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1 国家科技基础条件平台 医药卫生科学数据共享网 SN:MSDS-S 演示序号 :06 医药卫生科学数据共享网 数据模式描述 规则与方法 医药卫生科学数据共享标准规范课题组 2007 年 10 月 29 日

2 介绍提纲 数据模式描述规则与方法要解决的问题 医药卫生数据模式描述与规则文本介绍

3 数据模式描述规则与方法要解决的问题 元数据 Metadata 元数据 描述 外部描述数据, 包括标识 分发等信息 数据 Data Schema 数据模式 描述数据内容组成 结构 层次等信息 Data Element 数据元规范化定义和描述数据的最基 本单元

4 数据模式描述规则与方法要解决的问题 我们的最终目的 : 科学数据资源得到共享, 最终能够让我们交流与利用这些数据资源 面临一个问题 对同一个数据集的内容 结构 层次 内部关系, 在不同的人的头脑中会形成不同的概念 ( 由于专业水平 理解能力 切入角度 了解程度的不同 )

5 数据模式描述规则与方法要解决的问题 例如, 一份关于医院住院病人收治情况的数据 科室病区字典 病人主索引表 住院主记录表 辅诊信息表 诊断记录表 在他们之间具有内容结构 层次关系的时候医师, 字典这是一个关系很明晰 主题很明确的数据集 手术信息表 诊断符合情况表

6 数据模式描述规则与方法要解决的问题 如果没有一个关系层次的描述, 那么不同用户的不同角度 不同视点和不同理解程度, 就会导致对数据的歧义理解 : 科室病病人主诊断区字典索引表记录表这是关于科室工作量的数据吗? 这个医院的诊疗水平好差呀! 辅诊诊断符合手术这些歧义理解轻则影信息表情况表信息表 医师住院主字典这是关于科室医师辅诊工作量的数据吗记录表? 响数据利用的效果, 重则会影响到数据利用的正确与方向!

7 数据模式描述规则与方法要解决的问题 解决方案 数据集产品需要一个对其内容 结构 层次 内部关系的描述, 相当于数据产品的一种 产品说明, 对数据的内容 结构 层次 内部关系等做出一个描述 面临一个问题

8 数据模式描述规则与方法要解决的问题 在物理和技术层面, 各类数据资源的数据格式 存储方式等各不相同, 如何选择统一的描述方法? 解决方案 采用跨越物理和技术层面的方法来进行描述, 即立足于从数据的概念和逻辑层面进行关于其内容组成的描述 数据模式描述!

9 数据模式描述规则与方法要解决的问题 数据共享交流与利用 需要描述数据的内容 结构与层次 需要跨越物理与技术层面的差异来进行描述 需要一套对数据资源进行 数据模式 描述的规则和工作机制! 采用数据模式的角度和方法来描述数据资源

10 数据模式描述规则与方法要解决的问题 科室病区字典 病人主索引表 住院主记录表 辅诊信息表 对于这种关系的描述可以有很多种方式, 为了统一我们的表达, 所以需要一个标准 诊断记录表 医师字典 数据模式标准!!! 手术信息表 诊断符合情况表

11 数据模式描述规则与方法要解决的问题 1) 领域数据模式标准研究的目的 在逻辑层面上进行概念化 本质化的说明, 以跨越技术手段的层面对数据资源进行结构与关系的描述 建立统一的顶层概念模型 ( 通过对资源的抽象 ), 作为领域数据共享与交换的基础

12 数据模式描述规则与方法要解决的问题 国内外医院信息化和公共卫生信息化领域, 都通过顶层模型 的建立和指导作为标准化研究和信息交流的基础 : 在 3 月底的香山会议上, 一些国际专家和研究机构 ( 如 NCI) 已经在共享标准化研究中明确提出对数据模式的需求和计划

13 数据模式描述规则与方法要解决的问题 目前, 在数据集生产和数据汇交的初期, 还只能立足于建立一套对数据集进行模式描述的规则和方法, 具体目的是 : 对数据集的内容和结构进行标准化的准确和如实描述 确保数据集制作人员和共享用户对数据内容与结构的无歧义理解 以此为基础, 在数据集达到一定积累的情况下, 与领域专家 首先进行主体数据库层面的概念模型研究

