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1 中国人兽共患病学报 1126 Ch J Z 2018,34 ( 12) 实验研究 DOI: 10 3969/ 1002 2694 2018 00 204 j 变异链球菌 基因启动子的克隆及活性测定 张加勤1,2,侯香华3,张世阳2,郑港森1,马晓波1,赵元勋1,黄朝阳1,洪国粦1 克隆变异链球菌 基因启动子,并进行初步验证.方法 PCR 分 别 扩 增 变 异 链 球 菌 基 因 5 侧 /XhI 翼序列 F ΔRS,插入 β 半 乳 糖 苷 酶 ( d, A )报 道 基 因 表 达 载 体 p IB107Bm HI 及其突变体 F β 摘 要:目的 酶切位点之间,构建 基因 5 侧翼序列及其突变体 A 报道 基 因 表 达 载 体 pf ΔRS, PCR 酶 切 及 测 序 鉴 和 pf 定;经 BI I线性化后转化变异链球菌 UA159,卡那霉素筛选阳性克隆,得到 基因 5 侧翼序列及其突变体 A 报道基 因表达株 SC ΔRS,经 PCR 及 测 序 鉴 定 后,测 定 SC SC ΔRS 阳 性 对 照 SAm和 阴 性 对 照 S IB107 的 GA 和 SC 活性.结果 成功扩增出变异链球菌 基因 5 侧翼序列及 其 突 变 体;变 异 链 球 菌 基 因 A 报 道 基 因 表 达 载 体 经 PCR 酶切及测序鉴定正确无误; PCR 及测序结果表明成功构 建 基 因 5 侧 翼 序 列 及 其 突 变 体 变 异 链 球 菌 A 报 道 基 因表 达 株 SC ΔRS;GA 活 性 测 定 证 实 变 异 链 球 菌 基 因 5 侧 翼 序 列 及 其 变 体 A 报 道 基 因 表 达 株 和 SC SC ΔRS 的 GA 活性分别是阴性对照 p IB107 的 34 6 和 8 7 倍,是阳性对照松鼠 葡 萄 球 菌 m 基 因 启 动 子 片 段 和 SC A 报道基因表达株活性的 5 2 和 3 倍,提示插入片段 F ΔRS 具有较强的启动子活性.结论 和 F 成功定位并克 隆变异链球菌 基因启动子,为今后研究 基因上游调控序列提供试验和理论依据. 关键词:变异链球菌; ;启动子 中图分类号: R378 7 文献标识码: A 文章编号: 1002 2694( 2018) 12 1126 05 C S p m p m d y, 2 ZHANGJ 1 2,HOU X h3,zhangsh S1, q y,zheng G 1 MA X b1,zhao Y x1,huang Ch 1 y,hong G ( Dp m C Lb y, hf A d H p X mu m 361003,Ch ; y,x N m I C C X m,x m 361003,Ch ; 3 Dp m Nph y, hf A d H p X mu m 361003,Ch ) y,x Ab :W d hp m S p m d p m m y Th5 k S p m d h d m w mp d m S p m q, / UA159h m mdnabypcr d d p IB107 Bm HI XhI β d p p m d Th, hp m dw md S m UA159 b z dbyb I I,d dw hthy 300/mLkmy hβ d p Thhm mb w d bypcrd,d d GA y R hwd h h5 k S p m q q h dm w p d b by Thβ d p p m dd d q k d h dm w dbypcrd Th GA y hwd q q h h 5 k S p m d h dm w 34 6d8 7 m q h h p IB107,5 2d 3 m h hp, hp m m hs phy m Thp m S p m w dd d y O 福建省自然科学基金( N 2015J 01553)和福建省 卫 生 计 生 委 青 年 骨 干人才培养项目( N 2017 ZQN 84)联合资助 通讯作者:洪国粦, Em :18860089899 139 m; 作者单位: 厦门大学附属第一医院检验科,厦门 361003; 厦门市医院感染管理中心,厦门 361003; 厦门大学附属第一医院肾内科,厦门 361003 3 p d d h m h m K d :S p m ; ;p m yw Spp dby hn S Fd F P j ( ) N 2015J 01553 d h Ex Y h T P m F P H h d Fm j yp

