科研简历 Yong Wang Feb 王勇 科研简历 个人信息 姓名 : 出生日期 : 籍贯 : 性别 : 王勇 1976 年 8 月 1 日内蒙古自治区男 联系方式 地址 : 中国科学院数学与系统科学研究院应用数学所思源楼 1003 室, 北京市海淀区中关村东路 55 号, 10019

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1 王勇 科研简历 个人信息 姓名 : 出生日期 : 籍贯 : 性别 : 王勇 1976 年 8 月 1 日内蒙古自治区男 联系方式 地址 : 中国科学院数学与系统科学研究院应用数学所思源楼 1003 室, 北京市海淀区中关村东路 55 号, 电话 : 传真 : 电子邮件 : ywang AT amss DOT ac DOT cn 个人主页 : 1

2 简介王勇是中国科学院 (CAS) 数学与系统科学研究院 (AMSS) 应用数学所副研究员 同时也是中国科学院国家数学与交叉科学中心 (NCMIS) 的研究人员 他在 1999 年从内蒙古大学数学系的数学物理专业本科学位, 在 2002 年从大连理工大学应用数学系获得运筹学与控制论硕士学位,2005 年从中国科学院数学与系统科学研究院获得运筹学与控制论专业的理学博士学位 2005 年到 2007 年在国家信息中心 日本大阪产业大学电子情报通信系从事博士后研究工作 并于 2007 年 9 月到 2008 年 9 月在波士顿大学生物信息学计划从事访问研究 2010 年 10 月到 2011 年 4 月任日本产业技术综合研究所计算生物研究中心特别研究员 2012 年 11 月访问斯坦福大学统计系 他目前的研究兴趣是最优化理论与算法 生物信息学和系统生物学 2

3 教育情况 博士 运筹学与控制论, 中国科学院数学与系统科学研究院应用数学所. 指导教师 : 章祥荪研究员 硕士 运筹学与控制论, 大连理工大学应用数学系. 指导教师 : 冯恩民教授 本科 数学物理, 内蒙古大学数学系. 指导教师 : 戎卫东教授 博士论文指导教师 : 章祥荪研究员 博士论文题目 : 基于人工神经网络的蛋白质结构预测与分类研究 研究经历 3

4 目前副研究员, 中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所 , 访问学者, 美国斯坦福大学 , 访问学者, 美国密苏里大学哥伦比亚分校 特别研究员, 日本产业技术综合研究所 (AIST) 计算生物研究中 心 (CBRC) , 访问学者, 美国波士顿大学生物信息学研究中心 助理研究员, 中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所 日本文部省奖学金资助博士后, 日本大阪市大阪产业大学电子情报通 信系 博士后, 国家信息中心. 4

5 科研项目 运筹学方法在若干生物信息学重要问题研究中的应用批准号 中国国家自然科学基金委员会 (NSFC) 基于复杂系统观点和方法论的电子政务管理研究批准号 中国国家博士后基金委员会生物信息学中的单体型推断模型与算法研究批准号 中国国家自然科学基金委员会 (NSFC) 生物信息学中的若干重要问题研究中国科学院基础局基于三维结构和高通量数据的蛋白质功能标注与预测研究 NSFC-JSPS 合作研究项目, 批准号 国家自然科学基金委员会 (NSFC) 日本学术振兴会 (JSPS) 商业银行数据挖掘网格系统的研究与应用批准号 中国国家自然科学基金委员会 (NSFC) 复杂网络中模块结构探测的理论与算法研究批准号 中国国家自然科学基金委员会 (NSFC) 基因调控网络重建中的优化模型和算法研究批准号 中国国家自然科学基金委员会 (NSFC) 最优化方法在信息技术中的应用批准号. kjcx-yw-s7 中国科学院创新方向性项目 5

