Code No. RR250A 研 究 用 TaKaRa qpcr Norovirus (GI/GII) Typing Kit 说 明 书 v201606da
目 录 内 容 页 码 制 品 说 明 1 制 品 内 容 2 保 存 2 试 剂 盒 外 所 需 仪 器 及 试 剂 2 使 用 注 意 事 项 3 操 作 注 意 事 项 3 使 用 GI & GII Positive Control DNA 进 行 定 量 分 析 3 操 作 流 程 4 结 果 判 定 时 的 注 意 事 项 12 参 考 文 献 13 关 联 产 品 13
制 品 说 明 诺 如 病 毒 (NoV) 是 引 发 急 性 胃 肠 炎 的 一 种 病 毒 感 染 源 主 要 来 自 感 染 者 的 排 泄 物 ( 粪 便 呕 吐 物 ) 或 带 有 诺 如 病 毒 的 双 贝 壳 类 ( 牡 蛎 等 ) 被 感 染 者 经 数 日 的 潜 伏 期 后 出 现 呕 吐 腹 泻 腹 痛 发 热 (37-38 ) 等 症 状 诺 如 病 毒 属 于 杯 状 病 毒, 其 表 面 覆 盖 一 层 帽 状 的 有 凹 痕 的 蛋 白 质, 基 因 组 为 单 股 正 链 RNA 目 前, 组 织 培 养 法 等 难 以 分 离 和 检 测 诺 如 病 毒, 因 此, 利 用 RT-PCR 法 及 Real Time PCR 进 行 病 毒 的 检 测 和 诊 断 诺 如 病 毒 被 分 为 genogroup I-V 5 种 基 因 型, 人 类 主 要 感 染 genogroup I(GI) 型 和 genogroup II(GII) 型 本 制 品 是 使 用 GI 和 GII 检 测 用 引 物 与 探 针 进 行 Real Time PCR 检 测 诺 如 病 毒 的 试 剂 盒 制 品 中 使 用 的 引 物 和 探 针 碱 基 序 列 与 日 本 厚 生 劳 动 省 医 药 食 品 局 食 品 安 全 部 监 视 安 全 科 下 达 的 通 知 [ 有 关 诺 如 病 毒 检 测 方 法 ]( 食 安 监 发 第 1105001 号 )( 最 终 修 订 :2013 年 10 月 22 日 食 安 监 发 1022 第 1 号 )( 以 下 简 称 公 定 法 ) 中 记 载 的 碱 基 序 列 相 同 利 用 荧 光 物 质 的 Real Time PCR 检 测 方 法 因 其 简 便 性 快 速 性 高 特 异 性, 近 年 来 用 于 食 品 中 包 括 诺 如 病 毒 等 各 种 病 原 体 的 检 测 制 品 中 使 用 的 TaKaRa Ex Taq HS 是 含 抗 Taq 抗 体 的 Hot Strat 型 DNA 聚 合 酶, 与 适 宜 Buffer 组 合 使 用, 可 以 在 短 时 间 内 进 行 高 效 扩 增 高 灵 敏 度 的 检 出, 并 能 有 效 防 止 在 热 循 环 前 由 引 物 错 配 或 引 物 二 聚 体 产 生 的 非 特 异 性 扩 增 本 制 品 适 用 于 反 应 时 间 短 的 快 速 PCR, 在 宽 广 的 动 态 范 围 内 可 准 确 对 检 测 样 品 基 因 进 行 检 出 和 定 量, 同 时 还 可 以 进 行 重 复 性 好 可 信 度 高 的 Real Time PCR 解 析 探 针 法 是 使 用 5 端 带 有 荧 光 物 质 (FAM 等 ),3 端 带 有 淬 灭 物 质 (TAMRA 等 ) 的 探 针 进 行 荧 光 检 测 的 方 法 当 探 针 完 整 时,5 端 的 荧 光 物 质 受 到 3 端 的 荧 光 物 质 的 制 约, 不 能 发 出 荧 光 而 当 探 针 被 分 解 后,5 端 的 荧 光 物 质 便 会 游 离 出 来, 发 出 荧 光 当 PCR 反 应 液 中 加 入 荧 光 探 针 后, 在 PCR 反 应 的 退 火 过 程 中, 荧 光 探 针 便 会 和 模 板 杂 交 进 一 步 在 PCR 反 应 的 延 伸 过 程 中,Taq DNA 聚 合 酶 的 5 3 Exonuclease 活 性 可 以 分 解 与 模 板 杂 交 的 荧 光 探 针, 游 离 荧 光 物 质 发 出 荧 光 通 过 检 测 反 应 体 系 中 的 荧 光 强 度, 可 以 达 到 检 测 PCR 产 物 扩 增 量 的 目 的 本 制 品 是 在 与 群 马 县 环 境 卫 生 研 究 所 共 同 研 究 成 果 基 础 上 研 发 的 探 针 1. 热 变 性 Primer 荧 光 物 质 淬 灭 物 质 2. 引 物 退 火 / 探 针 与 模 板 的 杂 交 Polymerase 探 针 杂 交 3. 延 伸 反 应 探 针 法 技 术 原 理 图 -1-
