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1 中 国 农 学 通 报 2012,28(22): Chinese Agricultural Science Bulletin 白 菜 SAUR 基 因 家 族 的 生 物 信 息 学 分 析 赵 敬 会, 王 瑞 雪, 李 荣 冲, 梁 晶 龙, 张 涛 ( 重 庆 师 范 大 学 生 命 科 学 学 院, 重 庆 ) 摘 要 : 旨 在 为 今 后 开 展 白 菜 SAUR 基 因 家 族 的 功 能 奠 定 基 础 本 研 究 利 用 生 物 信 息 学 的 方 法 对 白 菜 生 长 素 早 期 应 答 基 因 SAUR(Small auxin-up RNA) 家 族 的 保 守 基 序 氨 基 酸 等 电 点 分 子 进 化 以 及 表 达 模 式 等 基 本 性 质 进 行 了 分 析 结 果 表 明, 白 菜 143 个 SAUR 蛋 白 质 中, 有 111 个 蛋 白 质 偏 碱 性,31 个 偏 酸 性, 有 1 个 呈 中 性 ; 从 对 该 基 因 家 族 构 建 的 进 化 树 中 可 以 看 出 它 分 化 出 2 个 大 的 亚 家 族, 其 中 一 个 亚 家 族 还 处 在 不 断 分 化 中 ; 此 外, 找 到 61 个 SAUR 基 因 的 EST 表 达 证 据, 且 基 因 表 达 部 位 比 较 丰 富 通 过 研 究 分 析 表 明 本 研 究 可 以 得 出 结 论 基 因 重 复 是 白 菜 SAUR 基 因 家 族 的 一 大 特 点,143 个 基 因 中 含 有 51 个 同 源 对 关 键 词 : 白 菜 ; 生 长 素 ;SAUR; 基 因 重 复 中 图 分 类 号 :Q74 文 献 标 志 码 :A 论 文 编 号 : Bioinformatics Analysis of SAUR Gene Family in Brassica rapa Zhao Jinghui, Wang Ruixue, Li Rongchong, Liang Jinglong, Zhang Tao (College of Life Sciences, Chongqing Normal University, Chongqing ) Abstract: The aim was to lay the foundation for the function of auxin response genes in the SAUR gene family in the future. The conserved motif, isoelectric point of amino acids, molecular evolution, expression pattern and other basic properties of early auxin responsive gene SAUR family were analyzed by the bioinformatics method on Brassica rapa. The results showed that there were 111 alkaline proteins, 31 acidic proteins, and one neutral protein. The SAUR gene family divided into two major subfamilies from the phylogenetic tree, one of the subfamily was still in the continued differentiation. 61 SAUR genes were found EST evidence and the genes expression was rich in sites. Through research and analysis that gene duplication of the SAUR gene family was a major characteristic, 143 genes contained 51 homologous pairs. Key words: Brassica rapa; auxin; SAUR; duplicate gene 0 引 言 植 物 生 长 素 在 植 物 细 胞 分 裂 细 胞 分 化 维 管 束 组 织 的 形 成 和 分 化 根 和 芽 的 发 