6 生物分子网络中功能模块探测问题的数学模型及算法批准号 北京市自然科学基金资助项目基于条件随机场的生物信息学研究批准号 中国国家自然科学基金委员会 (NSFC) 基因调控网络重建的数据集成方法研究教育部留学回国人员科研启动基金复杂网络的最优化方法及在系统生物学的应用批准号 中国国家自然科学基金委员会 (NSFC) 诱导多能干细胞的生物信息学研究批准号 中国国家自然科学基金委员会 (NSFC) 研究兴趣 最优化理论与算法 生物信息学 系统生物学 机器学习 运筹学理论与应用 发表物 著作或章节 1. Computational Systems Biology. Luonan Chen, Xiang-Sun Zhang, Ling-Yun Wu, and Yong Wang (eds.). Proceedings of The 6th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2012), Xi an, Computational Systems Biology. Luonan Chen, Xiang-Sun Zhang, Ling-Yun Wu, and Yong Wang (eds.). Proceedings of The 5th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB 2011), Zhuhai,

7 3. Operations Research and its Applications. Xiang-Sun Zhang, De-Gang Liu, Ling- Yun Wu, and Yong Wang (eds.). Lecture Notes in Operations Research 14, World Publishing Corporation, Beijing, Computational Systems Biology. Luonan Chen, Xiang-Sun Zhang, Bairong Shen, Ling-Yun Wu, and Yong Wang (eds.). Lecture Notes in Operations Research 13, World Publishing Corporation, Beijing, Operations Research and its Applications. Xiang-Sun Zhang, De-Gang Liu, Ling- Yun Wu, and Yong Wang (eds.). Lecture Notes in Operations Research 12, World Publishing Corporation, Beijing, Yong Wang, Rui-Sheng Wang, Trupti Joshi, Dong Xu, Xiang-Sun Zhang, Luonan Chen, and Yu Xia. A Linear Programming Framework for Inferring Gene Regulatory Networks by Integrating Heterogeneous Data, Computational Methodologies in Gene Regulatory Networks, Sanjoy Das, Doina Caragea, W. H. Hsu, Stephen M. Welch (eds.), IGI Global, Optimization and Systems Biology. Xiang-Sun Zhang, Luonan Chen, Ling-Yun Wu and Yong Wang (eds.). Lecture Notes in Operations Research 11, World Publishing Corporation, Beijing, Optimization and Systems Biology. Xiang-Sun Zhang, Luonan Chen, Ling-Yun Wu, and Yong Wang (eds.). Lecture Notes in Operations Research 9, Proceedings of the Second International Symposium of Optimization and Systems Biology, Lijiang, China, October 31 November 2, World Publishing Corporation, Beijing, (ISTP) 9. Operations Research and its Applications. Xiang-Sun Zhang, De-Gang Liu, and Yong Wang (eds.). Lecture Notes in Operations Research 8, Proceedings of the Seventh International Symposium of Operations Research and its Application, Lijiang, China, October 31 November 2, World Publishing Corporation, Beijing, (ISTP) 10. Optimization and Systems Biology, Lecture Notes in Operations Research 7 Edited by Xiang-Sun Zhang, Luonan Chen, Ling-Yun Wu, and Yong Wang. Proceedings of the First International Symposium of Optimization and Systems Biology, Beijing, China, 8-10 August, World Publishing Corporation, Beijing, (ISTP) 11. Operations Research 50 周年纪念特刊中文译本主编 : 章祥荪, 刘德刚, 章璟, 吴凌云, 王勇. 运筹与管理, 增刊, Vol. 13,