制 品 内 容 (RT 反 应 50 次 量 GI 反 应 50 次 量 *1 GII 反 应 50 次 量 *1 ) 1. 5 PrimeScript Buffer(NV) *2 3 200 μl 2. PrimeScript RT Enzyme Mix(NV) *2 4 50 μl 3. Random 6 mers(100 μm) *2 50 μl 4. Premix Ex Taq(NV)( 2 conc.) *5 625 μl 2 5. GI Primer Mix *6 50 μl 6. GII Primer Mix *6 50 μl 7. GI Probe Mix *6 7 50 μl 8. GII Probe Mix *6 7 50 μl 9. ROX Reference Dye(50 conc.) *8 50 μl 10.ROX Reference Dye II(50 conc.) *8 50 μl 11.RNase Free dh2o 1 ml 12.GI Positive Control DNA *9 (4 10 6 copies/μl) 20 μl 13.GII Positive Control DNA *9 (4 10 6 copies/μl) 20 μl 14.EASY Dilution(for Real Time PCR) *10 700 μl *1: 本 制 品 以 8 个 浓 度 梯 度 (n=3) 制 作 标 准 曲 线, 对 检 测 样 品 和 阴 性 对 照 进 行 (n=2) 平 行 检 测 时, 可 对 12 个 检 测 样 品 进 行 检 测 *2: 反 转 录 反 应 用 试 剂 *3: 含 有 dntp Mixture 及 Mg 2+ *4: 含 有 RNase Inhibitor *5: 含 有 TaKaRa Ex Taq HS, dntp Mixture 和 Mg 2+ *6: 碱 基 序 列 采 用 公 定 法 中 记 载 的 碱 基 序 列 *7: 含 有 荧 光 标 记 探 针, 应 避 光 保 存 *8: 用 于 Life Technologies 的 Real Time PCR 扩 增 仪, 用 以 校 正 孔 与 孔 之 间 的 荧 光 信 号 误 差 使 用 ROX Reference Dye 的 PCR 仪 Applied Biosystems StepOnePlus Real-Time PCR System(LifeTechnologies) 使 用 ROX Reference Dye II 的 PCR 仪 Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR System(Life Technologies) 不 使 用 ROX Reference Dye 或 ROX Reference Dye II 的 PCR 仪 Thermal Cycler Dice Real Time System II(Code No. TP900/TP960) *9: 用 于 制 作 标 准 曲 线 的 标 准 品 阳 性 对 照 是 质 粒 DNA, 不 需 要 进 行 反 转 录 反 应 使 用 方 法 可 与 公 定 法 中 GI GII 阳 性 质 粒 DNA 的 使 用 方 法 相 同 注 意 : 反 复 冻 融 会 影 响 PCR 反 应 的 定 量 *10:Positive Control DNA 梯 度 稀 释 时 使 用 的 稀 释 液 保 存 : -20 运 输 -20 保 存 Premix Ex Taq(NV)( 2 conc.) 融 解 后 4 保 存,6 个 月 内 性 能 稳 定 长 期 保 存 时, 请 于 -20 保 存 制 品 开 封 后, 为 避 免 Positive Control DNA 污 染 其 它 试 剂, 请 将 12. 和 13. 组 份 分 开 保 存 试 剂 盒 外 所 需 仪 器 及 试 剂 试 剂 RNA 提 取 试 剂 器 具 200 μl 20 μl 10 μl 移 液 枪 -2-
移 液 枪 专 用 枪 头 ( 带 有 疏 水 滤 膜 ) 仪 器 Real Time PCR 仪 及 专 用 反 应 管 Thermal cycler Dice Real Time system II (Code No. TP900/TP960) 0.2 ml 8-strip tube individual Flat caps (Code No. NJ600) Applied Biosystems StepOnePlus Real-Time PCR System Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR System (Life Technologies), etc. 使 用 注 意 事 项 下 面 是 使 用 本 制 品 时 的 注 意 事 项, 使 用 前 请 务 必 阅 读 1. 使 用 目 的 : 本 试 剂 盒 是 用 于 环 境 分 析 及 食 品 分 析 的 制 品 2. 检 测 结 果 : 本 制 品 用 于 基 因 检 测, 即 使 是 死 的 病 毒 也 可 检 测 出 来 ( 检 测 结 果 判 定 发 生 问 题 时, 本 公 司 概 不 负 责 ) 3. 