学科馆员 : 沈东婧 中科院上海生命科学信息中心 2015.11.23
主要内容 一 认识 PubMed 二 PubMed 检索入门 什么是 PubMed? 三 PubMed 检索拓展怎么利用 PubMed? 四 PubMed 医学主题词表检索 五 PubMed 其他功能 六 PubMed 个性化服务 怎么用好 PubMed?
引言 科技信息检索 学霸必备技能
引言 科技信息检索与分析基本流程
一 认识 PubMed 您的选择? Semantic Scholar Google Scholar PubMed Scopus Web of Science
一 认识 PubMed
一 认识 PubMed 标引质量高更新速度快使用方便信息量大 选择 PubMed 的 n 个理由 2015.2,2500 万条记录 ; 每年更新 50 万条
一 认识 PubMed
一 认识 PubMed A B Medline OldMedline PubMed C In Process Citations D Record supplied by publisher
一 认识 PubMed Medline: 是 NLM 生产的国际性综合生物医学信息书目数据库, 是当前国际上最权威的生物医学文献数据库, 内容涉及基础医学 临床医学 环境医学 营养卫生 职业病学 卫生管理 医疗保健 微生物 药学 社会医学等领域 收录了全世界 70 多个国家和地区的 3400 余种生物医学期刊, 书目文摘条目 960 余万条, 时间起自 1966 年 标有 [PubMed - indexed for MEDLINE] 的标记 OLDMEDLINE: 收录了 1950-1965 年间的美国医学索引 (IM) 中的题录 In Process Citations : 是临时性的数据库, 收录准备进行标引的题录和文摘信息, 每天都在接受新的数据, 进行文献的标引和加工, 每周把加工好的数据加入到 Medline 中, 同时从 In Process Citations 库中删除 In Process Citations 中的记录标有 [PubMed - in process] 的标记 Record supplied by publisher: 出版商将期刊文献信息电子版提供给 PubMed 后, 每条记录都标有 [PubMed-as supplied by publisher] 的标记, 这些记录每天都在不停地向 In Process Citations 库中传送, 加入到 In Process Citations 后, 原有的标记将改为 [PubMed- in process] 的标记
一 认识 PubMed 所有资源 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
一 认识 PubMed 检索框中 复杂检索式 Advanced 多个检索框 高级检索 检索框中 单一检索式 Advanced 中只用一个文本框 检索提问区 期刊检索 MeSH 主题检索单篇文献匹配检索特定主题咨询临床咨询 http://www.pubmed.com http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
二 PubMed 检索入门 2.1 单著者检索 2.1.1 键入著者姓氏全称和名字的首字母全写或缩写 如 : Alving c Fauci as koltilil s Gene[au] Wong julia s Ryan, james 2.1.2 利用高级检索中的 Author 检索, 选下拉选项定位
二 PubMed 检索入门 2.2 著者与主题联合检索 2.2.1 直接输入作者姓名与主题词, 不用 AND 如 : dodick dw migraine 2.3 单主题检索 2.3.1 直接输入您所要检索的关键词或主题词, 英文单词或短语 ( 大写或小写均可 ), 词汇自动转换功能进行检索, 并将检索结果直接显示在主页下方 如 : sleep walking cause
二 PubMed 检索入门 2.4 期刊检索 2.4.1 输入期刊名,ISSN, Medline journal title abbreviation 如 : molecular biology of the cell [ta] 1087-0156 2.4.2 用 single citation matcher 中的期刊名称检索 2.4.3 用 journal database 检索
二 PubMed 检索入门 2.5 日期或日期范围检索 2.5.1 日期的录入格式为 YYYY/MM/DD 2.6 检索期刊子集 ( 辑 ) 2.6.1 检索词 AND jsubset 数据库首字母 可供检索的期刊子库有 3 种, 分别使用进行限定 Abridged Index Medicus( 有 120 种重要核心医学期刊 ) Dental Nursing 如 :neoplasms AND jsubset
二 PubMed 检索入门 2.7 检索带文摘的记录 2.7.1 检索词 AND has abstract, 要注意的是在 1975 年前出版的文章, 其 MEDLINE 记录中没有文摘 如 : liver cancer AND has abstract
