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1 龐然大物錯綜複雜的 生化分子網頁 -- 蛋白質及DNA分子一起來 李大偉 交通大學

2 在網路尋找免費PDB檔案 RCSB Protein Data Bank Myoglobin Carbonmonoxy

3 下載 Myoglobin 的 1AJG.pdb PDB檔案

4 在Jmol安置 1AJG.pdb 將 1AJG.pdb 放入Jmol Applet 如右圖 Width=600 Height=600

5 製作按鈕以顯示二級結構 以彩帶顯示二級結構 按鈕的指令 <input type= "button" value="以彩帶顯示二級 結構" name="b1"> 在此按鈕中加入下一行指令 onclick= " m1.script('select *; wireframe off; spacefill off; backbone off; ribbon on;color atoms structure') "

6 顯示蛋白質分子的指令 根據括弧內的條件上色 color atoms ***** Structure (二級結構 Amino 氨基酸 CPK 原子元素 Chain 分子鏈 white, black, blue, yellow, green, red, orange, cyan, violet [x ], [xff00cc] 分子模型的表示 wireframe (on, off, 數字) spacefill (on, off, 數字 ribbons on, off backbone on, off cartoons on, off 請再做另一個按鈕 以彩帶模 式顯示其氨基酸的順序

7 瞭解蛋白質中氨基酸排列順序的代 號 使用DS Visualizer開啟 1AJG.pdb 先將此 蛋白質改成二級彩帶結構 開啟左邊的分子資訊視窗 選按蛋白質A中第一氨基 酸 VAL1 將其顯示 成CPK模型

8 製作按鈕以顯示第一氨基酸 建立 以彩帶顯示二級結構並顯示第一氨基酸 按鈕的指令 <input type= "button" value= "以彩帶顯示二級結構並顯示第一氨基 酸" name="b3"> 在此按鈕中加入下一行指令 onclick= " m1.script('select *; wireframe off; spacefill off; backbone off; ribbon on; color atoms structure; select VAL1; spacefill on; color atom CPK ') " > 請再做另一個按鈕 以彩帶顯示二級 結構並顯示最後1個氨基酸

9 瞭解蛋白質中血紅素及CO的代號

10 製作按鈕 以卡通示意顯示二級結構 並顯示血紅素及CO分子 建立 以卡通示意顯示二級結構並顯示血紅素及CO分子 按鈕的指令 <input type= "button" value= "以卡通示意顯示二級結構並顯示血紅素及CO分子" name="b5"> 在此按鈕中加入下一行指令 onclick= m1.script('select *; spacefill off;wireframe off;ribbon off; cartoon on; color atom structure; select HEM154 or CMO155;wireframe 50;spacefill 120;color atom CPK')" >

11 觀察 血紅素分子及與血紅蛋白產 生化學鍵的胺基酸 HIS93 建立 以卡通示意顯示二級結構並顯示血紅素 CO及 與血紅素產生化學鍵的胺基酸 按鈕的指令

12 製作按鈕 單獨以放大的形式顯示 血紅素及CO分子 建立 單獨以放大的形式顯示血紅素及CO分子 按鈕的指令 <input type= "button" value= "單獨以放大的形式顯示血紅素及CO分子" name="b7"> 在此按鈕中加入下一行指令 onclick= " m1.script('select *; spacefill off;wireframe off;ribbon off; cartoon off; select HEM154 or CMO155;wireframe 50;spacefill 120;color atom CPK; zoom 0') " > 此指令將選擇展示的部分 分子團放置在Jmol視窗的 正中央並放大至充滿整個 視窗

13 Zoom 常用的語法 zoom IN Zooms IN by a factor of 2 over the course of 1 second. zoom OUT Zooms OUT by a factor of 2 over the course of 1 second. zoom ON/OFF{default: ON} zoom [percent-zoom] Zooms to the specified percent zoom zoom 0 Zooms to the setting that fills the screen with the currently displayed atoms.

