罗 锐 邦 博 士 邮 箱 :luoruibang@gmail.com 手 机 :+86-18688776233,+852-53043354 网 站 链 接 :http://i.cs.hku.hk/~rbluo/ Linkedin:Ruibang Luo Google Scholar:Ruibang Luo 简 介 罗 锐 邦 先 生 毕 业 于 香 港 大 学 工 程 学 院 计 算 机 系, 博 士 学 位, 研 究 方 向 为 计 算 生 物 学 与 高 性 能 计 算 本 科 毕 业 于 华 南 理 工 大 学 生 物 工 程 专 业, 提 前 一 年 获 得 学 位 本 科 期 间 加 入 深 圳 华 大 基 因 研 究 院 实 习, 并 在 三 年 级 发 表 第 一 篇 研 究 成 果 于 国 际 顶 尖 期 刊 Nature Biotechnology ;2011 年 至 2015 年 博 士 求 学 期 间, 兼 任 香 港 大 学 华 大 基 因 生 物 信 息 学 及 核 心 算 法 研 究 实 验 室 项 目 总 监, 获 得 政 府 经 费 超 千 万 ;2014 于 香 港 创 立 L3 生 物 信 息 有 限 公 司, 为 用 户 提 供 快 速 准 确 易 用 的 基 因 数 据 解 决 方 案, 获 得 200 万 美 元 天 使 投 资 两 年 累 计 收 入 四 百 七 十 万 美 元 罗 锐 邦 博 士 在 第 二 代 测 序 技 术 (NGS) 算 法 设 计 和 基 因 组 分 析 领 域 具 有 9 年 的 专 业 经 验, 是 一 位 富 有 经 验 和 成 就 的 计 算 生 物 学 家 他 曾 为 深 圳 华 大 基 因 研 究 院 等 公 司 提 供 生 物 信 息 平 台 设 计 开 发 服 务, 为 香 港 卫 生 署 香 港 养 和 医 院 等 提 供 生 物 信 息 分 析 支 持 服 务 同 时 罗 锐 邦 博 士 也 是 一 位 公 认 的, 在 基 因 组 组 装 基 因 序 列 比 对 和 肿 瘤 诊 断 标 记 物 发 现 等 方 面 的 可 靠 专 家, 罗 锐 邦 博 士 作 为 主 要 发 明 人, 参 与 发 明 的 一 种 基 因 组 组 装 方 法 和 系 统 等 三 项 国 际 专 利 均 已 获 得 授 权 ; 在 国 际 顶 级 期 刊 Nature, Nature Biotechnology 以 及 Bioinformatics 上 以 通 讯 作 者 或 共 同 第 一 作 者 发 表 了 十 余 篇 关 于 第 二 代 测 序 技 术 算 法 开 发 和 基 因 组 分 析 方 面 的 论 文, 并 因 高 引 用 率 而 闻 名 教 育 背 景 香 港 大 学 2011-2016 计 算 机 科 学 博 士 学 位, 研 究 方 向 为 计 算 生 物 学 与 高 性 能 计 算 导 师 :Professor Tak-Wah Lam 香 港 和 中 国 天 然 气 有 限 公 司 研 究 生 奖 学 金 (2012) 香 港 博 士 生 全 额 奖 学 金 (2011) 华 南 理 工 大 学 2007-2010 生 物 工 程 学 学 士 学 位, 提 前 一 年 毕 业 优 秀 毕 业 论 文 奖 (2010) 华 南 理 工 大 学 学 生 会 公 共 关 系 部 部 长 (2008) 工 作 经 历 北 京 荣 之 联 科 技 股 份 有 限 公 司 生 物 云 总 监 荣 之 联 生 物 云 计 算 新 业 务 的 筹 备, 团 队 组 建 2015.08 - 至 今
引 入 适 合 中 国 基 因 组 研 究 分 子 诊 断 和 健 康 管 理 的, 生 物 信 息 大 数 据 分 析 管 理 共 享 和 解 析 平 台 L3 生 物 信 息 有 限 公 司 2014.04 - 至 今 联 合 创 始 人, 首 席 执 行 官 L3 生 物 信 息 的 管 理 和 运 营, 给 客 户 提 供 快 速 准 确 易 用 的 基 因 数 据 解 决 方 案 应 用 专 业 知 识, 在 香 港 专 营 生 物 信 息 算 法 研 究, 应 用 软 件 开 发 IT 基 础 设 施 的 设 计 和 实 现,, 以 及 第 二 代 测 序 技 术 分 析 为 深 圳 华 大 基 因 研 究 院 等 公 司 提 供 生 物 信 息 软 件 设 计 开 发 服 务 为 香 港 卫 生 署, 香 港 养 和 医 院 等 提 供 生 物 信 息 平 台 支 撑 服 务 产 品 : BALSA / ELSA 基 因 组 大 数 据 变 异 检 测 算 法 BALSA / ELSA 是 一 个 支 持 临 床 应 用 的, 快 速 准 确 并 节 约 成 本 的 第 二 代 测 序 数 据 分 析 的 解 决 方 案 它 可 以 在 4 小 时 内 完 成 50 层 深 度 的 全 基 因 组 测 序 (WGS) 样 本 从 原 始 测 序 数 据 到 基 因 组 突 变 结 果 的 分 析 处 理 200 层 深 度 的 全 外 显 子 组 测 序 (WES) 样 品 数 据 仅 需 10 分 钟 美 国 国 家 标 准 技 术 研 究 所 (NIST) 的 测 试 结 果 证 实 BALSA / ELSA 的 分 析 方 法 具 有 相 当 高 的 灵 敏 度 和 精 确 度 http://www.l3-bioinfo.com/products/balsa_elsa.html database.bio 变 异 解 读 平 台 database.bio 是 一 个 网 络 交 互 的 变 异 解 读 平 台 它 帮 助 研 