废 弃 : 检 测 样 品 具 有 感 染 性, 请 按 照 各 设 施 的 安 全 规 定 进 行 妥 善 处 理 操 作 区 要 保 持 清 洁, 要 穿 实 验 服, 戴 口 罩 手 套 和 护 目 镜 等 如 有 需 要 对 检 测 样 品 和 使 用 器 材 进 行 121 20 分 钟 的 高 压 灭 菌 或 2.5% 次 氯 酸 钠 处 理 后, 再 按 照 各 设 施 的 污 染 性 废 弃 物 处 理 条 例 进 行 处 理 试 剂 废 弃 时, 请 用 大 量 流 水 冲 洗 塑 料 容 器 等 实 验 器 具 请 按 照 各 自 的 废 弃 物 处 理 及 清 扫 相 关 条 例 进 行 处 理 操 作 注 意 事 项 1. PrimeScript RT Enzyme Mix(NV) 使 用 前 轻 离 心, 使 试 剂 至 管 底 酶 中 含 有 50% 甘 油, 黏 度 高, 应 缓 慢 吸 取 2. 分 装 试 剂 时, 一 定 要 使 用 新 的 一 次 性 反 应 管, 防 止 样 品 间 污 染 3. 如 果 样 品 杂 合 探 针 和 引 物 因 混 入 核 酸 酶 而 被 降 解, 则 不 能 准 确 进 行 检 测 实 验 者 的 汗 液 和 唾 液 也 会 带 入 核 酸 酶, 操 作 时 应 戴 一 次 性 手 套 和 口 罩 4. Premix Ex Taq(NV) 含 有 PCR 酶, 使 用 时 请 上 下 颠 倒 轻 轻 均 匀 混 合, 防 止 产 生 气 泡, 防 止 因 混 合 不 均 匀 造 成 的 反 应 不 良 Premix Ex Taq(NV) 在 -20 存 放 可 能 会 产 生 沉 淀, 可 用 手 掌 温 度 缓 慢 溶 解 或 于 室 温 放 置, 轻 柔 的 上 下 颠 倒 混 匀 直 至 沉 淀 全 部 消 失 沉 淀 会 导 致 溶 液 成 分 不 均 一, 使 用 前 务 必 充 分 混 匀 试 剂 5. PCR 反 应 是 灵 敏 度 非 常 高 的 反 应 为 防 止 污 染, 建 议 从 反 应 液 的 配 制 到 检 测 的 实 验 过 程 中, 设 定 以 下 3 个 实 验 区 域, 并 进 行 物 理 性 隔 离 1. 区 域 1: 反 应 液 的 配 制 及 分 装 2. 区 域 2: 检 测 样 品 的 制 备 3. 区 域 3: 向 反 应 液 中 添 加 检 测 样 品, 进 行 反 应 检 出 由 于 本 制 品 使 用 Real Time PCR 法, 扩 增 反 应 与 检 测 同 时 进 行, 反 应 后 的 扩 增 产 物 不 需 要 再 进 行 电 泳 为 了 避 免 污 染, 严 禁 从 Tube 管 中 取 出 扩 增 产 物 6. Real Time PCR 仪 的 使 用 请 按 照 仪 器 的 说 明 书 进 行 操 作 7. 使 用 本 制 品 获 得 的 结 果 是 以 Real Time PCR 仪 的 分 析 为 基 础 来 判 定 的 如 果 Real Time PCR 仪 的 任 一 Auto 功 能 出 现 问 题 都 可 能 导 致 错 误 的 判 定 结 果, 因 此 要 依 据 仪 器 说 明 书 来 正 确 设 置 Real Time PCR 仪 8. 对 应 的 引 物 和 探 针 不 能 检 测 出 发 生 新 的 变 异 的 诺 如 病 毒 使 用 GI 和 GII Positive Control DNA 进 行 定 量 分 析 试 剂 盒 中 附 带 的 GI Positive Control DNA 和 GII Positive Control DNA 是 Takara Bio 合 成 的 含 诺 如 病 毒 碱 基 序 列 的 质 粒 DNA -3-
为 了 获 得 与 公 式 法 中 相 同 的 定 量 结 果, 调 整 了 GI Positive Control DNA 和 GII Positive Control DNA 的 浓 度, 因 此 使 用 方 法 可 与 公 式 法 相 同 使 用 EASY Dilution (for Real Time PCR) 10 倍 梯 度 稀 释 GI Positive Control DNA 和 GII Positive Control DNA 后 制 作 标 准 曲 线, 并 根 据 标 准 曲 线 进 行 定 量 分 析 定 量 范 围 可 根 据 检 测 结 果 进 行 判 断 阳 性 对 照 反 复 冻 融 会 影 响 其 定 量 性 操 作 流 程 < 使 用 Positive Control DNA 进 行 定 量 分 析 > 操 作 概 要 1. 样 品 制 备 2. 反 转 录 反 应 3. Real Time PCR 仪 的 设 置 4. 反 应 液 的 配 制 及 开 始 反 应 将 GI Positive Control DNA 和 GII Positive Control DNA 梯 度 稀 释, 制 备 标 准 曲 线 用 标 准 品 配 制 反 应 液 将 反 应 液 分 装 到 反 应 管 中, 添 加 阴 性 对 照 ( 灭 菌 水 ) 标 准 曲 线 用 标 准 品 和 检 测 样 品 将 反 应 管 放 入 Real Time PCR 仪 中, 开 始 反 应 5. 结 果 判 定 界 面 显 示 Real Time PCR 扩 增 曲 线 反 应 完 成 从 标 准 曲 线 可 以 计 算 出 检 测 样 品 的 拷 贝 数 A. 