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1 第 卷第 期!" 年 月 # 水 # 产 # 学 # 报!!" 文章编号! $ %!"!" $ '" $!! "! &' # $!!!""' ' 池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 李存玉! # 徐永江! # 柳学周! # 杨洪军 史 # 宝! # 史学营!! # 朱学武! 中国水产科学研究院黄海水产研究所 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 山东青岛 #%% &! 上海海洋大学水产与生命学院 上海 #! % 日照市水利养殖场 山东日照 #&% " 摘要 为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料 水环境及底质等的关系 采用 : 高通量测序技术和生物信息学分析手段 构建牙鲆肠道 养殖水体 饵料和池塘底泥等 & 个样品的!% 基因测序文库 分析不同样品中的菌群组成和生物多样性 结果表明 池塘养殖牙鲆肠道 6! 中以厚壁菌门 ' 变形菌门!!% 和梭杆菌门!!!! 为主 其中芽孢杆菌属 &%% 占绝对优势 弧菌属!% 丰度最小 工厂化养殖牙鲆肠道 6" 中以变形菌门 ''! 厚壁菌门!!"& 和放线菌门 '& 为主 其中不动杆菌属! & 丰度最大 弧菌属 '" 相对 6! 丰度较高 牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关 同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分 差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切 此外受养殖水环境中菌群影响较大 研究结果为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据 关键词 牙鲆 肠道菌群结构!% : 高通量测序中图分类号 %"######## 文献标志码 ## 脊椎动物肠道内富集大量的微生物 以厚壁菌门 & *(0- 变形菌门 $ 0!'*0 ' 拟杆菌门 6'*0 0- 梭杆菌门 (-!'*0 ' 为主! 肠道菌群与宿主共同进化 部分细菌适应宿主内部环境 通过长期的自然选择 定植菌群 宿主与环境之间形成一个相对稳定的微生态系统 增强了宿主对不良影响因子的自我调节能力 鱼类肠道菌群的定植过程非常复杂 一般认为发生在幼鱼阶段 受到多种因素的影响 目前 大多数研究表明其形成主要与鱼卵表面 饵料和养殖水环境中的细菌有关 其中饵料和水环境对肠道菌群的定植影响较大 ' 肠道菌群在营养和防御等方面对宿主 健康发挥重要的调节作用 " 其分泌代谢产物 中含有多种酶 能够帮助宿主分解食物中的有机物 增强宿主对营养物质的消化吸收 有些细菌能够分泌抗生素类物质 可阻止病原微生物 % 侵入宿主体内 ' 等研究发现饥饿会造成石斑鱼 $ $" - 肠道内菌群结构发生 & $ 变化 相关研究结果显示食物是影响肠道菌! 群结构的关键因子 ' 等认为鱼类肠道菌群结构与宿主的个体发育程度及其对食物的 选择密切相关 & 等认为食物和水环境对幼鱼阶段肠道微生物的定植起到重要作用 并最终决定了成鱼肠道内相对稳定的菌群结构 随着我国水产养殖业的快速发展 研究养殖生物肠道菌群的结构及演替规律可为生态健康养殖技术提供理论支撑 然而 自然界中仅 收稿日期!'%% ### 修回日期!'%!!% 资助项目 国家鲆鲽类产业技术体系 %" 通信作者 柳学周 %&' (/ -; '**

