Primer Express v3.0 中文操作手冊

Primer Express v3.0 Primers and Probe Design For Real-Time PCR

Primers/Probes Design Guideline TaqMan Probe Primer Probe Primer 離, PCR 50-150 bp G/C % 30-80 % 列 4 G Tm : 68-70 (Quantification assay) 65-67 (Allelic Discrimination assay) Probe 度 : 13~25 bases (TaqMan MGB probe) 13~30 bases (TaqMan probe) 連 6 A 列 5 列不 G ( FAM-dye 5 列 不 G) CGstrandprobe b 3 4 列裡 3 G (GGG-MGB-3 or GGAG-MGB-3 ) a probe 2 CC di-nucleotides a a: TaqMan MGB probe b: 參數 Tm : 58-60 Primer 度 : 20 bases (Optimal) 3 列裡不 2 C+G

Primers & Probes for Quantification Automatically Design Primer Express 3.0 File New TaqMan MGB Quantification TaqMan Quantification OK Tools Add DNA File 列 Add 列 Sequence Tab Copy & Paste 列 * Primer Express Software.dan,.txt,.ab1,.abi, 列 ( 若 列 database download 來, 列 料 )

Double Strand, double stranded DNA sequence Tools 1. Exclude: 不 列 利 Exclude Selected Bases 列 - 不 列 Exclude 見

2. Junction: 列 junction 利 Junction - juction ( 2 bases) Junction 見 來 3. Parameters Tab Primer/Probe Tm Primers/Probe

Sequence TabTools Find Primers/Probes Primers/Probe pairs Primer Express Candidate Primers & Probe pairs search 50 列 Primers / Probes Tab Location 說 primers & probes 列 數 Sequence Tab Primers / Probes Tab Primers/Probe: Probe 藍 Forward Primer Reverse Primer(* 不 )

Primers / Probes TabPrimers/Probe 列 來 2 primer/ probe design guidelinemgb Probe Parameters Tab C G 列 參數 primer/ probe set 行 File Save As primer/ probe set 利 Export Order Info 50 Primers/Probes Export Primers/Probes List 兩 都.txt Excel

Manually Design Primer/Probe Primer/Probe Quantification Document 列 ( 參 3 ) 1. Probe : Sequence Tab Probe 列 highlight 來 ( 25 bases 度 度 列 ) 利 Edit Copy (Ctrl+C) 列 Tools Primer Probe Test Tool document type ( TaqMan MGB Quantification TaqMan Quantification ) Parameter Default 利 Paste (Ctrl+V) 列 Probe 1 欄 列 Tm, %GC 度 : probe 列不 G 列裡 C 數 G 若 Tm (68to 70) Probe 1 欄 不 列 Tm, %GC 度 Probe ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 Probe 列

Probe 列 Sequence Tab Probe 列 highlight 來 利 Edit Annotate Probe probe 列 來 probe 綠 利 Tools Find Primers/Probes Probe Forward / Reverse Primers 若 Primers 行 Forward / Reverse Primers

2. Forward Primer : Sequence Tab Primer 列 highlight 來 ( 25 bases 度 切 Probe 列 ) 利 Edit Copy (Ctrl+C) 列 Tools Primer Probe Test Tool 利 Paste (Ctrl+V) 列 Fwd Primer 欄 列 Tm, %GC 度 Forward Primer Tm 58-60 Tm 不 Fwd Primer 不 列 Tm, %GC 度 Primer ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 列 Fwd Primer 列 Sequence Tab 列 highlight 來 利 Forward Primer 來 Fwd Primer 藍

3. Reverse Primer Sequence Tab Reverse 列 highlight 來 ( 25 bases 度 切 Probe 列 ) 利 Edit Copy Complement 列 Tools Primer Probe Test Tool Rev Primer 欄 Reverse Primer Tm 58-60 Tm 不 Rev Primer 不 列 Tm, %GC 度 Primer ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 列 Rev Primer 列 Sequence Tab 列 highlight 來 利 Reverse Primer 來 Rev Primer

primer/ probe set 利 Copy & Paste text save 來 來參 料 document 行 File Save As

SYBR Green I Primer for Quantification Automatically Design Primer Express 3.0 File New TaqMan MGB Quantification TaqMan Quantification OK Tools Add DNA File 列 Add 列 Sequence Tab Copy & Paste 列 * Primer Express Software.dan,.txt,.ab1,.abi, 列 ( 若 列 database download 來, 列 料 )

Double Strand, double stranded DNA sequence Tools 1. Exclude: 不 列 利 Exclude Selected Bases 列 - 不 列 Exclude 見

2. Junction: 列 junction 利 Junction - juction ( 2 bases) Junction 見 來 3. Parameters Tab Primer Tm Primers

Sequence TabTools Find Primers/Probes Primers/Probe pairs Primer Express Candidate Primers & Probe pairs search 50 列 Primers / Probes Tab 若 行 SYBR Green primer 不 probe 列 參 primer 列 Location 說 primers & probes 列 數 Sequence Tab Primers / Probes Tab Primers/Probe: Probe 藍 Forward Primer Reverse Primer(* 不 )

