,,.,. :, :,1999. Barry Wilkinson and Michael Allen. Parallel Programming(Techniques and Applications using Networked Workstations and Parallel
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- 商锯 秦
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1 Parallel Programming: Fundamentals and Implementation ncic.ac..ac.cncn ( ) /143
2 ,,.,. :, :,1999. Barry Wilkinson and Michael Allen. Parallel Programming(Techniques and Applications using Networked Workstations and Parallel Computers). Prentice Hall, 1999.,.. :,2000.,.. :, MPI. :, /143
3 MPI: Pthreads: PVM: OpemMP: : /143
4 /143
5 1000M TCP/IP, I/O NFS SKVM TCP/IP /143
6 CPU,, I/O /143
7 PVM / MPI TC1700 DCMS DCMM /143
8 KVM /143
9 42U 200*110*60(cm) 150kg /143
10 2*20A / 20 / 2U 4U /143
11 /143
12 I2C A/D /143
13 I2C /143
14 /143
15 SKVM SKVM Keyboard (Video) (Mouse) SKVM KVM /143
16 KVM K M V /143
17 (DCMS) DCMS, :,,,. DCMS, DCMS,,,, /143
18 DCMS /143
19 DCMS RPM TCP/IP Hosts MTerm / /143
20 DCMS /143
21 1000M TCP/IP, I/O NFS SKVM TCP/IP /143
22 /143
23 Linux Linux Linux Linux C /143
24 Linux Linux Linux Torvalds Linux 0.02 Internet UNIX 1990, Linus Torvalds MINIX 1991, Linus Torvalds MINIX 1991, Linus Torvalds Linux 1993, Linux 1.0 Linux GPL 1994, Linux Slackware 1996, Linux Open Linux POSIX 1997 InfoWorld 1999, Linux 2000, LinuxWorld China 2000 Linux /143
25 Linux Linux Red Hat SuSE ( LINUX ) TurboLinux Debian( GNU Linux ) Slackware(Linux ) Caldera Mandrake Red Flag Blue Point, Linux Xteam Linux Xlinux( ) /143
26 Linux Linux Linux Linux Linux Shell(Linux ) /143
27 Linux Telnet Linux telnet Trying... Connected to Escape character is '^]'. login: czn Password: Last login: Mon Dec 16 21:51:14 from /home/czn]$ /143
28 Linux Linux (root) : Linux /143
29 ASCII Linux I/O Linux /143
30 DOS Linux / ( ) Linux bin etc usr tmp lib /usr ( Linux /home ) /143
31 Linux Working Directory ~ ~/src/c1.c /143
32 UNIX /bin bin UNIX /usr docs UNIX, man /usr/bin UNIX /dev UNIX /dev/tty /dev/floppy /etc UNIX passwd ID /etc /143
33 / /tmp /bin /sbin /usr/doc linux How-to /dev /usr/etc /etc /usr/games /usr/include C /home /usr/info /lib C /usr/lib UNIX /mnt /proc /usr/local /usr/man /root root /usr/src /usr/bin /143
34 Shell Shell C Linux Shell Linux Shell Bourne Shell(bash, sh) C Shell(tcsh,csh) Korn Shell(ksh) Shell /143
35 Shell shell (.bash_profile.profile.login.cshrc.tcshrc ) Korn shell C shell /etc/passwd /etc/passwd shell /etc/profile.bash_profile.profile /etc/profile PATH $HOME/.bash_profile: /etc/profile $HOME.bash_profile /143
36 Linux Linux Linux Linux C /143
37 passwd ls (ls ) ls ) Ls // DOS 'DIR /W'; ls l // DOS 'DIR'; ls -la // /143