二 PubMed 检索入门 2.8 组配 / 截词 / 短语检索 2.8.1 布尔逻辑运算符 (AND, OR, NOT) 如 :Oncology AND (treatment OR research ) 2.8.2 截词符 ( * ) 如 : bacter* 2.8.3 词组检索 ( ) 如 : Single cell 2.8.4 通配符 (? ) 如 : en?oblast
2.9 PubMed 检索字段标识 二 PubMed 检索入门
二 PubMed 检索入门 2.10 PubMed 检索结果显示及处理 1 默认 SUMMARY( 简要格式 ) 显示 2 默认按最新结果进行显示 3 默认每页显示 20 条 4 最多一次可保存 10000 条记录 5 可用 Send to 导出检索结果
二 PubMed 检索入门
二 PubMed 检索入门 2.11 PubMed 基本检索举例 Clinical cancer research 2009 embryonic stem cell* "swine flu*" OR "swine influ*" OR H1N1 OR SIV
2.12 PubMed 基本检索演示 检索课题一维生素 C 对于普通感冒的防治作用 二 PubMed 检索入门 1. 明确所要检索的内容 先分析这一问题中的关键词语, 主要由 " 维生素 C", 和 " 普通感冒 " 构成 即 "VITAMIN C" 和 "COMMON COLD" 2. 分析所要检索的两个相关词语的关系 根据我们的日常生活经验, 可以将两个关键词之间的关系定义为 AND, 在检索框内键入 VITAMIN C AND COMMON COLD
二 PubMed 检索入门
二 PubMed 检索入门
二 PubMed 检索入门 选择字段不同, 结果结果也会不同
2.12 PubMed 基本检索演示 二 PubMed 检索入门 检索课题二 检索 2000-2005 年以后有关 Crohn 病药物治疗研究的文献 ((Crohn Disease) AND drug therapy) AND ("2000"[Date - Publication] : "2005"[Date - Publication])
二 PubMed 检索入门
三 PubMed 检索拓展 君欲善其事 必先利其器
三 PubMed 检索拓展 检索事半功倍 检索框 Filter History Clipboard Details
三 PubMed 检索拓展 明确你所要检索的关键概念及词语, 即关键字 考虑到关键字的类似说法, 即有可能出现的同义词 PubMed 通过限定等, 精炼你的检索范围 通过布尔 (BOOLEAN) 运算来提高你的效率 多向有经验的人求教
3.1 Filter 三 PubMed 检索拓展 在这里可以进行以下设定 : 将搜索范围设定在一个特定的域 将搜索范围设定在特定的年龄组 性别组 人类或动物学范围 也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型, 如综述 设定只搜索包含摘要的文献 设定搜索 Entrez 数据库或 Publication 数据库 设定搜索范围为 PubMed 数据库的某一子数据库 ( 如 Abridged Index Medicus 或 AIDS 相关的条目 ) 需要注意的是 : 限制了出版物类型 年龄 人或动物 性别中的任何一项, 检索将只在 Medline 中进行检索 ( 因为这些特征限制只有 Medline 中才有 )
三 PubMed 检索拓展
三 PubMed 检索拓展 3.2 History 看到最近 100 次的查询结果 如果两次查询内容相同,PubMed 会将头一次的去除 当点击 Clear History 可以将 History 中的所有内容清除
三 PubMed 检索拓展 3.3 Clipboard 贴板可以帮助你保存或查看在一个或多个查询中选择的条目 可以打印 保存 订购剪贴板中的内容 条目复选框选中, 单击 send to clipboard 就可以将其加入剪贴板中 剪贴板中最大的储存数是 500 条 剪贴板中的内容在 8 小时内没有任何操作, 将会自动消失
三 PubMed 检索拓展 3.4 Details 即在提问框中键入的检索词被 PubMed 自动地转换成了哪些 词, 并使用了什么样的检索规则和检索语法
三 PubMed 检索拓展 对检索策略进行编辑 Result 区显示检索结果的记录总数, 点击这个数字, 可回到检索结果显示屏 Translation 区显示检索词转换的详细情况 Database 区显示检索的数据库 User Query 区显示用户键入的检索词或检索式
4.1 MeSH Database 的运用 四 PubMed 医学主题词表检索 何为 MeSH? MeSH 是 Medical Subject Headings 的缩略词, 即医学主题词, 是用规范化的医学术语来描述生物医学概念 论述文献中心的主题词称主要主题词 Mesh 词表帮助您! 论述主题某一方面的内容的词称为副主题词 文献太多, 如何保证 查全和查准?
