在 windows 7 執行 Freesurfer 之說明心智影像研究中心葉丁瑞講授下載軟體 : virtualbox4.3.40:

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蠡冉
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在 windows 7 執行 Freesurfer 之說明心智影像研究中心葉丁瑞講授下載軟體 : virtualbox4.3.40: http://download.virtualbox.org/virtualbox/4.3.40/virtualbox-4.3.40-110317-win.exe ubuntu12.04: http://ftp.ubuntu-tw.

1 在 windows 7 執行 Freesurfer 之說明心智影像研究中心葉丁瑞講授下載軟體 : virtualbox4.3.40: ubuntu12.04: freesurfer5.3.0 (centos6_x86_64 版 ) ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0/freesurfer-linux-centos6_x86_64-stablepub-v5.3.0.tar.gz 步驟一 : 於安裝 windows7 上安裝 virtualbox 於 C:\Users\USER-2\Downloads, 雙擊名稱為 VirtualBox Win.exe 檔案, 即開始安裝 virtualbox (1) 執行安裝程序, 先確認 virtualbox 版本為 Version 後, 按 Next 1

$C:\Program$

2 (2) 確認安裝路徑為 C:\Program Files\Oracle\VirtualBox, 按 Next 備註 : 安裝路徑可自行修改 (3) 習慣上我不會點選這三個 option 按 Next (4) 按 Yes 2

3 (5) 按 Install (6) 安裝過程大概是 1-2 分鐘依硬體設備而定 (7) 安裝完成, 按 Finish 3

(8) 出現右上方蝴蝶 (windows) 和企鵝 (Linux), 即可接續安裝 Ubuntu 12.

4 (8) 出現右上方蝴蝶 (windows) 和企鵝 (Linux), 即可接續安裝 Ubuntu 點選左上角新增步驟二 : 安裝 Ubuntu (1) 名稱 :Ubuntu 類型 :Linux 版本 :Ubuntu(64-bit) 按下一步 4

5 (2) 記憶體大小設定 :12288MB ( 依個人需求而定 ) (3) 硬碟選立即建立虛擬硬碟 (4) 硬碟檔案類型選 VMDK( 虛擬機器硬碟 ) 5

6 (5) 實體硬碟中存放裝置選動態配置 (6) 檔案位置和大小位置 : C:\Users\USER-2\VirtualBox VMs 大小 : 250GB 建立後,Ubuntu 僅完成一半安裝 (7) 點選 Ubuntu 12.04, 接續安裝 6

7 (8) 選取啟動磁碟點選資料夾圖示 (9) 於於 C:\Users\USER-2\Downloads, 點選 ubuntu 安裝 iso 檔 (10) 開始安裝 ( 依硬體設備, 需數分鐘 ) 7

8 (11) 選取啟動硬碟確認 ubuntu desktopamd64.iso(758mb) 點選啟動 (12) 點選 Install Ubuntu (13) 不點任何選項, 點選 Countinue 8

9 (14)Installation type 選 Erase disk and install Unbuntu, 點選 Countinue (15) 確認 SCSI3(0,0,0)(sda)-268.4GB VBOX HARDDISK 點選 Install Now (16)Were are you? 選 TAIPEI, 點選 Continue 9

10 (17)Keyboard layout 選 Engliah(US) Engliah(US) 點選 Continue (18)Your name:mri Choose a password:mri1234 Confirm your password:mri1234 ( 名稱和密碼, 依個人喜好設定 ) 10

11 (19) 開始安裝 Ubuntu LTS (20)Installation is complete. 點選 Restart Now (21) 出現 Please remove installation media and close the tray(if any) then press ENTER: 按鍵盤 Enter 11

12 (22) 輸入密碼然後關閉 ubuntu (23) 首先, 確認 Ubuntu12.04 狀態為已儲存然後, 點選設定值 -> 存放裝置最後, 確認控制器 :IDE 為空 12

13 (24) 執行 Ubuntu 12.04, 點選裝置插入 Guest Addition CD 映像安裝部分封包注意 : 不要將 Ubuntu12.04 升級為 (25)VBOXADDITIONS_4.3.40_ 點選 Run (26) 輸入密碼 MRI

於 terminal 上輸入 sudo passwd root Enter new UNIX password:mri1234 Retype new UNIX password:mri1234

14 (27) 出現 Press Return to close this window 按鍵盤 Enter, Ubuntu 即重開機 (28) 設定 terminal 於 Dash home 搜尋 terminal( 終端機 ), 開啟 terminal 點選 Lock to Launcher, 將 terminal 設定在 Launcher (29) 更改 root 密碼由於 root 初始設定是隨機, 故先修改 root 密碼於 terminal 上輸入 sudo passwd root Enter new UNIX password:mri1234 Retype new UNIX password:mri1234 passwd:password updated successfully 即修改成功 (30) 確認 SHELL 格式輸入 echo $SHELL 顯示路徑 /bin/bash, 即代表為 bash 本人習慣修改 SHELL 為 tcsh 14