38 Linux $ ls -l -rw-r--r-- 1 czn hpc 3914 Dec 31 09:48 read.txt drwxr-xr-x 2 czn hpc 512 Dec 31 09:48 src : - b c d l /143
39 : r( ): w( ): x( ): - : : r( ): w( ): x( ): r x - : /143
40 chmod chown chgrp chmod 1. chmod [who] [+ - =] [mode] who u user g group ID o others a all + - = /143
41 mode r w x u g o chmod g+r o+r example /143
42 2. 0,1,2,4, (u)(g)(o) r w x r w x r w x chmod [mode] $ chmod 644 mm.txt -rw-r--r-- 1 czn hpc 1155 Nov 5 11:22 mm.txt /143
43 chgrp chgrp [ ] group filename -R 1 $ chgrp -R book /home/book chown chown [ ] chown ID ID -R -v chown 1 shiyan.c wang $ chown wang shiyan.c 2 /his wang users $ chown -R wang.users /his /143
44 mkdir DOS md mkdir [ ] dirname dirname dirname -m chmod -p inin inin /mail $ mkdir -p -m 700./inin/mail/ inin /mail /143
45 rmdir : rmdir [ ] dirname dirname ( rm -r dirname rmdir ) -p dirname $ rmdir -p /usr/xu/txt /usr/xu/txt /143
46 cd : cd [directory] directory directory /home/czn /home/czn/pro : $ cd pro src $ cd ~/src pwd : pwd pwd $ pwd /home/czn /home/czn / /143
47 cp DOS copy cp [ ] -f -i f -p -r cp cp cp i $ cp -i exam1.c /usr/wang/shiyan1.c $ cp exam1.c /usr/ wang/ $ cp -r /usr/xu/ /usr/liu/ /usr/xu /usr/liu /143
48 mv mv DOS ren move mv [ ] -I mv y n -f mv i mv mv i mv cp mv cp 1 /usr/xu. $ mv /usr/xu/ *. 2 wch.txt wjz.doc $ mv wch.txt wjz.doc /143
49 rm rm [ ] -r rm -f -r rm -i rm i y test example example test $ rm -i test example Remove test?n Remove example?y /143
50 cat 1 cat [ - ] cat -v LFD TAB -v -T -E -T TAB Ù I -v -v -E -v -u -A -vet -t -vt -e -ve 1 $ cat - A exam2.txt ( ) 2 2 $ cat file1 file2 > file /143
51 2.more more [ - ] - - More- - more -p -c -p -d -- More-- XX% [Press space to contiune, q to quit. ] -l < Ctrl+l > more < Ctrl+l > /143
52 1.grep fgrep egrep grep,grep fgrep ; egrep fgrep grep [ ] [ ] [ 1 2 ] egrep [ ] [ ] [ 1 2 ] fgrep [ ] [ ] [ 1 2 ] -E -F -b -c -i -h grep /143
53 -l -n 1 -v -x -e expression - -f expfile expfile 1 grep example text file $ grep text file example 2 goto $ grep goto *.c 3 mypats $ cat mypats editor create $ grep -f mypats exam /143
54 find find find not and or 1)and -a, find name tmp xtype c - user inin 2)or -o $ find name tmp o name mina* 3)not $ find! name tmp Shell $ find name tmp xtype c -user inin n n /143
55 i. -name *? [ ] -lname *? [ ] -gid n ID n -uid n ID n -group -user -empty 0 -path *? [ ] -perm size n[bckw] n b -type x x x (b c d p FIFO f l s socket -xtype x -type /143
56 ii. -amin n n -atime n n -cmin n n -ctime n n -mmin n n -mtime n n iii. -exec {} Linux {} -ok { } Linux exec -ls -fprintf -print -printf C 1 main $ find. - name main* - exec more {} ; /143