14 介绍提纲 数据模式标准要解决的问题 医药卫生数据模式标准介绍

15 研究目的与范围 引用标准文件 概念与术语 ( 略 ) 数据模式描述规则概述 数据模式描述的需求收集 数据模式的规范化描述 数据集设计与制作实例

16 引用标准文件 SDS/T 科学数据共享数据模式描述规则和方法 SDS/ 科学数据共享概念与术语 _ 概念 SDS/ 科学数据共享概念与术语 _ 术语 MSDS/ 医药卫生领域数据模式描述规则和方法 MSDS/ 医药卫生领域元数据标准 MSDS/ 医药卫生领域数据元标准统一建模语言 1.5(Unified Modeling Language,UML 1.5)

17 研究目的与范围 引用标准文件 概念与术语 ( 略 ) 数据模式描述规则概述 数据模式描述的需求收集 数据模式的规范化描述 数据集设计与制作实例

18 数据模式描述规则概述 描述规则针对的对象 : 数据集 采用的研究方法 : 需求搜集 建立模型 数据模式层面的具体描述方法 : --UML( 可描述数据集整体模型框架和实体 ) -- 数据字典 ( 可描述数据集 实体和属性 )

19 主要内容包括 : 数据模式描述需求收集 -- 数据 ( 库表 ) 结构描述 -- 数据文件描述 -- 标准资料引用情况 随后的提纲介绍内容 数据模式规范化描述 -- 数据集 ( 表格与 UML 框图 ) -- 实体描述 ( 表格与 UML 的类 ) -- 属性描述 ( 表格 )

20 研究目的与范围 引用标准文件 概念与术语 ( 略 ) 数据模式描述规则概述 数据模式描述的需求收集 数据模式的规范化描述 数据集描述实例

21 数据模式描述的需求收集 需求收集描述从数据结构 数据文件 涉及标准三个方面进行 : 数据结构描述 : 按照数据库 数据表 字段依次描述 ; 数据文件描述 : 对数据的物理存储文件进行描述 涉及标准描述 : 描述该数据资源在数据项的值域部分所涉及到的代码标准 ( 包括国际 国内 行业等 )

22 数据模式描述的需求收集 -- 数据结构描述 数据集 ( 列出所有数据库的名称 内容等信息 ) 数据库 1( 列出所有数据表的名称 含义等信息 ) 数据表 1 的数据结构 字段 1 描述 ( 包括字段的类型 值域等信息 ) 字段 2 描述 ( 包括字段的类型 值域等信息 ) 数据表 2 的数据结构数据库 2( 列出数据表的名称 含义等信息 )

23 研究目的与范围 引用标准文件 概念与术语 ( 略 ) 数据模式描述规则概述 数据模式描述需求收集 数据模式的规范化描述 数据集描述实例

24 数据模式的规范化描述 数据模式规范化描述的内容与层次 数据集描述 (UML 与字典 ) 实体描述 (UML 与字典 ) 属性描述 ( 字典 )

25 数据模式的规范化描述 1) 数据集描述 与需求收集阶段数据集描述的区别 : 是从共享资源体系的角度对共享资源的基本粒度进行描述 利用 UML 静态类图来描述数据集的整体模型 -- 按照逻辑概念划分和定义实体 -- 确定实体之间的关系

26 数据模式的规范化描述 2) 实体与属性描述 数据集整体模型 (UML) 实体 1 的标准化描述 (UML 与字典 ) 实体 1 的属性列表 (UML 与字典 ) 属性 1 的标准化描述 ( 字典 ) 属性 2 的标准化描述 ( 字典 ) 实体 2 的标准化描述 (UML 与字典 )

27 数据模式的规范化描述 数据模式规范化描述的技术路线 : 采用 UML 的方法来描述数据集的整体模型 实体以及实体之间的关系 ; 借鉴元数据的方式来描述数据集与实体, 借用数据元的方式来描述 属性 ; 采用 HL7 RIM 的数据类型来描述属性的 概念化 数据类型

