占 中 粳 稻 种 资 源 总 数 的 % ; 晚 籼 稻 80 份, 占 晚 籼 稻 种 资 源 总 数 的 7. 91% ; 晚 粳 稻 38 份, 占 晚 粳 稻 种 资 源 总 数 的 % 3 讨 论 3. 1 取 样 策 略 与 方 法 的 确 定 Frank 于 l984 年 提 出 构 建 核 心 库 的 理 论 以 来, 核 心 种 质 库 的 研 究 取 得 了 显 著 的 进 展, 一 些 学 者 不 断 提 出 新 的 构 建 方 法 和 理 论, 建 成 了 多 种 作 物 的 核 心 种 质 由 于 种 质 资 源 研 究 的 群 体 庞 大 考 种 程 序 繁 琐 和 试 验 数 据 庞 杂 等 局 限 性, 目 前 尚 未 形 成 一 套 明 确 的 构 建 理 论 构 建 核 心 种 质 的 主 要 目 的 是 为 作 物 种 质 资 源 的 保 护 鉴 定 评 价 和 发 掘 特 殊 基 因 资 源 提 供 优 先 研 究 的 材 料, 合 理 高 效 的 抽 样 方 法 是 构 建 核 心 种 质 的 关 键 常 用 的 取 样 方 法 有 完 全 随 机 取 样 法 优 先 取 样 + 多 次 聚 类 随 机 取 样 法 优 先 取 样 + 多 次 聚 类 偏 离 度 取 样 法 和 按 偏 离 度 取 样 法 [25-27] 江 西 省 的 气 候 水 利 和 耕 地 等 条 件 适 合 于 水 稻 生 长 发 育, 农 民 有 种 植 水 稻 的 传 统 习 惯, 形 成 了 一 批 如 弋 阳 大 禾 谷 奉 新 柳 条 红 万 年 贡 谷 等 江 西 地 方 特 色 水 稻 种 质 ; 江 西 地 方 稻 种 资 源 具 有 籼 稻 多 粳 稻 少 椭 圆 形 谷 粒 品 种 多 短 圆 形 极 少 早 晚 稻 品 种 多 中 稻 少 的 特 点 ; 根 据 江 西 地 方 稻 种 资 源 的 特 点, 本 研 究 采 用 了 优 先 保 存 - 双 重 聚 类 取 样 方 法 从 一 个 较 大 的 种 质 资 源 样 品 中, 取 哪 一 类 样 品 是 很 重 要 的, 分 组 就 是 将 遗 传 上 相 似 的 样 品 归 在 一 [28] 起 Hintum 等 研 究 认 为, 类 型 下 不 分 组 直 接 取 样 的 方 法 会 丢 失 某 些 特 殊 类 型 的 基 因 分 组 的 依 据 有 分 类 学 地 理 起 源 生 态 分 布 遗 传 标 记 和 农 艺 性 状 等, 形 态 性 状 是 研 究 核 心 样 品 最 常 用 的 指 标 [29] 数 量 性 状 的 表 型 值 易 受 环 境 生 长 季 节 和 栽 培 措 施 等 因 素 的 影 响, 利 用 数 量 性 状 对 稻 种 资 源 进 行 分 组 研 究, 其 结 果 不 一 定 能 真 实 度 量 基 因 型 间 的 差 异 [30] 质 量 性 状 不 受 环 境 因 素 的 影 响, 具 有 稳 定 准 确 直 观 的 优 点, 是 作 物 遗 传 资 源 基 因 型 在 表 现 型 上 的 直 观 反 映 SSR 标 记 随 机 分 布 于 整 个 水 稻 基 因 组 中, 能 直 接 反 映 出 DNA 序 列 水 平 上 的 变 化, 具 有 极 高 的 多 态 性 检 测 能 力, 在 农 作 物 遗 传 资 源 的 保 护 利 用 和 评 价 中 被 广 泛 的 应 用, 是 评 价 作 物 种 质 资 源 多 样 性 确 定 核 心 样 品 的 好 指 标 本 研 究 选 用 籼 粳 早 中 晚 粘 糯 糙 米 色 和 谷 粒 形 状 等 5 个 质 量 性 状 为 基 础 数 据 对 江 西 地 方 稻 种 资 源 进 行 分 组, 组 内 按 照 江 西 稻 作 区 再 划 分 为 不 同 的 亚 组 利 用 SSR 标 记 对 各 亚 组 和 组 内 的 遗 传 资 源 进 行 遗 传 多 样 性 与 聚 类 分 析, 确 定 各 组 遗 传 差 异 的 方 法 进 行 取 样, 以 保 持 不 同 生 态 类 型 的 种 质 资 源, 取 得 的 样 品 代 表 性 强, 尽 可 能 多 的 保 持 了 江 西 地 方 稻 种 资 源 的 遗 传 多 样 性 3. 2 核 心 种 质 的 规 模 [6,31] 李 自 超 等 研 究 指 出,10% 和 5% 的 取 样 比 例 虽 然 能 保 存 97% 和 96% 以 上 的 表 型 性 状, 但 其 遗 传 多 样 性 丢 失 过 多, 而 以 16% 的 取 样 比 例 来 构 建 云 南 地 方 稻 种 的 核 心 种 质, 可 以 保 存 原 资 源 97. 8% 的 [32] 遗 传 多 样 性 Yonezawa 等 研 究 认 为, 根 据 保 持 群 体 遗 传 变 异 量 或 等 位 基 因 变 异 的 要 求, 选 择 资 源 总 量 的 20% ~ 30% 作 为 核 心 样 本 具 有 较 好 的 代 表 性 Brown [33] 根 据 物 种 基 因 库 内 各 类 基 因 的 频 率 特 征, 建 议 核 心 样 品 的 规 模 在 5% ~ 10% 在 国 内 外 不 同 作 物 核 心 种 质 构 建 中, 核 心 种 质 的 比 例 为 该 物 种 全 部 收 集 品 的 5% ~ 30%, 一 般 为 10% 左 右 由 于 研 究 群 体 的 大 小 和 群 体 内 材 料 间 的 差 异 各 异, 至 今 为 止, 前 人 的 研 究 均 未 能 提 供 一 个 合 理 的 取 样 比 例 和 合 适 的 核 心 种 质 规 模 本 研 究 认 为, 核 心 种 质 占 总 资 源 的 比 例 应 根 据 资 源 总 数 遗 传 多 样 性 的 大 小 和 实 际 工 作 的 需 要 决 定, 总 资 源 份 数 多 的 物