2 ### '% 水 # 产 # 学 # 报 卷 有大约! 的细菌可培养 绝大多数细菌无法在 实验室条件下进行分离纯化!! 传统的研究方法如 $ %"11 ' 测序和指纹印记等具! 有一定局限性 $! 只能分析丰度较大的细菌 无法鉴定丰度极小的微生物 导致研究结果与样品中真实的菌群结构存在较大偏差 : 测序是近年来兴起的新一代微生物高通量测序技术 基于细菌!% 基因在功能上的高度保守性以及对应序列不同位点的高变性 能够准确的反映生物物种之间的亲缘关系 和差异!' 该方法可同时定量分析多个样本中细菌 古生菌 真核微生物的群落结构 真实 全面地反映样品中微生物群落结构的基本特征 人类和脊椎动物肠道菌群的相关研究已经!" 取得了诸多进展 $!& 然而对水生生物特别是鱼类肠道菌群的认识还十分匮乏 关于不同养殖环境下多种因素对养殖生物肠道菌群结构影响的报道更为鲜见 本研究以池塘和工厂化养殖牙鲆 " & " $ 为实验对象 一方面 研究 种养殖模式下牙鲆肠道菌群结构的异同 另一方面 分析水质指标 水环境 底质和食物等因子与牙鲆肠道菌群结构的相互关系 鉴定优势菌群 为研制牙鲆养殖专用高效微生态制剂和构建养殖环境微生态调控技术提供理论依据!# 材料与方法 样品来源样品于! 年 月取自山东省日照市 样品采集前 使用 5 % 水质监测仪 5 美国 测量 种养殖模式下温度 盐度 溶解氧及 等水质参数 池塘养殖模式下牙鲆样品取自日照市水利养殖场的 个 '",& 的养殖池塘中 池塘为方形 泥沙底质 平均水深 & 养殖期间日换水率 " 以鲜杂鱼投喂 取样时水温! 盐度 溶氧 % & # & 工厂化养殖模式下牙鲆样品取自位于同一地区的日照市东港区海珍品研究所的工厂化养殖车间的 个养殖池中 养殖池为方形抹角水泥池 面积约 " & 养殖水深 " & 用自然海水沙滤后流水养殖 日换水量为 % 取样时水温 溶氧 & & # 盐度 & 投喂饵料为干性颗粒配合饲料 样品采集方法取样前停食 ', 种养殖模式下相同规格的牙鲆各取 尾健康牙鲆 体质量 %!" 体长 &"!& *& 以 & # 的 % 麻醉后采集样品 肠道样品采集 实验鱼置于冰上 解剖后取出肠道 分别取前肠 中肠和后肠各一段 置于!" & 的无菌冷冻管中 迅速放入液氮中保存 泥样采集 用不锈钢柱状采泥器采集 个养殖池塘的底泥 采集点分别位于进水口处 排水口处和增氧机附近 每处采集 次 约 样品 置于!" & 的无菌冷冻管中 立即放入液氮中保存 水样采集 用透明的卡盖式采水器采集两种养殖模式的水样各 个重复 水样经 & 的滤膜真空抽滤后 将滤膜取出放置于!" & 的无菌冷冻管中 立即放入液氮中保存 饵料样品采集 取池塘养殖条件下投喂的鲜杂鱼 尾 全长! *& 左右 绞碎匀浆后置于!" & 的无菌冷冻管中 放入液氮中保存 取工厂化养殖模式下饲喂的干性颗粒配合饲料! 装入洁净的封口袋中投入液氮保存 样品采集后进行编号分类保存 其中池塘养殖牙鲆肠道样品编号 6! 工厂化养殖牙鲆肠道样品编号 6" 池塘养殖水样品编号! 工厂化养殖车间水样品编号 池塘底泥样品编号 & 鲜杂鱼样品编号! 干性颗粒配合饲料样品编号 基因组 #$% 提取使用土壤基因组 " 提取试剂盒 1 美国 提取细菌基因组 " 水样中微生物基因组 " 提取时 先取出滤膜 将每个实验组中的 个平行样各剪取二分之一 置于!" & 离心管中 加入! &6( ; (- 用剪刀尽量将滤膜剪碎 称取 " 颗粒饲料 用研钵磨碎 置于!" & 离心管中 加入! & 6( ; (- 肠道样品基因组 " 提取时 将每个实验组中的 个平行样各剪取黄豆粒大小的组织块 置于研磨管中 加入! & 6( ; (- 研磨至无块状组织为止 将研磨液转移至!" & 离心管中 称取泥样 " 置于!" & 离心管中 所有样品的 " 提取步骤均参照土壤 " 提取试剂盒说明书 对提取到的样品基因组 " 进行! 琼脂糖凝胶电泳检测