28 研究目的与范围 引用标准文件 概念与术语 ( 略 ) 数据模式描述规则概述 数据模式描述的需求收集 数据模式的规范化描述 数据集描述实例

29 数据集设计与制作实例 1) 原有数据资源基本内容描述 数据资源名称 : 1992 年中国病毒性肝炎血清流行病学调查 数据格式 :SAS V604 数据库结构 2) 数据拥有单位 : 中国疾病预防控制中心 3) 拟纳入的共享数据资源体系 公共卫生数据中心 疾病监测主体数据库 计划制作的数据集名称 :1992 年全国肝炎流行病调查数据集

30 数据集设计与制作实例 序号 ( 待定 ) 主体数据库名称 数据规模 安全限制 内 主体数据库说明 数据量 更新量 更新频率 安全保密 知识产权 适用局限 容 1) 数据模式描述需求收集 疾病监测主体数据库 公共卫生专业数据中心所有关于流行病学调查的数据资源 ( 本人非正式尝试描述 ) 序号 ( 待定 ) 中 文 名 称 1992 年中国病毒性肝炎流行病学调查数据 集 英 文 名 称 Epidemiology Investigation Data Set abo ut Viral Hepatitis in 1992 of China 数据规模 安全限制 内 数据量 更新量 更新频率 安全保密 知识产权 适用局限 容 数据集说明 不进行更新 不进行更新 存储平台 SAS V604 数据库 1992 年全国针对病毒性肝炎进行的以血清为样本的流行病学调查数据资源

31 数据集设计与制作实例 1 数据结构描述 1992 年肝炎流调数据集数据库列表 1) 数据模式描述需求收集 序号 中文名称 英文名称 数据规模 数据规模 更新量 更新频率 安全保密 安全限制 知识产权 适用局限 内容 存储平台 1 肝炎流调数据库 Epidemiology Inve stigation about Vir al Hepatitis databa se 不进行更新 不进行更新 1992 年全国肝炎流调数据 SAS V 604 数据库 肝炎流调数据库所包含数据表列表 序号 表中文名称 表英文名称 数据规模 数据规模 更新量 更新频率 安全保密 安全限制 知识产权 适用局限 内容 存储平台 1 肝炎流调信息表 Epidemiology Investigation I nfo database 不进行更新 不进行更新 肝炎流调数据主记录 SAS V604 数据库

32 肝炎流调信息表数据结构 序号 字段中文名称 英文名称 字段类 型 字段含义 值域 主 / 外 键 调查日期 Survey_Date DATE 调查日期 具体的日 期时间 调查地 Survey_place CHAR 调查地 使用省国 家地区编 码 检测点号 Surveillance_Plac e_id NUM 检测点号 4 村号 Village_ID NUM 村庄编号 5 家庭号 Household_ID NUM 家庭编号 个人号 Individual_ID NUM 被调查者个人 号 血清号 Serum_No NUM 每个血清样本 的唯一编号 家庭应调查人口数 家庭被调查人口数 Household_Size NUM 被调查者家庭 应调查人口数 Household_Num ber_surveyed NUM 被调查者家庭被调查人口数 >0 整数 >0 整数 性别 Sex CHAR 被调查者性别 GB 性别编 码 主键 11 备注 *

33 数据集设计与制作实例 2 数据文件描述 1) 数据模式描述需求收集 序号 文件名称 数据规模 数据规模 更新量 更新频率 安全保密 安全限制 知识产权 适用局限 内容 1 Invest_data 不进行更新 不进行更新 1992 年全国肝炎流调数据 3 所涉及数据标准 序号 标准名称 发布部门 标准类别 标准编号 采标情况 1 ICD-10 国际标准 2 疾病诊断标准 行业标准

34 数据集设计与制作实例 2) 数据模式规范化描述 数据集描述 ( 字典与 UML) 实体描述 (UML 与字典 ) 属性描述 ( 字典描述 )