样 品 的 制 备 ( 在 区 域 2 进 行 ) 取 患 者 粪 便 时 要 在 生 物 安 全 柜 内 操 作, 要 注 意 防 止 污 染 制 备 核 酸 ( 特 别 是 RNA) 时, 为 防 止 实 验 者 的 汗 液 及 唾 液 中 核 酸 酶 的 混 入, 应 戴 一 次 性 口 罩 和 手 套, 设 置 RNA 专 用 实 验 区 实 验 器 具 尽 可 能 使 用 一 次 性 塑 料 制 品, 建 议 使 用 RNase-OFF(Code No. 9037) 擦 拭 实 验 台 和 实 验 器 具 以 去 除 RNase 另 外,RNA 用 实 验 器 具 ( 塑 料 和 玻 璃 制 品 ) 应 专 用, 与 其 他 实 验 器 具 分 开 使 用 请 按 照 公 定 法 中 记 载 的 方 法, 从 粪 便 等 检 测 样 品 中 制 备 RNA 样 品 B. 反 转 录 反 应 (1) 按 下 列 组 份 在 冰 上 配 制 PCR 反 应 液 ( 在 区 域 1 进 行 ) 将 下 列 组 份 除 RNA 样 品 外 配 成 所 需 管 数 +α 的 混 合 液 后, 向 每 个 0.2 ml 反 应 管 中 添 加 10 μl 混 合 液 -4-
试 剂 5 PrimeScript Buffer(NV) PrimeScript RT Enzyme Mix(NV) Random 6 mers(100 μm) 使 用 量 4 μl 1 μl 1 μl (2) 添 加 RNA 样 品 后, 按 照 下 面 的 反 应 条 件 进 行 反 转 录 反 应 ( 在 区 域 3 进 行 ) 使 用 Thermal Cycler * 非 常 便 利 37 15 min.( 反 转 录 反 应 ) 85 5 sec.( * 使 反 转 录 酶 热 失 活 ) 4 反 应 结 束 后, 反 转 录 反 应 液 可 -20 冷 冻 保 存 C. 标 准 曲 线 用 标 准 品 的 配 制 ( 在 区 域 3 进 行 ) 请 分 别 制 备 GI 和 GII 标 准 品 (1) 将 45 μl EASY Dilution 分 装 于 7 管 1.5 ml Tube 中 (2) 将 20 μl GI Positive Control DNA 和 20 μl GII Positive Control DNA 分 别 移 至 0.2 ml Tube 中 (3)98 热 处 理 (2) 的 GI 或 GII Positive Control DNA 后, 将 0.2 ml Tube 快 速 置 于 冰 中 冷 却 (4) 将 热 处 理 后 的 5 μl Positive Control DNA(4 10 6 copies/μl) 加 入 到 (1) 的 Tube 中, 配 制 成 4 10 5 copies/μl (5) 梯 度 稀 释 至 4 10-1 copies/μl, 最 终 浓 度 分 别 为 4 10-1 copies/μl~4 10 6 copies/μl 1. 4 10 6 copies/μl(gi or GII Positive Control DNA 原 液 ) 2. 4 10 5 copies/μl(gi or GII Positive Control DNA 原 液 5 μl + EASY Dilution 45 μl) 3. 4 10 4 copies/μl(4 10 5 copies/μl 溶 液 5 μl + EASY Dilution 45 μl) 4. 4 10 3 copies/μl(4 10 4 copies/μl 溶 液 5 μl + EASY Dilution 45 μl) 5. 4 10 2 copies/μl(4 103 copies/μl 溶 液 5 μl + EASY Dilution 45 μl) 6. 4 10 1 copies/μl(4 10 2 copies/μl 溶 液 5 μl + EASY Dilution 45 μl) 7. 4 10 0 copies/μl(4 10 1 copies/μl 溶 液 5 μl + EASY Dilution 45 μl) 8. 4 10-1 copies/μl(4 10 0 copies/μl 溶 液 5 μl + EASY Dilution 45 μl) * 使 用 8 个 梯 度 的 DNA 溶 液 制 作 标 准 曲 线 ( 一 个 反 应 分 别 使 用 2.5 μl, 建 议 进 行 n=3 的 平 行 反 应 ) D. Real Time PCR 反 应 液 的 配 制 及 开 始 反 应 使 用 本 试 剂 盒 除 Positive Control DNA 的 标 准 曲 线 制 作 外, 还 应 该 同 时 进 行 检 测 样 品 反 应 和 阴 性 对 照 反 应 RNA 样 品 * RNase Free dh2o Total * (1) 按 下 列 组 份 在 冰 上 配 制 PCR 反 应 液 ( 在 区 域 1 进 行 ) 分 别 配 制 GI 和 GII 反 应 液 将 下 列 组 份 除 模 板 外 配 成 所 需 管 数 +α 的 混 合 液 后, 向 每 个 0.2 ml 反 应 管 中 添 加 22.5 μl 混 合 液, 轻 轻 盖 上 盖 子 所 需 管 数 = 检 测 样 品 数 + 标 准 曲 线 用 标 准 品 数 + 阴 性 对 照 ( 建 议 检 测 样 品 数 及 阴 性 对 照 为 n=2 以 上, 标 准 曲 线 用 标 准 品 数 (8 个 浓 度 梯 度 ) 为 n=3) 其 中 作 为 阴 性 对 照 的 反 应 管 中 加 2.5 μl 灭 菌 水 后, 盖 紧 盖 子 10 μl 4 μl 20 μl -5-