2 12 期张加勤等 : 变异链球菌 基因启动子的克隆及活性测定 1127 Cmm (N.2017GZQNG84) Cpdh:HGG,Em: @139.m 变异链球菌 (Sp m,s.mg ) 是草绿色链球菌的一种, 革兰氏阳性球菌, 兼 性厌氧, 是人类龋病的主要致病菌, 可引起牙髓病 牙周病 颌骨炎, 感染性心内膜炎等一系列并发症, 严重影响患者的身心健康和生活质量 [1G3]. 变异链 球菌在人类口腔中生存的酸碱度 温度 氧分压 渗 透压等环境极易受到人类日常活动的影响, 可在口 腔中长期存活并不断繁殖, 变异链球菌通过改变其 蛋白质的表达状态 ( 包括蛋白质的种类和表达的 量 ), 以消除外界变化对菌体造成的影响 [3]. 然而, 正是这种对环境改变的应对机制使得菌体内一些小 分子蛋白质迅速聚集, 多为瞬时表达和受应激因素 刺激而发生损伤的蛋白质分子, 这些蛋白质大多不 但不能行驶应有的生物学功能, 如不及时清除还会 对细菌造成致命的损伤 [4G6]. 因此, 及时清除迅速聚 集的小分子蛋白质和维持细菌内环境的稳态 (hg m) 成为变异链球菌生存并成为龋损部位的 优势菌以及致病的关键环节. 我们前期研究证实变 异链球菌 C 蛋白酶在清除应激相关蛋白质和损 伤的蛋白质 维持内环境稳态中发挥重要作用 [4G5]. 然而变异链球菌 基因在对外应激耐受中以何 种方式被诱导及其表达调控机制的报道尚不多见, 为此本文通过构建变异链球菌 基因 5G 侧翼序 列及其突变体 βg 半乳糖苷酶 ( β Gd, A) 报道基因表达载体及其表达株, 以研究变异链球菌 基因启动子生物活性及其结构, 为阐 明变异链球菌 基因表达调控的机制奠定理论 和实验基础. 1 材料和方法 1.1 材料 菌株及质粒大肠杆菌 Tp10 变异链球菌 UA159 为本室保存.pIB107 质粒由堪萨斯大学医 学中心的 IdBw 教授惠赠, 含有松鼠葡萄 球菌 m 基因启动子的 A 报道基因表达载体 pfm132 由本室构建保存 试剂细菌基因组提取试剂盒及小量质粒 提取试剂盒为天根生化科技 ( 北京 ) 有限公司产品, DNA mk Tq DNA 聚合酶 限制性内切酶 T4 DNA 连接酶均为 TKR ( 大连 ) 公司产品 ;QIAG qkpcrpk 为 Q 公司产品 ;pg phygβgdgd (PNPG) 为 Sm 公司 产品 ; 余为国产或进口分析纯试剂. 1.2 方法 变异链球菌 UA159 基因组 DNA 的提取 离心收集处于对数生长期的变异链球菌 UA159, 灭 菌 0.1m/LPBS(pH7.4) 洗涤 3 次, 按照细菌基因 提取试剂盒说明书提取变异链球菌 UA159 的基因 组 DNA 序列片段扩增变异链球菌 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FGΔRS 的扩增在 0.2 ml PCR 反应管中建立如下反应体系 :10 PCRB5μL,dNTP(10mm/L)1μL,MC2 (25mm/L)4μL,Tq DNA 聚合酶 0.5μL, 变异 链球菌 UA159 基因组 DNA50, 上 下游引物各 10mL, 加灭菌水至 50μL; 反应条件为 94 预变 性 3m,94 变性 45,56 退火 45,72 延伸 1m, 共 30 个循环, 最后 72 延伸 10 m. 变异 链球菌 基因 5G 侧翼序列片段 (F) 及其突 变体片段 (FGΔRS) 扩增 后续 PCR 鉴定和测序 所用的引物见表 1. 表 1 实验采用的引物序列及用途 Tb.1 Pmdhdydpp Pm Sq(5-3) Pp b BmHIGGF1 GCGGATCCATCGCTTGTTTGGCACAA Fmp BmHIGGF2 GCGGATCCACGAGGTTAAGTCTGATAAATT FGΔRSmp XhIGGR1 GTGCTCGAGTTCAATAACTACAGGAATCAT FdFGΔRSmp Sm1405GF GTATGATAGTATCCTTTTATCAGGG Sd GGR2 CGATCCAGACTGAATGCCC Pmdd Rdddd. b RS,pq.

