工作汇报

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旗禄
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1 Pubmed 的检索与利用任平 ( 清华大学图书馆 ) renping@lib.tsinghua.edu.cn 清华大学图书馆

2 主要内容数据库简介数据库访问方式数据库检索检索结果显示与处理个性化功能

3 数据库简介

数据库简介 1836 年 : 美国国家医学图书馆 (NLM) 成立 1879 年 :Index

Dental Literature(part)+International Nursing

4 数据库简介 1836 年 : 美国国家医学图书馆 (NLM) 成立 1879 年 :Index Medicus( 医学索引,IM) 1964 年 :MEDLARS(Medical Literature Analysis and Retrieval System) 1977 年 :MEDLARS 联机化 MEDLINE(MEDLARS ONLINE),4000 多种期刊 (IM(all)+Index to Dental Literature(part)+International Nursing Index(part)) 1988 年 :NCBI 成立, 建立整合检索系统 Entrez 1997 年 :PubMED(Public Medline, 网络扩展版 )

5 数据库简介

6 数据库简介 1 Medline 1966 年以来,[PubMed - indexed for MEDLINE],MeSH 标引 2 PreMedline 临时性医学文献, 每天接收新数据, 经 MeSH 词表标引后, 每周向 Medline 移加一次 [PubMed - in process]

数据库简介 3 Publisher supplied citations 出版商直接提供的文献,[PubMed - as supplied by publisher] 每天不停地向 PreMedline 传送, 一旦被 PreMedline 收录, 则改为 PubMed-in process

7 数据库简介 3 Publisher supplied citations 出版商直接提供的文献,[PubMed - as supplied by publisher] 每天不停地向 PreMedline 传送, 一旦被 PreMedline 收录, 则改为 PubMed-in process 标记, 经主题标引后转入 Medline 不属于 Medline 收录范围的文献则只有 PubMed 数据识别号 PMID 而没有 Medline UI 4 OLDMedline 1950 年至 1965 年期间发表的 200 万篇生物医学文献无摘要 [PubMed-OLDMEDLINE]

收录的的生命科学期刊, 若提交电子版全文予给 PubMed Central, 经过 NLM 审核过的期刊文章

8 数据库简介 5NON-Medline 无 MeSH 和摘要 [PubMed] MEDLINE 收录期刊中, 不属于 MEDLINE 收录范围的文章, 例如板块构造天体物理学等方面的文章非 MEDLINE 收录的的生命科学期刊, 若提交电子版全文予给 PubMed Central, 经过 NLM 审核过的期刊文章 National Institutes of Health(NIH) 资助的研究者发表的文章 NCBI BookShelf 上的图书

9 数据库简介

10 数据库简介收录 1880 年以来世界 70 多个国家和地区 39 种语言出版 ( 较老期刊涉及 60 种语言 ) 的 5,600 余种生物医学和卫生保健等核心期刊文献的题录和文摘信息, 2000 年开始收录生命科学方面的文献截止 2013 年 6 月, 收录 2200 多万条, 每年更新 70 余万条, 周二 ~ 周六每日更新英文文献占 76% (2000 年以来的文献占 90%),80% 以上的记录提供英文文摘和全文链接 ( 其中 5% 免费提供全文 ) 学科范围 : 生物医学和保健, 以及部分生命科学行为科学化学和生物工程等对北美地区生物医学期刊文献收录较全,2005 年 ~2009 年期间更新的记录 :45% 来自美国出版刊物,91% 为英文,83% 有英文文摘

11 访问方式

12 访问方式使用网址特别说明登录出校,IE7 以上的浏览器, 不需要安装插件免费网络资源

13 数据库检索

14 数据库检索数据库选择下拉菜单检索框个人账户登录常用资源所有资源及资源类型导航栏

15 数据库检索数据库和检索界面选择区默认为基本检索界面 Advanced: 高级检索个人账户登录 Pubmed 使用快速使用指南全文获取常见问题在线培训最新资讯及注意事项 Pubmed 工具移动 Pubmed 单篇引文匹配器批量引文匹配器临床问题咨询特定主题咨询更多资源 MeSH 数据库 NCBI 数据库收录期刊临床试验 E-utilities 软件 LinkOut