57 man : man [ ] -M man MANPATH MANPATH -P /usr/bin/less is MANPAGER -S C /143
58 cd $man ls LS(1) FSF LS(1) NAME ls - list directory contents SYNOPSIS ls [OPTION]... [FILE]... DESCRIPTION List information about the FILEs (the current directory by default). Sort entries alphabetically if none of -cftusux nor --sort. -a, --all do not hide entries starting with. : q man /143
59 who who [imqsuwht] [--count] [--idle] [--heading] [--help] [--message] [--mesg] [--version] [--writable] [file] [ami] who login name terminal line login time who -m who am i -q --count -s who -i -u --idle. 1 old 24 -H --heading who :USER: ;LINE: ;LOGIN-TIME: ;IDLE: ;PID: shell ID;FROM: /143
60 1: $ who root tty1 Mar 17 13:49 foxy tty2 Mar 17 13:49 root tty3 Mar 17 13:49 bbs ttyp0 Mar 17 13:49 river.net 2: $ who -uh USER LINE LOGIN-TIME IDLE FROM root tty1 Mar 17 13:49. foxy tty2 Mar 17 13:49 00:01 root tty3 Mar 17 13:49 00:01 bbs ttyp0 Mar 17 13:49 00:01 river.net -u IDLE /143
61 w who who w -[husfv] [user] -h -u CPU su -s JCPU PCPU -f FROM -V User /143
62 1: $ w 2:50pm up 2 min 4 users load average: USER TTY FROM LOGIN@ IDLE JCPU PCPU WHAT root tty1 2:49pm 0:00s 0.56s 0.10s w foxy tty2 2:49pm 1: s 0.42s bash root tty3 2:49pm 46.00s 0.67s 0.25s telnet bbs3 bbs ttyp0 river.net 2:49pm 45.00s 0.49s 0.49s bbs h river.net w JCPU PCPU JCPU : tty PCPU : WHAT /143
63 ps ps ps [ ] -e -f -h -l -w a r x u e ps u a x /143
64 1 root $ ps PID TTY TIME COMMAND 5800 ttyp0 00:00:00 bash 5835 ttyp0 00:00:00 ps PID TTY TIME COMMAND 2 u $ ps u USER PID %CPU %MEM USZ RSS TTY STAT START TIME COMMAND test ttyp0 S Nov27 0:00 -bash test ttyp0 R Nov27 0:00 ps u bash shell %CPU %MEM CPU x /143
65 3 x $ ps x PID TTY STAT TIME COMMAND 5800 ttyp0 S 0:00 -bash 5813 ttyp1 S 0:00 -bash 5921 ttyp0 S 0:00 man ps 5922 ttyp0 S 0:00 sh -c /usr/bin/gunzip -c /var/catman/cat1/ps.1.gz / 5923 ttyp0 S 0:00 /usr/bin/gunzip -c /var/catman/cat1/ps.1.gz 5924 ttyp0 S 0:00 /usr/bin/less -is 5941 ttyp1 R 0:00 ps x test a aux /143
66 4 $ ps aux USER PID %CPU %MEM VSZ RSS TTY STAT START TIME COMMAND root ? S Nov25 0:02 init [3] root ? SW Nov25 0:00 [kflushd] root ? SW Nov25 0:03 [kupdate] root ? SW Nov25 0:00 [kpiod] root ? SW Nov25 0:00 [kswapd] root ? S Nov25 0:02 sshd root ? S Nov25 0:00 syslogd root ? SW Nov25 0:00 [klogd] daemon ? S Nov25 0:00 /usr/sbin/atd root ? S Nov25 0:00 crond root ? S Nov25 0:00 inetd root daemon ps /143
67 top top ps top CPU CPU top [-] [d delay] [q] [c] [s] [S] [i] d s q top top S s top i top c /143
68 top 5 uptime: ( 1,5,15 ) Processes:,, t CPU states: ( ) CPU 100% Mem: Swap:,, PID: ID PPID: ID UID: UID USER: PRI: NI: /143
