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1 個 人 化 醫 療 檢 測 之 研 發 陳 怡 芳 博 士

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6 Human Genome Project 解 讀 構 成 人 類 二 十 三 對 染 色 體 所 記 錄 的 鹼 基 (nucleotide), 並 尋 找 出 多 達 十 四 萬 各 別 基 因 (gene) 的 位 置 及 功 能 成 功 地 將 去 氧 核 醣 核 酸 (DNA) 上 約 三 十 億 個 核 苷 酸 單 元 (A C T G) 的 排 列 順 序 定 出

7 Gene & Disease 人 類 至 少 有 四 千 多 種 以 上 的 疾 病 與 基 因 的 變 異 有 關 約 1000 種 基 因 與 100~150 種 人 類 常 見 疾 病 相 關, 絕 大 部 分 未 被 發 現 約 5000 種 基 因 與 人 類 罕 見 疾 病 相 關, 僅 1/3 左 右 被 報 告

8 Causes of Genetics Disease Gene Environment Gatekeeper Gene Caretaker Gene Exogenous Agents Endogenous Agents and Mechanism

9 Central Theory

10 個 人 化 醫 療 以 適 合 於 個 人 且 依 個 體 基 因 型 (SNP) 及 基 因 表 現 (mrna) 之 差 異, 對 每 一 獨 立 個 體 進 行 特 異 性 的 醫 療 行 為 藉 由 基 因 檢 測 技 術 針 對 個 體 差 異 的 基 因 型 (SNP) 和 參 與 各 項 基 因 疾 病 分 子 機 轉 有 關 的 基 因 表 現 變 化 (mrna) 進 行 分 析 可 提 高 臨 床 各 種 基 因 疾 病 的 正 確 診 斷 率, 對 疾 病 預 後 評 估 及 用 藥 也 可 更 有 效 益

11 個 人 化 醫 療 檢 測 藉 基 因 檢 測 技 術 針 對 個 體 差 異 的 基 因 型 (DNA) 和 參 與 各 項 基 因 疾 病 分 子 機 轉 有 關 的 基 因 表 現 變 化 (mrna) 進 行 分 析, 藉 此 了 解 個 體 之 獨 特 性 表 現, 並 將 此 部 分 結 果 應 用 於 臨 床 養 生 保 健 與 疾 病 診 治

12 個 人 化 醫 療 檢 測 開 發

13 疾 病 為 何 找 上 門?! 醫 生, 我 生 活 作 息 正 常, 為 什 麼 還 是 會 得 糖 尿 病 呢? 病 恩 ~~ 是 你 體 質 比 較 不 好 喔!!!!!! 原 來 會 不 會 得 病! 跟 體 質 有 關 啊 GCTAATCC GCTAATCC

14 體 質 是 什 麼? 體 質 即 代 表 了 個 體 的 基 因 差 異, 因 為 這 種 根 本 的 DNA 序 列 不 同 造 就 了 每 個 人 對 於 各 式 疾 病 罹 患 率 的 差 別 體 質 = 個 體 基 因 型 差 異

15 個 體 基 因 差 異 基 因 多 型 性 你 我 體 內 的 基 因 都 相 同 嗎?! 不! 不 同 的! 在 不 同 個 體 間 的 基 因 皆 有 著 差 異, 統 稱 為 基 因 多 型 性 參 考 文 獻 :B. Bessenyei, 2004;Barkur S., 2002 我 有 好 的 基 因 型 我 有 壞 的 基 因 型 AAT AGT 好 體 質 壞 體 質 疾 病 低 發 生 率 者 疾 病 好 發 者

16 轉 錄 作 用 ( 轉 錄 剪 裁 RNA) RNA polymerase III DNA trna trna ( 攜 送 RNA) rrna mrna ( 傳 訊 RNA) 轉 譯 作 用 ( 合 成 蛋 白 質 ) trna 攜 帶 氨 基 酸 氨 基 酸 至 核 醣 體 合 成 蛋 白 質 mrna mrna trna rrna 蛋 白 蛋 質 白 質 核 糖 體 核 醣 體 RNA 插 入 子 表 現 子 DNA hnrna 細 胞 核 rrna ( 核 醣 體 RNA) nuclear pore mrna 運 送 至 細 胞 質 細 胞 膜 細 胞 質 圖 二. 真 核 細 胞 的 轉 錄 及 轉 譯 作 用

17 Major Categories of Genetic Disease 1) Single gene disorders: Rare 正 常 細 胞 疾 病 細 胞 2) Polygenic disorders: Common 正 常 細 胞 癌 細 胞

18 DNA damage mutation Disease

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23 Molecular genetic approaches to the identification of genes involved in diseases (A) Searching for a chromosomal region containing a susceptibility gene Linkage study (families with two or more affected siblings) (B) Candidate genes: family study (sib-pair study) case-control study (association study)

24 Our study aim Development the technique to analyze the susceptibility genes of chronic diseases ( Cancer, Diabetes, Cardiovascular diseases, Dementia) in Taiwan

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26 Susceptibility genes from reference Cancer Diabetes Cardiovascular diseases ATM MDM2 SMYD3 BRCA CYP1A1 CYP19 SMYD3 APC CCND1 MYH PPAR-γ PGC-1 ABCC AGT enos ADRB 2 ADRB 3 CAPN-10 MBL2 ApoE HRAS1 MTHFR Tp53 ACE AGT AGTR1 CETP MTHFR Apo C Apo E SCN5A Dementia APP ApoE PSEN1 PSEN2 LRP1 TF HFE ACE IL1A HLA-A MPO A2M SEL1L

