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- 寿遵 依尔根觉罗
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1 微 生 物 学 通 报 Microbiology China Oct. 20, 206, 43(0): DOI: /j.microbiol.china.5088 简 报 迟 缓 爱 德 华 氏 菌 EcoRⅠ 核 糖 体 自 动 化 分 型 与 聚 类 分 析 黄 新 新 * 何 苗 2 韩 伟 沈 文 淑 顾 鸣 蔡 强 ( ) ( ) ( ) 3 摘 要 : 目 的 对 26 株 迟 缓 爱 德 华 氏 菌 进 行 自 动 化 核 糖 体 分 型, 并 进 行 聚 类 分 析 方 法 采 用 Riboprinter TM 全 自 动 微 生 物 鉴 定 系 统 对 分 离 自 斑 点 叉 尾 鮰 日 本 鳗 多 宝 鱼 比 目 鱼 斑 醴 等 宿 主 体 内 的 迟 缓 爱 德 华 氏 菌 进 行 核 糖 体 分 型, 以 限 制 性 内 切 酶 EcoRⅠ 处 理 切 割 菌 株 DNA; 运 用 BioNumerics 软 件 分 析 图 像 数 据 结 果 迟 缓 爱 德 华 氏 菌 核 糖 体 图 谱 与 数 据 库 中 已 有 信 息 进 行 比 对,ATCC5947 和 BYK00685 的 比 对 相 似 值 >0.85, 分 别 为 0.95 及 0.90 条 形 码 经 软 件 分 析 共 产 生 2 种 核 糖 体 条 带, 聚 类 分 析 分 为 3 个 群 条 带 之 间 呈 现 明 显 的 地 域 性 差 异 和 宿 主 差 别 来 自 北 方 及 南 方 的 菌 株 除 少 数 几 株 以 外, 各 自 聚 集 为 一 个 群 ; 所 有 人 源 株 则 分 布 在 第 三 群 结 论 自 动 化 核 糖 体 分 型 可 以 方 便 快 捷 地 用 于 不 同 物 种 的 菌 株 分 型 与 流 行 病 学 追 踪 溯 源 关 键 词 : 迟 缓 爱 德 华 氏 菌,Riboprinter 分 型, 聚 类 分 析 Characterization of Edwardsiella tarda by automated EcoRⅠ ribotyping and cluster analysis HUANG Xin-Xin * HE Miao 2 HAN Wei SHEN Wen-Shu GU Ming CAI Qiang 3 (. Technical Center for Animal, Plant and Food Inspection and Quarantine, Shanghai Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau, Shanghai 20035, China) (2. School of Environment, Tsinghua University, Beijing 00084, China) (3. Yangtze Delta Region Institute of Tsinghua University, Jiaxing, Zhejiang 34006, China) Abstract: [Objective] A total of 26 Edwardsiella tarda isolates were characterized by automated ribotyping and cluster analysis. [Methods] Strains of E. tarda taken from Channel Catfish, Japanese eel, Turbot, flounder, sweet spot were analyzed by the DuPont Riboprinter TM Microbial Foundation item: Shanghai Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau Technology Project (No. HK ); Zhejiang Province Science and Technology Project (No. 205C33009); National Important Project on Science Instrument (No. 202YQ ) *Corresponding author: Tel: ; Fax: ; huangxinxin@shciq.gov.cn Received: November 06, 205; Accepted: March 08, 206; Published online ( March 09, 206 基 金 项 目 :(No. HK )(No. 205C33009) (No. 202YQ ) * 通 讯 作 者 :Tel Fax huangxinxin@shciq.gov.cn 收 稿 日 期 : 接 受 日 期 : 优 先 数 字 出 版 日 期 (
2 2250 微 生 物 学 通 报 Microbiol. China 206, Vol.43, No.0 Characterization System and we adopted a protocol using EcoRⅠ as restriction enzyme to differentiate and characterize the isolates discussed here. The Riboprinter patterns obtained for the 26 isolates were imported and analyzed with BioNumerics software. [Results] The ribotype profiles of the isolates were compared with the reference DuPont identification database. Only 2 isolates of ATCC5947 and BYK00685 matched the patterns of DuPont Identification Library with a similarily >0.85, reached 0.95 and Altogether, 2 different ribotypes (RTs) were generated. There were geographical differences between the RTs, E. tarda isolates collected from host in Northern China were phylogenetically from isolates from Southern China were clustered into two distinct clades, all isolates collected from human and other fishes belonged to third clade. [Conclusion] The discrimination power of automated ribotyping can be used to characterize bacterial isolates of various speices for epidemiological studies. Keywords: Edwardsiella tarda, Ribotyping, Cluster analysis (Edwardsiella tarda Et) 20 [] E. tarda E. tarda 959 Sakazaki Murata [2-3] E. tarda E. tarda Riboprinter TM DNA E. tarda 材 料 与 方 法. 菌 株 E. tarda ATCC5947 ATCC23692 Oxiod 鮰 ( ) VITECK 32GN + 6S rrna 80 C.2 主 要 仪 器 及 试 剂 Riboprinter TM Riboprinter TM EcoRⅠ BioNumerics Applied Maths Inc.3 Riboprinter 操 作 规 程.3. 样 品 准 备 : 24 h ( ) 30 μl ( ) 25 min A B 5 μl.3.2 上 样 : () DNA EcoRⅠ DNA (2) DNA DNA (3) 6S rrna 23S rrna DNA CCD
