孕妇外周血基因检测胎儿21-三体综合征标准.doc

Size: px

Start display at page:

Download "孕妇外周血基因检测胎儿21-三体综合征标准.doc"

寮耿佼
9 years ago
Views:

1 ICS C 63 SZDB/Z 深圳市标准化指导性技术文件 SZDB/Z 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征标准发布实施深圳市市场监督管理局发布

2 目次前言... II 引言... III 1 范围术语和定义缩略语检测工作程序检测对象知情同意书的签署孕妇资料和样本的采集实验室工作程序检测报告孕妇资料和样本的保存质量控制高风险孕妇的处理追踪随访... 5 附录 A ( 资料性附录 ) 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征知情同意书... 6 附录 B ( 资料性附录 ) 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征送检单... 7 附录 C ( 规范性附录 ) 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征结果评估... 9 附录 D ( 资料性附录 ) 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征报告单参考文献 I

3 前言本标准按照 GB/T 给出的规则起草本标准由深圳市卫生和人口计划生育委员会归口本标准负责起草单位 : 深圳华大基因研究院深圳华大临床检验中心深圳市标准技术研究院本标准主要起草人 : 王威张秀清李英睿张红云蒋馥蔓翁思妹裘晓东张敖陈欢本标准为首次发布 II

4 引言本标准的发布机构提请注意, 声明符合本标准时, 可能涉及到附录 C 与一种细胞染色体分析方法 ( X) 相关专利的使用本标准的发布机构对于该专利的真实性有效性和范围无任何立场该专利持有人已向本标准的发布机构保证, 他愿意同任何申请人在合理且无歧视的条款和条件下, 就专利授权许可进行谈判该专利持有人的声明已在本标准的发布机构备案相关信息可以通过以下联系方式获得 : 专利持有人姓名 : 深圳华大基因科技有限公司 ; 深圳华大基因研究院地址 : 广东省深圳市盐田区北山工业区综合楼请注意除上述专利外, 本标准的某些内容仍可能涉及专利本标准的发布机构不承担识别这些专利的责任 III

6 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征标准 1 范围本标准规定了孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征的检测对象知情同意书的签署孕妇资料和样本的采集实验室工作程序检测报告孕妇资料和样本的保存质量控制高风险孕妇的处理和追踪随访的要求本标准适用于符合孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征要求的机构, 通过抽取孕妇的外周血, 检测血浆中的游离 DNA, 评估胎儿患 21- 三体综合征的风险 2 术语和定义下列术语和定义适用于本文件 2.1 产前筛查通过简便和较少创伤的检测方法, 从孕妇群体中发现某些有先天性缺陷和遗传性疾病胎儿的高风险孕妇, 以便进一步明确诊断三体综合征又称唐氏综合征, 是常见的染色体疾病之一活产新生儿发病率约为 1/ 高通量测序能一次并行对几十万到几百万条 DNA 分子进行序列测定的测序技术 2.4 碱基对是形成核酸 DNA RNA 单体以及编码遗传信息的化学结构组成碱基对的碱基包括 A T G C U 2.5 血浆游离 DNA 指游离在血浆中的 DNA 片段, 片段大小多为 bp 在孕妇血浆中, 包含有孕妇本人的游离 DNA 和胎儿的游离 DNA 两部分 1