16 数据库检索检索方式基本检索 (Basic) 高级检索 (Advanced) 检索语法最大特色 MeSH 检索检索词自动匹配转换功相互参引和外部链接支持字段检索支持逻辑组合检索 (AND/OR/NOT, 大写 ) 支持截词运算符 (*) 支持词组检索 ( )

17 数据库检索 MeSH Terms MeSH Major Topic MeSH Subheadings Entry words keywords Text words 主题词 / 叙词 (Descriptor) 在标引和检索中用以表达文献主题的规范化的词或词组 ; 规范化的可扩充的动态性叙词表 ; 提高准确率主要主题词表达文章主要内容的主题词 ; 提高准确率副主题词 / 限定词 (qualifiers) 与主题词组合使用入口词 / 款目词主题词的同义词近义词缩写不同拼音形式及其他代用形式关键词自由词

例 1: Vitamin C Author index( 作者索引 ) Full Investigator (Collaborator)

18 数据库检索检索词自动匹配转换功能 (automatic term mapping) MeSH Translation Table( 主题词注释表 ) Journals translation table( 期刊注释表 ) Full Author translation table( 作者全名注释表 ) 例 1: Vitamin C Author index( 作者索引 ) Full Investigator (Collaborator) translation table ( 共著者注释表 ) 检索词拆分 Investigator (Collaborator) index ( 共著者索引 ) 没有匹配

19 数据库检索检索字段输入形式 : 检索词 [ 字段代码 ]

20 数据库检索作者检索 Pubmed 的作者著录规则年 : 对论文作者的著录个数没有限制年 : 著录论文前 10 位作者,10 位以后的作者用 et al. 表示年 : 著录论文前 24 位作者, 最后一位作者为论文的最后一位作者其余的作者用 et al. 表示 2000 年至今 : 对论文作者的著录个数没有限制截词检索

21 数据库检索作者检索 1. 特殊字符 :Schröder/ SchrOder, o brien j 2. 先输入姓氏,2002 年后全名检索 John Frank Kenedy; Kenedy,John F 3. de Bruyn OR debruyn de Bruyn OR debruyn[au] de Bruyn[AU] OR debruyn[au] 4. 亚洲人姓名书写方式繁多曾帅 :zeng shuai, shuai zeng,ceng shuai, zeng shuai[au] 5. 键入姓名, 在作者字段检索 (YANG J) 只键入姓, 在所有字段中进行检索 (YANG) 6. 精确检索 : o brien j [au] & o brien j[au]

22 数据库检索刊名检索用刊名全称 Medline 形式的简称或 ISSN 号检索例如 : Journal of Biological Chemistry,J Biol Chem, 早期的期刊可能无 ISSN 号用刊名字段代码限制检索, 期刊名称检索字段标识 [ta] 或者是 [so] 例如: medical physics[so] 如果期刊名称正好是一个 MeSH 词, 系统会将其作 MeSH 词进行检索如果期刊名称是一个单词, 系统会在所有字段中进行检索这时最好用刊名字段代码限制检索刊名中含有括号等字符时, 忽略不键入

23 数据库检索词表检索 ( MeSH ) 在检索框中输入检索词, 点击 Search, 则会出现下图所示结果主题词可选副主题词, 可与主题词逻辑组合, 缩小检索范围限定作为主要主题词检索选择感兴趣的在副主题词 ( 如 immunology) 后, 从下拉菜单中选择逻辑运算符, 点击 Add to search builder, 上方的检索框中会显出检索式, 再点击 Search PubMed 执行检索不进行下位词扩建

24 数据库检索词表检索 ( MeSH ) 该主题词所替代的非规范词形式该主题词所替代的非规范词形式主题词树形结构图

25 检索结果显示与处理

26 检索结果显示与处理简要格式结果显示方式选择, 包括显示格式每页显示条数排序方式过滤器管理默认聚类结果检索结果输出

27 检索结果显示与处理检索结果详细信息显示页面保存结果文摘全文资源获取途径只有免费和本校购买的数据库方可直接点击链接直接获取全文

28 检索结果显示与处理检索结果输出在检索结果简要 / 详细信息显示页面右上端, 点击 Send to 右侧的小箭头系统显示保存方式在检索结果界面点选记录左侧的复选框, 再选择保存方式支持翻页选中后一起保存