35 数据集概述信息 ( 字典描述 ) 序号 字段名称定义填写信息 1 数据集标识符数据集的唯一标识符 < 未定 > 2 数据集规模信息数据集的数据量规模 3 数据集维护信息 提供有关数据集的更新数量 更新频率及更新 范围的信息 4 数据集限制信息提供访问和使用数据集的安全 限制信息 5 数据集语种数据集使用的语言汉语 历史数据, 不进行更新 6 数据集联系方对数据集信息负责的单位或个人中国疾病预防与控制中心 7 数据集创建日期数据集创建的日期 8 数据集名称 数据集名称 1992 年全国病毒性肝炎流 调数据集 9 数据集版本数据集版本 <1.0> 10 数据集标识信息数据集描述的资源的基本信息 11 数据集内容信息提供数据内容特征的描述信息 12 数据集分发信息提供获取资源所需的分发者和分发方式的信息 13 数据集数据质量信息提供资源质量的总体评价信息 14 数据集数据表现形式信息数据集信息的数据表示形式 15 数据集应用模式信息提供有关数据集概念模式的信息

36 数据集整体数据模型架构 被调查者基本信息 调查日期 : TS 调查地 : CE 检测点号 : CS 村号 : CS 家庭号 : CS 个人号 : CS 血清号 : CS 家庭应调查人口数 : INT 家庭被调查人口数 : INT 性别 : CE 出生年月 : TS 户主性质 : CE 与户主关系 : CE 职业 : CE 民族 : CE 文化程度 : CE 既往病毒性肝炎病史患病年龄 : PQ 现症病毒性肝炎病期长短 : PQ 1 n n 流行病学调查项目 流行病学调查项目 : CE 流行病学调查结果 : CE 疫苗接种信息 乙肝疫苗接种史 : CE 第一针乙肝疫苗接种时间 : TS 一共打了几针乙肝疫苗 : CE 甲肝疫苗接种史 : CE 甲肝疫苗接种日期 : TS 实验室检验项目 检验项目名称 : ST 检验结果 : PQ

37 实体描述 实体 1 被调查者基本信息 被调查者基本信息 字段 实体名称 可选性 必选 描述 实体的标识, 一般使用名词表达, 通常名称都能反映出实体的属性和特征 填写信息 被调查者基本信息实体 调查日期 : TS 调查地 : CE 检测点号 : CS 村号 : CS 家庭号 : CS 个人号 : CS 血清号 : CS 家庭应调查人口数 : INT 家庭被调查人口数 : INT 性别 : CE 出生年月 : TS 户主性质 : CE 与户主关系 : CE 职业 : CE 民族 : CE 文化程度 : CE 既往病毒性肝炎病史患病年龄 : PQ 现症病毒性肝炎病期长短 : PQ 别名 可选 实体的别名, 一般使用名词表达 英文名称必选实体的英文全称 短名必选实体的英文名称缩写 定义必选实体定义的详细描述 备注可选和实体相关的其它信息 版本标识必选用于实体的配置管理和控制 0.1 状态 实体来源 必选 可选 0: 讨论版本 1: 正式版本 说明实体定义的来源, 来源包括已有的数据模式标准 已有信息系统和其它来源 被调查者基本信息实体 Investigated_ Subject_Info Investigated_ Subject_Info 被调查者个人基本信息以及与调查主题有关的属性信息 包含调查时间空间信息 0 流行病学调查

38 字段可选性描述填写信息 数据元素名称 必选 属性标识, 一般使用名词表达, 属性名称能够反 映属性的特征 调查日期 别名比选属性的别名调查日期 英文名称必选属性的英文全称 Survey_Date 短名必选属性的英文名称缩写 Survey_Date 定义 必选 实体定义的详细描述 调查实施的具体 日期 备注可选和实体相关的其它信息 版本标识必选用于实体的配置管理和控制 0.1 状态 必选 0: 讨论版本 1: 正式版本 属性描述 属性来源 可选 说明属性定义的来源, 来源包括已有的数据模式 标准 已有的信息系统和其它来源 数据类型名称必选属性的数据类型, 选择 HL7 RIM 数据类型 TS SQL 数据类型 可选 该属性在关系型数据库中的数据类型, 按照结构化查询语言的数据类型表达方式进行描述, 例如 v archar(100), 代表可变长字符串, 最大长度单位 10 0 个字符 0 流行病学调查 DateTime 值域必选属性的取值范围具体的日期 安全说明 必选 说明该属性的安全限制信息, 包括访问和使用限 制等 专业内部使用

39 介绍完毕谢谢!

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