8 发表物 期刊论文 1. Yong Wang, Xiang-Sun Zhang, and Luonan Chen. Computational systems biology in the big data era, BMC Systems Biology, 2013, 7(Suppl 1):S1. 2. Yongcui Wang, Nai-Yang Deng, Shi-Long Chen, Yong Wang. Drug repositioning by kernel integration molecular structure, molecular activity, and phenotype data. PLoS One. in press, Tao Zeng, Shao-Yan Sun, Yong Wang, and Luonan Chen. Network biomarkers reveal dys-functional gene regulations during disease progression. FEBS Journal. in revision, Shao-Yan Sun, Tao Zeng, Zhi-Ping Liu, Yong Wang, and Luonan Chen. Spatiotemporal analysis of type 2 diabetes mellitus based on differential expression networks. Scientific Report, 3, 2268; DOI: /srep02268, Zhong-Yuan Zhang, Yong Wang, and Yong-Yeol Ahn. Overlapping community detection in complex networks using symmetric binary matrix factorization. Physical Review E. in press, Xianwen Ren, Yong Wang, Xiang-Sun Zhang, and Qi Jin. ipcc: a novel feature extraction method for accurate disease class discovery and prediction. Nucleic Acids Research. Vol. 41, No. 4, e143, Zikai Wu, Yong Wang, and Luonan Chen. Network-Based Drug Repositioning Mol. BioSyst. 2013, 9 (6), Yongcui Wang, Nai-Yang Deng, Shi-Long Chen, Yong Wang. Network predicting drug s anatomical therapeutic chemical code. Bioinformatics, (2013) : Zikai Wu, Yong Wang, and Luonan Chen. A New Framework for Repositioning Drugs by Incorporating Various Functional Information IET Systems Biology In press. 10. Junhua Zhang, Shihua Zhang, Yong Wang, Xiang-Sun Zhang. Integrating somatic mutation, copy number variation, and gene expression data to identify mutated core modules in cancers. BMC Systems Biology In press. 11. Qiang Huang, Ling-Yun Wu, Yong Wang, and Xiang-Sun Zhang. GOMA: Functional enrichment analysis tool based on GO modules. Chinese Journal of Cancer. 32(4): ,

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19 gy, Lecture Notes in Operations Research, 7, pp , World Publishing Corporation, Beijing, Zikai Wu, Yong Wang, Enmin Feng, and Luonan Chen, Assessing distance measures for protein structure comparison. Optimization and Systems Biology, Lecture Notes in Operations Research, 7, pp , World Publishing Corporation, Beijing, Zhenping Li, Rui-Sheng Wang, and Yong Wang. A quadratic programming model for political districting problem. Optimization and Systems Biology, Lecture Notes in Operations Research, 7, pp , World Publishing Corporation, Beijing, Yong Wang, Zhen-Ping Li, Xiang-Sun Zhang, and Luonan Chen. 3D Structural Motif finding in protein structures by network alignment D. -S. Huang (Eds.): WICB2006, Yong Wang, Trupti Joshi, Xiang-Sun. Zhang, Dong Xu and Luonan Chen. Supervised inference of gene regulatory networks by linear programming. D. -S. Huang, K. Li and G. W. Irwin (Eds.): ICIC2006, Lecture Notes in Bioinformatics, Vol. 4115, pp , Yong Wang, Ling-Yun Wu, Xiang-Sun Zhang, and Luonan Chen. Protein structure comparison by both structure and sequence data. IFMBE Proceedings, Vol. 14, Kim, Sun I.; Suh, Tae Suk (Eds.) , Springer-Verlag, Berlin, Yong Wang, Ling-Yun Wu, Xiang-Sun Zhang, and Luonan Chen. Automatic classification of protein structures based on convex hull representation by integrated neural network. Lecture Notes in Computer Science, Vol pp , Springer-Verlag, Zikai Wu, Yong Wang, En-Min Feng, and Jin-Cheng Zhao. Protein structure comparison based on a measure of information discrepancy. Lecture Notes in Computer Science, Vol pp , Springer-Verlag, Zhenping Li, Yong Wang, Shihua Zhang, Xiang-Sun Zhang and Luonan Chen. Alignment of protein interaction networks by integer quadratic programming. Proceedings of the 28th IEEE EMBS Annual International Conference New York City, USA, Aug 30-Sept 3, pp , Xiang-Sun Zhang, Zhong-Wei Zhan, Yong Wang, and Ling-Yun Wu. An attempt to explore the similarity of two proteins by their surface shapes. Operations 19