69 SIZE: KB TSIZE: DSIZE: TRS: D: LIB: ELF RSS: KB SHARE: STAT: S D R Z T TIME: CPU CTIME %CPU CPU %MEM COMMAND: /143
70 11:04am up 22:18, 1 user, load average: 0.00, 0.00, processes: 44 sleeping, 1 running, 0 zombie, 0 stopped CPU states: 0.0% user, 0.0% system, 0.0% nice, 399.6% idle CPU0 states: 0.0% user, 0.1% system, 0.0% nice, 99.4% idle CPU1 states: 0.0% user, 0.0% system, 0.0% nice, 100.0% idle CPU2 states: 0.0% user, 0.0% system, 0.0% nice, 100.0% idle CPU3 states: 0.0% user, 0.0% system, 0.0% nice, 100.0% idle Mem: K av, K used, K free, 56K shrd, 32232K buff Swap: 0K av, 0K used, 0K free 78968K cached PID USER PRI NI SIZE RSS SHARE LC STAT %CPU %MEM TIME COMMAND 2139 czn R :00 top 1 root S :04 init 2 root SW :00 keventd 3 root SWN :00 ksoftirqd_cpu0 4 root SWN :00 ksoftirqd_cpu1 5 root SWN :00 ksoftirqd_cpu2 6 root SWN :00 ksoftirqd_cpu3 7 root SW :01 kswapd /143
71 kill <Ctrl+c> kill TERM(15) TERM kill(9) kill [-s -p ] [ -a ]... kill -l [ ] -s -p kill pid -l /usr/include/linux/signal.h 1) SIGHUP 2) SIGINT 3) SIGQUIT 4) SIGILL 5) SIGTRAP 6) SIGABRT 7) SIGBUS 8) SIGFPE 9) SIGKILL 10) SIGUSR1 11) SIGSEGV 12) SIGUSR2 13) SIGPIPE 14) SIGALRM 15) SIGTERM 17) SIGCHLD 18) SIGCONT 19) SIGSTOP 20) SIGTSTP 21) SIGTTIN 22) SIGTTOU 23) SIGURG 24) SIGXCPU 25) SIGXFSZ 26) SIGVTALRM 27) SIGPROF 28) SIGWINCH 29) SIGIO 30) SIGPWR 31) SIGSYS 32) SIGRTMIN /143
72 1 find ps PID ps PID TTY TIME COMMAND :00:00 -bash :00:00 -bash :00:00 /sbin/mingetty tty :00:00 find / -name foxy.jpg :00:00 ps PID 345 kill # kill 345 kill 9 9 #kill #kill HUP /143
73 vi Linux Ed Ex vi Emacs Ed Ex vi Emacs vi Linux vi vi visual interface Linux Edit DOS vi Word WPS vi /143
74 /143 vi vi <Esc> vi vi vi vi vi vi vi i a o c r s vi <Esc> vi i : vi : vi <Esc> vi
75 vi Vi a i Esc : /143
76 vi 1. vi 1)vi vi vi file1 vi + file1 vi +N file1 2) vi ( ) :w :w filename :wq :x :ZZ :q! :quit 2. vi 1 i--- a--- o--- I--- A--- O /143
77 vi 2 hjkl--- Ctrl+b --- Ctrl+f --- G --- w --- word b --- wore 3 x --- #x --- 5x 5 dd --- #dd --- 5dd 5 :1,#d # X --- D cw ---- c#w ---- c3w 3 cc ---- C /143
78 vi 5 r---- R---- ESC 6 yw---- P ---- p ---- yy---- #yy----5yy 5 7 u ----undo 8 g vi ESC ':' '/' '?' 1 :set nu /143
79 vi 2 /word ( ) n word ( ) N 3 : $ s/pattern1/pattern2/g 1 A :1 $s /A/a/g ^ ---- $ ---- < ---- > :r filename 1 vi file1 file2 file3 :n /143
80 Linux Linux Linux Linux C /143
81 Linux C Linux C Unix C Unix Linux C gcc Gcc C C++ Objective C 4000 Intel C/C++ compiler icc, 4000A PGI C/C++ compiler pgcc Linux C /143
82 hello.c vi : #include <stdio.h> void main() { printf( hello world. n ); } gcc gcc hello.c a.out /143
