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- 汛牙 邵
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1 学 校 编 码 :10384 分 类 号 密 级 学 号 : UDC 硕 士 学 位 论 文 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 数 据 预 处 理 方 法 及 其 在 糖 尿 病 研 究 中 的 应 用 NMR-based Metabonomics Data Preprocess Methods and Its Application on Diabetes Mellitus Study 温 锦 波 指 导 教 师 姓 名 : 陈 忠 教 授 专 业 名 称 : 无 线 电 物 理 论 文 提 交 日 期 :2007 年 6 月 论 文 答 辩 时 间 :2007 年 6 月 学 位 授 予 日 期 :2007 年 月 答 辩 委 员 会 主 席 : 评 阅 人 : 2006 年 6 月
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3 厦 门 大 学 学 位 论 文 原 创 性 声 明 兹 呈 交 的 学 位 论 文, 是 本 人 在 导 师 指 导 下 独 立 完 成 的 研 究 成 果 本 人 在 论 文 写 作 中 参 考 的 其 他 个 人 或 集 体 的 研 究 成 果, 均 在 文 中 以 明 确 方 式 标 明 本 人 依 法 享 有 和 承 担 由 此 论 文 而 产 生 的 权 利 和 责 任 声 明 人 ( 签 名 ): 2007 年 6 月 15 日
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5 厦 门 大 学 学 位 论 文 著 作 权 使 用 声 明 本 人 完 全 了 解 厦 门 大 学 有 关 保 留 使 用 学 位 论 文 的 规 定 厦 门 大 学 有 权 保 留 并 向 国 家 主 管 部 门 或 其 指 定 机 构 送 交 论 文 的 纸 质 版 和 电 子 版, 有 权 将 学 位 论 文 用 于 非 赢 利 目 的 的 少 量 复 制 并 允 许 论 文 进 入 学 校 图 书 馆 被 查 阅, 有 权 将 学 位 论 文 的 内 容 编 入 有 关 数 据 库 进 行 检 索, 有 权 将 学 位 论 文 的 标 题 和 摘 要 汇 编 出 版 保 密 的 学 位 论 文 在 解 密 后 适 用 本 规 定 本 学 位 论 文 属 于 1 保 密 ( ), 在 年 解 密 后 适 用 本 授 权 书 2 不 保 密 ( ) ( 请 在 以 上 相 应 括 号 内 打 ) 作 者 签 名 : 日 期 : 年 月 日 导 师 签 名 : 日 期 : 年 月 日
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7 目 录 中 文 摘 要 i 英 文 摘 要 iii 第 一 章 绪 论 引 言 本 文 的 主 要 工 作 4 参 考 文 献 5 第 二 章 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 的 分 析 步 骤 生 物 样 本 收 集 与 制 备 数 据 预 处 理 数 据 多 统 计 元 分 析 生 物 机 理 分 析 本 章 小 结 18 参 考 文 献 18 第 三 章 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 的 糖 尿 病 研 究 糖 尿 病 简 介 型 糖 尿 病 鼠 特 征 代 谢 物 分 析 材 料 与 方 法 结 果 分 析 与 讨 论 型 糖 尿 病 人 体 特 征 代 谢 物 分 析 材 料 与 方 法 结 果 分 析 与 讨 论 本 章 小 结 33 参 考 文 献 33
8 第 四 章 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 的 数 据 预 处 理 方 法 研 究 不 同 归 一 化 方 法 的 分 析 归 一 化 方 法 描 述 归 一 化 方 法 对 比 不 同 标 准 化 方 法 的 分 析 标 准 化 方 法 描 述 标 准 化 方 法 对 比 变 量 选 择 优 化 代 谢 数 据 组 生 物 与 遗 传 算 法 基 于 R 值 的 遗 传 算 法 设 计 结 果 分 析 与 讨 论 本 章 小 结 52 参 考 文 献 53 第 五 章 总 结 与 展 望 本 文 总 结 展 望 56 论 文 发 表 情 况 58 致 谢 59
9 CONTENTS Abstract in Chinese i Abstract in English iii Chapter 1 Preface Introduction Main works of this dissertation 4 References 5 Chapter 2 Analysis process of NMR-based metabonomics Sample collection and preparation Data preprocess Data multi-analysis Biological mechanism analysis Conclusions 18 References 18 Chapter 3 Study of diabetes mellitus using NMR-based metabonomics Introduction of diabetes mellitus Analysis of diabetes 1 rat s charactaristic metabolites Material and methods Results and discussions Analysis of diabetes 2 human s charactaristic metabolites Material and methods Results and discussions Conclusions 33