14 檢視Fe C及O的原子編號 Fe的原子編號 C的原子編號 O的原子編號

15 製作按鈕 單獨以放大的形式顯示血紅素 及CO分子 並量測Fe-C-O的鍵角 建立 單獨以放大的形式顯示血紅素及CO分子 並量測Fe-C-O的鍵 角 按鈕的指令 <input type= "button" value= "單獨以放大的形式顯示血紅素及CO分子 並量 測Fe-C-O的鍵角" name="b8"> 在此按鈕中加入下一行指令 onclick= m1.script(select *; spacefill off;wireframe off;ribbon off; cartoon off;select HEM154 or CMO155;wireframe 50;spacefill 120;color atom CPK; zoom 0; measure ')" > 建立 單獨以放大的形式顯示血紅素及CO分子 並量測Fe-O的距離 按鈕的指令

16 Measure 常用語法 measure (integer) (integer) "labelformat" measure (integer) (integer) (integer) "labelformat" Two atoms specify a distance measurement with an optionally given format. Prior to Jmol 11.8, this older syntax selected the first atom in the overall set of models with the given atom number. Starting with Jmol 11.8, this syntax selects the first atom in the currently visible frame set. Three atoms specify an angle measurement. The format is optional. Prior to Jmol 11.8, this older syntax selected the first atom in the overall set of models with the given atom number. Starting with Jmol 11.8, this syntax selects the first atom in the currently visible frame set. measure (integer) (integer) (integer) (integer) "labelformat" Four atoms specify a dihedral angle measurement. The format is optional. Prior to Jmol 11.8, this older syntax selected the first atom in the overall set of models with the given atom number. Starting with Jmol 11.8, this syntax selects the first atom in the currently visible frame set.

17 Jmol 常用的互動Rasmol語言

18 Week HW1 分子的初始模式為大球CPK型分子 請在此Jmol下面放入以下9個按鈕 以彩帶顯示二級結構 (5%) 以彩帶模式顯示其氨基酸的順序(5%) 以彩帶顯示二級結構並顯示第1個氨基酸 (5%) VAL1 需以大球CPK模型及CPK上色 以彩帶顯示二級結構並顯示最後1個氨基酸 (5%) 以卡通示意顯示二級結構並顯示血紅素及CO分子(5%) 以卡通示意顯示二級結構並顯示血紅素 CO及與血紅素產生化學鍵的胺基酸(5%) 單獨以放大的形式顯示血紅素及CO分子(5%) 單獨以放大的形式顯示血紅素及CO分子 並量測Fe-C-O的鍵角(5%) 單獨以放大的形式顯示血紅素及CO分子 並量測FeO的距離(5%)

19 繼續在PDB尋找蛋白質與DNA結合體 RCSB Protein Data Bank 1GT0

20 下載PDB檔案

21 在Jmol安置 1GT0.pdb 將 1GT0.pdb 放入Jmol Applet 如右圖 Width=600 Height=600

22 製作按鈕以不同圖示顯示二級結構 以彩帶顯示二級結構 按鈕的指令 在此按鈕中加入下一行指令 <input type= "button" value= 以卡通示意顯示二級結構" name="b11"> 在此按鈕中加入下一行指令 onclick="m2.script('select *; wireframe off; spacefill off; backbone off; ribbon on;color atoms structure')" 以卡通示意顯示二級結構 按鈕的指令 <input type= "button" value= 以彩帶顯示二級結構" name="b10"> onclick="m2.script('select *; wireframe off; spacefill off; backbone off; cartoon on;color atoms structure')" 看看此兩圖有何不同

23 瞭解此DNA中 ATGC 的代號 使用DS Visualizer 開啟 1GT0.pdb 選按 Window New Hierarchy Window 選按DNA中第一鹼基 DT1 選按DNA中第二鹼基 DT2

24 製作按鈕以顯示DNA不同的鹼基 以卡通示意顯示二級結構並顯示不同的鹼基 按鈕的指令 <input type= "button" value="以卡通示意顯示二級結構並顯示不同的鹼基" name="b12"> 在此按鈕中加入下一行指令 onclick="m2.script('select *; wireframe off; spacefill off; backbone off; cartoon on;color atoms structure; select DA*;color atoms yellow; select DT*;color atoms [xff0012];..') ">

25 Week HW2 分子的初始模式為大球CPK型分子 請在此Jmol下面先放上5個按鈕 以彩帶顯示二級結構 (5%) 以卡通示意顯示二級結構 (5%) 以卡通示意顯示二級結構並顯示不同的鹼基 (5%) 以卡通示意顯示二級結構 顯示蛋白質上第一氨基酸及最後氨基酸 (5%) DNA不同的鹼基需以不同顏色表示 第一氨基酸及最後氨基酸需以大球CPK模型及CPK上色 以卡通示意顯示二級結構 顯示兩段DNA上每個第一個鹼基 (5%) DNA不同的鹼基需以不同顏色表示 兩段DNA上每個第一個鹼基需以大球CPK模型及CPK上色