83 GCC gcc GNU C Compiler GNU GNU gcc C C++ gcc a.out Linux gcc gcc.c C.a.C.cc.cxx C++.h.o gcc [options] [filenames] options filenames /143
84 GCC -c.c.o -o output_filename gcc a.out -g (GNU gdb) -O -O2 -O /143
85 GCC -Idirname dirname C A)#include <stdio.h> B)#include myinc.h A (< >) B ( ) A cpp ( /usr/include) B cpp cpp dirname -I /143
86 GCC -Ldirname dirname ld ( /usr/lib) -L -lname libname.a -L -lm libm.a gcc Linux /143
87 GCC 1. gcc hello.c a.out 2. gcc o hello helo.c hello 3. gcc O o hello hello.c hello 4. gcc O2 o hello hello.c hello 5. gcc c hello.c hello.o gcc o hello hello.o hello 6. gcc c hello1.c hello1.o gcc c hello2.c hello2.o gcc o hello hello1.o hello2.o hello 7. gcc o test test1.o lm I/home/czn/include /143
88 Make Linux Makefile Linux make make make /143
89 : a.c b.c a.c extern void p(char *); main() { p("hello world"); } b.c void p(char *str) { printf("%sn",str); } Makefile hello: a.c b.c gcc a.c b.c -o hello Tab make gcc a.c b.c -o hello hello /143
90 makefile Makefile, : (object), (dependency) (command)., Makefile, hello, a.c b.c, gcc a.c b.c -o hello.,.. :,, ;., /143
91 makefile : Makefile hello: a.o b.o gcc a.o b.o -o hello a.o: a.c gcc c a.c b.o: b.c gcc c b.c make (eg:make hello) make hello hello a.o b.o a.o, gcc c a.c a.o b.o gcc a.c -o hello hello /143
92 Make (macro) make makefile = ( ) CC = gcc hello: a.o b.o $(CC) a.o b.o -o hello a.o: a.c $(CC) c a.c b.o: b.c $(CC) c b.c /143
93 $< $^ $? GNU Make ('man make', 'man makefile') /143
94 makefile CC = gcc CFLAGS = -O2 OBJS = a.o b.o hello: $(OBJS) $(CC) $^ -o $@ a.o: a.c $(CC) $(CFLAGS) -c $< b.o: b.c $(CC) $(CFLAGS) -c $< clean: rm f *.o hello /143
95 .o.c.o make a.o b.o make CC CFLAGS,CPPFLAGS,TARGET_ARCH -c $< -o $(CC) $(CFLAGS) $(CPPFLAGS) $(TARGET_ARCH) -c $< -o /143
96 Linux Linux Linux Linux C /143
97 -- (Parallel Computing (High-end Parallel Computing) (High Performance Computing) (Super Computing) /143
98 ? : : Mandelbrot (Mandelbrot ) 2 zi + 1 = zi + c /143
99 /143
100 /143
101 /143
102 /143
103 : : ( ) (3~10 ) ( ) /143
104 ( ) /143
105 !?! /143
106 : ( ) ( ) /143
107 /143
108 Linpack Linpack benchmark HPL(High Performance Linpack) HPL Linpack ( ) (2/3 * N^3 2*N^2) / /143
109 NEC Earth Simulator : 5120 (8 640) 500 MHz NEC : : 41 TFLOPS (8 GFLOPS 5120 ) : TFLOPS : 10 TB total (2 GB 5120) : : GB/s /143
110 No10: 4000A : 2560 (4 640) Opteron 2.2GHz : : 11TFLOPS (4.4 GFLOPS 2560 ) : 8 TFLOPS : 5TB total (2 GB 2560) : Myrinet 2000 Top500 10(2004/06) /143
111 IBM ASCI White : 8196 (16 512) 375 MHz Power3 : : 12.3 TFLOPS : 7.2 TFLOPS : 6 TB /143
112 Linux Linux Linux Linux C /143
113 Flynn SISD, SIMD, MIMD, MISD PVP, SMP, MPP, DSM, COW UMA, NUMA, COMA, CC-NUMA, NORMA /143