3 期李存玉 等 池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 ## '& 质量 - 高通量测序分析针对细菌!% 基因 - ' 区设计含!'* 的特异引物 # % 引物序列为 "8% % 8 % "8%11111 % 8 $ 扩增采用 反应体系 " *'-0$;( 6( ;' " && # $- 引物 # % 各 ' ': 酶 ' 模板!! $ 条件 " 变性! - " - "" -& - 个循环 最后 & " & 延伸 $ 产物经过 琼脂糖凝胶电泳检测 条带清晰 片段大小合适 '! 左右 使用 / $" 凝胶回收试剂盒 / 美国 切胶回收 $ 产物 以 -% 洗脱后连接 5 接头 使用磁珠筛选去除接头自连片段 按照每个样品测一万条序列加入! $ 产物的标准富集 $ 产物 然后用! & # 的 ' 溶液变性 获得单链 " 片段 构建测序文库后在!%-% % % -: 平台进行高通量测序 美吉生物公司 上海 0 数据分析数据分析流程 数据处理 聚类 分类学分析 分析方法! 利用 ('- 3 - &!, 0: & # 软件平台进行 聚类 采用 "$*'-- ; 贝叶斯算法对 & 相似水平的 代表序列进行分类学分析 并在各个水平上统计每个样品的群落组成 利用 0,( 软件做稀释性曲线分析 分别利用香农指数,' 辛普森指数 &- 和物种丰富度指数 公式计算细菌生态多样性指数 ' 利用 /* 和 0,( 软件制作 图 " 利用 '-0 软件 - 语言制作热图 % 利用 语言制作主成分分析图 & 利用 $ 软件!% 版本 对数据做差异显著性分析 设置差异显著性水平 " 当 " 时表示差异显著 # 结果 基于 1 $% 基因测序的细菌多样性以 & 相似性水平为标准划分可操作分类单元 6! 6"! &! 和 样品数据分别可划分为 &%'%! 及!% 个 主要代表厚壁菌门 变形菌门 放线菌门 *0!'*0 ' 梭杆菌门 蓝藻门 '!'*0 ' 拟杆菌门和疣微菌门 (* & *! '& 个优势菌门 基于随机选取一定数量的测序序列及其对应的 种类得到的稀释性曲线 图! 结果表明本次取样深度可信 测序结果能够真实地反映样品中优势细菌的数量关系 通过样品测序序列计算各样品中细菌多样性指数 表! 其中 & 样品的香农指数最大为 '% 辛普森指数最小为 即池塘底泥中的细菌多样性最高 样品的香农指数最小为!& 辛普森指数最大为 % 表明干性颗粒饲料中的细菌多样性最低 综合分析两种养殖模式下各样品的细菌多样性 发现 6! 样品的细菌多样性高于 6" 即池塘养殖牙鲆肠道菌群多样性高于工厂化养殖牙鲆 而同时发现! 菌群多样性高于 & 中菌群多样性最高 表明池塘养殖条件下牙鲆肠道菌群的多样性与饵料和底质有密切的关系 但结果显示! 样品的细菌多样性低于 样品 可能与养殖车间水系统中长期累积了多种微生物的存在有关 由此可推断牙鲆肠道菌群多样性受到多个环境因子的共同调控 图 稀释性曲线! 池塘水样 6! 池塘牙鲆肠道样品 & 池塘底泥样品! 池塘饵料样品 工厂化水样 6" 工厂化牙鲆肠道样品 工厂化饵料样品 下同 & ' " "! '0 6! %*(0( '' - ; ( 0-0 & - & 0!;!' 0; -, *(0( '0 6" 0' %*(0( '' - ; ( 0-0 * && * ' 0, -'& '-0, ;

