第 21 讲 CGI 程序 byperl 及 PHP 小结 张高川 遗传学与生物信息学系基础医学与生物科学学院苏州大学医学部 WX: zhanggaochuan QQ: 苏州大学医学部基础医学与生物科

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1 第 21 讲 CGI 程序 byperl 及 PHP 小结 张高川 遗传学与生物信息学系基础医学与生物科学学院苏州大学医学部 WX: zhanggaochuan QQ:

2 Outline Perl 及 BioPerl 的安装与环境配置 正则表达式 PHP 调用 Perl 程序 PHP 编程小结

3 Outline Perl 及 BioPerl 的安装与环境配置 正则表达式 PHP 调用 Perl 程序 PHP 编程小结

4 Perl 及 BioPerl 的安装 1. 首先下载并安装 ActivePerl( 最新的 ); 附加 ppm ; 2. 运行 Perl package manager; 3. 搜索 (s bioperl) 并安装 (install bioperl); 4. 搜索并安装 bioperl***; 5. 下载并安装 DzSoft Perl Editor; 6. 在 DzSoft Perl Editor 环境下使用范例练习, 但发现无法从远程数据库获取序列数据, 后来仔细阅读提示信息发现,Perl 缺少 IO-String 模块 ; 7. 在 Perl package manager 环境下安装 IO-String 模块 (install IO- String);

5 Windows 下图形界面安装 BioPerl 1. 用 GUI 图形界面安装, 这个需要较新版本的 ActivePerl 才支持, 先安装 ActivePerl 2. 安装后好运行 开始 / 所有程序 /ActivePer/Perl Package Manager, 或是 C:\Perl\bin\ppm.bat 启动 GUI 图形界面 3. 打开后, 选择 Edit >> Preferences, 添加下面的站点

6 Windows 下图形界面安装 BioPerl 1. 用 GUI 图形界面安装, 这个需要较新版本的 ActivePerl 才支持, 先安装 ActivePerl 2. 安装后好运行 开始 / 所有程序 /ActivePer/Perl Package Manager, 或是 C:\Perl\bin\ppm.bat 启动 GUI 图形界面 3. 打开后, 选择 Edit >> Preferences, 添加下面的站点

7 Windows 下图形界面安装 BioPerl

8 Windows 下图形界面安装 BioPerl 4. 选择 View >> All Packages; 5. 在搜索框输入 bioperl; 6. 选择最新版本, 右键安装 : bioperl; bioperl-db; bioperl-network; bioperl-run

9 在 unix/linux 下安装 BioPerl 1. perl -MCPAN -e shell = 先选择安装路径 (local::lib); 再安装 CPAN 环境 2. cpan[1]> d /bioperl/ Distribution BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz Distribution CDRAUG/Dist-Zilla-PluginBundle-BioPerl-0.20.tar.gz Distribution CJFIELDS/BioPerl tar.gz Distribution CJFIELDS/BioPerl tar.gz Distribution CJFIELDS/BioPerl-DB tar.gz Distribution CJFIELDS/BioPerl-Network tar.gz Distribution CJFIELDS/BioPerl-Run tar.gz Distribution CJFIELDS/Bundle-BioPerl tar.gz Distribution CJFIELDS/Dist-Zilla-PluginBundle-BioPerl-0.23.tar.gz 9 items found 3. cpan[1]> install CJFIELDS/BioPerl tar.gz = 提示缺少一些支持库

10 网站中 Perl 解释器的配置 参见 XAMPP 或 Apache+PHP+MySQl+Perl 套件中的设置 一方面需要在 Windows 系统中的 Path 变量, 指定 Perl 解 释器路径, 否则需要在执行 Perl 程序时, 需要带上 Perl 路 径, 如 D:/usr/perl/perl test.pl; 另一方面需要在 Apache 服务器参数配置文件中指定 Perl 作为 cgi 程序解释器的路径, 如 D:/usr/perl/

11 Perl 程序简单示例 1 >> 读取 FASTA 格式文件中的序列

12 Perl 程序简单示例 1 >> 读取 FASTA 格式文件中的序列 #!/usr/bin/perl #open a fasta-format sequence file $MySeqFile = "Transferrin.txt"; open(seqfile,'<',$myseqfile) or die("cannot open the sequence file!"); #read line by $count=-1; $NewSeqFlag=0;

13 Perl 程序简单示例 1 >> 读取 FASTA 格式文件中的序列 while( $line=<seqfile> ) { chomp($line); # 删除每行的非打印字符, 如回车换行键 if($line=~ m/^>/) # 正则表达式 { #find a new sequence = substr($line,1,length($line)); $NewSeqFlag=1; #print "SeqName=".@SeqName[$count]."\n";

14 Perl 程序简单示例 1 >> 读取 FASTA 格式文件中的序列 }else{ if( $NewSeqFlag==1 ) = $line; $NewSeqFlag = 0; } } } else $line; } #print "sequence=".@sequence[$count]."\n";

15 Perl 程序简单示例 1 >> 读取 FASTA 格式文件中的序列 #Output sequeces $count = 0; while ($count { print ("sequence $count:\n"); print print $count++; } close(seqfile);

16 Perl 程序简单示例 2 >> 远程检索 Genbank 数据库 (by Bioperl) #!/usr/bin/perl use Bio::DB::GenBank; use Bio::DB::Query::GenBank; use Bio::SeqIO; $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">StemCell", -format => 'GenBank'); $query = "stem cell[titl] AND (proliferation[titl] OR differentiation[titl] OR migration[titl])"; $query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db => 'nucleotide', -query => $query ); # 建立了一个 $query_obj 用来进行查询操作