10 References 33 Chapter 4 Analysis of preprocess methods of NMR-based metabonomics data Analysis of different normalization methods Introduction of different normalization methods Analysis of normalization methods Analysis of different scaling methods Introduction of scaling methods Analysis of scaling methods Optimization of metabonomics data by variable selectio Evolution and genetic algorithm Designing genetic algorithm based on parameter R Results and discussions Conclusions 52 References 53 Chapter 5 Summary and prospect Summary Prospect 56 Publications 58 Acknowledgements 59
11 作 者 姓 名 : 温 锦 波 论 文 题 目 : 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 的 数 据 预 处 理 方 法 及 其 在 糖 尿 病 研 究 中 的 应 用 作 者 简 介 : 温 锦 波, 男,1982 年 04 月 出 生,2004 年 9 月 师 从 于 厦 门 大 学 陈 忠 教 授, 于 2007 年 月 获 硕 士 学 位 中 文 摘 要 自 从 1999 年 Nicholson 及 其 同 事 在 核 磁 共 振 (NMR) 研 究 的 基 础 上 提 出 代 谢 组 学 (Metabonomics) 以 来, 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 得 到 了 迅 速 地 发 展 由 于 机 体 病 理 的 变 化, 代 谢 产 物 产 生 了 某 些 相 应 的 变 化, 利 用 NMR 手 段 就 可 以 检 测 到 这 些 代 谢 产 物 的 变 化 对 NMR 数 据 采 用 适 当 的 化 学 计 量 学 和 多 元 变 量 分 析 方 法, 提 取 丰 富 的 特 征 代 谢 物 信 息, 进 行 疾 病 的 诊 断 与 病 理 的 分 析 同 时, 数 据 预 处 理 是 代 谢 组 学 分 析 的 关 键 步 骤 之 一, 尤 其 是 数 据 归 一 化 与 标 准 化 如 何 选 择 合 适 的 预 处 理 方 法 已 成 为 代 谢 组 学 数 据 处 理 研 究 热 点 本 文 利 用 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 方 法 研 究 糖 尿 病, 对 比 分 析 各 种 代 谢 组 学 数 据 归 一 化 与 标 准 化 方 法, 并 在 数 据 预 处 理 过 程 中 引 入 变 量 选 择 方 法 优 化 代 谢 组 学 数 据 组 本 文 的 主 要 内 容 如 下 : 1. 利 用 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 方 法 研 究 糖 尿 病, 建 立 1 型 糖 尿 病 鼠 代 谢 模 型, 并 分 析 1 型 糖 尿 病 鼠 尿 液 特 征 代 谢 物 ; 同 时 建 立 2 型 糖 尿 病 人 体 代 谢 模 型, 分 析 2 型 糖 尿 病 人 体 血 液 特 征 代 谢 物 2. 对 比 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 数 据 预 处 理 中 常 用 的 三 种 归 一 化 与 标 准 化 方 法, 评 价 各 种 方 法 的 优 缺 点 与 适 用 性, 并 分 析 其 对 代 谢 组 学 数 据 多 元 分 析 结 果 与 最 终 建 立 的 代 谢 模 型 的 影 响 3. 结 合 本 文 提 出 的 判 别 标 准 -R 值, 设 计 相 应 的 适 应 度 函 数, 在 代 谢 组 学 数 据 预 处 理 过 程 中, 引 入 遗 传 算 法 作 为 变 量 选 择 方 法 优 化 变 量 数 据 组 i
12 关 键 词 : 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 ; 数 据 预 处 理 ; 糖 尿 病 ii
13 NMR-based Metabonomics Data Preprocess Methods and Its Application on Diabetes Mellitus Study Wen Jinbo ABSTRACT The NMR-based metabonomics approach evolved from the pioneering work of Nicholson and co-workers in 1999 has become a novel analytical technique. NMR-based metabonomics is a systems approach for studying in vivo metabolic profiles, which can provide information on disease processes at several stages in the discovery-and-development process by detecting change of the metabolites. While, data preprocess, as normalization and scaling, is one of the