4 ### ' 水 # 产 # 学 # 报 卷 表 基于 1 $% 基因序列的细菌多样性指数 >",! * 1 $% ' " 样品 -'& 有效序列数 -:( *- 可操作分类单元 香农指数,' 辛普森指数 &- 物种丰富度指数!!" &!%!' &% %! '%% 6! '!! "' " 6"! & '!! "& &! % %'& '% &'%! '!!!!!! "!!&!& %!& 菌群结构组成对全部样品的有效序列进行归类操作分析 统计不同分类单元所对应的细菌门类及相对丰度 研究结果表明 不同模式下不同样品之间的菌群结构存在较大差异 6! 中厚壁菌门相对丰度最大 对应 数量占该样品全部 的 ' 变形菌门占!!% 梭杆菌门占!!!! 6" 中变形菌门相对丰度最大 占 ''! 厚壁菌门占!!"& 放线菌门占 '& & 中以变形菌门和拟杆菌门为主 占总量的 %'! 饵料中以厚壁菌门和变形菌门为主 在! 中这两种细菌占总量的 %'! 在 中占 && 水环境中以变形菌门 拟杆菌门和蓝藻门为主! 和 中优势菌的种类和组成差异明显! 中以蓝藻门丰度最高 '&!! 而 中以变形菌门为优势菌 %! " 表 表 各样品优势细菌门类及相对丰度 % '",!,, " ", :! 6! 6" &! 厚壁菌门 & *(0- % % '!!"& "! %%" %''% 变形菌门 $ 0!'*0 ' ' %! "!!% ''! '"" %!&& 梭杆菌门 (-!'*0 '!!!!!"% ''! 放线菌门 *0!'*0 '!""!!& '&! 拟杆菌门 6'*0 0- %&! "!!"' 蓝藻门 '!'*0 ' '&!!!'%!! % 疣微菌门 (* & *! '!! '& &! ' # 注 表格中 # 表示未检出 0-, - &! # & ' - % 0*0 ## 筛选出每个样品中相对丰度最高的前十种 所对应的细菌 在属水平上对每个样品的菌群结构及分布进行统计分析 图 结果表明! 中可分类的细菌主要是黄杆菌科 '3!'*0 '*' 的 菌属! &' 其他按丰度由高到低依次为假交替单胞菌属 $ ( "&$ # 芽孢杆菌属 ' " 发光杆菌属 & &$ # 弧菌属 0 和不动杆菌属 $& &$ 中主要是黄杆菌科的 菌属! 和假交替单胞菌属! &" 6! 中主要是芽孢杆菌属 &%% 其他按丰度由高到低依次为不动杆菌属 发光杆菌属 军团杆菌属 弧菌属 6" 中不动杆菌属! & 芽孢杆菌属 ' 发光杆菌属 & 军团杆菌属 $% $"& 和弧 菌属 '" 相对丰度差异不显著 & 中主要是黄杆菌科 '3!'*0 '*' 的 $" 属! " 以及 变形菌纲 1'&&' 0!'*0 ' 的 & &$ 属 "! 中主要是芽孢杆菌属 "! 其次是弧菌属!%! 和肠弧菌属 &$ %& 中主要是芽孢杆菌属 "% & 其他菌属相对丰度均低于 " 基于 数量的牙鲆肠道菌群结构在门和属的分类水平上分别对牙鲆肠道菌群组成进行鉴定 结果表明两种养殖模式下牙鲆肠道中的优势菌种类相同 但同种优势菌的数量分布存在较大差异 基于 6! 和 6" 样品中全部 做 图 比较两个样品间的差异 牙鲆肠道样品有效 总数为 %& 个 两种养殖模式下牙鲆肠道共有 数为 & 个 图 对应的

5 1期 李存玉"等!池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 优势细菌 包 括 芽 孢 杆 菌 属 不 动 杆 菌 属 军 团 菌 # ;8?, 4 4 / $ 固氮 螺 菌 属 # AL / &, * $ 和 假 交 替 属发光杆菌属 和 弧 菌 属 # 图 1 $ " 占 "J# 总 数 的 单胞菌属"占 "J#总数 的 341;P( 可知池塘 和 8/1 48P%T3 特有的 "J#数为 /0 个"对应的细菌 工厂化养殖模 式 下"芽 孢 杆 菌 为 牙 鲆 肠 道 优 势 菌 主 要 是 梭 菌 属 # =/?8 6 *, 5$ 稳 杆 菌 属 群"这为专用高 