育 和 生 长 等 各 个 方 面 起 着 调 节 作 用, 并 且 在 植 物 的 顶 端 优 势 侧 根 与 不 定 根 的 形 成 植 物 的 向 光 性 果 实 的 发 育 胚 的 形 成 等 方 面 也 是 必 [1] 需 的 生 长 素 与 生 长 素 早 期 应 答 基 因 有 着 密 切 的 关 系, 生 长 素 早 期 应 答 基 因 可 以 分 为 AUX/IAA GH3 [2] SAUR 3 个 大 的 基 因 家 族 :AUX/IAA 是 一 种 转 录 抑 制 因 子, 所 编 码 的 蛋 白 已 被 证 明 对 生 长 素 信 号 转 导 途 径 起 着 非 常 大 的 作 用 ;GH3 在 生 长 素 信 号 途 径 以 及 光 信 号 途 [3] 径 和 植 物 的 防 卫 反 应 中 起 着 重 要 作 用 ;SAUR 基 因 家 族 的 功 能 还 知 之 甚 少, 目 前 已 发 现 在 拟 南 芥 中 有 72 个 [4-5] SAUR 基 因, 水 稻 中 有 58 个 SAUR 基 因 SAUR 蛋 白 能 够 在 体 外 与 钙 调 蛋 白 结 合, 这 表 明 它 们 可 能 作 为 第 二 信 使 传 导 钙 / 钙 调 蛋 白 和 生 长 素 信 号 之 间 的 联 系, 生 长 素 作 用 之 后 SAUR 基 因 编 码 的 短 期 转 录 产 物 能 够 迅 速 积 [6] 累 水 稻 中 SAUR39 基 因 在 生 长 素 的 合 成 和 运 输 中 起 [7] 着 负 调 节 的 作 用, 玉 米 中 ZmSAUR2 编 码 的 短 命 核 蛋 基 金 项 目 : 重 庆 市 高 等 教 育 教 学 改 革 研 究 项 目 遗 传 学 实 验 教 学 改 革 与 大 学 生 创 新 能 力 培 养 的 研 究 与 实 践 (103116) 第 一 作 者 简 介 : 赵 敬 会, 女,1984 年 出 生, 山 东 菏 泽 人, 硕 士 研 究 生, 研 究 方 向 : 生 化 与 分 子 生 物 学 通 信 地 址 : 重 庆 师 范 大 学 生 命 科 学 学 院, Tel: , zhaojinghui110@yahoo.com.cn 通 讯 作 者 : 张 涛, 男,1971 年 出 生, 甘 肃 山 丹 人, 教 授, 博 士, 主 要 从 事 植 物 遗 传 与 细 胞 生 物 学 研 究 通 信 地 址 : 重 庆 师 范 大 学 生 命 科 学 学 院, Tel: , zht2188@126.com 收 稿 日 期 : , 修 回 日 期 :

2 赵 敬 会 等 : 白 菜 SAUR 基 因 家 族 的 生 物 信 息 学 分 析 131 白 可 能 参 与 生 长 素 介 导 的 细 胞 伸 长 [8] 2011 年 8 月 29 日 国 际 权 威 期 刊 自 然 - 遗 传 学 在 线 发 表 了 由 中 国 科 学 家 主 导 通 过 国 际 合 作 完 成 的 白 菜 全 基 因 组 研 究 成 果, 对 白 菜 类 作 物 和 其 他 芸 薹 属 类 作 物 的 育 种 有 重 要 意 义 据 报 道, 白 菜 在 基 因 组 发 生 加 倍 之 后, 生 长 素 相 关 基 因 发 生 了 显 著 扩 增, 白 菜 基 因 组 复 制 导 致 了 很 多 与 形 态 变 异 有 关 的 基 因 存 在 更 多 拷 贝, 这 可 能 是 白 菜 类 蔬 菜 具 有 丰 富 的 根 茎 叶 形 态 变 异 的 最 根 本 原 因 [9] 目 前 文 献 中 关 于 SAUR 基 因 家 族 的 报 道 比 较 少, 对 SAUR 基 因 家 族 的 功 能 研 究 尚 不 清 楚 拟 南 芥 中 含 有 72 个 SAUR 基 因, 水 稻 中 含 有 58 个 SAUR 基 因, 而 白 菜 中 含 有 143 个 SAUR 基 因, 与 前 两 者 相 比, 白 菜 SAUR 基 因 家 族 产 生 了 很 大 的 扩 张, 本 研 究 对 白 菜 SAUR 基 因 家 族 初 步 进 行 了 生 物 信 息 学 分 析, 旨 在 为 今 后 开 展 白 菜 SAUR 基 因 家 族 的 功 能 奠 定 基 础 1 材 料 和 方 法 1.1 白 菜 SAUR 基 因 数 据 来 源 SAUR 基 因 数 据 来 源 于 数 据 库 BARD( brassicadb.org/brad/) 1.2 白 菜 SAUR 基 因 结 构 分 析 白 菜 