114 Flynn Flynn(1972) SISD Single-Instruction Single-Data SIMD Single-Instruction Multi-Data MISD Multi-Instruction Single-Data MIMD Multi-Instruction Multi-Data /143
115 /143
116 SMP: (SMP) :, ; : 64 ;, : IBM R50, SGI Power Challenge, SUN Enterprise, ; /143
117 DSM: (DSM) :, ( ) ; Cache (CC- NUMA) ;,3-10 ; SMP DSM : , ; : SGI Origin 2000, Cray T3D; /143
118 (MPP) MPP: ( ) ( ) MIMD : CRAY T3E(2048), ASCI Red(3072), IBM SP2, /143
119 (Cluster) Cluster: I/O 2000, 3000, ASCI Blue Mountain ( way DSM Origin 2000,6144 ) /143
120 NORMA: UMA: NUMA: UMA: Uniform Memory Access NUMA: Nonuniform Memory Access NORMA:No-Remote Memory Access /143
121 (UMA) UMA Uniform Memory Access UMA:, (tightly coupled system) /143
122 (UMA) (symmetric multi-processor) I/O (asymmtric multi-processor) MP I/O AP I/O /143
123 (NUMA) (NUMA Nonuniform Memory Access) NUMA: (LM) /143
124 (NORMA) (NORMA No- Remote Memory Access) NORMA: /143
125 ---- UMA: NUMA: NORMA: /143
126 UMA: NUMA: NORMA: /143
127 /143
128 SMP (1993) 1000 MPP (1995) 2000I Cluster (1998) 2000II Cluster (1999) 3000 Cluster (2000) 4000l Cluster (2002) 4000A Cluster (2004) /143
129 Linux Linux Linux Linux C /143
130 UNIX LINUX Windows NT SMP,DSM (C/Fortran), (, ). ( );, ;. : : /143
131 ?? vs... ( ) vs. :., = + ( ), = + ( ) vs /143
132 :, /143
133 /143
134 /143
135 /143
136 Implicit Parallel Data Parallel Shared Variable Message Passing /143
137 (Implicit Parallel) ( ) /143
138 Data Parallel SIMD :,. :., /143
139 (Shared Variable) PVP, SMP, DSM SPMD, MPMD /143
140 (Message Passing) MPP, COW /143
141 Fortran90, HPF(1992), Fortran95/2001:, DO. (Thread Library) Win32 API. POSIX threads. (Compiler Directives) OpenMP : portable shared memory parallelism (Message Passing Libraries) MPI : Message Passing Interface PVM : Parallel Virtual Machine /143
142 : HPF, Fortran90 SMP, DSM OpenMP SMP, DSM MPI, PVM : SMP Cluster,, /143
143 Phase Parallel Pipeline Parallel Master-Slave Parallel Divide and Conquer Parallel Work Pool Parallel /143
144 /143
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并行计算
并 行 计 算 Parallel Computing 主 讲 人 孙 广 中 Spring, 2016 并 行 计 算 结 构 算 法 编 程 第 一 篇 并 行 计 算 的 基 础 第 一 章 并 行 计 算 与 并 行 计 算 机 结 构 模 型 第 二 章 并 行 计 算 机 系 统 互 连 与 基 本 通 信 操 作 第 三 章 典 型 并 行 计 算 机 系 统 介 绍 第 四 章 并 行
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投 稿 類 別 : 工 程 技 術 類 篇 名 : 利 用 Linux 之 CentOS 6.6 及 Fedora 14 架 設 丙 級 硬 裝 檢 定 伺 服 器 之 研 析 作 者 : 沈 奕 騰 國 立 楊 梅 高 中 高 一 資 訊 科 乙 班 指 導 老 師 : 簡 樹 桐 老 師 壹 前 言 一 研 究 目 的 與 動 機 從 電 腦 的 出 現 到 現 在 已 來, 有 各 種 OS
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第六章
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