Primers / Probes Tab Primers/Probe 列 來 2 primer/ probe design guideline * SYBR Green primer primer dimer - Primers / Probes Tab primer set 來 Primer Secondary Structure Hairpin, Self Dimers Cross Dimers 數 GC 例

primers set 行 File Save As primers set 利 Export Order Info 50 Primers/Probes Export Primers/Probes List 兩 都.txt Excel

Manually Design Primer Primer Quantification Document 列 ( 參 13 ) 1. Forward Primer : Sequence Tab Primer 列 highlight 來 ( 25 bases 度 度 列 ) 利 Edit Copy (Ctrl+C) 列 Tools Primer Probe Test Tool document type ( TaqMan MGB Quantification TaqMan Quantification ) Parameter Default 利 Paste (Ctrl+V) 列 Fwd Primer 欄 列 Tm, %GC 度 Forward Primer Tm 58-60 Tm 不 Fwd Primer 不 列 Tm, %GC 度 Primer ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 列

2. Reverse Primer : Sequence Tab Reverse 列 highlight 來 ( 25 bases 度 度 列 ) 利 Edit Copy Complement 列 Tools Primer Probe Test Tool Rev Primer 欄 Reverse Primer Tm 58-60 Tm 不 Rev Primer 不 列 Tm, %GC 度 Primer ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 列

3. SYBR Green primer primer dimer - Primer Probe Test Tool primer set Show Secondary Stucture 來 Primers Hairpin, Self Dimers Cross Dimers 數 GC 例 primer Fwd Primer 列 Sequence Tab 列 highlight 來 利 Forward Primer 來 Fwd Primer 藍

Rev Primer 列 Sequence Tab 列 highlight 來 利 Reverse Primer 來 Rev Primer primer/ probe set 利 Copy & Paste text save 來 來參 料 document 行 File Save As

Primers & Probes for Allelic Discrimination Automatically Design Primer Express 3.0 File New TaqMan MGB Allelic Discrimination TaqMan Allelic Discrimination OK TaqMan MGB probe 更 Tools Add DNA File 列 Add 列 Sequence Tab Copy & Paste 列 * Primer Express Software.dan,.txt,.ab1,.abi, 列 ( 若 列 database download 來, 列 料 )

SNP SNP highlightedit Annotate SNP Target SNP 異 (variant) 例 528 G/A SNP G A R OKSNP r

Tools Find Primers/Probes Primers/Probes pairs Primer Express Candidate Primers & Probes pairs search 50 列 Primers / Probes Tab Location 說 primers & probes 列 數 Sequence Tab Primers / Probes Tab Primers/Probes: Probe 1 綠 Probe 2 (2 Probe 列 綠 ) 藍 Forward Primer Reverse Primer(* 不 )

Primers / Probes TabPrimers/Probe 列 來 2 primer/ probe design guidelinemgb Probe Parameters Tab C G 列 參數 primer/ probe set 行 File Save As primer/ probe set 利 Export Order Info 50 Primers/Probes Export Primers/Probes List 兩 都.txt Excel

Manually Design Primer/Probe Primer/Probe Allelic Discrimination Document 列 ( 參 23 ) 1. Probe for Allele 1: Sequence Tab SNP highlight 來 Edit Annotate SNP Target SNP 異 ( 參 24 ) Probe1 列 highlight 來 ( 13~25 bases 度 ) 利 Edit Copy with Allele 1 (Ctrl+Shift+W) 列 Tools Primer Probe Test Tool document type ( TaqMan MGB Allelic Discrimination TaqMan Allelic Discrimination ) Parameter Default 利 Paste (Ctrl+V) 列 Probe1 欄 Allele 1 variant base ( 例 g ) 列 Tm, %GC 度 : probe 列不 G 列裡 C 數 G

若 Tm (65to 67) Probe 1 欄 不 列 Tm, %GC 度 Probe ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 Probe 列 SNP SNP Probe 列 3 2 base 不 兩 base

2. Probe for Allele 2: Sequence Tab Probe2 列 highlight 來 ( 13~25 bases 度 ) 利 Edit Copy with Allele 2 (Ctrl+Shift+M) 列 Tools Primer Probe Test Tool 利 Paste (Ctrl+V) 列 Probe2 欄 Allele 2 variant base ( 例 a ) 列 Tm, %GC 度 若 Tm (65to 67) Probe 1 欄 不 列 Tm, %GC 度 Probe ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 Probe 列 probe1 probe2 Tm 異不 1

3. Forward Primer : Sequence Tab Primer 列 highlight 來 ( 25 bases 度 切 Probe 列 ) 利 Edit Copy (Ctrl+C) 列 Tools Primer Probe Test Tool 利 Paste (Ctrl+V) 列 Fwd Primer 欄 列 Tm, %GC 度 Forward Primer Tm 58-60 Tm 不 Fwd Primer 不 列 Tm, %GC 度 Primer ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 列

4. Reverse Primer : Sequence Tab Reverse 列 highlight 來 ( 25 bases 度 切 Probe 列 ) 利 Edit Copy Complement 列 Tools Primer Probe Test Tool Rev Primer 欄 Reverse Primer Tm 58-60 Tm 不 Rev Primer 不 列 Tm, %GC 度 Primer ( 參 primer/ probe design guideline) 若 Trim 列 留 列

primer/ probe set 利 Copy & Paste text save 來 來參 料 document 行 File Save As : 0800251326 e-mail TWSupport@appliedbiosystems.com http://www.appliedbiosystems.com.tw