四 PubMed 医学主题词表检索
四 PubMed 医学主题词表检索 检出结果限定在主要主题词可提高查准率 入口词, 主题词代替的关键词 限制扩展检索, 只需检索单个主题词 主题词数型结构表, 显示该词的学科属性关系 ( 上下位类 )
四 PubMed 医学主题词表检索 主题词的逻辑匹配检索
四 PubMed 医学主题词表检索 4.2 MeSH 检索实例演示 例一 nosebleed 例二 measles outbreaks 例三 measles outbreaks statistics
四 PubMed 医学主题词表检索 检索
(("Measles/epidemiology"[Mesh]) AND ( "Measles/prevention and control"[mesh] )) AND ( "Measles/statistics and numerical data"[mesh] ) 分别选中添加 四 PubMed 医学主题词表检索 同时选中添加
四 PubMed 医学主题词表检索 结果一 结果二
四 PubMed 医学主题词表检索 分析
分析 四 PubMed 医学主题词表检索 year count 2015 37 2014 71 2013 96 2012 74 2011 118 2010 50 2009 71 2008 65 2007 49 2006 57 2005 4
链接和获取全文 四 PubMed 医学主题词表检索 获取全文 (IP 范围, 订购 ) 出版商链接 与 PubMed 建立联系的网站, 如某篇文献所对应期刊的出版商, 文献全文 相关数据库及网站等
链接和获取全文 四 PubMed 医学主题词表检索
链接和获取全文 四 PubMed 医学主题词表检索
数据导出和保存 四 PubMed 医学主题词表检索
四 PubMed 医学主题词表检索数据导出和保存
数据导出和保存 四 PubMed 医学主题词表检索 TXT CSV Endnote
链接和发现 四 PubMed 医学主题词表检索 Primary database (GenBank) nucleotide records reported in the current articles as well as Reference Sequences (RefSeqs) that include the articles as references.
五 PubMed 其他功能 实现单篇文章的一对一检索实现多篇文章的一次性检索 一次最多可检索 PubMed 中 100 条文献纪录, 获得文献的 PMID
五 PubMed 其他功能 限定于各类不同的医学临床主题进行检索
五 PubMed 其他功能
五 PubMed 其他功能 eutils(entrez Programming Utilities) 通过 eutils 这个程序设计模块, 可以通过我们自己设计的应用程序平台, 获取 NCBI 数据库的数据, 从而实现这些数据资源的深度开发使用 实现自动化的大批量的从 Entrez 数据库下载数据 并且提供了几种常用的语言以供选择, 像 Perl, Python, Java, 和 C++ 等
五 PubMed 其他功能 2002 年 NCBI 推出 API 应用后, 已有 30 多种外部开发工具 结果导航 - 聚类 统计分析 PubMed ID 链接 全文链接 相关文章 支持导出结果 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果
六 PubMed 的个性化服务
六 PubMed 的个性化服务 保存检索式 ( 生成 URL 或 HTML 实现共享 ) 书目管理设置 特定功能的参数设置 检索结果的分类过滤
六 PubMed 的个性化服务 可以自定义 Filter (IF>10)
六 PubMed 的个性化服务 PubMed 快速检索功能的实现 NCBI Search Toolkit 安装 NCBI Search Toolkit 划词右击直接进行 pubmed 检索
六 PubMed 的个性化服务 http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ 查阅各种健康疾病相关的主题, 医药信息 还有一部非常完善的在线医学词典 此外, 你还可以浏览到很多有用的健康 PubMed 其实还有更加丰富多彩的内容等着你去挖掘 新闻
六 PubMed 的个性化服务 来自于 NIH 相关研究所的课题 项目 PubMed Health 为用户和临床医生提供有关疾病和健康状况的预防和治疗信息 这些信息基于临床试验的系统回顾, 这些临床有效性信息可以证实哪些治疗和预防方法是有效的, 哪些是仍旧无法预知的
小结 1 知其然并知其所以然(NIH NLM NCBI PubMed PMC ) 2 了解不同的检索方法 在不同的情况下选择合适方法和检索式 3 对检索结果能进行分析, 并调整检索策略 4 会利用 PubMed 功能获取文献和发现其他资源 5 会利用外部工具对 PubMed 进行数据挖掘
谢谢! 请批评指正! djshen@sibs.ac.cn 021-54922960