SAUR 基 因 的 相 关 信 息, 如 所 在 染 色 体 基 因 组 位 置 CDS 序 列 基 因 组 序 列 等 从 白 菜 基 因 组 序 列 数 据 库 BRAD 获 得 1.3 白 菜 SAUR 基 因 氨 基 酸 序 列 和 保 守 基 序 分 析 将 得 到 的 白 菜 SAUR 基 因 氨 基 酸 序 列 应 用 蛋 白 质 分 析 工 具 软 件 ProtParam ( tools/protparam.html) 估 计 所 得 SAUR 蛋 白 的 分 子 量 等 电 点 氨 基 酸 的 数 目 酸 碱 氨 基 酸 的 数 目 等 基 本 理 化 参 数 采 用 在 线 分 析 软 件 MEME( net/meme4-1/cgi-bin/meme.cgi) 对 白 菜 SAUR 基 因 的 氨 基 酸 序 列 进 行 保 守 基 序 分 析 [10] 1.4 白 菜 SAUR 基 因 的 进 化 分 析 使 用 BioEdit 软 件 对 白 菜 SAUR 蛋 白 进 行 多 序 列 比 对, 参 数 为 默 认 值, 采 用 邻 接 法 (Neighbor-Joining Method) 构 建 SAUR 蛋 白 的 系 统 进 化 树 [11], 分 析 结 果 的 输 出 借 助 于 MEGA 软 件 [12] 1.5 白 菜 SAUR 基 因 的 表 达 分 析 将 所 获 得 的 白 菜 SAUR 基 因 所 对 应 的 全 长 CDS 序 列 与 白 菜 的 EST 数 据 库 进 行 Blastn 比 对, 取 匹 配 率 大 于 90% 长 度 大 于 100 bp, 并 且 E 的 结 果 作 为 对 应 白 菜 的 SAUR 基 因 EST 序 列, 对 检 索 到 的 EST 序 列 按 组 织 器 官 的 来 源 进 行 分 类, 从 而 获 得 白 菜 SAUR 基 因 家 族 成 员 的 表 达 信 息 2 结 果 与 分 析 2.1 白 菜 SAUR 基 因 所 在 染 色 体 分 析 在 白 菜 基 因 组 数 据 库 BRAD 中 进 行 检 索, 从 而 获 得 白 菜 基 因 组 中 的 SAUR 基 因, 共 有 143 个 白 菜 SAUR 基 因 140 个 白 菜 SAUR 基 因 分 布 于 白 菜 的 10 对 染 色 体 上, 有 2 个 基 因 分 布 在 Scaffold 上, 分 别 是 Bra Bra Bra 分 布 在 Scaffold 上 其 中 第 3 号 染 色 体 上 分 布 的 SAUR 基 因 最 多, 有 26 个 ; 第 1 号 8 号 上 分 别 有 13 个 SAUR 基 因 ; 第 2 号 有 22 个 SAUR 基 因 ; 第 4 号 上 有 7 个 ; 第 5 号 上 有 8 个 ; 第 6 号 上 有 9 个 ; 第 7 号 上 有 11 个 ; 第 9 号 上 有 14 个 ; 第 10 号 染 色 体 上 有 17 个 白 菜 SAUR 基 因 CDS 序 列 最 短 的 是 Bra023662, 长 度 为 192 bp, 最 长 的 是 Bra006576, 长 度 为 648 bp CDS 平 均 长 度 为 bp 基 因 组 序 列 最 短 的 是 Bra001981, 长 度 为 243 bp, 最 长 的 是 Bra017680, 长 度 为 4741 bp, 基 因 组 序 列 平 均 长 度 为 bp 2.2 白 菜 SAUR 基 因 结 构 与 氨 基 酸 序 列 分 析 白 菜 SAUR 基 因 结 构 分 析 表 明,143 个 白 菜 SAUR 基 因, 只 有 11 个 基 因 含 有 内 含 子, 含 有 内 含 子 的 基 因 有 :Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra002330, 内 含 子 个 数 依 次 为 : , 而 水 稻 58 个 SAUR 基 因 中, 都 不 含 有 内 含 子, 这 样 可 能 便 于 生 长 素 早 期 应 答 基 因 迅 速 对 外 界 做 出 反 应 得 到 的 白 菜 SAUR 蛋 白 氨 基 酸 序 列 应 用 在 线 分 析 软 件 ProtParam 估 计 其 等 电 点 分 子 量 以 及 氨 基 酸 数 目 等 基 本 理 化 参 数, 结 果 表 明, 白 菜 SAUR 基 因 编 码 的 蛋 白 质 分 子 量 从 Da 到 Da, 其 中 Bra 编 码 的 蛋 白 