27 Data Collection and SNP defined Diabetes Gene Name PPAR-γ PGC-1 ABCC exon18 ABCC exon31 AGT enos ADRB 2 ADRB 3 CAPN-10 MBL2 ApoE Risk AA/PA AA AA/AG X AA AA/AG TT TT/MT TT/TG AA X GG AA/AG E4 carrier

28 Specimen Normal (n=300) DM (n=706) P Age ± ± Sex (male female) BMI ± ± 3.86 < Waist ± ± 9.58 < SBP (mmhg) ± ± DBP (mmhg) ± ± Chol (mg/dl) ± ± < TG (mg/dl) ± ± < LDL (mg/dl) ± ± < HDL (mg/dl) ± ± < UA (mg/dl) 5.39 ± ± GPT ± ± Sugar (AC) (mg/dl) ± ± < Insulin 8.37 ± ± hscrp 1.69 ± ±

29 Result Gene Name Risk OR PPAR-γ AA/PA PGC-1 AA 4.44 < AA/AG 1.88 < ABCC exon18 X ABCC exon31 AA 3.79 < AA/AG 2.14 < AGT TT 3.46 < TT/MT enos TT/TG ADRB 2 AA ADRB 3 X CAPN-10 GG 1.99 < MBL2 AA/AG 1.91 < ApoE E4 carrier P

30 Miss Wang, age: 60, durations of diabetes: 24 years PPARr: (AP) PGC-1: (AG) ABCC(18) : (CT) ABCC(31): (AA) AGT: (TM ) enos: (TT) ADRB2: (GG) ADRB3: (TT) CAPN-10: (AA) ApoE: (E3E3) MBL2: (GG) ACE: ID

31 Mr Chen, age: 60, durations of diabetes: 4 years PPARr: (AP) PGC-1: (AA) ABCC(18) : (CT) ABCC(31): (AA) AGT: (TT) enos: (TT) ADRB2: (AG) ADRB3: (TT) CAPN-10: (AA) ApoE: (E3E3) MBL2: (AG) ACE: DD

32 個 人 化 醫 療 檢 測 開 發 ~ 癌 症 診 斷 ~

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36 Genes & Cancer Three classes of genes are mutated frequently in cancer: a. Proto-oncogenes, whose products normally stimulate cell proliferation. b. Tumor suppressor genes, whose products normally inhibit proliferation. c. Mutator genes, whose products ensure accurate replication and maintenance of the genome.

37 Cancer Diagnosis Image Invasive visitation Genetic Diagnosis

38 Genetic Diagnosis Detecting the gene expression of the cancer cell Sensitivity & Specificity

39 Central Theory

40 Diagnostic Targets

41 Sample Types Tissue Blood Urine Stool Body Fluid

42 Angiogenesis Solid tumors as small as 2 mm in diameter typically display active angiogenesis Folkman et al, 1993

43 Diffuseness of Cancer Cell Apoptosis Shedding Micrometastasis

44 Diffuseness of Cancer Cell Nature 2000

45 Diagnostic Technology Traditional Technology-- Northern Blotting Analysis Real Time PCR Microarray analysis Oligonucleotide hybridization with colorimetric detection Advanced Technology Chemiluminescent multiple marker detection system

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47 Technique for detecting the limited cells Establish the operative stage for detecting the gene expression of the limited cells

48 Sensitivity of C-MMDS Cell Numbers in 5 c.c blood Array Image result + (16/22) + (12/22) - (3/22) - (1/22)

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50 Development Flow Chart Subtractive Suppression Hybridization Microarray analysis Gene validation Statistical Analysis Clinical test Chip design & development

51 Image result (+) (-)

52 Data analysis -- R.O.C curve Numbers_of_genes Sensitivity Specificity

53 Preliminary Data Colorectal Cancer Breast Cancer Lung Cancer Gastric Cancer Gene Number Sensitivity Specificity 92.7 % 91.0 % 93.6 % 91.8 % 94.0 % 92.0 % 93.8 % 92.6 %

54 靈敏度-90% 特異性-91% 準確度-90% 1.Chung et al Am J Surg Path(2005) 2. Cheng et al,chest (2005) 3.Sheu et al, Int J Cancer (2006) 4.Sheu et al, Oncogene(2006) 靈敏度-90% 特異性-91% 準確度-92% 1.Chen et al, Cancer Lett. (2005 ) 靈敏度-90% 特異性-89% 準確度-90% 1.Yang et al. Int. Hepatobiliary Pancreat Dis (2005) 靈敏度-92% 特異性-91% 準確度-92% 1.Wu et al, Int J Cancer (2005)2. Uen et al, Clinica Chimica Acta (2005)3. Wu et al, Dis Markers (2005) 靈敏度-94% 特異性-94% 準確度-93% 1.Wang et al, World J Surg (2005) 2. Wang et al, Oncol Rep. (2005) 3. Yeh et al, Int J Oncol. (2006)

55 Clinical Application Early diagnosis Molecular staging Postoperative follow-up Personalized medicine Prognosis Screening

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第一章 緒論

第一章   緒論 第 五 章 實 證 結 果 第 一 節 敘 述 統 計 表 11 表 12 分 別 為 男 女 癌 症, 實 驗 組 與 控 制 組 樣 本 之 基 本 特 性 此 為 罹 癌 前 一 年 度 樣 本 特 性 由 於 我 們 以 罹 癌 前 一 年 有 在 就 業, 即 投 保 類 別 符 合 全 民 健 康 保 險 法 中 所 規 定 之 第 一 類 被 保 險 人, 且 年 齡 介 於 35 至

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