3 1128 中国人兽共患病学报 2018,34(12) 变异链球菌 基因 5G 侧翼序列及其突变体 A 报道基因表达载体的构建与鉴定变异链球菌 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FGΔRS 的 PCR 扩增产物经 QIAqk PCR PK 纯化后, 限制性内切酶 BmHI/ XhI 酶切, 与经 BmHI/XhI 酶切的 A 报道基因表达载体 pib107 连接, 转化 E.Tp10, 氨苄西林 (100/mL) 和卡那霉素 (50/mL) 筛选, PCR 及酶切鉴定阳性克隆, 构建 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FGΔRS 的 A 报道基因表达载体, 分别命名为 pf 和 pfgδrs, 并交由上海立菲生物工程有限公司测序.PCR 及测序所用引物为 Sm1405GF\GGR2, 详见表 变异链球菌 基因 5G 侧翼序列及其突变体 A 报道基因表达株的构建及 GA 活性测定将含有 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FGΔRS 的 A 报道基因表达载体 pf 和 pfgδrs 含有松鼠葡萄球菌 m 基因启动子的阳性对照质粒 pfm132 及不含启动子的 G A 报道基因表达载体 pib107 经 B I 线性化后, 分别转化变异链球菌 UA159, 卡那霉素 (300/ ml) 筛选, 构建各待测片段 A 报道基因表达株, 分别命名为 SC SCGΔRS SAm( 阳性对照 ) 和 SIB107( 阴性对照 ), 经 PCR 及测序验证后, 参照文献 [6] 测定各待测片段 A 报道基因表达株的 GA 活性, 鉴定变异链球菌 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FGΔRS 启动子活性. M:DNA Mk2000 1: 变异链球菌 基因 5G 侧翼序列截短突变体 (FGΔRS) PCR 扩增结果 ;2: 阴性对照 ;3: 变异链球菌 基因 5G 侧翼序列 (F)PCR 扩增结果 ;4: 阴性对照图 1 变异链球菌 基因 5G 侧翼序列及其截短突变体的 PCR 扩增结果 F.1 Eph5Gkqd hdms.mmpg dbypcr 鉴定, 产物经 1.5% 琼脂糖凝胶电泳, 结果显示插入片段和载体片段相对分子量大小正确. 测序结果进一步证明成功构建了变异链球菌 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FGΔRS 的 A 报道基因表达载体, 详见图 2. PCR 及测序所用引物分别为 BmHIGGF1\ GGR2 和 BmHIGGF2\GGR2, 序列见表 1. 2 结果 2.1 变异链球菌 基因 5G 侧翼序列 F 及其截短突变体 FGΔRS 的体外扩增变异链球菌 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FG ΔRS 的 PCR 扩增产物经 1.5% 琼脂糖凝胶电泳, 结 果显示 : 分别在 621bp 及 271bp 处有特异性明亮 扩增带, 相对分子量大小与预期结果一致, 且未见非 特异扩增带, 详见图 变异链球菌 基因 5G 侧翼序列及其突变 体 A 报道基因表达载体的构建与鉴定 变异链 球菌 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FGΔRS 经 BmHI/ XhI 酶切, 插入到的 pib107 载体, 得到 基因 5G 侧翼序列 F 及其突变体 FGΔRS 的 A 报告基因表达载体 pf 和 pfgδrs. 提取质粒, 行 PCR 及酶切 M1:DNA Mk1kbLdd;M2:DNA Mk2000 1:pFGΔRS 质粒 PCR 鉴定 ;2:pF 质粒 PCR 鉴定 ;3: pf 质粒 BmHI/ XhI 双酶切鉴定 ;4:pF 质粒 BmHI/XhI 双酶切鉴定图 2 变异链球菌 基因 5G 侧翼序列及其截短突变 体 A 报道基因表达载体的鉴定 F.2 IdhA ppmd5g kqdhdms. m