7 2.6 基因检测指运用测序荧光定量 PCR 基因芯片液态生物芯片和微流控技术等分子生物学手段, 对血液体液或细胞中的 DNA 进行检测, 以期达到预测和诊断疾病的技术 2.7 GC 含量是在所研究对象的 DNA 分子中, 鸟嘌呤 (Guanine) 和胞嘧啶 (Cytosine) 所占的比例 2.8 胎儿 DNA 含量孕妇外周血中来源于胎儿的游离 DNA 数与总的游离 DNA 数的比值 2.9 覆盖深度值用来衡量来源于特定染色体的 DNA 量的值如 21 号染色体上的覆盖深度值为样本定位到 21 号染色体的 DNA 分子数目与人类基因组上的 21 号染色体上的有效片段数的比值 3 缩略语下列缩略语适合于本标准 bp: 碱基对 (base pair) DNA: 脱氧核糖核酸 (Deoxyribonucleic Acid) PCR: 聚合酶链反应 (Polymerase Chain Reaction) Q-PCR: 定量聚合酶链反应 (Quantitative Polymerase Chain Reaction) 4 检测工作程序 4.1 检测对象孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征在孕 12 周 ~24 周进行适用于单胎并自愿接受检测的孕妇 4.2 知情同意书的签署孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征应遵循知情同意孕妇自愿的原则医务人员应事先告知孕妇或其家属该检测的性质知情同意书中明确孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征的检出能力技术局限性及潜在风险孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征机构只对已签署知情同意书同意接受孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征的孕妇实施检测孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征知情同意书参见附录 A 2

8 4.3 孕妇资料和样本的采集资料收集孕妇基本资料 : 包括姓名年龄现孕周月经周期末次月经时间及其他信息孕妇产检情况 : 包括 B 超检查结果唐筛结果及其他信息孕妇既往病史 : 包括妊娠及分娩史既往史现病史过敏史家庭遗传病史及其他病史孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征送检单参见附录 B 样本采集严格按照无菌操作常规, 用静脉穿刺术抽取孕妇外周血 5 ml 于 EDTA 抗凝管中在采血管上粘贴唯一编号标签, 并注明孕妇姓名年龄孕周及其他信息孕妇及医护人员均需在送检单上签字样本预处理全血样本在抽取后应立即置于 2-8 保存, 并在抽取后 8 小时内离心分离血浆全血在 4 条件下以 1,600 g 离心 10 分钟, 将上清分装到 2.0mL 无菌离心管中初步分离后的血浆在 4 条件下以 16,000 g 离心 10 分钟, 以去除残余细胞离心结束后将上清分装到 2.0mL 无菌离心管中在无菌离心管上粘贴标签, 注明样本编号血浆体积分离日期, 用封口膜密封, 并立即置于 -80 条件下保存样本保存和运输全血样本在 2-8 条件下运输血浆样本在 -20 条件下运输,-80 条件下保存, 禁止室温条件下放置注 : 血浆在 -20 条件下保存不超过 7 天, 保存过程中避免反复冻融, 如超过 7 天需保存在 -80 条件下 4.4 实验室工作程序样本接收样本接收时核对样本编号送检单及知情同意书检查待检样本状态, 对符合要求的样本, 接收并登记 ; 对不符合要求的样本, 拒收登记并通知重新采样血浆中的游离 DNA 提取使用 DNA 提取试剂盒, 按照试剂盒说明书操作, 提取血浆中的游离 DNA 提取过程中, 设置阴性对照和重复对照提取后的 DNA 置于 -20 条件下保存不超过 7 天, 如超过 7 天需保存在 -80 条件下 3