26 Week HW3 請到 PDB資料庫網站 找到 1LL2.pdb 將其下載至 WWW/jmol-hw3 放入1張長為600 寬為600的Jmol Applet Total 30% 接著 請做出下列按鈕 按鈕1內容 以彩帶顯示其二級結構 所有的原子皆隱藏 只有蛋白質分子以彩帶顯示二級結構 所有分子靜 止不動 5% 按鈕2內容 以彩帶模式顯示其氨基酸的順序 所有的原子皆隱藏 只有蛋白質分子以彩帶模式顯示其氨基酸 的順序 所有分子靜止不動 5% 按鈕3內容 以卡通示意顯示二級結構並顯示第一氨基酸 所有的原子皆隱藏 只有蛋白質分子以卡通模式顯 示其二級結構 同時 第一個氨基酸以球棒模型顯示(wireframe 50;spacefill 120) 色彩需依照元素上色 所 有分子開始旋轉 5% 按鈕4內容 以卡通示意顯示二級結構並顯示最後一個氨基酸 所有的原子皆隱藏 只有蛋白質分子以卡通模 式顯示其二級結構 同時 最後一個氨基酸以球棒模型顯示(wireframe 50;spacefill 120) 色彩需依照元素上 色 所有分子開始旋轉 5% 按鈕5內容 以卡通示意顯示二級結構並顯示合成肝糖的反應中間物UPG334 所有的原子皆隱藏 包括所有 的水分子 只有蛋白質分子以卡通模式顯示其二級結構 同時 合成肝糖的反應中間物UPG334以球棒模型顯 示(wireframe 50;spacefill 120) 色彩需依照元素上色 提示 合成肝糖的反應中間物UPG334其代號為 UPG334* 分子停止旋轉 5% 按鈕6內容 以卡通示意顯示二級結構並顯示所有水分子團 所有的原子皆隱藏 包括合成肝糖的反應中間物 UPG334 只有蛋白質分子以卡通模式顯示其二級結構 同時 所有水分子團以大球模型顯示(spacefill on) 色彩需依照元素上色 分子停止旋轉 水分子團的來自此蛋白質結晶時的溶劑 5%

27 Week 作業繳交方式 請在6月3日午夜十二點 以前 在WORD上寫清 楚自己的網址 傳上ECAMPUS的 WEEK 隨堂作中學的作業 6月3日午夜十二點以前繳 交滿分100分 6月3日午夜十二點以後就 不需要繳交 以0分計算

28 Rasmol script可以作更多 好玩的展示 顯示不同顏色的背景 background [x ]; 顯示不同型態 線狀分子 select *; wireframe on 棒狀分子 select *; wireframe 100 大球形分子 select *; spacefill on 小球形分子 select *; spacefill 100 旋轉分子 設定以x y或z為轉 軸 每秒轉的角度 set spinx 5 set spiny 5 set spinz 5 啟動或關閉分子旋轉 模式 spin on spin off

29 Rasmol語言以原子的元素符號選 定原子 顯示氯原子 select *; spacefill off; select Cl*; spacefill 100 同顯示氧原子及氮原子 select *; spacefill off; select (O*) or (N*); spacefill 100 良心的建議 為了避免前一次模型設定留下來的影響 我通常會所有 指令先前放下列這段指令 其目的先將所有的原子隱形 以便顯示所 要的特效 在此之後的內容若見 即為 select *; spacefill off; wirframe off; ribbons off

30 Rasmol語言以原子的編號選定原子 顯示一號原子 同時顯示一號及五號兩個原子 select (atomno=1) or (atomno=5); spacefill 100 同時顯示一號至五號的所有原子 select atomno=1; spacefill 100 select (atomno>=1) and (atomno<=5); spacefill 100 顯示距離一號原子Å半徑內的所有原子 select within (3.0, atomno=1); spacefill 100

31 Rasmol語言以分子的編號選定分 子 顯示一 (A)號分子 同時顯示一(A)號及五(E)號兩個分子 select (molecule>=1) and (molecule<=5); spacefill 100 顯示一(A)號分子中的所有的C原子 select (molecule=1) or (molecule=5); spacefill 100 同時顯示一(A)號至五(E)的所有分子 select molecule=1; spacefill 100 select (molecule =1) and (C*); spacefill on 顯示一(A)號分子中的GLU1原子團 select (molecule =1) and (GLU1); spacefill on

32 Jmol 常用的互動Rasmol語言

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