4 12 期 张加勤等:变异链球菌 基因启动子的克隆及活性测定 3 变异链 球 菌 基 因 5 侧 翼 序 列 及 其 突 变 体 A 报 道 基 因 表 达 株 的 鉴 定 变 异 链 球 菌 基 因 5 侧 翼 序 列 F 及 其 突 变 体 F 的 报道基因表达载体 和 ΔRS A pf pf 1129 翼序列 F ΔRS 具 有 较 强 的 及 其 突 变 体 F 启动子活性.详见图 4 所示. ΔRS,连同阴性对照空载体 p IB107 及含有松鼠葡萄 球菌 m 基因启动序列的阳性对照 pfm 132 质粒 经线性化后转化变异链球菌 UA159,经卡那霉素 筛 选,挑选阳性转 化 子 行 菌 落 PCR 鉴 定,扩 增 产 物 经 5 琼脂糖凝胶电泳,结果显示在 1341bp 和 991 bp 处有特异性 明 亮 扩 增 带,与 预 期 结 果 相 符,详 见 图 3.测序证实变异链球菌 基因 5 侧翼序列 F ΔRS 及 A 报 道 基 因 或 其 突 变 体 F R k 抗性基因盒 以 单 拷 贝 插 入 变 异 链 球 菌 转 座 酶 基因( SMU 1405)中. SC 基因 5 侧翼序列 A 报道基因表达 :变异链球菌 株; SC ΔRS:变异链球菌 基因 5 侧翼序列截短突 变 体 SAm:阳性对照 S IB107:阴性对照 A 报道基因表达株; 图 4 变异链球菌 基因 5 侧 翼 序 列 及 其 截 短 突 变 体 G A 活性测定 F 4 G A h A p y y S m 5 k q d h dm 3 讨 论 课题组前期对变异链球菌基因组结构研究表 明,变异链球菌 基因上游为pp 基因,编码尿 嘧啶磷酸核 糖 基 转 移 酶,其 转 录 方 向 与 基 因 1:转化线性化 p IB107 质粒的 A 报 道 基 因 表 达 株 的 PCR 扩 增结果; 2:转化线性化 pf A 报 道 基 因 表 达 株 的 质粒的 PCR 扩增结 果; 3:转 化 线 性 化 pf ΔRS 的 质 粒 A 报 道 基因表达株 PCR 扩增结果 M:DNA M k 2000 图 3 变异链球菌 基因 5 侧 翼 序 列 及 其 截 短 突 变 体 A 报道基因表达株的 PCR 鉴定 F 3 PCRp d h A p 5 k q d h dm S m 相同,两者之间存在 一 非 编 码 区;而 对 基 因 转 录产物 的 研 究 发 现 变 异 链 球 菌 UA159 株 基 因存在 9kb 和 0 67kb 两 种 转 录 产 物,两 者 在 菌 体存在的时间均小于 1 m ;其中 0 67kb 转录产物 的含量占总表 达 产 物 的 80,为 基 因 转 录 产 物,而 9kb 转录产物占 20,为 基因及其上 游 pp 基因共转录产物 [6].因此,我们推断在 变 异 链球菌 基因与其上游pp 基因之间的非编码 区存在着 基因 的 启 动 子. 为 检 测 变 异 链 球 菌 4 变异链 球 菌 基 因 5 侧 翼 序 列 及 其 截 短 突变体启动子活性 GA 活 性 测 定 结 果 表 明 变 异 基因与pp 基因之 间 的 非 编 码 区 是 否 具 有 启 动子活性,我们 将 基 因 与pp 基 因 之 间 的 非 A 报道基因表达株 S IB107 的 34 6 倍之多,是阳 性对照松鼠葡萄球菌 m 基因启动子片段 A 报 的上 游,构 建 变 异 链 球 菌 基 因 5 侧 翼 序 列 链球菌 基因 5 侧翼序列 A 报道基因表达 株 SC 的 GA 活 性 是 阴 性 对 照 不 含 启 动 子 的 道基因表达株 SAm的 8 7 倍左右; 基因 5 侧 翼序列 突 变 体 A 报 道 基 因 表 达 株 SC ΔRS 的启动子活性是 阴 性 对 照 的 5 2 倍,是 阳 性 对 照 的 3 倍,说 明 插 入 片 段 变 异 链 球 菌 基 因 5 侧 编码 区 及 pp 基 因 3 端 部 分 DNA 片 段 插 入 到 A 报道基因表达载体 p IB107 的 A 报道基因 A 报道基因表达载体. IB107 载体由堪萨斯大学医学中心的 I d p B w 教授为 研 究 变 异 链 球 菌 启 动 子 活 性 而 特 地 / XhI 酶 切 位 点 上 游 无 启 动 子 构建的,其 Bm HI 序列和表达调控元件,下游即为 A 报道基因,编