试 剂 使 用 量 终 浓 度 Premix Ex Taq(NV)(2 conc.) 12.5 μl 1 GI 或 GII Primer Mix 1 μl GI 或 GII Probe Mix 1 μl ROX Reference Dye *1 或 ROX Reference Dye II *1 或 灭 菌 水 0.5 μl Control 或 RNase *2 Free *2 cdna 样 品 或 标 准 品 或 dh灭 2 O* 菌 水 2 ( 阴 性 对 照 ) 2.5 μl 灭 菌 水 7.5 μl Total 25 μl *1: StepOnePlus Real-Time PCR System 使 用 ROX Reference Dye 7500 Fast Real-Time PCR System 使 用 ROX Reference Dye II Thermal Cycler Dice Real Time System II 添 加 dh2o *2: cdna 样 品 及 标 准 品 在 区 域 3 添 加, 不 在 区 域 1 添 加 [ 注 意 ] 不 要 直 接 用 手 触 摸 反 应 管 表 面, 以 免 影 响 荧 光 信 号 的 收 集 (2) 样 品 ( 模 板 ) 的 添 加 ( 在 区 域 3 进 行 ) 向 除 阴 性 对 照 以 外 的 反 应 管 中 分 别 加 入 2.5 μl cdna 样 品 和 标 准 品, 盖 紧 盖 子 用 小 型 离 心 机 轻 微 离 心, 放 置 于 Real Time PCR 仪 上 [ 注 意 ] 反 应 混 合 液 配 置 好 后 应 于 1 小 时 内 进 行 反 应 E. 使 用 Real Time PCR 仪 进 行 扩 增 反 应 和 定 量 分 析 ( 在 区 域 3 进 行 ) 各 种 Real Time PCR 仪 的 操 作 方 法 有 所 不 同 详 细 操 作 方 法 请 参 照 其 说 明 书 以 下 介 绍 使 用 Thermal Cycler Dice Real Time System II(Takara Bio) 及 Applied Biosystem 7500 Fast Real Time PCR System(Life Technologies) 时 的 操 作 方 法 及 结 果 判 定 使 用 Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR System 时 请 参 考 第 9 页 使 用 Thermal Cycler Dice Real Time System II 绝 对 定 量 实 验 例 按 照 公 定 法, 分 别 使 用 以 下 样 品 进 行 GI 和 GII 反 应 标 准 曲 线 用 标 准 品 : 1 copy~1 10 7 copies(n=3) 检 测 样 品 及 阴 性 对 照 (n=3) 标 准 曲 线 用 标 准 品 使 用 其 对 应 的 反 应 体 系, 检 测 样 品 及 阴 性 对 照 分 别 使 用 GI 和 GII 的 2 个 反 应 体 系 进 行 检 测 (1) 创 建 一 个 新 的 运 行 文 件, 在 New Experiment Options 窗 口 的 Experiment Type 栏 中 选 择 AQ(s), Absolute Quantification, Single -6-
(2) 在 Thermal Profile Setup 界 面 下 Collect Data 栏 中 选 择 FAM, 按 以 下 PCR 条 件 进 行 设 定 预 变 性 (Hold) Cycle:1 95 10 sec. 2 Step PCR Cycles:45 95 5 sec. 56 30 sec.( 检 测 ) 不 选 择 ROX 默 认 设 定 值 的 变 更 方 法 双 击 后 直 接 输 入 数 值 或 按 照 箭 头 进 行 数 值 的 变 更 Hold 2 Step PCR 循 环 圈 数 变 更 项 目 (3) 点 击 画 面 右 下 方 的 Start Run 键, 开 始 反 应 变 更 点 95 30 sec. 变 更 为 10 sec. 60 变 更 为 56 40 cycles 变 更 为 45 cycles (4) 在 Plate Setup 界 面 下 设 定 样 品 信 息 在 Target List 和 Sample List 处 输 入 样 品 信 息 1) Target List 设 定 : 设 定 检 测 通 道 和 样 品 名 称 1. 点 击 Add, 可 在 列 表 中 增 加 一 栏, 点 击 Delete, 可 在 列 表 中 减 少 一 栏 2. 在 Dye 的 下 拉 菜 单 中 选 择 FAM 3. 在 Name 输 入 样 品 名 称 GI or GII 4. 如 果 需 要, 可 选 择 颜 色 2) Sample List 设 定 : 1. 