key step of metabonomics analysis, there are lots of preprocess methods, however only the appropriate one can get the accurate result. Using NMR-based metabonomics as a useful analytical technique, diabetes mellitus was studied in our work. The applicability of prevalent metabonomics data normalization and scaling methods was analyzed. At the same time, variable selection methods were introduced to the data pretreatments to optimize the metabonomics data. The main results are summarized as follows: First, we studied diabetes mellitus using 1 H-NMR-based metabonomics, established metabolic profiling of type 1 diabetic SD rats and identified the characteristic metabolites, also established metabolic profiling of type 2 diabetic patients and identified the characteristic metabolites. Second, we discussed the properties of different NMR-based metabonomics data normalization and scaling methods, analyzing their merits, drawbacks and applicability, analyzing their effects to the outcome of data multi-analysis. iii
14 Third, we designed a fitness function based on genetic algorithm (GA), combined with parameter R which defined to evaluate the quality of PC scoring plot. GA was used to improve the data clustering quality as a variable selection method. Keywords: NMR-based metabonomics; Diabetes mellitus (DM); Data preprocess iv
15 第 一 章 绪 论 1.1 引 言 [1] 代 谢 组 学 是 和 基 因 组 学 转 录 组 学 蛋 白 质 组 学 并 列 的 组 学 概 念, 是 目 前 生 物 学 和 药 物 学 领 域 发 展 最 快 的 学 科 之 一 代 谢 组 学 作 为 一 门 新 发 展 的 技 术, 它 是 通 过 考 察 生 物 体 系 受 刺 激 或 扰 动 后 ( 如 某 个 特 定 的 基 因 变 异 或 环 境 变 化 ) 其 代 谢 产 物 的 组 成 及 其 随 时 间 的 变 化, 来 研 究 生 物 体 系 代 谢 途 径 的 一 种 技 术 [2], 它 的 具 体 含 义 是 : 运 用 核 磁 共 振 (NMR) 质 谱 (MS) 气 质 联 用 技 术 (GC/MS) 高 效 液 相 色 谱 (HPLC) 等 先 进 的 分 析 技 术, 通 过 对 细 胞 提 取 物 组 织 提 取 物 和 生 物 体 液 ( 血 浆 血 清 尿 液 汗 液 胆 汁 脑 脊 液 等 ) 随 时 间 改 变 的 代 谢 物 进 行 检 测, 结 合 有 效 的 模 式 识 别 方 法 进 行 确 定 定 量 和 分 类, 并 将 这 些 代 谢 信 息 与 病 理 生 理 过 程 中 生 物 学 事 件 关 联 起 来, 从 而 了 解 机 体 生 命 活 动 的 代 谢 过 程 [2,3] 作 为 众 多 化 学 分 析 方 法 中 的 一 种,NMR 在 代 谢 物 组 学 的 研 究 中 起 着 非 常 重 要 的 作 用 这 主 要 取 决 于 NMR 所 具 有 的 优 势 : 首 先, 用 NMR 分 析 生 物 体 液 等 复 杂 混 合 物 时 样 品 的 预 处 理 简 单, 测 试 手 段 丰 富, 包 括 液 体 高 分 辨 NMR 高 分 辨 魔 角 旋 转 (HR-MAS) NMR 和 活 体 核 磁 共 振 定 域 谱 (MRS), 因 此, 能 够 在 最 接 近 生 理 状 态 的 条 件 下 对 不 同 类 型 的 样 品 进 行 检 测 其 次,NMR 是 一 种 无 损 的 多 参 数 和 动 态 分 析 技 术, 它 同 时 具 有 定 性 分 析 和 定 量 分 析 功 能, 并 且 通 过 单 次 检 测 可 以 得 到 所 有 含 量 在 NMR 检 测 限 以 上 的 物 质 ( 含 有 NMR 可 观 测 核 的 物 质 ) 的 特 征 NMR 谱, 以 及 这 些 物 质 在 整 个 刺 激 周 期 中 的 动 态 变 化, 而 且 NMR 谱 携 带 有 丰 富 的 分 子 结 构 和 动 力 学 信 息 ; 再 次,NMR 检 测 可 以 在 很 短 的 时 间 内 完 成 ( 一 般 5~10 min), 这 对 于 实 现 高 通 量 样 品 检 测 和 保 证 样 品 在 检 测 期 内 维 持 原 有 性 质 是 至 关 重 要 的 此 外, 流 动 探 头 自 动 进 样 技 术 和 自 动 NMR 谱 处 理 技 术 的 出 现 和 不 断 完 善, 也 使 检 测 速 度 和 准 确 性 不 断 提 高 而 且, 核 磁 共 振 手 段 灵 活 多 变, 通 过 操 控 脉 冲 序 列 我 们 可 以 获 得 多 种 多 样 的 信 息 例 如 代 谢 组 学 中 常 用 到 的 谱 图 编 辑 手 段 [4,5] : 单 脉 冲 CPMG(Carr-Purcell-Meiboom-Gill) 和 扩 散 加 权 序 列, 可 以 分 别 获 得 样 品 中 不 同 官 能 团 不 同 分 子 量 或 不 同 存 在 状 态 的 分 子 1 H NMR 谱 1