6 6 期 黎 毛 毛 等 : 利 用 SSR 标 记 构 建 江 西 稻 种 资 源 核 心 种 质 库 的 研 究 957 种 其 核 心 种 质 所 占 的 比 例 可 小 一 些, 总 资 源 份 数 较 少 的 物 种 核 心 种 质 所 占 比 例 可 相 对 大 一 些 ; 遗 传 多 样 性 小 的 群 体 其 核 心 种 质 所 占 的 比 例 可 小 一 些, 遗 传 多 样 性 大 的 群 体 其 核 心 种 质 所 占 的 比 例 可 大 一 些 如 本 研 究 材 料 籼 稻 种 质 2792 份, 入 选 核 心 种 质 133 份, 入 选 率 4. 76% ; 粳 稻 种 质 395 份, 入 选 核 心 种 质 63 份, 入 选 率 % 另 外 还 可 以 根 据 根 据 实 际 工 作 的 需 要, 构 建 不 同 规 模 不 同 研 究 方 向 的 核 心 种 质, 以 满 足 不 同 层 次 和 不 同 研 究 方 向 的 研 究 者 对 核 心 种 质 的 需 求 参 考 文 献 [1] FAO. Report on the state of the world s plant genetic resources for food and agriculture, Leipzig: prepared for the international technical conference on plant genetic resources[ C]. 1996:17-23 [2] 李 自 超, 张 洪 亮, 孙 传 清, 等. 植 物 遗 传 资 源 核 心 种 质 研 究 现 状 与 展 望 [J]. 中 国 农 业 大 学 学 报,1999,4(5):51-62 [3] 徐 匡 迪, 沈 国 舫. 依 靠 稻 作 科 技 创 新, 推 动 中 国 水 稻 产 业 发 展 [J]. 中 国 稻 米,2002( 6):8-11 [4] Frankel O H. Genetic perspectives of germplasm conservation. [M] / / Arber W K,Llimensee K, Peacock W J. et. al. Genetic Manipulation:Impact on Man and Society Cambridge:Cambridge University Press, 1984: [5] 胡 晋. 植 物 遗 传 资 源 核 心 库 及 其 建 立 [J]. 种 子,1996( 5):22-24 [6] 李 自 超, 张 洪 亮, 曹 永 生, 等. 中 国 地 方 稻 种 资 源 初 级 核 心 种 质 取 样 策 略 研 究 [J]. 作 物 学 报,2003,29(l):20-24 [7] 魏 兴 华, 汤 圣 祥, 余 汉 勇. 浙 江 粳 稻 地 方 品 种 核 心 样 品 的 构 建 方 法 [J]. 作 物 学 报,2001,27(3): [8] 孙 强, 林 秀 云, 李 明 生, 等. 吉 林 省 稻 种 资 源 核 心 种 质 构 建 的 研 究 [J]. 吉 林 农 业 科 学,2006,31(1):21-24 [9] Van T R,Tchoudinova I,Van S L,et al. Marker-assisted acquisition and core collection formation: a case study in barley using AFLPs and pedigree data[ J]. Genet Res Crop Evol,2006,53:43-52 [10] Mahajan R K,Bisht I S,Dhilon B S. Estalishment of a core collection of world sesame ( Sesamum indicum L. ) germplasm accessions[ J]. Sabrao J Breed Genet,2007,39(1):53-64 [11] Deu M,Rattunde F,Chantereau J. A global view ofgenetic diversity in cultivated sorghums using a core collection [ J]. Genome, 2006,49: [12] Hao C Y,Zhang X Y,Wang L F,et al. Genetic diversity and core collection evaluations in common wheat germplasm from the Northwestern Spring Wheat Region in China [ J]. Mol Breed, 2006,17:69-77 [13] Ranjana B,Khairwal I S,Paula J B,et al. Establishment of a pearl millet [ Pennisetum glaucum ( L. ) R. Br. ] core collection based on geographical distribution and quantitative traits[ J]. Euphytica,2007,155:35-45 [14] Kaworu E,Yiochiro K,Shuichi F,et al. Development of mini core collection of Japanese rice landrace [ J]. Breed sci, 2008,58: [15] 金 铭 路, 杨 春 刚, 余 腾 琼, 等. 