选 择 所 要 设 定 的 well, 从 下 拉 菜 单 中 选 择 Sample type NTC [ No Template Control ]: 无 模 板 的 阴 性 对 照 STD [ Standard ]: 制 作 标 准 曲 线 用 标 准 品 NAC [ No Amplification Control ]: 不 添 加 酶 的 阴 性 对 照 UNKN [ Unknown ]: 未 知 检 测 样 品 2. 在 "Name" 处 添 加 样 品 名 3. 如 果 需 要, 可 选 择 颜 色 3) 点 击 "Update" 键 4) plate Image 的 设 定 1. 在 plate Image 界 面, 待 测 孔 位 从 "Plate Image Editor" 选 择 "Target" 2. 从 "Plate Image Editor" 选 择 "Sample" 3. 未 占 用 孔 位 选 择 omit -7-
(5) 结 果 分 析 反 应 结 束 后, 在 Result/Analysis 界 面 下 确 认 结 果 1) 确 认 扩 增 曲 线 检 测 通 道 选 择 FAM, 确 认 NTC( 阴 性 对 照 ) STD(Positive Control DNA) 的 扩 增 曲 线 确 认 GI 和 GII 的 扩 增 曲 线 显 示 GI 或 GII 的 扩 增 曲 线 时, 可 从 Selector 直 接 选 择 待 测 孔 位 或 从 Target/Sample Type 选 择 1. NTC 扩 增 曲 线 确 认 : 在 Selector 处 选 择 <NTC> 阴 性 对 照 在 FAM 通 道 中 的 荧 光 信 号 值 不 能 超 过 阈 值 2. 阳 性 对 照 扩 增 曲 线 确 认 : 在 Selector 处 选 择 <STD> GI 反 应 体 系 GII 反 应 体 系 确 保 阳 性 对 照 在 FAM 通 道 和 ROX 通 道 都 应 得 到 一 条 超 过 阈 值 的 扩 增 曲 线 注 意 :1 copy 的 扩 增 曲 线 有 时 会 不 超 过 阈 值 3. 在 selector 处 选 择 <UNKN> 显 示 结 果, 确 认 检 测 样 品 的 扩 增 曲 线 2) 标 准 曲 线 确 认 在 Result/Analysis 的 下 拉 菜 单 中 选 择 Standard Curve 分 别 确 认 GI 和 GII 的 标 准 曲 线 -8-
GI 标 准 曲 线 GII 标 准 曲 线 如 果 需 要, 将 标 准 曲 线 以 外 的 反 应 孔 进 行 omit 设 定 1. 在 Selector 处 选 择 要 进 行 omit 设 定 的 反 应 孔 2. 点 击 右 键, 选 择 Omit Set, 解 析 时 可 将 所 选 的 反 应 孔 排 除 选 择 Omit Reset, 所 选 的 反 应 孔 可 重 新 进 行 解 析 (6) 结 果 表 示 在 Text Report 处 显 示 1) 在 Analysis Data 栏 选 择 Text Report 会 显 示 text report 2) 在 Selector 处 选 择 反 应 孔 3) 在 Data Set 处 选 择 显 示 的 Data Set Data Set of Each Well: 每 个 孔 的 分 析 结 果 Data Set of Replicate: 重 复 性 ( 靶 基 因 与 检 测 样 品 为 同 一 组 时 ) 的 解 析 结 果 ( 平 均 值 或 标 准 偏 差 ) Select all: 表 示 全 部 分 析 结 果 4) 点 击 确 认 栏 下 面 的 Show Items, 选 择 所 需 要 的 项 目 Analysis Setting: 相 关 的 分 析 参 数 CP method data:crossing Point 法 结 果 分 析 SDM Method Data : 2nd Derivative Maximum 法 结 果 分 析 5) 在 各 项 目 的 确 认 栏 中 可 进 行 显 示 / 非 显 示 的 变 更 6) 点 击 text report 的 项 目, 所 选 择 的 项 目 就 会 自 动 分 类 表 示 例 )GI 反 应 体 系 的 标 准 曲 线 用 标 准 品 和 检 测 样 品 -9-
在 GI 反 应 中,1 copy 的 标 准 曲 线 用 标 准 品 n=3 检 测 时, 有 2 个 样 品 检 出 GI 标 准 曲 线 的 相 关 系 数 为 R 2 =0.998, 可 从 标 准 品 的 标 准 曲 线 计 算 出 检 测 样 品 的 拷 贝 数 Sample 1 的 平 均 Ct 值 (CP) 为 25.04 (n=2) 时, 换 算 后 定 量 平 均 值 (CP) 为 1.16 10 5 copies 使 用 Applied Biosystem 7500 Fast Real Time PCR System(Life Technologies) 使 用 StepOnePlus Real-Time PCR System 时, 与 7500 Fast Real-Time PCR System 使 用 相 同 的 设 定 进 行 反 应 绝 对 