29 检索结果显示与处理检索结果输出 Clipboad 剪贴板, 暂存需下载记录, 多项检索后一起保存, 可自动去重, 检索号命名为 #0 最多保存 500 条记录, 选中的记录可通过每条选中记录后的 Remove from clipboard 按钮删除, 也可点选记录前的复选框, 点击 Remove selected items 来删除, 也可点击 Remove all items 删除全部选中记录停止操作后 8 小时系统自动清除

30 检索结果显示与处理检索结果输出邮件发送, 最多 500 篇文献 File 纯文本格式, 可选择保存 ; 如不选择, 默认保存所有检索结果系统会提示可保存到本地计算机提供 6 种保存格式和结果排序方式, 可通过下拉菜单选择如果需要把检索结果导出到 EndNote/Reference Manager/ProCite 文献管理器, 保存格式选择 MEDLINE

31 检索结果显示与处理检索结果输出 Collections 注册了 My NCBI 的用户可选择 Collections 将检索结果保存在 My NCBI 中, 特别是对那些尚不确定是否相关的检索结果, 可以先保存在 Collections 中, 以后再登录 My NCBI 对这些文献记录进行浏览删除排序处理最多可保存 1,000 条记录可把后来的检索结果继续追加进去

32 个性化功能

33 个性化功能 RSS My NCBI 注册 : 点击页面右上端 Sign In 免费注册登陆 : 注册后点击页面右上端 My NCBI 登陆进入个人空间功能 : 个人检索界面定制 ; 邮件定制 ; 保存和管理检索式和检索结果 ; 过滤器管理等 Pubmed Common 互动空间 ( 讨论咨询交流等 )

34 Pubmed 衍生产品

35 GoPubmed 德国 Transinsight 公司和德累斯顿工业大学以 Pubmed 为数据源, 除了检索功能外, 整合搜索结果, 提供检索结果分析免费资源

36 PubMedplus 北京唯博赛科技有限公司开发除了支持 Pubmed 的检索功能外, 旨在实现语义检索对 Pubmed 的检索结果进行分面检索与聚类分析系统可以按照期刊机构部门年份作者国家城市主题词等 50 多项进行统计和聚类, 按照出现的频率将检索结果展示出来本校试用 ( )

37 Faculty of 1000 英国 BioMed Central 出版医学与生物学论文评价和检索系统主要对 PubMed 收录的重要论文 ( 约 5%) 的进行客观评估参加评议的成员分别由美国和欧洲等国际知名机构的著名专家组成

38 检索实例演示

39 检索实例演示例 1: 膝关节研究状况检索需求 (1) 近两年研究情况 (2) 循证医学文献 (3) 系统评论 (4) 随机对照试验 (RCT) (5)Medline 论文 (6) 哈佛和霍普金斯大学研究情况 (7) 影响因子大于 10 的期刊文献 (8) 电子邮件定制

40 检索实例演示例 2: 检索世界计划生育研究文献 family planning 例 3: 临床信息的查找肝动脉与门静脉血流量比例的变化对脂肪肝形成的影响 hepatic artery AND portal vein AND blood flow 例 4: 查找单篇论文 The Mutation Rate and Cancer 1998 Mutation[ti] AND Rate[TI] AND Cancer[TI] AND 1998[DP]

41 谢谢! 任平清华大学图书馆 /4416 清华大学图书馆

内容一 MEDLINE 概述二 PubMed 检索系统三 MeSH 主题词表四 PubMed 入门及进阶功能五如何获取全文

内容一 MEDLINE 概述二 PubMed 检索系统三 MeSH 主题词表四 PubMed 入门及进阶功能五如何获取全文 PubMed 数据库使用技能李晓芸武汉大学图书馆医学分馆内容一 MEDLINE 概述二 PubMed 检索系统三 MeSH 主题词表四 PubMed 入门及进阶功能五如何获取全文分类检索语言 R5 内科学 R51 传染病 R52 结核病 R53 寄生虫病 R54 心脏血管 ( 循环系统 ) 疾病 R541 心脏疾病. 先天性心脏血管病. 风湿性心脏病. 高血压性心脏病. 冠状动脉 (