20 Research and Its Applications, Lecture Notes in Operations Research, 5, pp , World Publishing Corporation, Beijing, Ji-Hong Zhang, Ling-Yun Wu, Yong Wang, Zhen-Ping Li, and Xiang-Sun Zhang. A statistical method based on Markov chain for optimal reconstruction of haplotype from genotype data with SNP. Symposium of 7th Academic Communication Meeting of Operations Research of China. Proceedings of ORSC 2004, pp , Global-Link Publishing Company, 詹钟炜, 王勇, 吴凌云, 章祥荪. 基于 DEA 的电子政务评估研究. 中国运筹学会第七届学术交流会论文集, , Global-Link Publishing Company, 冯恩民, 张军, 王锡禄, 王勇, 换热网络综合问题中的布局优化, 中国运筹学会第六届学术交流会论文集,Global-Link Publishing Company, 科研活动 1. Program Committee, Trilateral Symposium on Systems and Synthetic Biology (TriSys 2013), November 7 9, Hongkong, Program Committee, The Tenth International Conference on Intelligent Computing (ICIC 2014), 3-6 August, Taiyuan, China, Program Committee, The Twelfth Asia Pacific Bioinformatics Conference, January, Shanghai, China, Program Committee, IEEE Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), October 4-7,2013 in Philadelphia, PA, Program committee, The 12th International Conference on Bioinformatics of the Asia- Pacific Bioinformatics Network (InCoB2013), Sept 20-22, Taicang, China, Program Committee, The 1st International Conference on Health Information Science (HIS 2012), April 8-10, Beijing,China, Workshop on Transcriptomics and Epigenomics, Institute for Pure and Applied Mathematics (IPAM). October 25-28, Mini-Workshop on Cancer Genomics, Institute for Pure and Applied Mathematics (I- PAM). October 31 - November 1, Program Committee, The Second International Workshop on Integrative Data Analysis in Systems Biology (IDASB) in BIBM2011, Atlanta, Georgia, USA, Nov ,

21 10. Chair of Invitation Session on Systems Biology, The 30th Chinese Control Conference (CCC2011), Yantai, China, July 22 24, Program Committee, ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine (ACM BCB) on August 1 3, 2011 in Chicago, Illinois, USA. 12. Program Committee, The Seventh International Conference on Intelligent Computing (ICIC2011) on August 11 14, 2011 in Zhengzhou, China. 13. Program Committee, Workshop on Computational Proteomics in BIBM2010, HongKong, China, Dec , Program Committee, Workshop on Integrative Data Analysis in Systems Biology in BIBM2010, HongKong, China, Dec , 邀请报告, 北京生命科学论坛第八次会议, 数学与生物学交叉应用研究学术研讨会, 北京, 中国, 2010 年 7 月 16 日. 16. Organizing Committee, The 9th International Symposium on Operations Research and Its Applications (ISORA 2010), Chengdu, China, Aug , Organizing Committee, The 4th International Conference on Computational Systems Biology (ISB 2010), Suzhou, China, Sept. 9 11, Co-Chair of Invitation Session on Systems Biology, The 29th Chinese Control Conference(CCC2010), Beijing, China, July 29 31, 邀请报告, 第二届反演问题计算方法及其应用国际会议, 北京, 中国, 2010 年 7 月 12 日. 20. Program Committee, IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM), HongKong, China, Dec , Local Organizing Committee, The 21th International Conference on Genome Informatics(GIW2010), December 16 18, 2010, Hangzhou, China. 22. invited speaker, Kavil Institute for Theoretical Physics China program on Emergent behaviour of biomolecular ensembles and networks, July 2010, Beijing, China 23. Organizing Committee, Trilateral Symposium on Systems and Synthetic Biology 2010, October 2 4, Tokyo, Japan, Invited visitor, Department of Mathematics, The Chinese University of Hong Kong, April 2010, HongKong, China. 21

22 25. Invited speaker, Sino-German Workshop on Computational systems biology approaches for cancer research and biomarker discovery, January 2010, Hangzhou, China 26. Invited speaker, Workshop on biological network in Computational Biology Research Center of AIST, December 2009, Tokyo, Japan 27. Program Committee, The 2010 Third International Conference on Life System Modeling and Simulation (LSMS), Shanghai, China, Sept , Program Committee, The 2009 International Conference on Optimization and Systems Biology (OSB), Zhangjiajie, China, Sept , Invited Speaker, Trilateral Symposium on Systems and Synthetic Biology 2009, August 13-15, Seoul, Korea, Visiting Osaka University, Kyoto University, and Osaka Sangyo University. July 5 July 18, Invited Speaker, 复杂网络 生物信息学及其他科学问题研讨会, 2009 年 6 月 25 日, 北京, Invited Speaker, A network biology study on circadian rhythm, Westlake International conference on Personalized Medicine, May 29, 2009, HangZhou, China. 33. Program Committee, The 2009 International Conference on Intelligent Computing (I- CIC), Ulsan, Korea, September 16 19, Poster, Recovering Gene Regulations by Optimization Model, Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2009), Beijing, China. 35. Invited Speaker, 第八届系统控制前沿科学问题研讨会 系统生物学, 2008 年 12 月 日, 北京, Visiting Osaka University, Kyoto University, and Osaka Sangyo University. November 17 December 7, Program Committee, The 2008 International Conference on Optimization and Systems Biology (OSB), Lijiang, China, October 31 November 3, Program Committee, The 2008 International Conference on Intelligent Computing (I- CIC), Shanghai, China, September 15 18, Invited Speaker, Biological Network Comparison: Problems and Challenges, Systems Biology Summer School of Shanghai University, Aug. 10, 2007, Shanghai, China. 22