17 Perl 程序简单示例 2 >> 远程检索 Genbank 数据库 (by Bioperl) $gb_obj = Bio::DB::GenBank->new; $stream_obj = $gb_obj->get_stream_by_query($query_obj); while ($seq_obj = $stream_obj->next_seq) { # 循环对每个 sequence object 进行一些操作 # print $seq_obj->display_id, "\t", $seq_obj->length, "\t", $seq_obj->seq, "\n"; } $out->write_seq($seq_obj);

18 Outline Perl 及 BioPerl 的安装与环境配置 正则表达式 PHP 调用 Perl 程序 PHP 编程小结

19 正则表达式的强大 >> 案例 1

20 正则表达式的强大 >> 案例 1

21 正则表达式的强大 >> 案例 1 <a href="/pmid/[0-9]{5,15}">

22 正则表达式的强大 >> 案例 2 a simple pattern match : d(g3+n1-7g3+n1-7g3+n1-7g3+), where N is any base.

23 正则表达式的强大 >> 案例 2

24 正则表达式的强大 >> 案例 2

25 正则表达式的强大 >> 案例 2

26 正则表达式的强大 >> 案例 2 >FP MYC_1 :+U EU:NC; range -499 to 100. CTCCCATATTCTCCCGTCTAGCACCTTTGATTTCTCCCAAACCCGGCAGCCCGAGACTGTTGCAAACCGG CGCCACAGGGCGCAAAGGGGATTTGTCTCTTCTGAAACCTGGCTGAGAAATTGGGAACTCCGTGTGGGAG GCGTGGGGGTGGGACGGTGGGGTACAGACTGGCAGAGAGCAGGCAACCTCCCTCTCGCCCTAGCCCAGCT CTGGAACAGGCAGACACATCTCAGGGCTAAACAGACGCCTCCCGCACGGGGCCCCACGGAAGCCTGAGCA GGCGGGGCAGGAGGGGCGGTATCTGCTGCTTTGGCAGCAAATTGGGGGACTCAGTCTGGGTGGAAGGTAT CCAATCCAGATAGCTGTGCATACATAATGCATAATACATGACTCCCCCCAACAAATGCAATGGGAGTTTA TTCATAACGCGCTCTCCAAGTATACGTGGCAATGCGTTGCTGGGTTATTTTAATCATTCTAGGCATCGTT TTCCTCCTTATGCCTCTATCATTCCTCCCTATCTACACTAACATCCCACGCTCTGAACGCGCGCCCATTA ATACCCTTCTTTCCTCCACTCTCCCTGGGACTCTTGATCA

27 正则表达式的强大 >> 案例 2 G{3}[A-Z]{1,7} 重复写 4 遍 a simple pattern match : d(g3+n1-7g3+n1-7g3+n1-7g3+), where N is any base.

28 正则表达式的强大 >> 案例 2 (G{3}[A-Z]{1,7}){4} a simple pattern match : d(g3+n1-7g3+n1-7g3+n1-7g3+), where N is any base.

29 Outline Perl 及 BioPerl 的安装与环境配置 正则表达式 PHP 调用 Perl 程序 PHP 编程小结

30 PHP 调用 Perl 程序 read_fasta.pl = 放到 cgi-bin 目录下 transferrin.fasta = 放到网站目录下 php_perl.php = 放到网站目录下 php_perl.php 中调用 read_fasta.pl : <?php $outcome=exec("../cgi-bin/read_fasta.pl",$results); foreach($results as $result) echo $result;?>

31 Outline Perl 及 BioPerl 的安装与环境配置 正则表达式 PHP 调用 Perl 程序 PHP 编程小结

32 语法介绍 表达式语言结构 数据库操作 验证码 外部模块调用 CGI 程序 byperl PHP 调用

33 语法介绍 表达式语言结构 数据库操作 验证码 外部模块调用 CGI 程序 byperl PHP 调用 变量类型 应用方式 类型转换 整数 浮点数 字符串 数组 对象 内部 动态 外部 HTML 表单 (GET 和 POST) Cookies session 自动 赋值 强制 常量 注释语句 变量传递 运算符 算术运算符 字符串运算符 赋值运算符 位运算符 逻辑运算符 比较运算符

34 语法介绍 表达式语言结构 数据库操作 验证码 外部模块调用 CGI 程序 byperl PHP 调用 控制结构 IF ELSE ELSEIF WHILE DO..WHILE FOR foreach SWITCH 循环中断 (break continue) 加载外部程序 REQUIRE REQUIRE_once INCLUDE INCLUDE_once 函数定义 function return list 值形参数 ( 默认 ) 变量参数 默认参数 CLASS ( 类 ) class extends 构造器 ( 函数 )

35 语法介绍 表达式语言结构 数据库操作 验证码 外部模块调用 CGI 程序 byperl PHP 调用 phpmyad min 学会利用它对 MySQL 进行基本数据库操作 PHP 连接 MySQL mysql_connect PHP 操作 MySQL mysql_query mysql_fetch_object

36 语法介绍 表达式语言结构 数据库操作 验证码 外部模块调用 CGI 程序 byperl PHP 调用 字符图像验证码的 PHP 代码实现 其他类型验证码的实现策略讨论

37 语法介绍 表达式语言结构 数据库操作 验证码 外部模块调用 CGI 程序 byperl PHP 调用 在线编辑器 fckeditor PHPExcel

38 语法介绍 表达式语言结构 数据库操作 验证码 外部模块调用 CGI 程序 byperl PHP 调用 使用 Perl/BioPerl 编写 CGI 程序 PHP 调用 Perl 程序 正则表达式

39 拓展阅读与实践练习 学习使用 Perl/BioPerl 编写简单的 CGI 程序 学习使用正则表达式

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