9 4.4.3 文库制备与 DNA 测序使用 T4 DNA 聚合酶克列诺片段和 T4 多聚核苷酸激酶将 DNA 片段修复成平末端 ; 通过 3' 端加碱基 A 使得 DNA 片段与 5' 端带有 T 碱基的特殊接头连接 ; 聚合酶链反应扩增两端带有接头的 DNA 片段, 并对 PCR 产物进行纯化使用生物分析系统检测文库的片段大小及产量, 使用 Q-PCR 仪检测文库产量 ; 根据 Q-PCR 结果, 对样本进行等物质的量混合混合后的文库与光学透明玻璃芯片上的接头杂交, 在仪器 cbot 的簇生成系统中通过桥式 PCR 成簇扩增 DNA 扩增完毕, 采用高通量测序仪进行 DNA 测序数据分析建立标准数据参考集 : 建立不少于 10,000 例样本的参考集, 其中有核型分析结果对照的样本不少于 2,000 例通过比对软件将样本 DNA 分子测序数据比对到人类基因组序列上, 统计来源于各条染色体上的 DNA 分子的覆盖深度值和 GC 含量值, 给出检测结果孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征结果评估符合附录 C 的规定实验室要求孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征实验室应符合临床基因扩增检验实验室的硬件要求, 原则上分为四个单独的工作区域 : 试剂储存和准备区样本制备区扩增区扩增产物分析区, 进入各工作区域应严格遵循从试剂储存和准备区样本制备区扩增区至扩增产物分析区的单一方向顺序, 避免交叉污染数据分析对硬件的要求应满足 : 数据分析有不低于 32G 的内存 (12CPU) 节点 4.5 检测报告检测报告包含姓名年龄出生日期孕周等基本信息检测报告包含下列内容 : 胎儿 21- 三体风险指数 ; 胎儿 21- 三体风险 ; 检测结果的解释等检测报告注明检测结果的局限性孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征报告单参见附录 D 检测报告的告知包含下列两种情况 : 对低风险孕妇进行检测报告的发放 ; 对高风险孕妇, 通知本人或家属获取检测报告的时间和地点 4.6 孕妇资料和样本的保存孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征资料包括申请单知情同意书实验数据记录, 均保存 5 年以上, 另有规定的除外 4

10 4.6.2 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征的血浆样本在 -80 条件下保存, 保存期限在 2 年以上 4.7 质量控制采用唯一的编号进行样本识别和区分, 避免样本的混淆相关人员应接受生物安全检测技术等专业培训配备必要的基础设施和适宜的检测环境, 对设施和环境进行监控设立阴性重复对照, 确保每次检测的质量如阴性对照与预期结果不相符时, 进行原因分析并采取纠正措施, 形成书面记录 4.8 高风险孕妇的处理对检测结果判定为高风险的孕妇, 及时通知其进行遗传咨询, 并建议到产前诊断机构做进一步的介入性产前诊断 4.9 追踪随访强调对所有受检对象进行随访, 随访率应 90% 随访时限为产后 1 月 ~6 月随访内容根据风险高低分为下列两种情况 : 针对低风险孕妇, 随访至分娩后, 记录孕妇妊娠结局及新生儿的发育情况 ; 针对高风险孕妇, 若孕妇同意进一步进行产前诊断, 追踪诊断结果和妊娠结果 ; 若孕妇不同意产前诊断, 继续追踪随访至分娩后, 了解孕期是否顺利及胎儿或新生儿是否正常如实登记随访结果, 总结统计分析, 评估检测效果 5