效 微 生 态 制 剂 的 研 制 提 供 了 认 知 # 6 * $ 黄杆菌属# D18?8 6 * $ 和 盐单 基础( 另外"两种 养 殖 模 式 下 牙 鲆 肠 道 内 均 具 有 胞菌属# "4 51/ $ "占 "J#总数的 31 7/P"T4 一定比例的特有菌属"在苗种来源相同的前提下" 独有的 "J#数 为 4; 个"对 应 的 细 菌 主 要 是 氧 芽 我们认为水环 境底 质 和 饵 料 是 造 成 池 塘 和 工 厂 0?, 4 4 /$ 乳 杆 菌 属 孢 杆 菌 属 # A1$ 化养殖牙鲆肠道菌群结构差异的重要因素( 图 $#样品中属水平细菌种群结构及分布 8 9" $#b&4 &D4 :**0, /&,11 / '0 :,:< (/ &*-D /& (9,0/D N D $" E#牙鲆肠道菌群结构的影响因子 为了进一步探究牙鲆肠道菌群结构与相关环 境因子的关系"构建了含系统发育树样品聚类关 系树的热图# 图 9$ ( 热图的不同颜色代表不同的 相对丰度"图左 侧 即 为 采 用 邻 位 连 接 法 在 属 水 平 上构 建 的 基 于 8 个 样 品 全 部 "J# 的 系 统 发 育 进 化树"图 顶 端 为 样 品 间 聚 类 关 系 树( 结 果 显 示" T4 紧邻 T3"然后由近 及 远 依 次 为,/,3&;&3 图 C#两种养殖模式牙鲆肠道共有 L%^分析图 8 9" C#=(& 1L%^ &,&D 3/ /:< (!* , B 0 4 <, /,, G: 4 0D 0,N :,*, 和 -8"结合各样 品 间 菌 群 的 进 化 关 系" 本 次 研 究 发现肠道菌群# T4T3$ 与食物#,/,3 $ 中菌群的 进化关系要 近 于 肠 道 菌 群 与 水 环 境 中 菌 群 # &;!" " #!!$$$%& ' ( *, -%'

6 水5产5学5报 /0 卷 &3$ 的进化 关 系" 池 塘 养 殖 模 式 下 的 牙 鲆 肠 道 菌 结构相似度高# 图 4$ ( 以两坐标轴的零基准线为 群# T3$ 与池塘底泥中菌 群 # -8 $ 的 进 化 关 系 最 远 参考"其中 T3T4,3,/ 与 6-3 轴 相 距 较 近"说 # 图 9$ ( 分析结果显示"T3 和 T4 距离较近"说明 明这 9 个 样 品 中 菌 群 结 构 受 主 成 分 6-3 的 影 响 池塘与工厂化 养 殖 牙 鲆 肠 道 菌 群 结 构 相 似 度 高" 大"占总影响 因 子 的 48101P" &3 &; -8 与 6-1 K H 9 E H 9 H E差异性分析!C13%&3&; 与 -8 距 离 轴相 距 较 近"说 明 这 / 个 样 品 中 菌 群 结 构 受 主 成 较近"说明池塘养殖水环境工厂化养殖水环 境以 分 6-1 的影响大"占总影响因子的 171 0P"6-3 及池塘底泥中 的 菌 群 结 构 相 似 度 高%,3 与,/ 相 6-1 两种主成分对样品中菌群结构的影响程度达 距较近"说明鲜 杂 鱼 饵 料 和 干 性 颗 粒 饲 料 中 菌 群 3P# 图 4$ ( 到总影响因子的 ;71 图 E#含系统发育进化树的热图 8 9" E#@ & *&-G (?(3D :9, 4!" " #!!$$$%& ' ( *, -%'