23 40. Invited Speaker, Establishing protein functional linkage in a systematic way, Systems biology workshop, Mar. 10, 2007, Suzhou, China. 41. Program Committee, The 2007 International Conference on Optimization and Systems Biology (OSB), Beijing, China, August 7 9, Program Committee, The 2007 International Conference on Intelligent Computing (I- CIC), Qingdao, China, August 21 24, Program Committee, The 2nd International Conference on Life System Modeling and Simulation (LSMS), Shanghai, China, September 14 17, Poster, Whole-Genome Functional Linkage Network Construction in the Domain Level by Probabilistic Model, GIW2006, Yokohama, Japan. 45. Invited Speaker, Inferring gene regulatory network form multiple datasets, WICB2006, Nov ,2006, Hefei, China. 46. Poster, Inferring Protein Network by Multiple Domain Interactions, ICSB2006, Yokohama, Japan. 47. Oral Speaker, Supervised inference of gene regulatory network by linear programming, ICIC2006, Kunming, China. 48. Oral Speaker, Exploring the classification of protein structures on geometric patterns by neural networks, ISSN2006, Chengdu, China. 49. Oral Speaker, Automatic classification of protein structure based on convex hull representation, TAMC2006, Beijing, China. 50. Poster, Inferring Protein Interaction Network by Boosting Algorithm, GIW2005, Yokohama, Japan. 51. Invited Speaker, Protein Structure Prediction by SOM Approach, PhD candidate research seminar of Department of Mathematics, Tsinghua University, Beijing, China. 期刊编委 Associate Editor of American Journal of Digestive Disease Associate Editor of BMC Research Notes (BioMed Central s open access journal) Associate Editor of The Open Information Systems Journal Academic Editor of PeerJ journal 23

24 期刊特刊编辑 Co-editor, Methods, Special Issue on Computational Systems Biology, Co-editor, Journal of Theoretical Biology, Special Issue on Network Biomarker Co-editor, BMC Systems Biology, Special Issue on Computational Systems Biology, 2009, 2010, 2011, Co-editor, IET Systems Biology, Special Issue on Optimization and Systems Biology, Volume 3, Issue 6, Co-editor of BMC Bioinformatics, Special issue on genomic informatics. 期刊审稿 Nucleic Acids Research Bioinformatics Briefs in Bioinformatics Cancer letters Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics IET Systems Biology BMC Systems Biology BMC Bioinformatics PLoS Computaitonal Biology Evolutionary Bioinformatics Algorithmic International Journal of Computer Mathematics Mathematical Biosciences IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Protein Engineering, Design, and Selection Journal of Theoretical Biology 24

25 Frontiers of Electrical and Electronic Engineering in China Molecules Journal of Convergence Information Technology International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics IEEE Transactions on Circuits and Systems I. 应用数学学报 系统科学与数学 运筹学报 运筹与管理 获奖情况 1997, 内蒙古大学一等奖学金. 1998, 内蒙古大学二等奖学金. 1998, 光华奖学金. 1999, 宝钢奖学金. 2004, 中国科学院管理 决策与信息系统重点实验室优秀奖 2004, 中国科学院数学与系统科学研究院院长奖学金特等奖 2008, 中国科学院数学与系统科学研究院突出科研成果奖 2010, Best Poster Award received in the 21st International Conference on Genome Informatics (GIW2010) for An integrated gene regulatory network inference pipeline by Yong Wang, Katsuhisa Horimoto, and Luonan Chen. 25

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