11 附录 A ( 资料性附录 ) 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征知情同意书孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征知情同意书见表 A.1 表 A.1 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征知情同意书文件编号 : 版本 : 序列号 : 病 ( 例 ) 案号 : 姓名 : 年龄 : 孕周 : 样本编号 : 疾病和检测方法介绍 : 21- 三体综合征又称唐氏综合征, 是常见的染色体疾病之一, 活产新生儿的发病率约为 1/700 由于人第 21 号染色体多了一条, 患儿面容特殊, 绝大多数为严重智力障碍, 目前尚无有效的治疗方法孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征项目是从采集的孕妇外周血 (5mL) 中提取血浆中的游离 DNA, 采用高通量测序及生物信息分析, 得出胎儿患 21- 三体综合征的风险率该检测宜在孕 12 周 ~24 周进行, 对胎儿 21- 三体综合征的检测准确率 99% 检测潜在风险 : 1. 该方法不适用于检测 :21- 三体综合征中的嵌合体型微缺失微重复等结构性异常 ;21 号染色体以外的其他染色体异常 ; 怀有多胞胎的孕妇 ; 孕妇本人为 21- 三体综合征患者 2. 鉴于当前医学检测技术水平的限制和孕妇个体差异等原因, 即使在检测人员已经履行了工作职责和操作规程的前提下, 检测结果仍可能出现假阳性或假阴性 3. 如果孕妇孕周推测不准或孕周过小, 将影响检测结果的准确性 4. 如果孕妇接受过异体输血 / 血液制品移植手术干细胞治疗等而引入了外源性 DNA, 将会影响检测结果 5. 本检测结果仅供参考, 不作为最终诊断结果若受检者不当地使用该结果而带来心理生理负担, 医院及检测机构不承担责任和风险 6. 受检者请提供完整准确详实的个人资料因受检者提供的用户资料不实等因素而导致检测服务的中断结果不准确等, 本检测机构对此不承担责任孕妇知情同意 : 1. 医生已告知我该检测结果不作为最终诊断结果, 检测结果为高风险者需进行产前诊断 2. 我已知晓该检测的性质预期目的风险和必要性, 对其中的疑问已得到医生的解答 3. 医生已告知我将要进行的检测方法的相关内容, 我并未得到该检测方法百分之百准确的许诺 4. 我承诺提供的个人资料真实可靠, 并授权医院和检测机构对检测涉及的血液血浆和医疗废弃物等进行处理 5. 我知晓当孕妇血浆中的胎儿 DNA 浓度过低时将影响检测结果, 可能需重新抽血取样 6. 该结果仅作参考, 需根据其他检查结果综合分析 ( 我已知晓上述内容, 愿意进行该项检测并承担检测风险 ) 孕妇签名孕妇身份证号签名日期年月日孕妇授权亲属签名与孕妇关系签名日期年月日医生陈述我已告知孕妇 ( 或其授权亲属 ) 将要进行的检测方法及检测后可能出现的风险, 并解答了孕妇 ( 或其授权亲属 ) 关于此项检测的相关问题医生签名签名日期年月日 6

12 附录 B ( 资料性附录 ) 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征送检单表 B.1 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征送检单送检医院 : 送检科室 : 样本编号 : 妊娠基本信息 ( 以下资料由孕妇或医生填写 ): 姓名年龄 ( 岁 ) 现孕周身高 (cm) 体重 (kg) 出生年月基本资料出生地 / 籍贯身份证号国籍 / 民族联系地址家庭电话手机号码月经周期 / 天末次月经产检医院分娩医院紧急联系人手机号码关系 B 超检查结果正常, 单活胎异常, 单活胎正常, 非单胎备注 : 产检情况唐筛结果介入性产前诊断未做唐氏综合征风险率 : 高风险, 比值低风险备注 : 已预约, 拒绝介入性产前诊断未预约原因 : 已预约, 准备介入性产前诊断, 时间妊娠次生育次流产 ( 自然次, 人工次, 药物次 ) 妊娠及分娩史早产次葡萄胎宫外孕新生儿死亡先天畸形儿胎停育既往病史备注 : 既往史所患疾病治愈未治愈输注血 / 血液制品史 : 有无现病史目前患何种疾病接受治疗未接受治疗过敏史药物食物环境特殊情况家族遗传病史孕妇签名 : 日期 : 年月日送检医生签名 : 日期 : 年月日抽血护士签名 : 日期 : 年月日时分 7