7 期李存玉 等 池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 ## "! 图 0 不同样品主成分分析图 & '0',!, ## 基于样品总 数做 图 进行相似性分析 图 % 取样前对两种养殖模式下的水环境 进行检测 发现 种养殖模式下水环境的常规水质指标包括温度 盐度 溶氧量 等差异不显著 "! 与 6! 共有的 数为! 个 占两者 总数的 '& 与 6" 共有的 数为!& 个 占两者 总数的 "" & 与 6! 共有的 数为 ' 个 占两者 总数的 "! 与 6! 共有的 数为 个 占两者 总数的!" 与 6" 共有的 数为 '& 个 占两者 总数的!!"! 与 & 共有的 数为! 个 占两者 总数的!!' 结果显示 种养殖模式下牙鲆肠道菌群结构与食物 水环境中的菌群结构相似性最高 池塘底泥与池塘养殖牙鲆肠道菌群结构相似性较低 这说明食物和水环境是影响牙鲆肠道菌群结构的主要因素 池塘底质对牙鲆肠道菌群结构的影响相对较小 # 讨论 图 1 池塘养殖模式 和工厂化养殖模式 样品间共有 分析图 & '1,!, ", 7 ", 本研究通过对 种养殖模式下牙鲆肠道菌群结构的深入分析 认识了牙鲆肠道菌群的一般结构 优势菌群及其影响因素 为今后在微生态层面研究牙鲆免疫 营养机能提供了依据 同时也为养殖环境的微生态调控技术构建提供了理论支撑 肠道微生物对宿主各项生命机能具有十分重要的调节作用 在内环境相对稳定的条件下 绝大多数肠道微生物起到积极的调节作用! 相关研究显示 淡水鱼肠道内优势菌群主要是气单胞菌 $ # 和拟杆菌 ' &$ ($! $ 海! 水鱼肠道中优势菌群为弧菌 $ ' ''- & ' 等发现牙鲆仔稚鱼肠道优势菌 群为弧菌和假单胞菌 $ ( # 与养殖水体中的优势菌群相同 而本实验对牙鲆成鱼的研究结果显示 种养殖模式下的牙鲆肠道优势菌群以芽孢杆菌 不动杆菌和发光杆菌为主 研究结果的差异可能与鱼的规格 环境以及食物等密切相关 本研究发现 池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群类型相似 但菌群结构存在一定差异 池塘养殖牙鲆肠道 6! 中芽孢杆菌占绝对优势 工厂化养殖牙鲆肠道 6" 中各优势菌种的丰度较接近 两种养殖模式下牙鲆肠道中的芽孢杆菌和弧菌差异显著 " 其他优势菌种在 6! 中的丰度均小于 6" 但差异不显著 " 已有研究表明 芽孢杆菌产胞外酶的能力较强 一方面可以

8 ### " 水 # 产 # 学 # 报 卷 抑制或杀死病原微生物 增强动物免疫能力 另一方面 有助于分解有机物 提高养殖鱼饵料利用率及生长性能 一般情况下肉食性鱼类蛋白酶量大 活性高 ' 本研究中池塘养殖牙鲆的饵料为鲜杂鱼 其肠道内大量芽孢杆菌分布对其食物和营养代谢过程可能起重要调控作用 同时还可能在影响微生态制剂的调控方面发挥积极作用 弧菌是造成水产养殖动物患病死亡的主要病原菌 " 严重危害水产养殖业的发展 然而近年来越来越多的证据显示弧菌对宿主有益的一面 % -; 等从牙鲆肠道分离到多株能产生蛋白酶的弧菌 并认为这些弧菌分泌的蛋白酶中有部分 & 对牙鲆的生长发育起到一定的作用 '& 等 在相关研究中提到弧菌能够分泌蛋白酶 淀粉酶 几丁质酶和卵磷脂酶 参与碳水化合物 脂肪和蛋白质等重要营养物质的消化 这些结果说明了弧菌种类的多样性和其作为优势菌在肠道内的重要调节作用 本研究中 取样对象均为体质健壮的成年牙鲆 6! 中少量弧菌和 6" 中相对多的弧菌 说明弧菌的存在并非是养殖鱼病害发生的必要条件 弧菌致病主要与养殖环境因子恶化造成菌群结构内稳态的失衡密切相关 这为微生态调控机制研究和微生态制剂的研制提供了重要线索 本研究结果显示 6! 独有的 数为 个 对应的细菌主要是黄杆菌属 梭菌属 稳杆菌属 盐单胞菌属 占 总数的! % 6" 独有的 数为 " 个 对应的细菌主要是假交替单胞菌属 氧芽孢杆菌属 乳杆菌属 固氮螺菌属 占 总数的!" 其中不乏致病菌和有益菌 如黄杆菌属是柱状病 白头白口病的病原 $ 体 假交替单胞菌能够预防皮肤病的发生 阻止一些海洋细菌的入侵! 