究 人 员 和 医 生 在 线 完 成 变 异 注 释 致 病 性 分 类 和 可 视 化 https://database.bio Helicube BGI-Online BGI-Online 是 一 个 基 因 组 大 数 据 的 管 理 和 分 享 平 台 他 对 众 多 的 生 物 信 息 数 据 集 提 供 管 理 和 分 析 等 服 务 BGI-Online 对 数 据 提 供 最 高 级 别 的 保 护, 并 符 合 美 国 HIPAA 法 案 https://www.bgionline.com/ 香 港 大 学 - 华 大 基 因 生 物 信 息 学 及 核 心 算 法 研 究 实 验 室 2012.09 - 至 今 项 目 总 监 工 作 描 述 : 带 领 一 个 十 人 团 队, 专 注 于 基 因 组 分 析 和 计 算 生 物 学 算 法 的 设 计 和 实 现 科 研 经 费 : Hong Kong ITF Grant ITS/155/15FP: 681 万 港 币 中 国 人 群 基 因 组 数 据 库 与 精 密 医 学 的 应 用 2015.01.28-2017.11.30, 合 作 研 究 员 和 项 目 经 理 Hong Kong ITF Grant GHP/011/12: 582 万 港 币 针 对 临 床 诊 断 和 案 例 存 储 库 的 一 个 基 因 组 和 制 药 知 识 系 统 2013.03.01-2015.02.28, 合 作 研 究 员 和 项 目 经 理 主 导 项 目 论 文 成 果 ( 通 讯 或 共 同 第 一 作 者 ) 和 开 源 项 目 : De novo assembly of a haplotype-resolved human genome. 发 表 在 Nature Biotechnology,2015 (4 次 被 引 用 )
SOAPdenovo2: An empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler. 发 表 在 BMC GigaScience,2012 (678 次 被 引 用 ) https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2 (2012.8-2015.5 期 间 42,000 次 点 击 下 载 ) Abstract: Exome sequencing of tumor cell lines: Optimizing for cancer variants. 发 表 在 Cancer Research The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation. 发 表 在 Nature, 2012 (526 次 被 引 用 ) MEGAHIT: An ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph. 发 表 在 Bioinformatics, 2015 (23 次 被 引 用 ) https://github.com/voutcn/megahit (JGI's select) (Metatranscriptomes with MEGAHIT) BALSA: integrated secondary analysis for whole-genome and whole-exome sequencing, accelerated by GPU. 发 表 在 PeerJ, 2014 (4 次 被 引 用 ) http://sourceforge.net/projects/balsa/ SOAPdenovo-Trans: De novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads. 发 表 在 Bioinformatics, 2014 (128 次 被 引 用 ) https://sourceforge.net/projects/soapdenovotrans SOAP3-dp: Fast, Accurate and Sensitive GPU-based Short Read Aligner. 发 表 在 PLoS ONE, 2013 (48 次 被 引 用 ) https://sourceforge.net/projects/soap3dp MICA: A fast short-read aligner that takes full advantage of Intel Many Integrated Core Architecture (MIC). 发 表 在 BMC Bioinformatics, 2015 (16 次 被 引 用 ) https://sourceforge.net/projects/mica-aligner COPE: an accurate k-mer-based pair-end reads connection tool to facilitate genome assembly. 发 表 在 Bioinformatics, 2012 (42 次 被 引 用 ) https://sourceforge.net/projects/coperead GPU-Accelerated BWT Construction for Large Collection of Short Reads. 发 表 在 Arxiv, 2014 (9 次 被 引 用 ) 合 作 项 目 论 文 成 果 : Genome-Wide Mapping of Structural Variations Reveals a Copy Number Variant That Determines Reproductive Morphology in Cucumber. 