., 機器資料夾選取 D:/Ubuntu_data 接續,terminal 輸入 su root 和密碼 MRI1234, 即進入 root 狀態並於 /home/mri/ 路徑下建立 ubuntu_data 資料夾最後, 於 terminal 輸入 mount t vboxsf ubuntu_data/ /home/mri/ubuntu_data/ (2)

15 (31)install tcsh 輸入 sudo apt-get install tcsh 即開始安裝, 安裝完成後, 於 terminal 輸入 tcsh, Ubuntu 關機再執行 Ubuntu12.04 (32) 確認 SHELL 為 tcsh 於 terminal 輸入 echo $SHELL, 確認路徑 /bin/tcsh 步驟三 : 安裝 FreeSurfer (1) 連結資料夾首先, 於 D 槽建立 ubuntu_data 和 virtualbox 裝置 -> 共用資料夾設定.., 機器資料夾選取 D:/Ubuntu_data 接續,terminal 輸入 su root 和密碼 MRI1234, 即進入 root 狀態並於 /home/mri/ 路徑下建立 ubuntu_data 資料夾最後, 於 terminal 輸入 mount t vboxsf ubuntu_data/ /home/mri/ubuntu_data/ (2) 安裝 freesurfer 將 freesurfer 安裝檔放置在 D:/ubuntu_data 路徑下, 於 ubuntu terminal 中輸 cd ubuntu_data 和安裝指令 tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz, 即開始安裝 (3) 確認安裝 terminal 輸入 exit 跳出 root 接續, 輸入 pwd 確認路徑 /home/mri 最後, 輸入../../../usr/local/ 和 ls, 確認是否有 freesurfer 資料夾 15

16 (4)freesurfer 環境設定 Terminal 輸入 cd 回到 /home/mri 接續輸入 pico ~/.tcshrc, 進入環境設定內容輸入 setenv DISPLAY :0.0 setenv SUBJECTS_DIR /home/mri/ubuntu_data setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME /SetUpFreeSurfer.csh setenv FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast setenv MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni set path = ( $path /usr/bin $path ${FREESURFER_HOME}/bin) 輸入完成後按鍵盤 ctrl+x, 接續按 y, 最後關閉 terminal 再開啟 (5) 確認環境再次開啟 terminal 後, 若出現 ----freesurfer-linux-centos6_x86_64-stable-pub- v 和下排六行文字, 即代表 freesurfer 環境設定成功 (6)Freesurfer Registration 於瀏覽器中輸入網址填寫相關資料後, 按 I AGREE 於信箱中取得 freesurfer 帳號和隨機密碼如下 = 內四排內容 === [email protected] xxxxx( 數字 ) 16

*CHXsc9ENxxxx FSE6xBgRm.xxx === 取得帳號密碼後, 於 terminal 輸入 pico $FREESURFER_HOME/.license 輸入以下 dinxxxxxxx@gmail.com xxxxx( 數字 ) *CHXsc9ENxxxx FSE6xBgRm.

17 *CHXsc9ENxxxx FSE6xBgRm.xxx === 取得帳號密碼後, 於 terminal 輸入 pico $FREESURFER_HOME/.license 輸入以下 xxxxx( 數字 ) *CHXsc9ENxxxx FSE6xBgRm.xxx 注意 : 第三和第四行有一個 space, 需去除 (7)freesurfer 安裝完成 Terminal 輸入 freesurfer -version, 確認出現 You are running this version of FreeSurfer: freesurfer-linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0 即確認成功安裝 17

封包安裝法心智影像研究中心葉丁瑞講授下載軟體 : virtualbox4.3.40: http://download.virtualbox.org/virtualbox/4.3.40/virtualbox-4.3.40-110317-win.exe Ubuntu 12.04 package fmri.ncku.edu.

18 封包安裝法心智影像研究中心葉丁瑞講授下載軟體 : virtualbox4.3.40: Ubuntu package fmri.ncku.edu.tw//tw/download/ _0604_freesurfer_vbm/ubuntu12.04.zip 步驟一 : 安裝 virtualbox 首先安裝 virtualbox 同 p.1-3 步驟二 : 安裝 ubuntu12.04 封包 (1) Ubuntu package 下載後解壓縮, 放置 C:\Users\USER-2\VirtualBox VMs 路徑下方 (2) 安裝 ubuntu 封包工具列點選機器, 下拉選單點選加入 (3) 安裝 vbox 檔案於 C:\Users\USER-2\VirtualBox VMs\ubuntu12.04 路徑, 點選 ubuntu12.04.vbox 然後按開啟舊檔即安裝完成 18

19 (4) 確認安裝成功開啟 terminal, 確認 ----freesurfer-linux-centos6_x86_64-stable-pub- v 和下排六行文字, 即代表 ubuntu 安裝成功 19

Oxford iSolution下載及安裝指南

Oxford iSolution下載及安裝指南 Oxford isolution 下載及安裝指南 Download and Installation Guide 系統要求 System Requirements... 2 Oxford isolution 安裝步驟 Windows 個人電腦 Oxford isolution Installation Steps For Windows PCs... 3 Oxford isolution 安裝步驟

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