13 附录 C ( 规范性附录 ) 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征结果评估 C.1 实验室检测结果的计算和转换孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征结果是将染色体对应的覆盖深度值转化为衡量风险的指数须结合胎儿 DNA 浓度 GC 含量值正常样本覆盖深度分布假设检验的基本原理等资料, 使用专门的软件计算胎儿患 21- 三体综合征的风险具体而言, 首先需统计 21 号染色体的覆盖深度值, 计算方式为样本 21 号染色体上的有效片段总数除以参考序列上 21 号染色体上有效片段的总数 ; 其次利用假设检验来构建统计量, 来检测样本的覆盖深度值是否在正常范围值之内 ; 然后通过结合 GC 含量胎儿核酸分子浓度这些对覆盖深度值造成影响的因素以及人群正常分布的参数, 将覆盖深度值转化为风险指数 C.2 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征结果的表达方法患 21- 三体综合征的检测结果通过综合分析和评估风险指数而得出结果分为高风险和低风险 C.3 结果的判别当胎儿 GC 含量在正常参照样本覆盖范围内, 胎儿 21- 三体综合征风险指数 1/20 时, 胎儿患 21- 三体综合征的风险为高风险 ; 当胎儿 GC 含量在正常参照样本覆盖范围内, 胎儿 21- 三体综合征风险指数 <1/20 时, 胎儿患 21- 三体综合征的风险为低风险 C 三体综合征检出率要求 21- 三体综合征检测准确率 99%, 假阳性率 1% 8

14 附录 D ( 资料性附录 ) 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征报告单孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征报告单见表 D.1 表 D.1 孕妇外周血基因检测胎儿 21- 三体综合征报告单送检单位 : 送检科室 : 送检时间 : 样本编号 : 样本信息姓名 : 出生日期 : 年龄 : 岁孕周 : 周检测结果胎儿 21- 三体风险指数 : 胎儿 21- 三体风险 : 注 :1 截断值:1/20; 2 当胎儿 21- 三体风险指数大于或等于 1/20 时, 胎儿患 21- 三体的风险为高风险 ; 当胎儿 21- 三体风险指数小于 1/20 时, 胎儿患 21- 三体的风险为低风险检测者 : 审核者 : 日期 : 当检测胎儿患 21- 三体的风险为高风险时, 建议进行遗传咨询及介入性产前诊断 ; 当检测胎儿患 21- 三体的风险为低风险时, 建议继续进行常规产前检查医生签名 : 日期 : 备注 1. 本检测结果仅对送检的样本负责 2. 鉴于当前医学检测技术水平的限制和孕妇个体差异等原因, 即使在检测人员已经履行了工作职责和操作规程的前提下, 检测结果仍可能出现假阳性或假阴性 3. 该方法不适用于检测 :21- 三体综合征中的嵌合体型微缺失微重复等结构性异常 ;21 号染色体以外的其他染色体异常 ; 怀有多胞胎的孕妇 ; 孕妇本人为 21- 三体综合征患者 4. 如果孕妇孕周推测不准或孕周过小, 将影响检测结果的准确性 ; 如果孕妇前期接受过异体输血 / 血液制品移植手术干细胞治疗等而引入了外源性 DNA, 将会影响检测结果 5. 本检测结果仅供参考, 不作为最终诊断结果, 相关解释请咨询临床医生 6. 本检测机构对该检测结果保密并依法保护受检者的隐私 ; 因受检者个人原因出现信息外泄, 本机构不承担相应责任 9

15 参考文献 [1] WS 胎儿常见染色体异常与开放性神经管缺陷的产前筛查与诊断技术标准第 1 部分 : 中孕期母血清学产前筛查 [2] WS 胎儿常见染色体异常与开放性神经管缺陷的产前筛查与诊断技术标准第 2 部分 : 胎儿染色体异常的细胞遗传学产前诊断技术标准 10

2017 年医学院 ( 含转化院遗传所 ) 硕士研究生入学考成绩准考证号报考专业外语政治业务 1 业务 2 总成绩备注病理学与病理生理学病理学与病理生理学

2017 年医学院 ( 含转化院遗传所 ) 硕士研究生入学考成绩准考证号报考专业外语政治业务 1 业务 2 总成绩备注病理学与病理生理学病理学与病理生理学 2017 年医学院 ( 含转化院遗传所 ) 硕士研究生入学考成绩准考证号报考专业外语政治业务 1 业务 2 总成绩备注 103357000912484 病理学与病理生理学 72 72 242 0 386 103357000912003 病理学与病理生理学 71 72 242 0 385 103357000911503 病理学与病理生理学 77 73 234 0 384 103357000911098