发 表 在 Plant Cell, 2015 (8 次 被 引 用 ) Single-base resolution maps of cultivated and wild rice methylomes and regulatory roles of DNA methylation in plant gene expression. 发 表 在 BMC Genomics, 2012 (62 次 被 引 用 ) 协 会 项 目 论 文 成 果 : An integrated map of genetic variation from 1,092 human genome. 发 表 在 Nature, 2012 (2,886 次 被 引 用 )
Assemblathon 1: A competitive assessment of de novo short read assembly methods. 发 表 在 Genome Research, 2011 (262 次 被 引 用 ) Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species. 发 表 在 BMC GigaScience, 2013 (185 次 被 引 用 ) 深 圳 华 大 基 因 研 究 院 2010.09-2011.09 生 物 信 息 学 算 法 研 究 实 验 室 主 任 工 作 描 述 : 1. 管 理 一 个 15 人 团 队, 开 发 和 维 护 BGI 的 核 心 生 物 信 息 工 具, 包 括 SOAPdenovo, SOAPaligner 等 2. 为 第 二 代 测 序 技 术 数 据 的 分 析 和 管 理, 设 计 和 实 现 新 分 析 算 法 和 流 水 线 主 导 项 目 论 文 ( 共 同 第 一 作 者 ) 成 果 : Structural variation in two human genomes mapped at single-nucleotide resolution by whole genome de novo assembly. 发 表 在 Nature Biotechnology, 2011 (81 次 被 引 用 ) 合 作 项 目 论 文 成 果 : Sequencing of 50 Human Exomes Reveals Adaptation to High Altitude. 发 表 在 Science, 2010 (574 次 被 引 用 ) Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing. 发 表 在 Nature, 2011 (629 次 被 引 用 ) 协 会 项 目 论 文 成 果 : International network of cancer genome projects. 发 表 在 Nature, 2010 (785 次 被 引 用 ) 专 利 : 一 种 基 因 组 组 装 方 法 和 系 统 世 界 知 识 产 权 组 织 专 利 号 :WO/2012/171213 发 明 人 : 王 俊, 罗 锐 邦, 谢 寅 龙, 刘 允 杰 http://www.freepatentsonline.com/wo2012171213.html 一 种 基 因 组 结 构 性 变 异 检 测 方 法 和 系 统 世 界 知 识 产 权 组 织 专 利 号 :WO/2012/034251 发 明 人 : 罗 锐 邦, 邵 浩 靖, 林 浩 翔 http://www.freepatentsonline.com/wo2012034251a2.html 检 测 基 因 组 目 标 区 域 多 态 性 位 点 的 方 法 及 系 统 世 界 知 识 产 权 组 织 专 利 号 :WO/2012/027958 中 国 专 利 号 :CN201010270464.6 香 港 专 利 号 :1147528 发 明 人 : 李 英 睿, 余 昶, 罗 锐 邦, 张 帆 http://www.freepatentsonline.com/wo2012027958a1.html 深 圳 华 大 基 因 研 究 院 2008.03-2010.08 生 物 信 息 分 析 工 程 师 工 作 描 述 :
1. 设 计 实 验 以 及 开 发 计 算 机 程 序 用 以 解 读 第 二 代 测 序 技 术 所 产 生 的 大 量 数 据 2. 设 计 令 人 信 服 的 分 析 报 告 以 及 调 研 报 告 主 要 论 文 ( 共 同 第 一 作 者 ) 成 果 : Building the sequence map of the human pan-genome. 发 表 在 Nature Biotechnology, 2010 (122 次 被 引 用 ) 合 作 论 文 成 果 : The DNA Methylome of Human Peripheral Blood Mononuclear Cells. 发 表 在 PLoS Biology, 2010 (222 次 被 引 用 ) 协 会 论 文 成 果 : A map of human genome variation from population scale sequencing. 发 表 在 Nature, 2010 (3,238 次 被 引 用 ) 语 言 普 通 语 母 语 粤 语 母 语 英 语 第 一 外 语 法 语 第 二 外 语