中 国 水 稻 微 核 心 种 质 不 同 生 育 时 期 耐 冷 性 鉴 定 及 其 相 关 分 析 [ J]. 植 物 遗 传 资 源 学 报, 2009,10(4): [16] 黄 清 洪, 盛 锦 山. 中 国 稻 种 资 源 目 录 [ M]. 北 京 : 农 业 出 版 社,1992 [17] 盛 锦 山, 黄 清 洪. 中 国 稻 种 资 源 目 录 [ M]. 北 京 : 农 业 出 版 社,1996 [18] 江 西 省 农 业 厅. 江 西 省 农 作 物 品 种 资 源 目 录 [ M]. 南 昌 : 江 西 省 科 技 出 版 社,1997 [19] 韩 龙 植. 水 稻 种 质 资 源 描 述 规 范 和 数 据 标 准 [ M]. 北 京 : 中 国 农 业 出 版 社,2006 [20] 魏 兴 华, 袁 筱 萍, 余 汉 勇, 等. 我 国 常 规 稻 主 栽 品 种 的 遗 传 变 异 分 析 [J]. 中 国 水 稻 科 学,2009,23(3): [21] 吕 广 磊, 蔺 忠 龙, 白 现 广, 等. 云 南 栽 培 稻 种 SSR 遗 传 多 样 性 比 较 [J]. 植 物 学 报,2009,44(4): [22] 束 爱 萍, 张 媛 媛, 曹 桂 兰, 等. 中 国 不 同 省 份 粳 稻 选 育 品 种 的 遗 传 相 似 性 [J]. 中 国 农 业 科 学,2009,42(10): [23] 玄 英 实, 姜 文 洙, 刘 宪 虎, 等. 中 国 东 北 地 区 水 稻 主 要 栽 培 品 种 的 遗 传 多 样 性 分 析 [ J]. 植 物 遗 传 资 源 学 报,2010,1l(2): [24] Edwards K,Johnstone C,Thompson C. A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis[ J]. Nucl Acid Res,1991,19(6):1349 [25] 胡 晋, 徐 海 明, 朱 军. 基 因 型 值 多 次 聚 类 法 构 建 作 物 种 质 资 源 核 心 库 [J]. 生 物 数 学 学 报,2000, 15(1): [26] Hu J, Xu H M, Zhu J. Methods of constructing core collections by stepwise clustering with three sampling strategies based on the genotypic values of crops[ J]. Theor Appl Genet,2000,101(1): [27] 徐 海 明, 邱 英 雄, 胡 晋, 等. 不 同 遗 传 距 离 聚 类 和 抽 样 方 法 构 建 作 物 核 心 种 质 [J]. 作 物 学 报,2004,30(9): [28] Hintum V T,Buther R V,Visser D L. Sampling strategies for composing a core collection of cultivated barly( Hordeum vulgares L. ) collected in China[ J]. Hereditas,1995,122:7-17 [29] Upadhyaya H D, Ortiz R. A mini core subset for capturing diversity and promoting utilization of chickpea genetic resouce in crop improvement[ J]. Theor Appl Genel,2001,102: [30] Steven D T,Mccouch S R. Seed bank and molecular maps. Unlocking genetic potential from the wild [ J]. Science, 1997, 277: [31] 李 自 超, 张 洪 亮, 曾 亚 文, 等. 云 南 地 方 稻 种 资 源 核 心 种 质 取 样 方 案 形 究 [J]. 中 国 农 业 科 学,2000,33(5):l-7 [32] Yonezawa K,Nomura T,Morishima H. Sampling strategies for use in stratified germplasm collections [ M] / / :Hodgkon T. Core collection of plant genetics resources chichester. UK:John wiley-sons publication,1995:35-53 [33] Brown A H D. Core collection: A practical approach to genetic resources management [ J]. Genome,1989,31:

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