今后 对其肠道特有菌群的研究也将为其养殖生长调节提供新的思 路 另外 1 等对人类和小鼠肠道菌群的研究表明厚壁菌门与营养代谢及体重调节关系密切 而本研究结果显示厚壁菌门在 6!6" 中丰度均较大 并在 6! 中占绝对优势 牙鲆肠道中厚壁菌门菌群与体重生长的关系值得深入研究 本研究中 分析了 种养殖模式下的牙鲆肠道菌群与养殖水环境 底质 食物中的菌群结构的关系 结果表明在工厂化养殖模式下 水环境中菌群和牙鲆肠道菌群相似性最高 水环境中的菌群很可能直接影响牙鲆肠道菌群结构和稳态 种 养殖模式下饵料中菌群与牙鲆肠道菌群相似性均较高 表明肠道菌群结构受饵料种类影响较大 系统发育进化分析也表明食物中菌群与牙鲆肠道菌群进化距离最近 水环境对肠道菌群结构影响处于次要地位 底泥的影响相对较小 该结论与! ' 等的研究结果一致 认为鱼类肠道菌群结构与其食性的转变密切相关 然而 5 -, & ( 等对鲑科鱼类肠道菌群变化的研究发现水环境对鱼类肠道菌群的影响显著 这种差异可能是由鱼种 地域和水环境的差异引起的 在水环境相对稳定 池塘底泥影响较小的情况下 种养殖模式下食物与牙鲆肠道菌群结构关系最为密切 理论上 池塘底泥与水接触过程中含丰富的微生物 牙鲆为底栖物种 会随底层水 残饵等接触到大量微生物 本研究发现 池塘底泥 & 中菌群生物多样性和丰度远大于!! 但是底泥中菌群与牙鲆肠道菌群相似度却较低 进化关系较其他影响因子远 这可能意味着牙鲆成鱼肠道菌群具有能够维持其定植后初始稳态的内在机制 可抵御外部环境对其菌群结构造成的影响 同时 池塘底泥微生物的高多样性和丰度特征 可能对池塘微生态系统稳定和致病菌的抑制起到积极的调控作用 另外 种养殖模式下牙鲆肠道内均含特有的菌群 它们与其他优势菌群和养殖环境之间存在怎样的相互关系将是今后研究的重点 参考文献! # ( 1 ' 5 ' 1 $&" & ' ;0,!'*0 '* &&( 0 ;'-- *' 0-0 *! 9 6 0*,! "!%" $!&' # & '3'0 $!% "%!'- ' ' - - ; & ' 0!'*0 ' ('0 -'-- * '0 0, ' ; -0' - ;*, -'& / & *! ' * %"!' ' $' # ( 1 ' 1 0 $&" & ' ;0,!'*0 ' * &&( 0 ;'--*' 0-0 $!& '' ' # ' " ( & 0-4 " 0 0 * 3 & 0 ;0, ' '& *! 0' 0, &',! 3 (-; -, 6 ($ *! ' * "'' " $"& " # ( * && $&" ( *0 '& 0' & * 3-0 '0 - ;0,,(&'

9 期李存玉 等 池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 ## " 0-0 '& *! 0' 0 *!!!! % # ' 1'* ( 1 $&", 0-0 ' & *! & ; ; -, ( -0'3'0 6 1 & *-!'!"!! $ & #6 4" ; " *' $&"" 0% (* -! - - ;0, 0-0 '& *! 0'' 0, ;*0- &&( 0 ' -'- (0 0-! '!!!"" $!"" # ( 1 ' 5 1'0- ( $&" 0-0 ' & *! 0' ;! *' &! ' 0- '-3 '! '"' -:( * *! 9 6 0*,!!" " $!"" # '-( '& 6$&" ' - - ;!'*0 ' ('0-0, (0 ; 3 * '3' ' 0 ; *'0 ; 0 "%$ 0 % " # ' 0 "$( ( '-'0, - ; * '3' :('*(0(! $ % $'! # ' " ( & 0-4 " 0 0 * 3 & 0 ;0, ' '& *! 