3 : EcoR 225 Table Host 表 实 验 所 用 菌 株 Reference strains used in this study Strains Source Mortality Flounder BYK00679 Y TX Y Turbot EIB202 Y 鮰 TJ09088 Y L-4923 Y WY37 Y ET-QD Y GD09027 Y Channel catfish Eel mane29l Y ET Y Japanese eel Y American eel ET0826R Y Channa maculata ET-YZH Y Red cichlids ET Y Porgy ET-CD Y Unknown BYK00685 Y 魮 Serpae tetra PPD30/9 Y Sperm whale ETB Y Oscar fish DT N Human ET- N ET- N ET-3 N ET-0605 N ET N ATCC5947 N ATCC23692 N (4) Riboprinter Riboprinter.3.3 数 据 统 计 分 析 : BioNumerics (UPGMA) 0.5%.3.4 核 糖 体 指 纹 图 谱 数 据 库 的 建 立 : BioNumerics Riboprinter Riboprinter E. tarda 2 结 果 与 分 析 2. 菌 株 鉴 定 结 果 Riboprinter 85% ATCC5947 BYK ET ET ET-YZH 0.73 ET mane29l 0.83 DT 0.83 ETB ATCC23692 Riboprinter E. tarda 2.2 Riboprinter 分 型 及 聚 类 分 析 2 E. tarda Et PPD30/9 TX WY37 L-4923 TJ ET-CD ET0826R ET-YZH ETB ATCC5947 ET ET-3 BYK00685 ET0605 DT mane29l ATCC BYK00679 EIB202 ET-QD ET- ET- ET ET GD DNA EcoRⅠ kb 20.0% (ATCC ) BioNumerics 26 E. tarda 3 EIB202 ET-QD TX WY37 L-4923 TJ09088 ET GD ET0826R ET-CD ET- ET- ET-3 ET-0605 ET-89602
4 2252 微 生 物 学 通 报 Microbiol. China 206, Vol.43, No.0 图 Figure 迟 缓 爱 德 华 氏 菌 核 糖 体 分 型 聚 类 分 析 图 Edwardsiella tarda ribotyping clustering analysis 3 讨 论 E. tarda [4] [5-6] E. tarda E. tarda [7-8]
5 : EcoR 2253 (Pulsed-field gel electrophoresis PFGE) (Multi locus sequence typing MLST) [9] Riboprinter TM Southern DNA ATCC JCM DSMZ PFGE MLST [9] Yang [0] 33 E. tarda PFGE DT Yang [0] E. tarda DT BYK00679 PPD30/9 BYK00685 ( ) 85% ATCC5947 BYK Ribotype BYK00685 Riboprinter TM 26 E. tarda E. tarda 7 ATCC23692 PvuⅡ 参 考 文 献 [] Mohanty BR, Sahoo PK. Edwardsiellosis in fish: a brief review[j]. Journal of Biosciences, 2007, 32(S3): [2] White FH, Simpson CF, Williams LE Jr. Isolation of Edwardsiella tarda from aquatic animal species and surface waters in Florida[J]. Journal of Wildlife Diseases, 973, 9(3): [3] Wang YM, Wang QY, Xiao JF, et al. Genetic relationships of Edwardsiella strains isolated in China aquaculture revealed by rep-pcr genomic fingerprinting and investigation of Edwardsiella virulence genes[j]. Journal of Applied Microbiology, 20, (6): [4] Maiti NK, Mandal A, Mohanty S, et al. Phenotypic and genetic characterization of Edwardsiella tarda isolated from pond sediments[j]. Comparative Immunology, Microbiology Infectious Diseases, 2009, 32(): -8 [5] Chen Y, Ross WH, Gray MJ, et al. Attributing risk to Listeria monocytogenes subgroups: dose response in relation to genetic lineages[j]. Journal of Food Protection, 2006, 69(2): [6] Corcoran D, Clancy D, Mahony MO, et al. Comparison of Listeria monocytogenes strain types in Irish smoked salmon and other foods[j]. International Journal of Hygiene and Environmental Health, 2006, 209(6): [7] Tan YP, Lin Q, Wang XH, et al. Comparative proteomic analysis of extracellular proteins of Edwardsiella tarda[j]. Infection and Immunity, 2002, 70(): [8] Liu XJ, Kang LQ, Liu YJ, et al. Characterization of the Edwardsiella tarda proteome in response to different environmental stresses[j]. Journal of Proteomics, 203, 80: [9] Abayneh T, Colquhoun DJ, Sørum H. Multi-locus sequence analysis (MLSA) of Edwardsiella tarda isolates from fish[j]. Veterinary Microbiology, 202, 58(3/4): [0] Yang MJ, Shao S, Xiao JF, et al. Phylogenetic investigation of Edwardsiella tarda with multilocus sequence typing (MLST) and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) typing methods[j]. Aquaculture, 203, 40-4: 79-85
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