16 第 一 章 绪 论 自 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 提 出 以 来, 引 起 了 各 国 科 学 家 的 极 大 兴 趣, 广 泛 的 应 用 于 各 个 领 域 [6-19], 如 疾 病 诊 断 [6-10], 药 物 开 发 [11-13], 植 物 代 谢 组 学 [14-16], 营 养 科 学 [17-19] 与 微 生 物 代 谢 组 学 等 方 面 的 研 究 基 于 NMR 的 代 谢 组 学 在 疾 病 诊 断 中 的 应 用 发 展 迅 速 由 于 机 体 病 例 的 变 化, 代 谢 产 物 也 产 生 了 某 种 相 应 的 变 化 同 时, 机 体 任 何 部 分 出 现 异 常 状 态, 在 体 液 的 组 成 成 分 上 都 会 有 反 映 利 用 核 磁 共 振 手 段 就 可 以 检 测 到 这 些 变 化, 对 NMR 数 据 采 用 适 当 的 化 学 计 量 学 和 多 元 变 量 分 析 方 法, 能 够 提 取 丰 富 的 特 征 代 谢 物 信 息, 这 些 特 征 代 谢 物 信 息 有 助 于 疾 病 的 诊 断 与 病 理 的 分 析 相 对 于 传 统 的 医 疗 诊 断 方 法, 代 谢 组 学 方 法 具 有 无 创 性 及 样 品 制 备 简 单 等 优 点, 因 此 其 应 用 范 围 涵 盖 了 先 天 性 代 谢 缺 陷 肾 脏 和 肝 脏 移 植 Alzheimer 疾 病 癌 症 等 广 泛 的 领 域 [20-22] 其 中 典 型 的 例 子 是 冠 心 病 的 研 究 冠 心 病 以 前 主 要 通 过 血 管 造 影 术 来 诊 断, 该 方 法 不 仅 昂 贵, 而 且 伴 随 有 不 良 反 应, 甚 至 可 能 导 致 死 亡 而 Brindle 等 [8] 用 代 谢 组 学 方 法 用 于 冠 心 病 诊 断, 结 果 显 示 经 过 正 交 信 号 校 正 (OSC) 的 模 式 识 别 方 法 能 很 好 的 区 分 重 症 冠 心 病 ( 三 支 血 管 疾 病,TVD) 病 人 和 冠 状 动 脉 正 常 人 的 血 清 另 外, 对 于 传 统 的 测 量 血 压 总 胆 固 醇 总 甘 油 三 脂 纤 维 蛋 白 素 原 白 细 胞 数 量 等 冠 心 病 危 险 度 因 子 (Risk Factor) 无 法 区 分 的 不 同 程 度 的 冠 心 病, 代 谢 组 学 方 法 也 能 很 好 的 区 分, 并 且 通 过 回 归 分 析, 发 现 VLDL LDL HDL 和 胆 碱 等 是 导 致 两 者 区 分 的 主 要 因 素 他 们 也 用 代 谢 组 学 方 法 对 不 同 程 度 的 高 血 压 病 人 作 了 研 究 [23], 发 现 导 致 不 同 收 缩 压 (Systolic Blood Pressure, SBP) 的 因 素 是 血 清 中 脂 蛋 白 颗 粒 的 组 成, 如 脂 肪 酸 侧 链 的 不 饱 和 度 脂 蛋 白 分 子 之 间 相 互 作 用 的 强 度, 而 不 是 脂 类 的 绝 对 含 量 多 种 癌 症 [11,24] ( 乳 腺 癌 卵 巢 癌 肝 癌 前 列 腺 癌 脑 肿 瘤 ) 先 天 性 障 碍 [20-22] 等 疾 病 在 代 谢 组 学 方 法 的 指 引 下 也 有 了 许 多 新 的 发 现 可 以 预 见, 代 谢 组 学 在 分 子 病 理 和 疾 病 诊 断 等 领 域 将 有 广 阔 的 应 用 前 景 糖 尿 病 (diabetes mellitus,dm) [25] 是 以 糖 代 谢 失 常 为 主 要 表 现 的 一 种 常 见 的 内 分 泌 性 代 谢 疾 病 其 主 要 病 理 生 理 变 化 为 胰 岛 素 的 绝 对 不 足 或 胰 岛 素 效 应 降 低 引 起 的 糖 蛋 白 质 脂 肪 水 及 电 解 质 等 代 谢 紊 乱, 可 分 为 胰 岛 素 依 赖 型 糖 尿 病 (IDDM, 称 为 1 型 ) 和 非 胰 岛 素 依 赖 型 糖 尿 病 (NIDDM, 称 为 2 型 ) 糖 尿 病 通 常 所 表 现 的 是 整 体 的 代 谢 紊 乱, 也 称 为 代 谢 综 合 症 由 于 糖 尿 病 是 代 谢 紊 乱 性 疾 病, 所 以 从 生 物 体 液 中 代 谢 物 的 角 度 研 究 是 一 个 很 好 的 渠 道 生 物 体 液 中 的 代 谢 物 与 细 胞 和 组 2
17 Degree papers are in the Xiamen University Electronic Theses and Dissertations Database. Full texts are available in the following ways: 1. If your library is a CALIS member libraries, please log on and submit requests online, or consult the interlibrary loan department in your library. 2. For users of non-calis member libraries, please mail to etd@xmu.edu.cn for delivery details.
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