长 度 最 长 (215 aa), 分 子 量 也 最 大 ( Da),Bra 编 码 的 蛋 白 长 度 最 短 (63 aa), 分 子 量 为 Da 白 菜 SAUR 蛋 白 质 的 等 电 点 从 4.58(Bra002330) 到 11.40(Bra029452) 之 间, 其 中 111 个 蛋 白 质 偏 碱 性,31 个 蛋 白 质 偏 酸 性, 总 体 来 说, 白 菜 SAUR 基 因 家 族 编 码 的 蛋 白 质 大 多 数 都 是 偏 碱 性 的 蛋 白 质, 几 乎 接 近 酸 性 蛋 白 质 的 4 倍, 只 有 1 个 蛋 白 质 成 中 性,Bra 等 电 点 为 7 通 过 不 稳 定 指 数 的 估 算, 发 现 143 个 白 菜 SAUR 蛋 白 中 有 33 个 蛋 白 不 稳 定 指 数 小 于 40, 在 体 外 表 现 稳 定, 而 其 他 SAUR 蛋 白 的 不 稳 定 指 数 均 大 于 白 菜 SAUR 蛋 白 的 序 列 特 征 与 基 序 分 布 采 用 MEME 在 线 软 件 分 析 143 个 白 菜 SAUR 蛋 白 的 序 列 特 征, 共 得 到 3 个 保 守 基 序 ( 图 1) 其 中 motif2 位 置 分 布 靠 前,motif1 motif3 位 置 分 布 靠 后 106 个 蛋 白 有 motif1 motif2 motif3; 其 中 5 个 有 motif3, 分 别 是 Bra Bra Bra Bra Bra003881;3 个 有 motif1 motif2, 分 别 是 Bra Bra Bra028841;5 个 有 motif2 motif3, 分 别 是

3 132 中国农学通报

4 赵敬会等 白菜 SAUR 基因家族的生物信息学分析 图 1 白菜 SAUR 蛋白保守基序分析 133

5 134 中 国 农 学 通 报 Bra Bra Bra Bra Bra016606;8 个 有 motif1 motif3, 分 别 是 Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra014013, 有 些 蛋 白 同 1 个 基 序 存 在 2 个, 其 他 基 序 各 有 1 个 2.4 白 菜 SAUR 基 因 的 进 化 分 析 由 图 2 可 以 看 出, 白 菜 SAUR 基 因 可 以 分 为 2 个 亚 家 族, 并 且 有 个 分 支 在 不 停 的 进 行 分 化 从 中 可 以 看

6 赵 敬 会 等 : 白 菜 SAUR 基 因 家 族 的 生 物 信 息 学 分 析 135 图 2 白 菜 SAUR 蛋 白 进 化 树 分 析

7 中 国 农 学 通 报 出 很 多 基 因 是 多 拷 贝 基 因,143 个 基 因 中, 有 51 对 基 因 存 在 基 因 重 复 现 象, 比 如 Bra 和 Bra002130, Bra 和 Bra002126,Bra 和 Bra002121, Bra 和 Bra 等 其 中 有 12 个 同 源 对 属 于 基 因 内 复 制, 如 Bra Bra 和 Bra Bra 同 位 于 10 号 染 色 体 上 ;Bra 同 位 于 8 号 染 色 体 上 ;Bra Bra 同 位 于 4 号 染 色 体 上 等 等, 而 其 他 39 个 同 源 对 均 位 于 不 同 的 染 色 体 上, 这 些 可 能 属 于 基 因 间 的 重 复, 这 说 明 了 大 量 基 因 重 复 也 是 白 菜 SAUR 基 因 家 族 扩 增 的 一 个 因 素, 同 时 也 证 实 了 基 因 重 复 是 基 因 组 和 遗 传 系 统 多 样 化 的 重 要 推 动 力 量 2.5 白 菜 SAUR 基 因 的 表 达 部 位 分 析 对 白 菜 SAUR 基 因 进 行 EST 表 达 分 析 ( 表 1), 在 143 个 白 菜 SAUR 基 因 中 只 有 61 个 找 到 了 EST 证 据, 其 中 有 6 个 并 未 说 明 是 在 什 么 部 位 表 达, 分 别 是 序 列 号 Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra 愈 伤 组 织 根 长 角 果 和 胚 珠 幼 苗 叶 子 叶 初 生 花 序 花 粉 花 花 蕾 蜜 腺 植 株 Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra Bra 表 1 白 菜 SAUR 基 因 在 不 同 组 织 器 官 中 的 表 达 注 : 表 示 检 测 到 基 因 的 表 达 ; 表 示 没 有 检 测 出 基 因 的 表 达 136