定 量 实 验 例 使 用 下 面 的 样 品 分 别 进 行 GI 反 应 和 GII 反 应 标 准 曲 线 用 标 准 品 :1 copy~1 10 7 copies(n=3) 检 测 样 品 和 阴 性 对 照 (n=2) (1) Experiment Properties 设 定 Instrument *1 : 7500 Fast(96 Wells) Type of Experiment: Quantification-Standard Curve Reagent: TaqMan Reagents Ramp Speed *2 : 选 择 Fast( 运 行 时 间 约 40 minutes) *1: 使 用 StepOnePlus 时, 选 择 StepOnePlus Instrument(96 Wells) *2: Ramp Speed 也 可 在 Standard( 运 行 时 间 约 2 hours) 进 行 测 定 (2)Plate Setup 设 定 1) 选 择 Define Targets and Samples, 分 别 设 定 Target Name, Reporter 和 Quencher 1. 点 击 Add New Target, 可 以 增 加 一 栏 输 入 信 息 : Target Name: 输 入 GI 和 GII Reporter: 选 择 FAM( 默 认 设 定 ) Quencher: 在 下 拉 菜 单 中 选 择 TAMRA Color: 在 下 拉 菜 单 中 可 变 更 -10-
2. Define Samples 的 输 入 点 击 Add New Target, 可 以 追 加 样 品 数 输 入 样 品 名 称 根 据 需 要 可 变 更 Color 2) 选 择 Assign Targets and Sample, 进 行 Plate Layout 设 定 和 passive reference 设 定 1. 在 View Plate Layout 处 选 择 反 应 孔, 在 Target 的 Assign 进 行 设 定 2. 在 Task 选 择 Sample Standard Negative Control U [Unkown]: 检 测 样 品 S [Standard]: 标 准 曲 线 N [Negative Control]: 阴 性 对 照 3. 检 测 样 品 的 反 应 孔, 在 Assign sample(s) 选 择 样 品 名 4. 标 准 曲 线 的 反 应 孔, 在 Quantity 直 接 输 入 浓 度 或 使 用 Define and Set Up Standards 输 入 浓 度 5. passive reference 选 择 ROX ( 默 认 设 定 ) (3)Run Method 设 定 预 变 性 (Hold) Cycle:1 95 10 sec. 2 Step PCR Cycle:45 95 5 sec. 56 30 sec.( 检 测 ) 反 应 体 积 :25 μl (4) 点 击 Start" 键, 开 始 反 应 (5) 反 应 结 束 后, 确 认 GI 和 GII 的 扩 增 曲 线 并 制 作 标 准 曲 线 标 准 曲 线 用 标 准 品 :1 copy~1 10 7 copies(n=3) GI 反 应 Amplification Plot Standard Curve -11-
GII 反 应 Amplification Plot Standard Curve 注 意 :1 copy 的 扩 增 曲 线 有 时 会 不 超 过 阈 值 在 View Well Table" 可 确 认 Ct 值 和 检 测 样 品 的 拷 贝 数 例 )GI 反 应 的 标 准 曲 线 用 标 准 品 和 检 测 样 品 在 GI 反 应 中,1 copy 的 标 准 曲 线 用 标 准 品 n=3 检 测 时, 有 2 个 样 品 检 出 可 从 标 准 品 的 标 准 曲 线 计 算 出 检 测 样 品 的 拷 贝 数 Sample 1 的 平 均 Ct 值 (CP) 为 24.93 (n=2) 时, 换 算 后 定 量 平 均 值 (CP) 为 1.51 10 5 copies 结 果 判 定 时 的 注 意 事 项 阴 性 对 照 在 FAM 通 道 有 扩 增 曲 线 时 怀 疑 有 污 染 产 生, 将 反 应 液 配 制 场 所 及 使 用 仪 器 进 行 除 污 染 处 理 后, 将 所 有 样 品 再 次 进 行 反 应 标 准 品 (1 copy 除 外 ) 无 扩 增 曲 线 由 于 某 种 原 因 导 致 PCR 反 应 或 Cycling Probe 的 检 出 异 常, 请 再 次 进 行 反 应 检 测 样 品 无 扩 增 曲 线 NoV 在 检 出 界 限 以 下, 或 检 测 样 品 中 可 能 含 有 反 应 阻 害 物, 应 将 检 测 样 品 稀 释 后 进 行 再 次 反 应 ; 有 时 需 要 重 新 制 备 检 测 样 品 -12-