5 1130 中国人兽共患病学报 2018,34(12) 码 βg 半乳糖苷酶 ( β Gd,GA), 能够水 解 PNPG 生成淡黄色的对硝基苯胺, 在 420~450 m 处具有高的消光系数, 可由分光光度计测定 [7]. 因此可通过检测 GA 活性间接反映上游插入片段 的启动子活性.GA 活性测定较 Z( β G 半乳糖 苷酶基因 ) ( 氯霉素乙酰转移酶基因 ) x( 荧光 素酶基因 ) 等目前常用的测定启动子活性的方法具 有背景低 灵敏度高, 线性范围广 设备要求低 操作 简单 快速等优点.pIB107 载体的 A 报道基因 的下游为 k R 抗性基因盒, 而变异链球菌转座酶 基因 (SMU.1405)5G 端及 3G 端约 700~900bp 的基 因片段分别位于 A 报道基因的上游和 k R 抗 性基因盒的下游. 因此线性化的载体可以借由此两 同源臂与变异链球菌 SMU.1405 基因发生同源重 组, 使插入两同源臂中的插入序列以单拷贝的形式 插入变异链球菌 SMU.1405 中, 这不仅消除了载体 拷贝数不同对 GA 活性测定造成的影响, 同时不 会影响宿主菌其他基因和生物学功能, 还便于重组 子的筛选 [8]. 这种序列特异性同源重组多用于序列 的定向插入或缺失, 具有 DNA 序列不丢失 不合成等 优点, 是生命科学中常用的分子生物学方法和手段. [6] JqZh 等对变异链球菌 基因及 其周围 DNA 进行序列和结构分析, 分析结果显示, 在 基因翻译起始位点上游 292bp 处, 有 7 个 随机串联重复序列, 其重复基序由 49~50bp 的碱 基组成 GCGAGGCTANAGTCCAGTGGACTGT TATTTCCCGAGCTNTNAAAATNGATN. 其中 每个基序由一个及其保守 29bp 碱基组成的核心区 域, 核心区域的 3 及 5G 侧翼序列仅有个别碱基不 同. 诸多研究已证实细菌的重复序列多为非编码序 列, 通常具有顺式作用元件的作用, 对基因表达 转 录调控 乃至染色体的构建以及生理代谢都起着不 可或缺的作用, 为初步探讨此串联重复序列的功能, 我们构建了变异链球菌 基因 5G 侧翼序列突变 体 A 报道基因表达株 SCGΔRS, 在该突变体 中我们将串联重复序列进行了缺失突变.GA 活 性测定表明变异链球菌 基因 5G 侧翼序列 F 具有较强的启动子活性, 是阳性对照松鼠葡 萄球菌 m 基因启动子片段活性的 8.7 倍, 说明插 入片段具有较强的启动子活性, 而 基因 5G 侧 翼序列突变体 FGΔRS 的启动子活性是阳性对照松鼠葡萄球菌 m 基因启动子片段的 1.3 倍, 因此我们推断 基因上游的串联重复序列具有增强 基因表达的功能, 其作用机制尚待实验进一步证实. 综述之, 本实验成功克隆了变异链球菌 基因启动子,GA 活性测定证实具有较强的启动子活性, 同时对变异链球菌 基因串联重复序列进行了初步的功能验证, 为后续 基因启动子的结构及其表达调控机制的研究提供实验依据和方法上的借鉴. 参考文献 : [1]Kzyk W,JzkA,KkD,.Th Spmdhbymbm[J].EJ C MbID,2014,33(4):499G515.DOI: / 10096G013G1993G7 [2]HX,ZhJ,SX,.CbC dppspm[j].j BMb,2014,54(11):1222G1232.DOI: /jbm [3]ZhJ,HX,SX,.Cbmm Spmdyhp bhydhhbcd[j].cmg b,2015,70(5):716g723.doi: /00284g015g0779g9 [4]FD,SjkK,VmP,,CpATPdC pympxbpw GC,GmGpb[J].M Mb,2007,63(5): 1285G1295.DOI: /j.1365G x [5]ShhSG,AqzAA,JC,.ThCpXPpG dpbddddpsphg y[j].srp,2017,7(1):11739.doi: /41598G017G12122Gy [6]ZhJQ,BjA,BwI,.Tp hdbyqdmpqsp m[j].jb,2009,191(3):1056g1065.doi: /JB.01436G08 [7]ChjP,BjA,BwS,.CSp mdyxpmd, mpd,db[j].j B, 2010,192(5):1312G1323.DOI: /JB.01350G09 [8]TL,BwI.DdSAGdppG [J].Mb,2015,161(P4):884G894.DOI: / m 收稿日期 :2018G09G26 编辑 : 张智芳

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