8 赵 敬 会 等 : 白 菜 SAUR 基 因 家 族 的 生 物 信 息 学 分 析 137 Bra Bra Bra Bra Bra Bra 其 他 55 个 白 菜 SAUR 基 因 获 得 的 表 达 信 息 丰 富, 主 要 在 根 叶 花 花 蕾 幼 苗 长 角 果 和 胚 珠 蜜 腺 初 生 花 序 花 粉 愈 伤 组 织 子 叶 和 植 株 中 表 达 从 表 达 的 55 个 白 菜 SAUR 基 因 中 可 以 看 出,Bra Bra 只 在 根 中 特 异 性 表 达, Bra Bra Bra 只 在 初 生 花 序 中 表 达,Bra Bra Bra Bra Bra Bra 只 在 花 蕾 中 表 达,Bra Bra 只 在 蜜 腺 中 表 达 等, 这 说 明 白 菜 SAUR 基 因 的 表 达 大 多 数 具 有 特 异 性 未 找 到 EST 表 达 证 据 的 基 因 可 能 是 由 于 白 菜 EST 数 据 库 不 全 或 者 是 在 进 化 过 程 中 部 分 SAUR 基 因 沉 默 了 3 结 论 与 讨 论 基 因 重 复 是 基 因 家 族 数 量 增 加 的 主 要 方 式, 在 白 菜 的 SAUR 基 因 家 族 中 共 发 现 了 51 对 基 因 重 复 现 象, 说 明 了 基 因 重 复 是 白 菜 SAUR 基 因 扩 张 的 主 要 动 力, 是 白 菜 SAUR 基 因 扩 张 的 重 要 特 点 基 因 重 复 一 般 有 基 因 内 的 不 等 交 换 逆 转 录 转 座 或 者 全 基 因 重 复 等 途 径 产 生 一 个 与 原 基 因 相 似 的 基 因 或 碱 [13] 基 序 列 基 因 重 复 在 植 物 演 化 过 程 中 扮 演 着 重 要 角 色, 在 生 物 学 中 普 遍 存 在, 比 如 小 麦 6 倍 体 就 是 6 [14] 个 基 因 组 的 复 制 品 MEME 分 析 表 明, 白 菜 的 143 个 SAUR 蛋 白 有 106 个 存 在 motif1 motif2 motif3, 且 排 列 顺 序 都 是 按 照 213 进 行 排 列 的, 说 明 了 白 菜 SAUR 基 因 家 族 蛋 白 的 结 构 域 具 有 很 强 的 保 守 性 通 过 进 化 树 和 保 守 基 序 的 对 比, 从 中 可 以 发 现 每 当 白 菜 SAUR 蛋 白 进 化 成 新 的 一 族 时, 白 菜 SAUR 蛋 白 的 保 守 基 序 也 会 发 生 一 定 的 变 化, 比 如 Bra 蛋 白 就 缺 少 了 motif1,bra 蛋 白 就 多 出 了 motif1, 并 且 motif1 motif2 motif3 都 往 后 推 移 了 此 外, 本 研 究 初 步 证 实 白 菜 SAUR 基 因 家 族 成 员 间 的 表 达 模 式 存 在 较 大 差 异, 预 示 着 这 些 基 因 的 功 能 可 能 已 经 发 生 了 分 化 要 想 进 一 步 了 解 白 菜 SAUR 基 因 家 族 中 的 各 个 基 因 在 生 长 素 信 号 中 的 功 能 和 作 用, 还 需 要 采 用 多 种 方 法 包 括 分 子 遗 传 分 析 等 对 它 进 行 研 究 研 究 表 明, 大 部 分 被 子 植 物 在 进 化 中 都 经 历 了 多 [15] 倍 化 的 现 象, 白 菜 在 进 化 过 程 中, 先 后 经 历 了 三 倍 化 和 二 倍 化, 而 本 文 中 的 白 菜 SAUR 基 因 家 族 恰 巧 证 实 了 这 一 点,143 个 SAUR 基 因 中, 竟 然 有 51 个 同 源 对 存 在, 这 也 是 多 数 植 物 基 因 发 生 扩 张 的 主 要 原 因 和 新 基 因 产 生 的 重 要 途 径 之 一 参 考 文 献 [1] 张 娟. 生 长 素 信 号 转 导 途 径 及 参 与 的 生 物 学 功 能 研 究 进 展 [J]. 生 命 科 学 研 究,2009,13(3): [2] 李 亚 男, 冯 霞, 陈 大 清. ARF Aux/IAA 和 生 长 素 受 体 对 基 因 表 达 的 调 控 [J]. 