参 考 文 献 1) Kapikian, A. Z., et al. (1972) Virol. 10:1075-1081. 2) Siebenga, J. J., et al. (2007) Emerg Infect Dis. 13:144-146. 3) Oogane T., et al. (2008) Jpn J Infect Dis. 61:423-424. 4) Kojima, S., et al.(2002) J Virol. Methods, 100:107-114. 5) Director of Inspection and Safety Division, Department of Food Safety, Pharmaceutical and Food Safety Bureau, Ministry of Health, Labour and Welfare: Norovirus Detection Method. November 5, 2003, Notification No. 1105001 of ISD-DFS; latest version, Notification 1022 No. 1 of ISD-DFS, October 22, 2013 6) Director of Department of Food Safety, Pharmaceutical and Food Safety Bureau, Ministry of Health, Labour and Welfare: Management Manual of Mass Cooking Facilities. Appendix to March 24, 1997-dated JFH Notification No. 85, June 18, 2008-dated DFS No. 0618005 (2008) 7) Fujii, K., et al. (2011) Jpn. J. Food Microbiol., 28:139-142 关 联 产 品 Thermal Cycler Dice Real Time System II (Code No. TP900/TP960) 0.2 ml 8-strip tube, individual Flat Caps (Code No. NJ600) EASY Dilution (for Real Time PCR) (Code No. 9160) RNase-OFF (Code No. 9037) CycleavePCR Vibrio (tdh gene) Detection Kit (Code No. CY220) CycleavePCR Bacillus cereus (CRS gene) Detection Kit (Code No. CY221) CycleavePCR O-157 (VT gene) Screening Kit Ver.2.0 (Code No. CY217A/B) CycleavePCR O-157(VT1/VT2) Typing Kit (Code No. CY222) CycleavePCR Salmonella Detection Kit Ver.2.0 (Code No. CY205) CycleavePCR Campylobacter (jejuni/coli) Typing Kit (Code No. CY225) CycleavePCR Staphylococcus aureus (DnaJ gene) Detection Kit (Code No. CY228) TaKaRa Ex Taq and CycleavePCR are registered trademarks of TAKARA BIO INC. Thermal Cycler Dice, Premix Ex Taq, PrimeScript, and RNase-OFF are trademarks of TAKARA BIO INC. 注 意 本 产 品 仅 供 科 学 研 究 使 用, 不 能 用 于 人 动 物 的 医 疗 或 诊 断 程 序, 不 能 使 用 本 产 品 作 为 食 品 化 妆 品 或 家 庭 用 品 等 未 经 TAKARA BIO INC. 书 面 许 可 授 权 或 批 准, 不 得 制 造 许 诺 销 售 销 售 进 口 Takara 产 品, 或 者 使 用 Takara 产 品 所 有 的 相 关 专 利 及 相 关 商 标 如 果 您 需 要 其 他 用 途 的 许 可 授 权, 请 联 络 我 们, 或 访 问 我 们 网 站 www.takara-bio.com 您 使 用 本 产 品 必 须 遵 守 产 品 网 页 上 适 用 的 全 部 许 可 要 求 阅 读 了 解 并 遵 守 此 类 声 明 的 所 有 限 制 性 条 款 是 您 的 责 任 所 有 商 标 均 属 于 各 自 商 标 所 有 者 的 财 产 某 些 商 标 并 未 在 全 部 行 政 区 注 册 本 文 件 由 宝 生 物 工 程 ( 大 连 ) 有 限 公 司 翻 译 制 作, 最 新 版 本 文 件 请 参 考 TAKARA BIO INC. 网 站 为 正 确 使 用 Takara 产 品, 您 应 当 掌 握 本 产 品 的 相 关 知 识 和 使 用 说 明 -13-
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