0' 0, &',! 3 (-; -, 6 ($ *! ' * "'' " $"&!!# '- '3 '& 4(&' $&" 3 & 0'& *! 0, (, 0, - ;,,% 0, (,(0" -:( * - - ; *( 0 '0; &-'! ; &'0 *-' '*, - ( ' ; *!*' 0, -!!! % $!!!# ( 1 1 1' 4 $&"$ %"11 * ' 0-' ' - - ' &' 0-0 '0'*0, - &' (-!' ' 0 ' "% & $ 吴高锋 李文刚 高卫科 等 $ %"11 的原理及在动物肠道菌群分析中的应用 中国畜牧兽医 "% & $! # ' 5 '0 ;,, 0, (,(0 -:( * ' 0-' *'0 - *0 * *' 1(' *' ( '!! % $& 王升跃 新一代高通量测序技术及其临床应用前景 广东医学!! % $&!'# -! - &' -:( * 0 / 0, & *! ' * &&( 0-0(*0( ",',' (' 3-0!! 李晓然 基于核糖体 高通量测序分析微生物群落结构 上海 复旦大学!!!"# '0' '' 4 ' $$&" & - 0 ;0, '( '*0!'*0 '& *! &!'- -3 & (0, -(;'* , '0' -0 -'&- 1 & 6!! % '!%#, &'- $ 0'0' -* 0 & *- ;0,,(&' (0 & *! & 1 & 6!!! -(!!"!&#4(* & (0" $&" " *0-:( * ;0,,(&' & *! & ' 3 '-* &&( 0 ; *- 1 & 6!!!"!! # 0 6' * $&" $ -'**,' (0 '0! (0!'*0 ' $ 0 0 ' ; -,0-; & & *' ' - - '0( 3 - *! %!! $!!!#1 0' (-, -, &'4$&" * ; ' 0, '0' - & 0 ;;-, '0*(0( - 6( 0 ; 0, '' - * 0 ; * 0 ; * -, -! ""!!! $& # ' '0' ( 0' ; 0-( ' $&"- '0 ' -0!(0 ;! '0 ' '! *!'*0 '; & 0, ;;-, '0; -, 6( 0 ;0, '' - * 0 ; * 0 ; * -, -! '%!!' $!""!# 5 ' 5' $ $&" (0 0, 0-0 '& * ; ' ; $ $" 7 ' -, - -'*, & "! $ 覃映雪 王晓林 鄢庆枇 等 青石斑鱼肠道菌群研究 海洋水产研究 & "! $ # ' ''- & ' ' '4 0-0 '& * ; ' ; * ; -, $ &$ "$%$" 0 ( ; / * % $ ' ( $ $" / '00, '3 ' (3-0' - 6( 0 ;0, '' - * 0 ; * 0 ; * -, -! ""! &! $! && #6' ' ' ' 1, -, 4 4 $&" 3'('0 ; 0, ( '( ; $ $ "$ $$ " ';& ' *('0 0, ; -, 0-0 '!'*0 '' "& " ' '$ " " ; &('0 0-;,( $ & '& 0 ; - :('*(0( -'*, ' " ' % $''% '#, 5 0( - 0, & ' -0 3 & - ; ; ( - * - - ( ; & - " '! 0, ' & 沈怡 四种鲇形目鱼消化系统及消化酶的研究 哈尔滨 东北林业大学 & "# ',, &&( - - ;0 -, & $$ # ( ' 0--(-*0! 0 0

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