安 徽 农 学 通 报 ( 上 半 月 刊 ),2008,14(7): [3] Gretchen H, Gary M, Yi L, et al. Guilfoyle. Auxin-induced expression of the soybean GH3 promoter in transgenic tobacco plants[j].plant Molecular Biology,1991,17(3): [4] Li Y, Gretchen H, Tom J. Guilfoyle. An auxin-responsive promoter is differentially induced by auxin gradients during tropisms[j]. The Plant Cell,1991,3(11): [5] Mukesh J, Akhilesh K T, Jitendra P. K. Genome-wide analysis, evolutionary expansion, and expression of early auxin-responsive SAUR gene family in rice(oryzasativa) [J]. Genomics,2006,88(3): [6] Park J E, Kim Y S, Yoon H K, et al. Functional characterization of a small auxin-up RNA gene in apical hook development in Arabidopsis[J]. Plant Science,2007,172(1): [7] Kant S, Bi Y M, Zhu T, et al. SAUR39, a small auxin-up RNA gene, acts as a negative regulator of auxin synthesis and transport in rice [J]. Plant Physiology,2009,151(2): [8] Stefan K, Thomas R, Ludwig L. The auxin-induced maize gene ZmSAUR2 encodes a short-lived nuclear protein expressed in elongating tissues [J]. The Journal of Biological Chemistry,2003,278 (26): [9] Wang X W, Wang H Z, Wang J, et al. The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa[j]. Nature Genetics, 2011,published online. [10] Bailey T L, Boden M, Buske F A, et al. MEME SUITE: tools for motif discovery and searching[j]. Nucleic Acids Research,2009,37 (2): [11] Larkin M A, Blackshields G, Brown N P, et al. Clustal W and Clustal X version 2.0[J]. Bioinformatics, 2007,23(21): [12] Tamura K, Dudley J, Nei M, et al. Molecular evolutionary genetics analysis(mega) software version4.0[j].molecular Biology and Evolution,2007,24: [13] Zhang J. Evolution by gene duplication: an update [J]. Trends in Ecology and Evolution,2003,18: [14] Ohno S. Evolution by gene duplication[m]. New York: Springer-verlag,1970. [15] Adams K L, Wendel J F. Novel patterns of gene expression in polyploid plants[j].trends in Genetics,2005,21:

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